BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472752
Length=1662
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G26570.1 | Symbols: UGD1, ATUGD1 | UDP-glucose dehydrogenase... 2634 0.0
> AT1G26570.1 | Symbols: UGD1, ATUGD1 | UDP-glucose dehydrogenase
1 | chr1:9182204-9184393 FORWARD LENGTH=1712
Length=1712
Score = 2634 bits (1426), Expect = 0.0
Identities = 1591/1668 (95%), Gaps = 22/1668 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCAAATTCCATCGTCGTCGCCGCAACAATCTCTTTTGATCTCTCTCTCATTCTTCACCAG 60
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCAAATTCCATCATCGTCGCCGCAACAATATCTTTTGCTTTCTCTCTCATTCTTCACCAG 60
Query 61 CAACAAAGCCCATCTCTCGCTTGCTT-ACTCTCAAGTCTCAAGGAGAAGTTTTGAAATTC 119
||| |||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||
Sbjct 61 TAAC-AAGCCCATCTCTCGATT-CTTCACTCTCAAG---GAAGGAGACGTTTTGAAAATC 115
Query 120 AGATATGGTGAAGATATGCTGCATAGGAGCTGGTTATGTGGGTGGTCCAACAATGGCAGT 179
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 116 AGAAATGGTGAAGATATGCTGCATAGGAGCTGGTTATGTGGGTGGTCCAACCATGGCGGT 175
Query 180 GATGGCTCTCAAGTGTCCTGAGATTGAAGTAGCCGTTGTGGATATATCTGAACCAAGGAT 239
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 176 GATGGCTCTTAAGTGTCCTGAGATTGAAGTAGTCGTTGTGGATATCTCTGAACCAAGGAT 235
Query 240 CAATGCTTGGAACAGTGATCGGCTTCCTATTTACGAGCCTGGTTTGGAAGATGTGGTGAA 299
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 236 CAATGCTTGGAACAGTGATAGGCTTCCTATTTACGAGCCGGGATTGGAAGATGTGGTGAA 295
Query 300 ACAATGCAGAGGGAAAAATCTCTTCTTTAGCACAGACGTGGAGAAACATGTCTTTGAGAG 359
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 296 ACAATGCAGAGGGAAAAACCTCTTCTTTAGCACAGACGTGGAGAAACATGTATTTGAGAG 355
Query 360 TGATATTGTGTTTGTATCAGTTAACACTCCAACCAAAACACAAGGTCTTGGTGCTGGCAA 419
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TGATATTGTATTTGTCTCAGTTAACACTCCAACCAAAACACAAGGTCTTGGTGCTGGCAA 415
Query 420 AGCTGCTGATCTTACTTACTGGGAGAGTGCTGCTCGGATGATCGCTGATGTCTCCAAATC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 AGCTGCTGATCTTACTTACTGGGAGAGTGCTGCTCGGATGATCGCTGATGTCTCCAAATC 475
Query 480 TAGCAAAATCGTTGTTGAGAAATCCACGGTTCCTGTGAGGACAGCAGAGGCCATCGAAAA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 476 TAGCAAAATCGTTGTTGAGAAATCCACGGTTCCTGTGAGGACAGCAGAGGCTATTGAAAA 535
Query 540 GATACTGACCCATAACAGCAAAGGCATAGAGTTTCAGATTCTCTCAAATCCAGAATTTCT 599
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 536 GATACTGACACATAACAGCAAAGGCATAGAGTTTCAGATTCTCTCTAACCCTGAATTTCT 595
Query 600 TGCTGAGGGTACTGCAATTAAGGACCTTTATAACCCAGACCGTGT-TCTGATTGGTGGTA 658
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 596 TGCTGAGGGTACTGCAATTAAGGATCTTTATAACCCAGACCGTGTGT-TGATTGGTGGTA 654
Query 659 GGGATACTGCAGCCGGGCAAAAGGCTATTAAAGCTTTAAGAGATGTTTATGCTCATTGGG 718
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GGGATACTGCAGCAGGGCAAAAGGCTATTAAAGCTTTAAGAGATGTTTATGCTCATTGGG 714
Query 719 TTCCAGTGGAACAAATCATTTGCACGAACCTCTGGTCCGCTGAGCTCTCTAAGCTTGCAG 778
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TTCCAGTGGAACAAATCATTTGCACGAACCTGTGGTCCGCTGAGCTCTCTAAGCTTGCAG 774
Query 779 CAAATGCATTCTTGGCTCAGAGGATATCATCTGTCAATGCCATGTCAGCTCTATGTGAGG 838
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 CAAATGCATTCTTAGCTCAGAGGATATCATCTGTCAATGCCATGTCAGCTCTATGTGAGG 834
Query 839 CAACTGGCGCTGATGTTACACAAGTTGCGCATGCCGTGGGTACAGATACTAGAATTGGTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 CAACTGGCGCTGATGTTACACAAGTTGCGCATGCCGTGGGTACAGATACTAGAATTGGTC 894
Query 899 CAAAGTTCTTGAATGCTAGTGTTGGTTTTGGTGGATCATGTTTCCAGAAAG-ACATCCTA 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 895 CAAAGTTCTTGAATGCTAGTGTTGGTTTTGGTGGATCATGTTTCCA-AAAGGACATCCTA 953
Query 958 AATCTTATCTATATCTGTGAATGCAACGGCTTGCCCGAAGCAGCTAATTACTGGAAACAA 1017
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 AATCTTATCTATATTTGTGAATGCAACGGCTTGCCCGAAGCAGCTAATTACTGGAAACAA 1013
Query 1018 GTCATAAAGGTGAACGACTATCAGAAAATAAGGTTTGCAAACCGGGTTGTTTCTTCTATG 1077
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1014 GTCGTAAAGGTGAACGACTATCAGAAAATACGGTTTGCAAACCGGGTTGTTTCTTCAATG 1073
Query 1078 TTTAACACAGTTTCGGGCAAGAAAATTGCGATCCTTGGTTTTGCCTTCAAGAAGGACACA 1137
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 TTTAACACAGTCTCGGGCAAGAAAATCGCGATCCTCGGTTTTGCCTTCAAGAAGGACACA 1133
Query 1138 GGTGACACGAGAGAGACTCCAGCCATTGATGTTTGTAACAGATTAGTTGCGGACAAGGCC 1197
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1134 GGTGACACGAGAGAGACTCCAGCGATTGATGTTTGTAACAGATTAGTTGCAGACAAGGCC 1193
Query 1198 AAGCTGAGCATATACGACCCACAAGTCCTTGAAGGACAGATCAGAAGAGATCTTTCCATG 1257
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 AAGCTGAGCATATACGACCCACAAGTTCTTGAAGAACAGATCAGAAGAGATCTTTCCATG 1253
Query 1258 GCAAGGTTTGACTGGGACCACCCTGTTCCTCTTCAGCAGATTAAAGCTGAAGGTATCTCA 1317
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 GCTAGGTTTGACTGGGACCACCCTGTTCCTCTTCAGCAGATTAAAGCTGAAGGTATCTCA 1313
Query 1318 GAGCAAGTGAATGTCGTCTCAGATGCTTACGAGGCAACTAAAGATGCGCACGGCCTTTGT 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1314 GAGCAAGTGAATGTCGTCTCAGATGCTTACGAGGCAACTAAAGATGCGCACGGCCTATGT 1373
Query 1378 GTCTTAACCGAGTGGGATGAGTTTAAATCCTTGGACTTCAAGAAAATCTTTGACAATATG 1437
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 GTCTTAACCGAATGGGATGAGTTTAAATCCTTGGACTTCAAGAAAATCTTTGACAATATG 1433
Query 1438 CAGAAACCAGCTTTTGTGTTTGATGGTAGGAACGTTGTTGATGCAGTGAAGCTGCGTGAG 1497
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 CAGAAACCAGCTTTTGTGTTCGATGGTAGGAATGTTGTTGATGCAGTGAAGCTGCGTGAG 1493
Query 1498 ATCGGGTTT-ATCGTCTACTCCATTGGTAAACCGCTTGATTCATGGCTCAAGGACATGCC 1556
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1494 ATCGG-TTTCATCGTCTACTCCATTGGTAAACCGCTTGATTCATGGCTCAAGGATATGCC 1552
Query 1557 TGCTGTGGCATGAAGGTGCCAACTTCAACCAAACACTATATCTCATTTCTATAATATAGT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 1553 TGCTGTGGCATGAAGGTGCCAACTTCAACCAAAC--TATATGTCTTTTCTAAAATATAGT 1610
Query 1617 AT-T-AAGATTCCTTTATTTCCTGATTCTCATTGTAACCAAGCTGAAA 1662
|| | |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1611 ATCTTAAGATTCCTT-ATAA----ATTCTG-TTGTAACCAAGCTGAAA 1652
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82128091620
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5