BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472312
Length=3357
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G20760.1 | Symbols: | Calcium-binding EF hand family protei... 2686 0.0
> AT1G20760.1 | Symbols: | Calcium-binding EF hand family protein
| chr1:7209369-7214993 FORWARD LENGTH=3426
Length=3426
Score = 2686 bits (1454), Expect = 0.0
Identities = 1593/1658 (96%), Gaps = 17/1658 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTGTTCATTATTCATCATTTCATCTGTTGGAATCGGGCAATTTTCGTCTGGACAAGAA 60
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 17 TTTTGTTAATTATTCATCATTTCATCTGTTCGAATCGGGCAATTTTCGTCT------G-- 68
Query 61 GAAGAAATCTGGAGATAGGATTTTGATTGATTTCTAAGCTCTGATCTCTAAG-TTTTTGG 119
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||
Sbjct 69 G-AGAAATCTGGAGATAGGATTTTGATCGATTTCTAAGCTCTAATCTC--AGTTTTTTGG 125
Query 120 GTAGCTCCGGTGATCCTTGAGATGGCGGGTCAGAATCCTAACATGGATCAATTCGAGGCC 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 GTAGCTCCGGTGATCCTTGAGATGGCGGGTCAGAATCCTAACATGGATCAATTCGAGGCC 185
Query 180 TACTTCAAACGAGCAGATTTGGACGGCGATGGTCGGATCAGTGGAGCCGAAGCTGTTGGA 239
||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 186 TACTTCAAAAGAGCAGATTTAGACGGAGATGGTCGGATCAGTGGTGCCGAAGCTGTTGGA 245
Query 240 TTTTTTCAAGGATCTGGTTTGTCTAAGCAGGTTCTCGCCCAGATATGGTCGCTTTCTGAT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 TTTTTTCAAGGATCTGGTTTGTCTAAGCAGGTTCTCGCCCAGATATGGTCGCTTTCTGAT 305
Query 300 CGGACACACAGTGGTTTCCTTGATCGACAAAACTTTTATAATTCTCTGAGACTTGTAACA 359
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 CGGTCACACAGTGGTTTCCTTGATCGGCAAAACTTTTATAATTCTCTGAGACTTGTAACA 365
Query 360 GTTGCACAGAGCAAGAGAGATCTGACACCTGAGATTGTTAATGCAGCACTGAATACTCCT 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 GTTGCACAGAGCAAGAGAGATCTGACACCTGAGATTGTTAATGCAGCACTGAATACTCCT 425
Query 420 GCAGCAGCCAAAATACCACCTCCCAAAATTAATCTTTCAGCTATTCCTGCACCCCGACCT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 426 GCAGCAGCCAAAATACCACCTCCCAAAATTAATCTTTCAGCTATCCCTGCACCCCGACCT 485
Query 480 AATCCTGCTGCTACAACGGTTGGTCCGGTTTCTGGGTTTGGAGGACCAGGGGCTCCAAAT 539
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 AATCCTGCTGCTACAACGGTCGGTCCAGTTTCCGGGTTTGGAGGACCAGGGGCTCCAAAT 545
Query 540 GCGAATGTCAATCAGAATTATTTTCCACCTCAGCAAAACCAGCAAATGAGACCAAATCAA 599
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 GCGATTGTCAATCAGAATTATTTTCCACCTCAGCAAAACCAGCAAATGAGACCAAATCAA 605
Query 600 GGAATATCTGGGCTGACTTCACTTAGACCAGCGGCTGGTCCAGAATATAGACCAAGTGCC 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 GGAATATCTGGGCTGACTTCACTTAGACCAGCGGCTGGTCCAGAATATAGACCAAGTGCC 665
Query 660 TTACCAGGTCAATTCCAACCAGTTCCTGTTGGTGGTGTTACG---CGTCCTCAGCCTGTT 716
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||
Sbjct 666 TTATCAGGTCAATTCCAACCAGTTCCTGTTGGTAGTGTTACGCATCCTCCTCAGCCTGTT 725
Query 717 CCAACTAGTGTATCTGGTCCTGGTAGTTCAAC-TCTCAATCTTAATAATTTGTATGCTGT 775
|| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 726 CCCACTAGTGTATCTGGTCCTGGTAGTTCAACGT-TCAATCTTAATAGTTTGTATGCTGG 784
Query 776 AGCGGGAAACACCAGCGGATACTCGTCCGGCTATGGAGGGGGCAGCTTAGCAGCACCTTC 835
||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 AGCTGGAAACACCAGCGGATATTCGTCAGGCTTTGGAGGGGGCAGCTTAGCAGCACCTTC 844
Query 836 TCCTGGCTTAAAACCAGATTCACAAATTGATCCAAAGGCGCTTGTTGTATCTGGAAATGG 895
|||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 TCCTGGCTTAAAACAAGAGTCACACATTGATCCAAAGGCGCTTGTTGTATCTGGAAATGG 904
Query 896 AGGTGACATGTTTTCCTCTTTCCAGCAAAAACATGAACCCACTCTGAGTAATTCTTCAAT 955
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 AGGTGACATGTTTTCCTCTTTCCAGCAAAAACAAGAACCCACTCTGAGTAATTCTTCAAT 964
Query 956 CAGTTCAGCCATTGTTCCTACTTCTGCTGGAATCCAACCTCCAACAAAGCCTAATGCTCT 1015
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 TAGTTCAGCCATTGTCCCTACTTCTGCTGGAATCCAACCTCCAACAAAGCCTAATGCTCT 1024
Query 1016 CGATTCCCTACAAAATACTTTCTCAATGTTACCTCCAGGAAATCAGCTTCAGCAGCCAAG 1075
|||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 CGATTCCCTACAGAGTACTTTCTCAATGCTACCTTCAGGAAATCAGCTTCAGCAGCCAAG 1084
Query 1076 GCCAGCAGCAAGCTCACAGCCTGCAGTGTCCTTACAAGGTCCATCCTCCGGTTTGCCACC 1135
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 GCCAGCAGCAAGCTCACAGCCTGCAGTGTCCTCACAAGGTCCATCCTCCGGTTTGCCACC 1144
Query 1136 TGGAAGTGCAGTTGGATCTGGCCATTCAACTCCTGCTGGAAATAATCAGCCTCCATGGCC 1195
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1145 TGGAAGTGCAGTTGGATCTGGCCATTCTACTCCTGCTGGAAATAATCAGCCTCCGTGGCC 1204
Query 1196 AAAAATGAAACCATCCGATGTCCAGAAATACACAAAGGTATTTATGGAAGTTGATAGTGA 1255
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 AAAAATGAAACCATCCGATGTTCAGAAATACACAAAGGTATTTATGGAAGTTGATAGTGA 1264
Query 1256 CAAGGATGGGAAAATCACTGGTGAGCAGGCAAGGAATCTATTTTTAAGCTGGAGGTTACC 1315
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 CAAGGATGGAAAAATCACTGGTGAGCAGGCGAGGAATCTATTTTTAAGCTGGAGGTTACC 1324
Query 1316 CAGGGAGGTATTGAAGCATGTGTGGGAATTATCTGATCAGGATAATGATACTATGCTTTC 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 CAGGGAGGTATTGAAGCATGTGTGGGAATTATCTGATCAGGATAATGATACTATGCTTTC 1384
Query 1376 TCTGAGGGAGTTCTGCATTTCATTGTATTTGATGGAGCGGTATAGAGAAGGCCGTCCTCT 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 TCTGAGGGAGTTCTGCATTTCATTGTATTTGATGGAGCGGTATAGAGAAGGCCGTCCTCT 1444
Query 1436 CCCGACCGCACTTCCTAGCAGCATCATGTTTGATGAAACACTGTTATCTATCTCAGGCGC 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1445 CCCGACCGCACTTCCTAGCAGCATCATGTTTGATGAAACACTGCTATCTATCTCAGGCGC 1504
Query 1496 ACCCACTCATGGCTATACAAATACTGGATGGGGATCTGGTCAAGGTTTCGTACAGCAACC 1555
||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1505 ACCCAGTCATGGCTATGCAAATGCTGGATGGGGATCTGGTCAAGGTTTTGTACAGCAACC 1564
Query 1556 AGGGATGGGTGCGCGGCCAATCACTCCAACGACTGGTATGAGGCCACCAGTTCCTGCACC 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1565 AGGGATGGGTGCGCGGCCAATCACTCCAACGACTGGTATGAGACCACCAGTTCCTGCACC 1624
Query 1616 AGGCCCTCACCCTGGCAGTGGTATACCACCTAATCAGC 1653
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 AGGCCCTCAACCTGGCAGTGGTATACCACCTAATCAGC 1662
Score = 2651 bits (1435), Expect = 0.0
Identities = 1647/1742 (95%), Gaps = 43/1742 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1645 CTAATCAGCTAGGTAATGGATATTCTGCAAGCTCAAATCTTCCAGAAGCAGCAGCTGATG 1704
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 CTAATCACCTAGGTAATGGATATTCTGCAAGCTCAAATCTTCCAGAAGCAGCAGCTGATG 1758
Query 1705 AGGAAAAGGTTGATGAAAAGCAGAATGCCTATATGGACTCCAGGGAGAAACTTGAATACT 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1759 AGGAAAAGGTTGATGAAAAGCAGAATGCCTATATGGACTCCAGGGAGAAACTTGATTACT 1818
Query 1765 ACCGGACGAAAATGCAGGATATTGTCTTGTACAAAAGCAGGTGTGACAATAGATTAAATG 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 ACCGGACGAAAATGCAGGATATTGTCTTGTACAAAAGCAGGTGTGACAATAGATTAAATG 1878
Query 1825 AGATCTCCGAAAGGGCTTCTGCTGACAAGCGTGAGGCTGAAACATTGGCAAAGAAGTATG 1884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 AGATCTCCGAAAGGGCTTCTGCTGACAAGCGTGAGGCTGAAACATTGGCAAAGAAGTATG 1938
Query 1885 AGGAGAAGTATAAGCAAGTTGCAGAAATAGGGTCAAAATTAACTATTGAAGAGGCCAGGT 1944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 AGGAGAAGTATAAGCAAGTTGCAGAAATAGGGTCAAAATTAACTATTGAAGAGGCCAGGT 1998
Query 1945 TCCGCGAGATTGAGGGGCGGAAGATGGAGTTGAGTCAAGCAATTGTGAACATGGAGCAAG 2004
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 TCCGTGAGATTGAGGGGCGGAAGATGGAGTTGAGTCAAGCAATTGTGAACATGGAGCAAG 2058
Query 2005 GTGGTAGTGCTGATGGTCTCCTTCAGGTCCGGGCTGACAGAATACAATCAGATCTAGAGG 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2059 GTGGTAGTGCTGATGGTCTCCTTCAGGTCCGGGCTGACAGAATACAATCAGATCTTGAGG 2118
Query 2065 AACTGATGAAGGCTTTAACTGAACGTTGCAAGAAACATGGGTTGGAGGTTAACTCGAAGG 2124
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 AATTGATGAAGGCTTTAACTGAACGATGCAAGAAACACGGGTTGGAGGTTAACTCGAAGG 2178
Query 2125 CCCTTGTAGACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGGGCAGCTCTTTGGG 2184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2179 CCCTTGTAGACCTTCCAGCTGGCTGGCAACCTGGAATTCAAGAAGGTGCAGCTCTTTGGG 2238
Query 2185 ATGAAGAATGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGTTTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAAT 2244
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 ATGAGGAATGGGATAAGTTTGAAGATGAAGGTTTTGGCAATGAGATCACTTTTGACAAAT 2298
Query 2245 CAAAAGAGCAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAACGGTACGGTGGATGATGGTAGTGGGC 2304
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 CAAAAGAGCAAAACTCGTCTGGTGAGAAGGAAAATGGTACGGTGGATGATGGTAGTGGGC 2358
Query 2305 TACCTGATTCGCCGACCCATATAGATGAAAACTATGGACCTTTTTCAGAAACCTCAGACC 2364
||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 CACCTGATTCGCCGACCCATGTAGAGGACAACTATGGCCCTTTTTCAGAAACCTCAGACC 2418
Query 2365 GCCA-C-----AGTGAAGAT--G--AA-T--CA--G--G-CAGAAGTCCTAGAGACAGTC 2406
|||| | |||||| || | || | || | | |||||||||||||||||||
Sbjct 2419 GCCACCATGAGAGTGAATATGGGACAACTCACAGTGAAGATAGAAGTCCTAGAGACAGTC 2478
Query 2407 CTGTCTCTAGGACTGCTACTGAGATCCCATCTCCAGATTATTCTCAGGGGAAGAATTCTG 2466
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2479 CTGTCTCTAGGAATGCTACTGAGGTCCCATCTCCAGATTATTCTCAGGGAAAGAATTCTG 2538
Query 2467 AATTCTTTGATGACTCGAATTGGGCAAGTGCATTTGACACTAACGATGATGTGGATTCAG 2526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 AATTCTTTGATGACTCGAATTGGGCAAGTGCATTTGACACTAACGATGATGTGGATTCAG 2598
Query 2527 TCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTATGGATCGGGTGGCGATT 2586
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||
Sbjct 2599 TCTGGGGATTTGATGCATCAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCAGGTGACGATT 2658
Query 2587 TTGGTGGAAACACAGGAAGAGCAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGCTTCGGCGCCCAGAGAA 2646
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2659 TTGGTGGAAACACAGCAAGAGCAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGCTTTGGCGCCCAGAGAA 2718
Query 2647 AGAGCCCATTTGCATTTGATGATTCAGTCCCCAGCACTCCACTCTCAAGATTCGGGAACT 2706
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2719 AGAGCCAATTTGCATTTGATGATTCAGTCCCCAGCACTCCACTCTCAAGATTCGGGAACT 2778
Query 2707 CTCCACCTCGGTTCAGCGATGCATCAGCAAGAGATAATAACTTTGATAGCTTCTCAAGGT 2766
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2779 CTCCACCTCGGTTCAGCGATGCATCAGCTAGAGATAATAACTTTGATAGCTTCTCCAGGT 2838
Query 2767 TCGACTCCTTCAACACCAGTGAAGCAGGCGCCGGGTTTTCTTCCCAGCCCGAGAGACTGT 2826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2839 TCGACTCCTTCAACACCAGTGAAGCAGGCGCCGGGTTTTCTTCGCAGCCCGAGAGACTGT 2898
Query 2827 CTCGGTTTGATTCCATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGTGGAGCTGCCTTCTCCAGGTTCG 2886
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2899 CTCGGTTTGATTCCATCAACAGCTCCAAAGACTTTGGTGGAGCTGCCTTCTCTAGGTTCG 2958
Query 2887 ACTCAATTAACAGTTCGAGAGACGTCACTGGAGCTGAGAAACTTTCGAGGTTCGATTCCA 2946
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2959 ATTCAATTAACAGTTCCAGAGACGTCACTGGAGCTGAGAAATTTTCGAGGTTTGATTCCA 3018
Query 2947 TCAACAGTAGCAAAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCAAGATTCGACTCCATGAATAGTA 3006
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3019 TCAACAGTAGCAAAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTATCAAGATTCGACTCTATGAATAGTA 3078
Query 3007 CAAAGGATTTCAGTGGCAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA 3066
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3079 CAAAGGATTTCAGTGGTAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA 3138
Query 3067 CAGGTCCCTTCAAAGTCTCTTCGGATGAAAGCCCTAAGAAAAGGTCAGATAATTGGAACT 3126
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3139 CAGGTCCCTTTAAAGTCTCTTCGGATGAAAGCCCTACGAAAAGGTCAGATAACTGGAACT 3198
Query 3127 CCTTCTAGCCTCAGTTTATTATCAT-CCCtttt-t--t--tttCT--TCGCTTGATGAAC 3178
|||||||||||| ||| | |||| | ||||||| | | ||| | |||||||||||||
Sbjct 3199 CCTTCTAGCCTCGGTT-ACTATCGTTCCCTTTTATAATCCTTTTTCCTCGCTTGATGAAC 3257
Query 3179 TTGTGGTTTGTTTTATAAAAAGCTTATAATTTTTTCACCAAATTCTGGTTTTGGATGAGA 3238
||||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3258 TTGTGCTT-GTTTCATAA-----TTATAATTTTTTCACCAAATTCTGGTTTTGGATGAGA 3311
Query 3239 CGA-TAGCGTTAGACTATTTGTAATTTGTAAAGTTTGTCTTTGTAT-GAGTTTCCTACTG 3296
| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 3312 C-ACTAGCGTTAGTCTATTTGTAATTTGTAAAGTTTGTCTCTGTATTG-GTTTCCTACTG 3369
Query 3297 TATCTCTCTGTTCTGTTCGTAAGAATTCATTTGCTTAA-ATGAAAGAAATATTTGAGGCT 3355
||||||| ||| |||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
Sbjct 3370 TATCTCT--GTTATGTTA-T--GAATTCATTTGCTTTATATGAAAGAAATATTTGAGGAT 3424
Query 3356 TT 3357
||
Sbjct 3425 TT 3426
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167055920190
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5