BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472815
Length=2932
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G25540.1 | Symbols: PFT1 | phytochrome and flowering time re... 4381 0.0
> AT1G25540.1 | Symbols: PFT1 | phytochrome and flowering time
regulatory protein (PFT1) | chr1:8969065-8974660 REVERSE LENGTH=3052
Length=3052
Score = 4381 bits (2372), Expect = 0.0
Identities = 2746/2920 (94%), Gaps = 52/2920 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 AAATTCCAA--GGCGAGAGACTGAATTTGCGTTTGATTCACGT--C-ACAACGCTCAGAG 99
||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 152 AAATTCCAAGGGGAGAGAGACTGAATTTTCTTTTGATTCACGTAACAACAACGCTCAGAG 211
Query 100 ACTATGTCGTCGGAGGTGAAACAGCTGATCGTCGTTGCTGAAGGCACCGCCGCTTTGGGT 159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 ACTATGTCGTCGGAGGTGAAACAGCTGATCGTCGTTGCTGAAGGCACCGCCGCTTTGGGT 271
Query 160 CCTTATTGGCAAACCATCGTCTCCGACTATCTCGAGAAAATCATCAGGTCTTTCTGTGGC 219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 CCTTATTGGCAAACCATCGTCTCCGACTATCTCGAGAAAATCATCAGGTCTTTCTGTGGC 331
Query 220 AGTGACTTAAATGGAGAGAGGAACCCTGTTTCTACTGTTGAGCTATCACTGGTGATCTTC 279
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 AGTGAGTTAAATGGAGAGAGGAACCCTGTTTCTACTGTTGAGCTATCACTGGTGATCTTC 391
Query 280 AATTCTCATGGTTCATACTGTGCTTGCTTGGTACAACGGAGTGGCTGGACCAGAGATGTT 339
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 392 AATTCTCATGGTTCATATTGTGCTTGCTTGGTACAACGGAGTGGCTGGACAAGGGATGTT 451
Query 340 GATATTTTCTTGCATTGGCTTTCGTCCATACAATTTGGTGGTGGTGGTTTCAATGAGGTT 399
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 GATATTTTCTTGCATTGGCTTTCTTCCATACAATTTGGTGGTGGTGGTTTCAATGAGGTT 511
Query 400 GCCACAGCTGAAGGGCTTGCCGAAGCATTGATGATGTTTTCTCCTCCTTCAGGCCAAGCT 459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 GCCACAGCTGAAGGGCTTGCCGAAGCATTGATGATGTTTTCTCCTCCTTCAGGCCAAGCT 571
Query 460 CAACCAAGTAACGATCTGAAAAGACACTGTATCCTAATCACAGCCAGCAACCCTCACACA 519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 572 CAACCAAGTAACGATCTGAAAAGACACTGTATCCTAATCACAGCCAGCAATCCTCACATA 631
Query 520 TTGCCAACACCTGTATTTCGCCCACGATTGCAAAGTATGGAACGGAATGAAAATGGTGAT 579
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 632 TTGCCAACACCTGTATATCGTCCACGATTGCAAAATGTGGAACGGAATGAGAATGGTGAT 691
Query 580 GCGCAAGCTGAAAGTCGATTATCAGATGCTGAGACAGTGGCTTCATATTTTGCTAAGTGT 639
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 GCGCAAGCTGAGAGTCGATTATCAGATGCTGAGACAGTGGCTTCATATTTTGCTAAGTGT 751
Query 640 TCTGCTTCTTTGTCTGTTGTGTGTCCAAAGCAGCTTCCAA-AGATTAGAGCACTATACAA 698
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 752 TCTGTTTCTTTGTCTGTTGTATGTCCAAAGCAGCTTCCAACA-ATTAGAGCACTATACAA 810
Query 699 TGCGGGAAAGCTCAATCCACAAAGTGCTGACTTGTCGATTGACACGGCTAAGAACACATT 758
||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 TGCGGGAAAGCCCAATCAACAAAGTGCGGACTTGTCAATTGACACGGCTAAGAACACATT 870
Query 759 CTATCTTGTCCTAATCTCAGAGAATTTTGTGGAGGCACGTGCTGCCTTAAGTCATTCTGC 818
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 CTATCTTGTCCTGATCTCGGAGAATTTTGTGGAGGCATGTGCTGCCTTAAGTCATTCTGC 930
Query 819 TACAAATTTGCCACAGACCCAGAGCCCTGTGAAAGTGGACCGGGCCACTGTTGCTCCATC 878
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 931 TACAAATTTGCCACAGACTCAGAGCCCTGTGAAAGTGGACAGGGCCACTGTTGCTCCATC 990
Query 879 TCTTCCAGTCACTGGGCAACCTCCAGCTCCTGTGACATCAGCCAATGGACCTATTCAGAA 938
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 TATTCCAGTCACTGGGCAACCTCCAGCTCCTGTGTCATCAGCCAATGGACCTATTCAGAA 1050
Query 939 TCGGCAACCAGTTTCTGTTGGACCAGTGCCAACTGCTACTGTGAAAGTTGAGCCTAGCAC 998
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 TCGGCAACCAGTTTCTGTTGGACCAGTTCCAACTGCTACTGTGAAAGTTGAGCCTAGCAC 1110
Query 999 CGTAACTTCTATGGCACCAGTTCCTAATTTTCCCCATATCCCGTCTGTAGCTCGGCCTGC 1058
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1111 CGTAACTTCTATGGCACCAGTTCCTAGTTTTCCCCATATCCCGGCTGTAGCTCGGCCTGC 1170
Query 1059 TACACAACCAATTCCTTCAATTCAAACATCTTCAGCATCACCAGTTTCTCAAGATATGGT 1118
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1171 TACACAAGCAATTCCTTCGATTCAAACATCTTCAGCATCACCAGTTTCTCAGGATATGGT 1230
Query 1119 CACCAACGCTGAGAATGCACCAGATATTAAGCCTGTGGTGGTGGGTGGAATGACGCCACC 1178
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1231 CAGCAACGCCGAGAATGCACCAGATATTAAGCCTGTGGTGGTCAGTGGAATGACGCCACC 1290
Query 1179 ATTGCGTACTGGTCCTCCTGGTGGAGCCAATGTAAATCTGCTTAATAATCTTTCTCAAGT 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 ATTGCGTACTGGTCCTCCTGGTGGAGCCAATGTAAATCTGCTTAATAATCTTTCTCAAGT 1350
Query 1239 TCGACAAGTCATGAGCTCTGCAGCTCTGGCAGGTGCAGCCTCATCGGCTGGGCAAAGTGC 1298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1351 CCGACAAGTCATGAGCTCTGCAGCTCTGGCAGGTGCAGCCTCATCGGTTGGGCAAAGTGC 1410
Query 1299 GGTTGCAATGCATATGTCAAATATGATATCAACAGGAATGGCTACATCTTTGCCTCCTTC 1358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 GGTTGCAATGCATATGTCAAATATGATATCAACAGGAATGGCTACATCTTTGCCTCCTTC 1470
Query 1359 ACAAACTGTGTTTTCAACTGGACAGCAGGGAATTACTTCAATGGCTGGTTCAGGTGCACT 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1471 ACAAACTGTGTTTTCAACTGGACAGCAGGGAATTACTTCAATGGCTGGTTCGGGTGCACT 1530
Query 1419 AATGGGATCTGCACAAACGGGACAAAGCCCGGGTCCTAATAATGCCTTTAGTCCTCAAAC 1478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 AATGGGATCTGCACAAACGGGACAAAGCCCGGGTCCTAATAATGCCTTTAGTCCTCAAAC 1590
Query 1479 AACGTCAAATGTTGCTTCAAACCTTGGTGTTTCACAACCAATGCAAGGGATGAACCAAGG 1538
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 AACGTCAAATGTCGCTTCAAACCTTGGTGTTTCACAACCAATGCAAGGGATGAACCAAGG 1650
Query 1539 AAGTCATTCTGGAGCAATGATGCAAGGTGGCATTTCCATGAACCAAAACATTATGAGTGG 1598
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1651 AAGTCATTCTGGAGCAATGATGCAAGGTGGAATTTCCATGAACCAAAACATGATGAGTGG 1710
Query 1599 TCTCGGTCAAGGAAATGTCTCCTCTGGAACTGGTGGAATGATGCCTACTCCAGGAGTTGG 1658
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 TCTTGGTCAAGGAAATGTCTCCTCTGGAACAGGTGGAATGATGCCTACTCCAGGAGTTGG 1770
Query 1659 CCAACAAGCGCAATCAGGAATACAACAACTTGGTGGAAGTAACAGCTCAGCTCCTAATAT 1718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 CCAACAAGCGCAATCAGGAATACAACAACTTGGTGGCAGTAACAGCTCAGCTCCTAATAT 1830
Query 1719 GCAGTTGTCACAGCCCTCATCGGGGGCTCTACAGACTTCACAATCCAAATATGTAAAAGT 1778
|||| | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1831 GCAGCTATCACAGCCATCATCGGGGGCTATGCAGACTTCACAATCCAAATATGTGAAAGT 1890
Query 1779 CTGGGAGGGAAATTTATCTGGGCAAAGGCAAGGGCAGCCTGTTCTTATCACCAGACTTGA 1838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 CTGGGAGGGAAATTTATCTGGGCAAAGGCAAGGGCAGCCTGTTCTTATCACCAGACTTGA 1950
Query 1839 GGGTTACCGAAGTGCTTCTGCCTCTGATTCGTTGGCAGCAAATTGGCCACCAACTATGCA 1898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1951 GGGTTACCGAAGTGCTTCTGCCTCTGATTCGTTGGCAGCAAACTGGCCACCAACTATGCA 2010
Query 1899 GATTGTTCGTCTCATTTCCCAGGATCATATGAATAACAAGCAATATGTTGGCAAAGCTGA 1958
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2011 GATTGTTCGTCTCATATCCCAGGACCATATGAATAACAAGCAATATGTTGGCAAAGCTGA 2070
Query 1959 CTTCCTTGTGTTTCGGGCCATGAGTCAACATGGGTTCTTAGGACAACTTCAGGATAAAAA 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 CTTCCTTGTGTTTCGGGCCATGAGTCAACATGGGTTCTTAGGACAACTTCAGGATAAAAA 2130
Query 2019 GCTTTGTGCAGTCATCCAGTTGCCATCGCAGACGCTTCTTCTCTCTGTCTCTGACAAGGC 2078
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131 GCTTTGTGCAGTCATCCAGTTGCCATCACAGACGCTTCTTCTCTCTGTCTCTGACAAGGC 2190
Query 2079 TTGCCGCTTGATTGGAATGCTTTTCCCAGGGGATATGGTTGTGTTTAAACCACAAATTCC 2138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 TTGCCGCTTGATTGGAATGCTTTTCCCAGGGGATATGGTTGTGTTTAAACCACAAATTCC 2250
Query 2139 AAATCCgcaacagcagcagcaacaacagctccaacagcagcaccagcaacaacagcagat 2198
||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 2251 AAATCAGCAACAGCAGCAGCAACAACAACTCCACCAGCAACAACAACAACAACAGCAGAT 2310
Query 2199 ccagcagcagcagcaacaacaacaacacctccaacagcaacagatgccacaactccagca 2258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311 CCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACACCTCCAACAGCAACAGATGCCACAACTCCAGCA 2370
Query 2259 gcaacaacaacaaca--a-ca-c--cag---cagca--a-caga-tgccacaactccagc 2305
|||||||||||||| | || | ||| ||||| | || | || |||| ||||| |
Sbjct 2371 ACAACAACAACAACACCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCATCA-ATTGTCACAGCTCCAAC 2429
Query 2306 agcagcagcagcatcagttgtc-acagctccaacatcatcagcagcagc-a---aca-a- 2358
| || |||||||| || | ||||| ||||| || |||||||| | | ||| |
Sbjct 2430 ATCATCAGCAGCAACA-ACAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCATCAATTGACACAG 2488
Query 2359 caacaacagcagcaacagcagcagcatcaattgacacagcttcaacaccaccatcagcag 2418
| ||||| || || ||||||||||| || | | | || | | | || || ||||
Sbjct 2489 CTTCAACACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGGCGTCGCCGC-T-GA-ATCA-GAT--GCAG 2542
Query 2419 cagcagACGTCGCCGCTGAATCAGATGCAGCAGCAGACCTCGCCACTGAATCAGATGCAG 2478
|||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2543 CAGCAGACTTCGCCGCTCAATCAGATGCAGCAACAGACTTCGCCTCTGAATCAGATGCAG 2602
Query 2479 CAGCAACAGCAGCCTCAACAGATGGTAATGGGTGGTCAAGCTTTTGCTCAAGCCGCGGGA 2538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||
Sbjct 2603 CAGCAACAGCAGCCTCAACAGATGGTAATGGGTGGTCAAGCTTTTGCACAAGCCCCTGGA 2662
Query 2539 AGATCACAACAAGGTGGTGGAGGAGGACAGCCTAACATGCCGGGAGCTGGCTTCATGGGA 2598
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2663 AGATCACAACAAGGTGGTGGTGGAGGGCAGCCTAACATGCCTGGAGCTGGCTTCATGGGA 2722
Query 2599 TAAATAAAGATATCATCTTCAGTGCTAATTAATTAGTTAGATTCATCATAACTTAAAATT 2658
|||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||
Sbjct 2723 TAAATAAAAATATCAGCTTCAGTGCTAATTAATTAGAT---TT-ATCATAACTTAACATT 2778
Query 2659 CTTTCTTTCTTCTTTGGTCAACTCGATCGTCGCCATGGTTTTAGACTCTGTTTAGTTCTC 2718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2779 CTTTCTTTCTTCTTTGGTCAACTCGATCGTCGCCATGGTTTTAGACTCTGTTTAGTTGTC 2838
Query 2719 CCTCCTCTCTCTGTTCTTTTGAGCCTGAAAATGGCATGTCCTATT----ATGGGTCTGAC 2774
| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2839 C-T--T-TCT--GTTCTTTTGAGCCTGAAAATGGCATGTCCTATTCTGTATGGGTCTGAC 2892
Query 2775 CATTTAGCTGCGGCACCAAACTATTTTGTTATGTTCTTTAGATAAA--GACAAAAACGTG 2832
||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| || ||||| |||
Sbjct 2893 CATTTAGCTACGGCACCAAACTATTTTGTCATTTTCTTAAGATAAATAGAAAAAAA-GTG 2951
Query 2833 GATGATTTCTATTTTGTTGTTGTTTCTACAGGCTGATAAGAACTTTTTATCTAGCTTTTT 2892
||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2952 GATGATTTCTATTTTGTTGGTGTTTCTATATGCTGATAATAACTTGTTATCTAGCTTTTT 3011
Query 2893 ATTTGATTGACAAGGAAATAAAGGATCAAAACCATTTCAT 2932
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3012 ATTTGATTGACAAGGAAATAAAGGATCAAACCCATTTCAT 3051
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145734969415
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5