BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472799
Length=2400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G26190.1 | Symbols: | Phosphoribulokinase / Uridine kinase ... 3952 0.0
> AT1G26190.1 | Symbols: | Phosphoribulokinase / Uridine kinase
family | chr1:9057096-9061086 REVERSE LENGTH=2435
Length=2435
Score = 3952 bits (2140), Expect = 0.0
Identities = 2316/2403 (96%), Gaps = 4/2403 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTCCCCAGATTCTCTAGAAATCGCTCTCCCCGATAAAGAAGAAGCTCTCAGAAAATTC 60
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 30 TTTTCCCCAGATTCTCTACAAATCGCTCTCCCCGATAAAGAAGAAGCTCTCACAAAATTC 89
Query 61 ctctctctctctctctctctAATTCCCCATTATTTGTTTCTGTGTT-AAATTGAATTGCG 119
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 90 CTCTTTCTCTCTCTCTCTCTGATTCCCCATTATTAGTTTCTGTGTTAAAATTGAATTGCG 149
Query 120 ACTTAACTCTGCCAAAGTGACAAGTCCCGATTCGCAGTAATACCGATAGATTTTTCTGTA 179
|| ||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| |||||||||||||
Sbjct 150 ACATAACTCTGCCAAAGTGATAAGCCCCGATTCACACTAATTCCGAGAGATTTTTCTGTA 209
Query 180 TTATTGTTCATAATGGGTCAAGACAGCAATGGGATCGAGTTTCATCAGAAGAGACATGGT 239
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 210 TTATTGTTCATAATGGGTCAAGACAGCAATGGAATTGAGTTTCATCAGAAGAGACATGGT 269
Query 240 CTCTTGAAGGATCAAGTCCAACTGGTTAAGAGAAGAGACTCTGTTCGGTATGAAATAGTG 299
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 270 CTCTTGAAGGATCAAGTCCAATTGGTTAAGAGAAGAGACTCTATTCGGTATGAAATTGTT 329
Query 300 CCAATTCAAGATCGGTTGTCATTTGAGAAGGGCTTCTTTGCGGTTATCCGTGCGTGTCAA 359
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 330 TCTATTCAAGATCGGTTGTCATTTGAGAAGGGCTTCTTTGCGGTTATCCGTGCTTGCCAA 389
Query 360 TTGCTTTCTCAGAAGAATGATGGGATCATATTGGTTGGGGTTGCTGGACCTTCTGGTGCT 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 390 TTGCTTTCTCAGAAGAATGATGGGATCATATTGGTTGGTGTTGCTGGACCTTCTGGTGCT 449
Query 420 GGAAAGACTGTATTTACCGAGAAGATTCTCAATTTTCTGCCAAGTGTTGCTGTCATATCA 479
|||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 450 GGAAAGACTGTATTCACTGAGAAGATACTCAATTTTCTGCCAAGTGTTGCTGTCATTTCA 509
Query 480 ATGGACAATTATAATGATGCCAGTCGAATTGTTGATGGAAACTTTGATGATCCACGGTTA 539
|||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 510 ATGGACAATTATAATGATTCTAGTCGGATTGTTGATGGGAACTTTGATGATCCACGGTTA 569
Query 540 ACGGACTATGACACATTGCTCAAGAATCTTGAAGATTTAAAGGAAGGAAAGCAGGTTGAG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 570 ACGGACTATGACACATTGCTCAAGAATCTTGAAGACTTAAAGGAAGGAAAGCAGGTTGAG 629
Query 600 GTTCCCATTTATGATTTTAAGTCCAGCTCTCGTATTGGATACAGGACCCTTGATGTCCCA 659
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 GTTCCTATTTATGATTTTAAGTCCAGCTCTCGTGTTGGATACAGGACCCTTGATGTCCCA 689
Query 660 GCTTCTCGGATTGTGATTATTGAAGGAATCTATGCTTTGAGTGAAAAACTGCGTCCTTTA 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 690 CCTTCTCGGATTGTGATTATTGAAGGAATCTATGCTTTGAGTGAAAAACTGCGACCTTTA 749
Query 720 TTGGATCTCCGTGTGTCTGTTACTGGTGGAGTTCATTTCGACCTTGTTAAACGGGTTCTC 779
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 750 TTGGATCTTCGTGTGTCTGTTACTGGTGGAGTTCATTTTGACCTTGTTAAACGGGTTCTC 809
Query 780 CGTGATATACAACGTGCAGGTCAACAGCCAGAGGAGATTATCCATCAGATATCTGAAACG 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 CGTGATATACAACGTGCAGGTCAACAGCCAGAGGAGATTATCCATCAGATATCTGAAACA 869
Query 840 GTATACCCGATGTACAAAGCTTTCATAGAGCCAGATCTCCAGACTGCTCAAATCAAAATC 899
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 GTATACCCGATGTACAAAGCTTTCATTGAGCCAGATCTCCAGACTGCTCAAATCAAAATC 929
Query 900 ATTAATAAATTTAACCCCTTCACTGGTTTTCAGAGCCCGACTTACATCTTGAAGTCAAGA 959
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 ATTAATAAATTCAACCCCTTCACTGGTTTTCAGAGCCCGACTTACATCTTGAAGTCAAGA 989
Query 960 AAGGATGTATCTGTTGATCAGATCAAGGCGGTCCTTGCTGATGGACATACAGAGACCAAG 1019
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 990 AAGGAGGTATCTGTTGATCAGATCAAGGCGGTCCTTTCTGATGGACATACAGAGACTAAG 1049
Query 1020 GAAGAGACTTATGATATATATCTTCTTCCTCCGGGTGAAGATCCAGAGTCGTGCCAATCA 1079
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1050 GAGGAGACCTATGATATATATCTTCTTCCTCCGGGTGAAGATCCAGAGTCGTGCCAATCA 1109
Query 1080 TATTTGAGGATGCGGAATAAAGATGGAAAGTACAGCCTTATGTTTGAGGAATGGGTTACG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 TATTTGAGGATGCGGAATAAAGATGGAAAGTACAGCCTTATGTTTGAGGAATGGGTTACG 1169
Query 1140 GATACTCCTTTTGTCATATCCCCAAGGATTACTTTTGAAGTCAGTGTTCGCCTACTTGGT 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 GATACTCCTTTTGTCATATCCCCAAGGATTACATTTGAAGTCAGTGTTCGCCTACTTGGT 1229
Query 1200 GGGCTCATGGCATTGGGATACACAATAGCAACTATACTTAAAAGGAACAGTCATGTATTT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1230 GGGCTCATGGCATTGGGATACACAATAGCAACTATACTTAAAAGGAACAGCCATGTATTT 1289
Query 1260 GCTACTGATAAGGTGTTTGTGAAAATCGATTGGCTTGAGCAACTGAATCGTCACTACATG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 GCTACTGATAAGGTGTTTGTGAAAATCGATTGGCTTGAGCAACTGAATCGTCACTACATG 1349
Query 1320 CAGGTGCAAGGTAAAGATCGGCAACTTGTACAGAGTACTGCAGAGCAGCTAGGATTGGAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 CAGGTGCAAGGTAAAGATCGGCAACTTGTACAGAGTACTGCAGAGCAGCTAGGATTGGAA 1409
Query 1380 GGATCATTCATTCCACGCACCTATATTGAACAGATCCAATTGGAAAAACTAATAAATGAA 1439
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1410 GGATCGTTCATTCCACGCACCTATATTGAACAGATCCAACTCGAAAAACTAATAAATGAA 1469
Query 1440 GTAATGGCCCTACCAGATGATCTAAAGAACAAGCTTAGCTTAGATGAGGATTTGGTGTCT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 GTAATGGCCCTACCAGATGATCTAAAGAACAAGCTTAGCTTAGATGAGGATTTGGTGTCT 1529
Query 1500 AGTTCAAGCCCTAAGGAAGCACTCTTACGAGCGTCTGCAGATAGAGTAGCCATGAGAAAT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 AGTTCAAGCCCTAAGGAAGCACTCTTACGAGCGTCTGCAGATAGAGTAGCCATGAGAAAT 1589
Query 1560 AAGAACCTCAAAAGAGGCATGTCACACTCATATTCAACCCAAAGAGATAAGAATCTGTCG 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1590 AAGAACCTCAAAAGAGGCATGTCACACTCATATTCAACCCAAAGAGATAAGAATCTGTCC 1649
Query 1620 AAGCTTGCTGGTTATTCTTCAAGCGATAGGAGGTACGAAGAAAGAAATCACGACTCGCCA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 AAGCTTGCTGGTTATTCTTCAAGCGATAGGAGGTACGAAGAAAGAAATCACGACTCGCCA 1709
Query 1680 GCGAACGAGGGGTTTATGACTCAGCTTTCAGAACAAATATCATCTCTCAACGAGAGAATG 1739
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 GCGAACGAGGGGTTTATGACTCTGCTTTCAGAACAAATATCATCTCTCAACGAGAGAATG 1769
Query 1740 GATGAGTTCACAAGTCGGATCGAAGAGCTAAATTCAAAGTTGAGCTGCAACAAAAACTCT 1799
||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1770 GATGAGTTCACAAGTCGAATTGAAGAGCTCAATTCAAAGTTGAGCTGCAATAAAAACTCT 1829
Query 1800 CCAACACAGCAGAGCTTGTCAATCCAAACTGAAGTCTGCAATGGGTCAGCTCCTACTTCG 1859
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 CCAACACAGCAGAGCTTGTCAATCCAAACCGAAGTCTGCAATGGGTCAGCTCCTACTTCG 1889
Query 1860 TATTTCATTTCTGGTCTGGACAATGGCTGCCTGACAAATTCCATAATGCCCCATTCATCA 1919
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 TATTTCATTTCTGGTCTGGACAATGGCTGCTTGACAAATTCCATAATGCCCCATTCATCA 1949
Query 1920 TCATCCTCCCAATTAGCCAAGGATTCACCATTAATGGAAGAGATATCAACCATTTCACGT 1979
|| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1950 TCCTCCTCCCAACTAGCCAAGGATTCACCCTTAATGGAAGAGATATCGACCATATCACGA 2009
Query 1980 GGACAACGTCAAGTCATGCATCAGTTGGATAATTTGTGCAATCTGATGAGGGAAAGCTCA 2039
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2010 GGACAGCGTCAAGTTATGCATCAGTTGGATAATTTGTGCAATCTGATGAGGGAAAGCTCA 2069
Query 2040 GCGGAAAGGTCACGCCTAGCAAGAACAGGGAGCAGCAATAGCAGTAACAGAGGCAGATCA 2099
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2070 GCAGAAAGGTCACGCCTAGCAAGAACAGGGAGCAGCAATAGCGGTAACAGAGGCAGATCA 2129
Query 2100 AGCAAAAGCTCCTTCTTGTCCAATGTGGAATCTAGGAAGCTCCCTCTCATGTTAACCGTG 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2130 AGCAAAAGCTCCTTCTTGTCCAATGTGGAATCTAACAAGCTCCCTCTTGTGTTAACCGTG 2189
Query 2160 GCTTTTTGCAGCATAGGCATCGTAGTGATCAAGAGCTACATTAGCAAGCGGCAATAACAT 2219
||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2190 GCTATTTGCAGCATAGGTATTATAGTGATCAAGAGCTACATTAACAAGCGGCAATAACAT 2249
Query 2220 CTATTAACCACTATGGAtcttctcttctttttt-gttcttttcttttggtatttttctCA 2278
|||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2250 CTATTAGCCACTATGGGTTTTCTCTTCTTTTTTTGTTCTTTTGTTTTGGTATTTTTCTCA 2309
Query 2279 CTGGAGGCGTTTTGTGAGCTTCCCTGGTTTCTCTACGTAGACAATGACGCCAGTTCTCTT 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2310 CTGGAGGCGTTTTGTGAGCTTCCCTGGTTTCTCTACGTAGACAATGACGCCAGTTCTCTT 2369
Query 2339 CCCCTAAATTAGTCGTTTGGAAGACATTCTCGATTAATTTATTCAATAAAGTTTAG-TTT 2397
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2370 CCCCTAAATTAGTCGTTTGGAAGACGTTCTCGATTA-TTTATTCAATAAAGTTTAGGTTT 2428
Query 2398 TTA 2400
|||
Sbjct 2429 TTA 2431
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119176093830
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5