BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472246
Length=2303
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G20160.1 | Symbols: ATSBT5.2 | Subtilisin-like serine endope... 3618 0.0
> AT1G20160.1 | Symbols: ATSBT5.2 | Subtilisin-like serine endopeptidase
family protein | chr1:6990794-6993891 REVERSE LENGTH=2405
Length=2405
Score = 3618 bits (1959), Expect = 0.0
Identities = 2160/2259 (96%), Gaps = 5/2259 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 36 GAAACTGAAGCTGGATCGAGAAATGGTGATGGGGTTTACATTGTCTACATGGGATCAGCT 95
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 107 GAAACTGAAGCTGGGTCGAGAAATGGTGATGGGGTCTACATTGTCTACATGGGATCAGCT 166
Query 96 TCCTCTGCTGCAAACGCTAATAGAGCTCAAATACTCATAAACACCATGTTTAAGAGGAGA 155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 167 TCCTCTGCTGCAAACGCTAATAGAGCTCAAATACTCATAAACACCATGTTTAAAAGGAGA 226
Query 156 GCAAACGATCTTGTCCACACATATAAGCATGGCTTCTCGGGCTTCGCAGCTCGTTTGACA 215
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 227 GCAAACGATCTTCTCCACACATATAAGCATGGCTTCTCAGGTTTTGCAGCTCGTTTGACA 286
Query 216 GCAGAAGAAGCCAAGGTCATAGCCAAGAAACCGGGAGTAGTTTCGGTTTTTCCTGACCCA 275
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 287 GCAGAAGAGGCCAAGGTCATAGCCAAGAAACCGGGAGTGGTTTCAGTTTTTCCTGACCCA 346
Query 276 AACTTCCAGCTTCATACAACTCATTCATGGGACTTTCTCAAGTACCAAACATCAGTAAAG 335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 CACTTCCAGCTTCATACAACTCATTCATGGGACTTTCTCAAGTACCAAACATCAGTAAAG 406
Query 336 ATCGATTCCGGTCCACCTTCATCAGCCTCTGATGGATCATATGACAGCATTGTTGGCATT 395
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 407 GTCGATTCCGGTCCACCTTCATCAGCCTCAGATGGATCATATGATAGCATTGTCGGAATT 466
Query 396 CTGGACACAGGGATATGGCCAGAATCAGAGAGCTTCAATGACAAAGACATGGGTCCAATT 455
|| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 CTTGACACAGGGATATGGCCAGAGTCAGAGAGTTTCAATGACAAAGACATGGGTCCAATT 526
Query 456 CCGTCTCGATGGAAAGGTACATGCATGGAAGCAAAGGACTTCAAGTCTTCTAACTGTAAC 515
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 527 CCGTCTCGGTGGAAAGGTACATGCATGGAAGCAAAGGACTTCAAGTCTTCCAACTGTAAC 586
Query 516 AGAAAGATCATTGGAGCAAGATACTACAAAAATCCTGATGATGATTCAGACTACTATACC 575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 587 AGAAAGATCATTGGAGCAAGATACTACAAAAATCCTGATGATGATTCAGAATACTATACC 646
Query 576 ACAAGGGATGTGATCGGTCACGGTTCTCATGTGTCCTCCACCGTAGCTGGATCTGCCGTT 635
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 647 ACAAGGGATGTCATCGGTCACGGTTCTCATGTGTCCTCCACCATAGCTGGATCTGCCGTG 706
Query 636 GAGAATGCTTCTTACTATGGTGTAGCTTCCGGGACCGCAAAGGGAGGTTCACAAAACGCT 695
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 GAGAATGCTTCCTACTATGGTGTAGCTTCCGGGACTGCAAAGGGAGGTTCACAAAACGCT 766
Query 696 AGAATCGCTATGTACAAAGTATGCAATCCCGGGGGATGCACTGGCTCCTCTATCTTAGCT 755
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 AGAATCGCTATGTACAAAGTATGCAATCCAGGGGGATGCACTGGCTCCTCTATCTTAGCT 826
Query 756 GCTTTCGATGATGCAATCGCAGATGGAGTTGATGTTCTATCTCTGTCTCTTGGAGCTCCA 815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 GCTTTCGATGATGCAATCGCAGATGGAGTTGATGTTCTATCTCTGTCTCTTGGAGCTCCA 886
Query 816 GCATACGCCCGTATCGACCTGAACACTGATCCTATTGCTATTGGAGCGTTTCACGCGGTG 875
|||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 887 GCATACGCTCGCATCGACTTGAACACTGATCCTATTGCCATTGGAGCGTTTCACGCGGTG 946
Query 876 GAGCAAGGAATCTTGGTGATCTGCTCTGCAGGTAATGATGGGCCTGATGGCGGTACCGTT 935
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 947 GAGCAAGGAATCTTGGTGATCTGCTCTGCGGGTAATGATGGACCTGATGGCGGTACAGTT 1006
Query 936 ACCAATACTGCACCTTGGATATTGACGGTCGCTGCCAACACTATTGATAGAGACTTTGAG 995
|| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 ACTAATACTGCACCTTGGATAATGACCGTTGCTGCCAACACTATTGATAGAGACTTTGAG 1066
Query 996 TCTGATGTTGTGCTAGGCGGCAATAAAGTCATCAAGGGTGAAGGTATACACTTTGCAAAC 1055
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1067 TCTGATGTTGTACTAGGCGGCAATAAAGTCATCAAGGGTGAAGGTATACACTTTTCAAAC 1126
Query 1056 GTTAGTAAATCTCCTGTGTATCCTCTGATTCATGGCAAGTCTGCTAAGAACGTTGATGCA 1115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1127 GTTAGTAAATCTCCTGTGTATCCTCTGATTCATGGCAAGTCTGCTAAGAGCGCTGATGCA 1186
Query 1116 TCAGAAGGATCAGCCAGGGCCTGTGACTCTGGTTCTCTAGATCAAGAGAAGGTAAAAGGG 1175
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1187 TCAGAAGGATCAGCCAGGGCCTGTGACTCTGATTCTCTAGATCAAGAGAAGGTAAAAGGG 1246
Query 1176 AAGATTGTGTTATGCGAGAACGTCGGTGGATCATATTATGCATCATCCGCTAGGGACGAG 1235
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1247 AAGATTGTGTTATGCGAGAACGTTGGTGGATCATATTATGCATCATCCGCTAGGGACGAG 1306
Query 1236 GTGAAAAGCAAAGGAGGTATTGGCTGTGTCTTTGTAGATGACAGAACTAGAGCAGTTGCT 1295
||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 GTGAAGAGCAAAGGAGGTACTGGTTGCGTCTTTGTAGATGACAGAACTAGAGCAGTTGCT 1366
Query 1296 AGCGCTTATGGCAGTTTTCCTACGACAGTAATTGACTCAAAGGAAGCAGCTGAGATCTTC 1355
|| |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 AGTGCTTATGGTAGCTTTCCTACTACCGTAATTGACTCAAAGGAAGCAGCTGAGATCTTC 1426
Query 1356 TCCTATCTCAACTCAACCAAAGATCCTGTTGCAACAATTCTTCCAACTGCAACAGTTGAG 1415
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1427 TCCTACCTCAACTCAACCAAAGATCCTGTTGCAACAATTCTTCCCACTGCAACAGTTGAA 1486
Query 1416 AAGTTCACACCCGCGCCGGCTGTTGCATATTTCTCTTCTAGAGGACCTTCAAGCCTCACA 1475
||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 AAGTTCACACCTGCCCCTGCTGTTGCATATTTTTCTTCCAGAGGACCTTCAAGCCTCACA 1546
Query 1476 AGAAGCATTCTCAAACCTGACATTACAGCACCGGGAGTCGCGATACTCGCTGCATGGACT 1535
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 AGAAGCATTCTCAAACCTGACATTACCGCACCAGGAGTCTCGATACTCGCTGCATGGACT 1606
Query 1536 GGAAACGACTCAAGCATTTCACTGGAAGGCAAGCCGGCTTCTCAGTATAACGTCATATCA 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 GGAAACGACTCAAGCATTTCACTGGAAGGCAAGCCGGCTTCTCAGTATAACGTCATATCA 1666
Query 1596 GGAACTTCCATGGCAGCTCCTCATGTTACAGCTGTTGCATCTCTGATCAAATCACAACAT 1655
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1667 GGAACTTCCATGGCAGCTCCTCATGTTTCAGCTGTTGCATCTCTGATCAAATCACAGCAT 1726
Query 1656 CCCACATGGGGTCCATCCGCGATCAGATCAGCAATTATGACAACAGCGACTCAAACAAAC 1715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 CCCACATGGGGTCCATCCGCGATCAGATCAGCAATTATGACAACAGCGACTCAAACAAAC 1786
Query 1716 AACGACAAAGGTCTTATAACAACAGAAACTGGTGCAGCAGCTACGCCTTATGACTCTGGA 1775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||
Sbjct 1787 AACGACAAAGGTCTTATAACAACAGAAACTGGTGCAACAGCCACACCTTATGACTCTGGA 1846
Query 1776 GCAGGAGAACTAAGCTCAACAGCGTCAATGCAACCAGGACTAGTTTACGAGACTACTGAA 1835
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GCAGGAGAACTAAGCTCAACAGCATCAATGCAACCAGGACTAGTTTACGAGACTACTGAA 1906
Query 1836 ATTGACTACCTGAAATTTCTCTGTTACTATGGATACAACGTAACCACAATCAAGGCTATG 1895
| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1907 ACTGACTACCTGAACTTTCTCTGTTACTATGGATATAACGTAACCACAATAAAGGCTATG 1966
Query 1896 GCAAAAGCATTTCCACAGAATTTCACTTGCCCTGCAGATTCCAACTTAGACTTGATCTCA 1955
||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967 TCAAAAGCTTTTCCAGAGAATTTTACTTGCCCTGCAGATTCCAACTTAGACTTGATCTCC 2026
Query 1956 ACGATCAATTACCCATCAATTGGAATCTCTGGATTCAAAGGAAATGGAAGCAAGACAGTT 2015
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2027 ACCATCAATTACCCGTCAATTGGAATCTCTGGATTCAAAGGAAATGGTAGCAAGACAGTT 2086
Query 2016 ACAAGAACAGTGACCAATGTTGGTGGAG-ACGGTGTGGCTGTTTACACACTCAGCGTGGA 2074
||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2087 ACAAGAACAGTGACCAATGTTGGTG-AGGACGGTGAGGCGGTTTACACAGTCAGCGTGGA 2145
Query 2075 AACACCACCAGGGTTTAATGTTGAAGTGACGCCAGAAAAACTCCAATTTACAAAAGATGG 2134
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 AACACCACCAGGGTTTAACATTCAAGTGACGCCAGAAAAACTCCAATTTACAAAAGATGG 2205
Query 2135 TGAGAAGCTGACATACCAGGTGATAGTGTCTGCTACTGCTTCACTTAAGCAAGATGTATT 2194
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 TGAGAAGTTGACATACCAGGTGATAGTGTCTGCTACTGCTTCACTTAAGCAAGATGTATT 2265
Query 2195 TGGGGCTCTTACTTGGTCTACTGCCAAGTACAAGGTCAGAAGCCCAATTGTAATTAGTAG 2254
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 TGGGGCTCTTACTTGGTCTAATGCCAAGTACAAGGTCAGAAGCCCAATTGTAATTAGTAG 2325
Query 2255 TGAGTA-TAGCCGCACAAACTGAGATGAATATGGAATAA 2292
||| | ||||||||||||||||||| || |||| ||||
Sbjct 2326 CGAG-AGTAGCCGCACAAACTGAGATAAA-ATGGTATAA 2362
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114306640965
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5