BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472840
Length=2597
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G25350.2 | Symbols: OVA9 | glutamine-tRNA ligase, putative /... 4135 0.0
AT5G19720.1 | Symbols: | Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthe... 87.9 4e-16
> AT1G25350.2 | Symbols: OVA9 | glutamine-tRNA ligase, putative
/ glutaminyl-tRNA synthetase, putative / GlnRS, putative |
chr1:8889137-8894261 REVERSE LENGTH=2602
Length=2602
Score = 4135 bits (2239), Expect = 0.0
Identities = 2472/2582 (96%), Gaps = 26/2582 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAACCCTAAGGAGGTCTCATTTCTCGTTTCTGTTACTTTGTCAGCTTCGTCGCCATGGTT 60
||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4 AAACCCTAAGGTGGTCTCACTT-TCGTTTCTGTTACTTTGTCAGTTTCGTCGCCATGGTT 62
Query 61 CTCAAAGACGATAACTCCGACAAATCTGTCGAGCTCTTCCTTAGCATTGGTTTGGACGAG 120
|||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 63 CTCAAAGACGATAACTCCGAGAAATCTATTGAGCTCTTCATTAGTATTGGTTTGGACGAG 122
Query 121 AAAACAGCTCGTAATACCATTAACAACAACAAGGTCACCGCCAATCTCACCGCCGTTATC 180
|||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 AAAACAGCTCGTAATACCATCAATAATAACAAGGTCACCGCCAATCTCACCGCCGTTATC 182
Query 181 CACGAGGCTGCTGTTACTGATGGGTGCGATCGAAATACTGGAAATCTTTTGTACTCGGTC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 183 CACGAGGCTGCTGTTACTGATGGGTGCGATCGAAATACTGGCAATCTGTTATACTCGGTC 242
Query 241 GCTACTAAGTACCCTGCAAATGCTCTTGTGCATCGTCCTACATTGCTCAAGTACATTGTT 300
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GCTACTAAGTTCCCTACAAATGCTCTTGTGCATCGCCCTACATTGCTCAAGTACATTGTT 302
Query 301 ACCTCTAAGATTAAGACTCCAGCCCAATTGGAAGCTGCATTTGCCTTTTTTGCCAATACC 360
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 303 AACTCTAAGATTAAAACTCCAGCCCAATTGGAAGCTGCATTTGCCTTTTTTGCCAGTACC 362
Query 361 GGTTCTGAGGACTTTAAGCTGAATGAGTTTGAAGAGGCATGTGGTGTTGGGATTGAAGTT 420
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 GGTCCTGAGGACTTTAAGCTGAATGAGTTTGAAGAGGCATGTGGTGTTGGGATTGAAGTT 422
Query 421 TCCCCAGAAGATATTGAGAAAGCAGTTAAGGGAATCTTTGAAGACAATAAGACAACAATA 480
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 423 TCCCCAGAAGATATTGAGAAAGCAGTTAAAGGAATCTTTGAAGAGAATAAGAAAACAATA 482
Query 481 TTGGAGCAGCGCTATCGAACTAATGTGGGTGAATTATTTGGACATGTCCGGAAAATTTTG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 483 TTGGAGCAGCGCTATCGAACTAATGTGGGTGAATTATTTGGACATGTCCGGAAAAGTTTG 542
Query 541 CCATGGGCAGATCCTAAGATTGTAAAGAAACTCATAGATGAAAAAATGTATGAACTGCTT 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 543 CCATGGGCCGATCCTAAGATTGTAAAGAAACTCATAGATGAGAAAATGTATGAGCTGCTT 602
Query 601 GGTGAGAAAACTGCTGCTGATAACgaaaaacctacaaaaaagaaggagaagaaggagaag 660
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 GGTGAGAAAACCGCTGCTGATAATGAAAAACCTACAAAAAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAG 662
Query 661 cctaccaaagtcgaggaaaagaaagCTGTTATGGAAACTACCGCAGAGCCATCTGAAGAG 720
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 CCTGCCAAAGTCGAGGAAAAGAAAGCTGTGGTGGAAACTACCGCAGAGCCATCTGAAGAG 722
Query 721 GAGCTTAATCCATATACTATATTCCCTCAGCCAGAGCAAAATTTTATGGTTCACACAGAA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 GAGCTTAATCCATATACTATATTCCCTCAGCCAGAACAAAATTTTATGGTTCACACAGAA 782
Query 781 GTGTTTTTCAGTGATGGCTCTATTCTCAGATGTAGCAATACAAAGGAAGTGCTTGACAAA 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 783 GTGTTTTTCAGTGATGGCTCTATTCTCAGATGTAGCAATACAAAGGAAGTACTTGACAAA 842
Query 841 CATCTCAAGGTGACTGGAGGGAAAGTTTATACTCGGTTCCCCCCTGAACC-AA------A 893
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 843 CATCTCAAGGTGACTGGAGGGAAAGTTTATACTCGGTTCCCCCCTGAACCAAATGGGCTA 902
Query 894 TGG--TTA---TC---TAC-AT-ATTGGACATGCCAAGGCTATGTTTGTTGATTTTGGTC 943
||| ||| || | | || ||| || | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TGGTTTTATGTTCGTTTCCAATGCTTGTAC-TTCC-AGGCTATGTTTGTTGATTTTGGTC 960
Query 944 TTGCAAAGGAGCGAGGGGGCTGCTGTTATCTAAGGTATGATGATACAAATCCAGAGGCAG 1003
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTGCAAAGGAGCGAGGGGGTTGCTGTTATCTAAGGTATGATGATACAAATCCAGAGGCAG 1020
Query 1004 AAAAGGAAGAGTATATTAATCACATTGAAGAAATTGTT-AGCTGGATGGGTTGGGAACCC 1062
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAAAGGAAGAGTATATTAATCATATTGAAGAAATTGTTAAG-TGGATGGGTTGGGAACCC 1079
Query 1063 TTCAAGATTACATACGCCAGTGATTATTTCCAGGAACTGTATGATTTGGCAGTGGAGTTA 1122
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TTCAAGATTACATACACCAGTGATTATTTCCAGGAACTGTATGATTTGGCAGTGGAGTTG 1139
Query 1123 ATTCGGAGAGGTCGTGCTTATGTTGATCATCAGACTGGC-GATGAGATAAAAGAGTACAG 1181
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATTCGGAGAGGTCATGCTTATGTTGATCATCAGACT-GCTGATGAGATAAAAGAGTACAG 1198
Query 1182 AGAGAAGAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGACAGGCCTATTGAAGAATCTCTAAAACTTTT 1241
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGAGAAGAAAATGAACAGCCCCTGGAGGGACAGACCTATTGAAGAATCTCTAAAACTTTT 1258
Query 1242 TGACGAAATGAGACGAGGCATGATTGAGGAAGGGAAGGCAACCCTAAGAATGAAGCAAGA 1301
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGATGAAATGAGACGAGGCATCATTGAGGAAGGGAAGGCAACCCTAAGAATGAAGCAAGA 1318
Query 1302 TATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCCTATCGAATAAAGTTCGCACC 1361
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGATCTTATTGCCTATCGAATAAAGTTCGCACC 1378
Query 1362 TCATCCTAAGGCTGGTGACAAGTGGTGTATCTATCCGAGTTATGATTATGCCCACTGCAC 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TCATCCTAAGGCTGGTGACAAGTGGTGTATCTATCCGAGTTATGATTATGCCCACTGCAC 1438
Query 1422 TGTTGATTCTCTTGAGAATATAACGCATTCGCTCTGTACTCTTGAATTTGAAACCCGGCG 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TGTTGATTCTCTTGAGAATATAACGCATTCGCTCTGTACTCTTGAATTTGAAACCCGGCG 1498
Query 1482 TGCTTCATACTATTGGCTGTTACATTCTCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATA 1541
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGCTTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATA 1558
Query 1542 TTCACGGTTGAATGTGACAAATACTGTAATGTCCAAGCGTAAGTTGAATTACATAGTGAC 1601
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGTTGAATTACATAGTGAC 1618
Query 1602 AAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGGCG 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1619 AAACAAGTATGTTGATGGTTGGGATGATCCACGTCTTTTGACACTTTCTGGTTTGAGACG 1678
Query 1662 GAGGGGTGTGACTTCAACTGCGATTAATGCATTTGTACGAGGAATTGGGATTACCAGAAG 1721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1679 GAGGGGTGTGACTTCAACTGCGATTAATGCATTTGTACGAGGCATTGGGATTACTAGAAG 1738
Query 1722 TGATGGTAGCATGATACATGTGAGTCGTCTTGAGCACCATATTAGAGAGGAATTGAATAA 1781
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TGATGGTAGCATGATACACGTAAGTCGTCTTGAGCATCATATTAGAGAGGAATTGAATAA 1798
Query 1782 AACAGCTCCTCGCACTATGGTGGTGCTTAATCCTCTTAAAGTGGTCATCACCAATTTGGA 1841
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AACAGCCCCTCGCACCATGGTGGTGCTTAATCCTCTTAAAGTGGTCATCACCAATTTGGA 1858
Query 1842 ATCAGACAAGGTTATAGAGCTTGATGCCAAAAGGTGGCCTGATGCTCAGAACGATGATCC 1901
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ATCAGACAAGCTTATAGAGCTTGATGCCAAAAGGTGGCCTGATGCTCAGAACGATGATCC 1918
Query 1902 CTCGGCATTCTACAAGGTACCGTTCTCGAGAGTTGTATACATTGATCAATCTGACTTCCG 1961
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1919 CTCAGCATTCTACAAGGTACCGTTCTCTAGAGTTGTATACATTGACCAATCTGACTTCCG 1978
Query 1962 AATGAAGGATTCAAAAGATTATTATGGGCTCGCCCCTGGTAAATCTATCTTGCTAAGATA 2021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1979 AATGAAGGATTCAAAAGATTATTATGGGCTCGCCCCTGGTAAATCTGTTTTGCTAAGATA 2038
Query 2022 TGCTTTCCCAATCAAGTGCACCAATGTTGTCTTTGCTGATGACAATGAAACCGTTCGTGA 2081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TGCTTTCCCAATCAAGTGCACCAATGTTGTCTTTGCTGATGACAATGAAACCGTTCGTGA 2098
Query 2082 AATTCATGTGGAATATGACCCTGAGAAAAAGTCAAAGCCAAAGGGGGTTCTACACTGGGT 2141
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GATTCATGCGGAATATGACCCCGAGAAAAAGTCAAAGCCAAAGGGGGTTCTACACTGGGT 2158
Query 2142 CGCTGAATCTTCCCCAGGAAAAGAGCCCATAAAGGTTGAAGTCCGATTATTTGAGAAACT 2201
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CGCTGAATCTTCCCCAGGAGAAGAGCCCATAAAGGTGGAAGTCCGATTATTTGAGAAACT 2218
Query 2202 CTTTAACTCCGAGAACCCGGCTGAACTCAATAATGATTGGCTCACCGACATTAACCCAAA 2261
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2219 CTTTAACTCCGAGAACCCGGCTGAACTCAATGATGCTTGGCTCACTGACATTAACCCAAA 2278
Query 2262 CTCCAAAGTGGTAATTTCTGGTGCCTATGCTGTATCAACCCTTAAAGATGCTGCAGTCGG 2321
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2279 CTCTAAAATGGTAATTTCTGGTGCCTATGCTGTATCAACCCTTAAAGATGCTGCAGTTGG 2338
Query 2322 GGACAGATTCCAATTCGAGAGGCTAGGTTATTACGCGGTGGACAAGGACTCTGAGCCAGG 2381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GGACAGATTCCAATTCGAGAGGCTAGGTTATTACGCGGTGGACAAGGACTCTGAGCCAGG 2398
Query 2382 AAAGCTTGTGTTTAACCGGACGGTCACGCTCAGAGACAGCTATGGGAAAGGTGGAAAGTA 2441
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2399 AAAGCTTGTGTTCAACCGGACGGTCACACTCAGAGACAGCTACGGGAAAGGTGGAAAGTA 2458
Query 2442 AAACACTCCACCCATATTAACACTTTGTTGGTGAAAACTCCCCC-AAAGGGGTT-ATAAC 2499
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| || |||||
Sbjct 2459 AAACACTCCACCCATATTAACATTTTGTTGGTCAAAATTCCCCCGAAAGGGTTTTATAAC 2518
Query 2500 AACAGTAAATGAAATCGTTTGGTTTGATACGCACATTGTGCAACAGTTAGTTTTTTATTT 2559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2519 AACAGTAAATGAAATCGTTTGGTTTGATACGCACATTGTACAACAGTTGGTTTTTTATTT 2578
Query 2560 CT 2561
||
Sbjct 2579 CT 2580
> AT5G19720.1 | Symbols: | Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase,
anti-codon-binding domain | chr5:6667664-6668587 FORWARD
LENGTH=513
Length=513
Score = 87.9 bits (47), Expect = 4e-16
Identities = 79/94 (84%), Gaps = 3/94 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2347 GGTTATTACGCGGTGGACAAGGACTCTGA-GCCAGGAAAGCTTGTGTTTAACCGGACGGT 2405
||||||||| |||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GGTTATTACACGGTTGACAAAGACTCT-ATCCCGGGAAAGCTTGTGTTTAACCGGACGGT 476
Query 2406 CACGCTCAGAGACAGCTATGGGAAAGGTGG-AAA 2438
||| |||| ||| |||| ||||||||| |||
Sbjct 477 CACACTCAAAGATGGCTACAAGAAAGGTGGGAAA 510
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128929043510
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5