BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472928
Length=3573
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G27320.1 | Symbols: AHK3, HK3 | histidine kinase 3 | chr1:94... 5818 0.0
> AT1G27320.1 | Symbols: AHK3, HK3 | histidine kinase 3 | chr1:9487780-9492572
FORWARD LENGTH=3562
Length=3562
Score = 5818 bits (3150), Expect = 0.0
Identities = 3450/3589 (96%), Gaps = 43/3589 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGTCTGTTCCATGTGCTAGGGTTTGGTGTCAAGATTGGGCATCTCTTCTGGATGCTA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGTCTGTTCCATGTGCTAGGGTTTGGTGTCAAGATTGGGCATCTCTTCTGGATGCTA 60
Query 61 TGCTGCTGGTTTGTTTCTTGGTTCGTTGATAATGGGATCGAGGACAACAAGTCTGGTCTT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 TGCTGCTGGTTTGTTTCTTGGTTCGTTGATAATGGGATCGAGG---ACAAGTCTGGTCTT 117
Query 121 TTGA-TTGGCTCTGTCGGTGATCTTGAGAAGACGAAGATGACAACGATGAAGAAGAAGAA 179
|| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 118 TT-AGTTGGCTCTGTCGGTGATCTTGAGAAGACTAAGATGACTACGTTGAAGAAGAAGAA 176
Query 180 TAAGATGTGGTTCTGGAATAAGATCTCCAGCAGTGGACTCAAGATCCCGAGTTTCTCTTA 239
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 CAAGATGTGGTTCTGGAATAAGATCTCTAGCAGCGGACTCAAGATCCCGAGTTTCTCTTA 236
Query 240 TCAGTTTCTTGGCTCAGTTAAATTCAACAAGGCGTGGTGGAGGAAGCTTGTGGTGGTTTG 299
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TCAGTTTCTTGGCTCTGTTAAATTCAACAAGGCGTGGTGGAGGAAGCTTGTGGTGGTTTG 296
Query 300 GGTTGTCTTCTGGGTATTGGTCTCAATATGGATGTTCTGGTACTTTAGCTCTCAAGCTAT 359
||||||||||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 297 GGTTGTCTTCTGGGTCTTGGTCTCTATTTGGACGTTTTGGTACTTTAGCTCGCAAGCTAT 356
Query 360 GGAGAAGAGGAAAGAAACGCTAGCTAGTATGTGCGATGAGAGAGCTCGTATGCTGCAGGA 419
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 GGAGAAGAGGAAAGAGACGCTAGCTAGTATGTGTGATGAGAGAGCTCGTATGCTGCAGGA 416
Query 420 TCAGTTCAACGTTAGCATGAATCATGTTCAAGCCATGTCTATCTTGATCTCAACCTTTCA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 417 TCAGTTCAACGTTAGCATGAATCATGTTCAAGCCATGTCTATCTTGATCTCAACCTTCCA 476
Query 480 CCATGGCAAGATTCCTTCTGCTATCGATCAGAGAACATTCTCAGAGTACACTGATAGAAC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 CCATGGCAAGATTCCTTCTGCTATCGATCAGAGAACATTCTCAGAGTACACTGATAGAAC 536
Query 540 TTCCTTTGAGAGGCCTCTCACGAGCGGGGTCGCATATGCTATGAGGGTGCTCCATTCAGA 599
|||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 TTCCTTTGAGAGGCCTCTTACTAGCGGGGTAGCTTATGCTATGAGGGTGCTCCATTCAGA 596
Query 600 GAGGGAAGAATTCGAGAGGCAACAAGGTTGGACTATTAGGAGGATGTATACTCTTGAACA 659
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 597 GAGGGAAGAGTTCGAGAGGCAACAAGGTTGGACTATTAGGAAGATGTATTCTCTTGAACA 656
Query 660 AAACCCAGTTCACAAGGATGACTATGACCTGGAAGCTTTAGAACCATCCCCTGTTCAAGA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 657 AAACCCAGTTCACAAGGATGACTATGACCTGGAAGCTTTGGAACCATCCCCTGTCCAAGA 716
Query 720 GGAGTATGCTCCAGTCATCTTTGCTCAGGACACTGTTTCTCACGTGGTTTCTCTCGATAT 779
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 717 AGAGTACGCTCCAGTCATCTTTGCTCAGGACACTGTTTCTCACGTTGTTTCTCTCGATAT 776
Query 780 GCTGTCTGGGAAAGAAGATCGTGAAAACGTCTTACGGGCCAGGAGTTCAGGTAAAGGGGT 839
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GCTGTCTGGGAAAGAAGATCGTGAAAACGTTTTGCGGGCCAGGAGTTCAGGTAAAGGGGT 836
Query 840 TTTGACAGCTCCTTTCCCATTGATAAAGACAAATAGACTTGGGGTGATCCTGACATTTGC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTTGACAGCTCCTTTCCCATTGATAAAGACAAATAGACTTGGGGTGATCCTGACATTTGC 896
Query 900 AGTCTACAAGAGAGATCTCCCCTCCAATGCAACGCCAAAAGAGAGAATTGAGGCTACTAA 959
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AGTGTACAAGAGAGATCTCCCCTCCAATGCAACGCCAAAAGAGAGAATTGAGGCTACTAA 956
Query 960 TGGGTATCTTGGTGGAGTGTTTGACATTGAGTCCCTGGTGGAAAACTTGCTTCACCAGCT 1019
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 957 CGGGTATCTCGGGGGAGTGTTTGACATTGAGTCCCTGGTAGAAAACTTGCTTCAACAGCT 1016
Query 1020 GGCTAGCAAGCAAACTATTCTTGTCAATGTATACGATACCACCAATCACTCTCAACCGAT 1079
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GGCTAGCAAGCAAACGATTCTTGTCAATGTGTACGATATCACCAATCACTCTCAACCGAT 1076
Query 1080 TAGCATGTATGGTTCAGATGTGTCGGCTGATGGGTTGGAACGTGTTAGTCCACTAATCTT 1139
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TAGCATGTATGGTACAAATGTGTCGGCTGATGGGTTGGAACGTGTTAGTCCACTAATCTT 1136
Query 1140 TGGTGATCCATTTAGAAAGCATGAAATGCGTTGCAGATTTAAGCAGAAACCACCATGGCC 1199
||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TGGCGATCCATTGAGAAAGCATGAGATGCGTTGCAGATTTAAGCAGAAACCACCATGGCC 1196
Query 1200 AGTGCTATCAATGGTGACATCATTCGGTATCCTTGTGATTGCGTTGCTTGTTGCACATAT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1197 AGTGCTATCAATGGTGACATCATTCGGTATCCTTGTGATTGCGTTACTTGTTGCACATAT 1256
Query 1260 AATCCATGCAACCGTGAGTCGAATACACAAAGTTGAAGAAGATTGTGATAAAATGAAGCA 1319
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AATCCACGCAACCGTTAGTCGAATACACAAAGTTGAAGAAGATTGTGATAAAATGAAGCA 1316
Query 1320 GCTCAAGAAAAAGGCTGAAGCAGCAGATGTTGCAAAGTCACAGTTCCTTGCCACTGTTTC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GCTCAAGAAAAAGGCTGAAGCAGCAGATGTTGCAAAGTCACAGTTCCTTGCCACTGTTTC 1376
Query 1380 ACATGAAATCAGAACTCCAATGAATGGTGTTCTAGGAATGTTGCATATGCTTATGGACAC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ACATGAAATCAGAACTCCAATGAATGGTGTTCTAGGAATGTTGCATATGCTTATGGACAC 1436
Query 1440 AGAGTTAGATGTTACGCAACAGGATTATGTTAGGACCGCACAGGCAAGTGGAAAAGCTTT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AGAGTTAGATGTTACGCAACAGGATTATGTTAGGACCGCACAGGCAAGTGGAAAAGCTTT 1496
Query 1500 AGTCTCGCTAATAAATGAGGTTTTGGACCAAGCAAAGATTGAATCTGGAAAGCTTGAGCT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1497 AGTCTCGCTAATAAATGAGGTTTTGGACCAAGCAAAGATTGAATCTGGAAAGCTTGAACT 1556
Query 1560 TGAGGAGGTGCGGTTTGATTTGAGAGGAATATTAGATGATGTCCTGTCACTCTTCTCGAG 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1557 TGAGGAGGTGCGGTTTGATTTGAGAGGAATATTAGATGATGTCCTGTCACTCTTCTCTAG 1616
Query 1620 CAAGTCCCAACAAAAGGGGGTAGAGTTGGCAGTATACATATCTGATCGTGTTCCAGATAT 1679
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CAAGTCCCAACAAAAGGGGGTGGAGTTGGCAGTATACATATCTGATCGTGTTCCAGATAT 1676
Query 1680 GTTAATTGGTGATCCTGGGAGGTTTCGACAAATACTCACAAATCTTATGGGTAATTCCAT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GTTAATTGGTGATCCTGGGAGGTTTCGACAAATACTCACAAATCTTATGGGTAATTCCAT 1736
Query 1740 TAAGTTCACTGAGAAAGGACACATCTTTGTAACTGTCCATTTGGTGGAGGAGCTATTTGA 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1737 TAAGTTCACTGAGAAAGGACACATCTTTGTAACTGTTCATTTGGTGGATGAGCTATTTGA 1796
Query 1800 ATCTATCGATGGAGAGACAGCATCGTCTCCGGAAAGTACACTGAGCGGGCTTCCAGTTGC 1859
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1797 ATCTATCGATGGAGAGACAGCATCATCTCCGGAAAGTACACTGAGTGGGCTTCCAGTTGC 1856
Query 1860 AGACCGGCAGAGGAGCTGGGAAAACTTTAAAGCTTTC---TCCAATGAGCACCGGAGCTT 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||
Sbjct 1857 AGACCGGCAGAGGAGCTGGGAAAACTTTAAAGCTTTCAGCTCCAACGGGCATCGGAGCTT 1916
Query 1917 TGAACCATCTCCCCCTGATATCAACCTAATCGTCTCAGTTGAGGATACTGGTGTAGGGAT 1976
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1917 TGAACCATCTCCCCCTGATATAAACCTAATCGTCTCAGTTGAGGATACTGGCGTAGGGAT 1976
Query 1977 ACCTTTAGAAGCGCAGTCCCGAATTTTTACGCCTTTCATGCAAGTCGGACCATCCATATC 2036
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCCTGTAGAAGCGCAGTCCCGTATTTTTACGCCTTTCATGCAAGTCGGACCATCCATATC 2036
Query 2037 CAGGACGCATGGAGGCACAGGAATTGGGCTTAGCATAAGCAAATGTCTAGTTGGACTGAT 2096
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CAGGACGCATGGAGGCACAGGAATTGGACTTAGCATAAGCAAATGTCTAGTTGGACTGAT 2096
Query 2097 GAAGGGAGAAATTGGATTCTCGAGTACTCCCAAGGTCGGGTCCACGTTCACATTTACTGC 2156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2097 GAAGGGAGAAATTGGATTCTCGAGTACTCCCAAGGTTGGGTCCACATTCACATTTACTGC 2156
Query 2157 TGTATTTTCCAATGGGATGCAACCAACTGAAAGAAAGAATGACCCGCAGAACAATAACCA 2216
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||
Sbjct 2157 TGTATTTTCCAATGGGATGCAACCAGCTGAAAGAAAGAATGAC----A-A-CAA---CCA 2207
Query 2217 GCCCATATTCTCGGAATTTCGGGGCATGAAAGCTGTGGTTGTGGACCATAGGCCTGCTAG 2276
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2208 GCCCATATTCTCGGAATTCCGGGGCATGAAAGCTGTGGTTGTGGACCATAGGCCTGCAAG 2267
Query 2277 GGCAAAAGTCTCGTGGTACCATTTTCAGCGCCTGGGAATTCGAGTTGAAGTAGTTTCACG 2336
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2268 GGCAAAAGTCTCGTGGTACCATTTTCAGCGTCTTGGAATTCGAGTCGAAGTAGTTCCACG 2327
Query 2337 TGTTGAACAGGCTCTACGTTATCTGAAGATTGGTACTACCACTGTGAATATGATACTCAT 2396
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 TGTTGAACAGGCTCTACATTATCTGAAGATTGGTACTACCACTGTGAATATGATACTCAT 2387
Query 2397 AGAGCAAGAAATATGGAATAGGGAAGCAGATG-TGTTCATTAAAAAGCTGCAGAAAGACC 2455
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2388 AGAGCAAGAAATATGGAATAGGGAAGCAGATGAT-TTCATTAAAAAGCTACAGAAAGACC 2446
Query 2456 CTCTTTTCCTTTCTCCTAAGTTGATTTTGTTAGCAAACTCAGTAGAATCGTCAATATCAG 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2447 CTCTTTTCCTTTCTCCTAAGTTGATTTTGTTAGCAAACTCAGTAGAATCGTCAATATCAG 2506
Query 2516 AGGCTTTATGCACCGGTATAGATCCTCCAATAGTGATAGTGAAACCATTGAGGGCGAGTA 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507 AGGCTTTATGCACCGGTATAGATCCTCCAATAGTGATAGTGAAACCATTGAGGGCGAGTA 2566
Query 2576 TGCTAGCAGCAACTTTGCAGAGGGGATTGGGTATTGGAATCAGAGAACCACCTCAGCACA 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2567 TGCTAGCAGCAACTTTGCAGAGGGGATTGGGTATTGGAATCAGAGAACCACCTCAACACA 2626
Query 2636 AGGGACCTCCTGCTTTGATTTTGAGGAATCTTCTCCTTGGTAGAAAAATTTTAATCGTGG 2695
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627 AGGGACCTCCTGCTTTGATTCTCAGGAATCTTCTCCTTGGTAGAAAAATTTTAATCGTGG 2686
Query 2696 ATGATAACAACGTAAACCTCAGAGTGGCAGCGGGAGCTCTGAAAAAATATGGAGCTGATG 2755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2687 ATGATAACAACGTAAACCTCAGAGTGGCAGCGGGAGCTCTGAAAAAGTACGGAGCTGATG 2746
Query 2756 TGGTCTGCGCTGAGAGTGGGATAAAGGCAATCTCATTGCTTAAGCCACCTCACGAGTTTG 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 TGGTCTGCGCTGAGAGTGGGATAAAGGCAATCTCATTGCTTAAGCCACCTCACGAGTTTG 2806
Query 2816 ATGCTTGCTTCATGGACATTCAGATGCCAGAAATGGATGGATTTGAAGCTACGAGGAGAA 2875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2807 ATGCTTGCTTCATGGACATTCAGATGCCAGAAATGGATGGATTTGAAGCTACAAGGAGAA 2866
Query 2876 TACGGGATATGGAAGAGGAGATGAACAAGAGAATCAAGAATGGGGAGGCTTTGATAGTAG 2935
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 TACGAGATATGGAAGAGGAGATGAACAAGAGAATAAAGAATGGGGAGGCTTTGATAGTAG 2926
Query 2936 AGAACGGTAACAAAACAAGCTGGCATCTTCCGGTATTAGCAATGACGGCAGATGTGATCC 2995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 AGAACGGTAACAAAACAAGCTGGCATCTTCCGGTATTAGCAATGACGGCAGATGTGATCC 2986
Query 2996 AAGCAACGCATGAGGAATGTCTAAAGTGTGGAATGGATGGGTATGTATCAAAACCCTTTG 3055
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2987 AAGCAACGCATGAGGAATGTCTGAAGTGTGGAATGGATGGGTATGTATCAAAACCATTTG 3046
Query 3056 AAGCAGAGCAGCTGTACAGGGAAGTTTCTCGCTTTTTCAATTCGCCTTCAGATACAGAAT 3115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 AAGCAGAGCAGCTGTACAGGGAAGTTTCTCGCTTTTTCAATTCGCCTTCAGATACAGAAT 3106
Query 3116 CATAAGAGGAGAAGGG-CTGGAAGAAGAACGGCAAAGGAAACACAAAAACTCGTGTCTCC 3174
|||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3107 CATAAGAGGAGATGGGGCTGGAAGAAGAACAGCGAAGGAAACACAAAAACTCGTGTCTCC 3166
Query 3175 TATGCATCTTGAAGTAGTA-AAAACACAGATTGACGATTGCAAAA-GAGTGTATATAGAA 3232
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3167 TATGCATCTTGAAGTAGTAGAAAA-ACAGATTGACGATTGCAAAAAGAGTGTATATAGAA 3225
Query 3233 AGGCCGGTGTGACCAGGCCAAGAACATAG-ACCAGT--TT-CTCCTGTAAAGtttttttt 3288
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 3226 AGGCCGGTGTGACCAGGCCAAGAACTTAGGACCAGTACTTTCTCCTGTAAA-TTTTTTTT 3284
Query 3289 ttttttttcatttttCTCTTGTCTGATTGGGACACAACAAAACTT-TGGTTTGTAGATGA 3347
| ||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||| |||| |||||||||
Sbjct 3285 CTA-----CATTTTTCTCTGGTCTGATTGAGACA-A-CAAAACTTGTGGTATGTAGATGA 3337
Query 3348 GAGTAGCAGCTGGAATATATTCAGAGTTGCTTTGGACAGAGAAGAGAGCAGCATAGTATG 3407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 3338 GAGTAGCAGCTGGAATATATTCAGAGTTGCTTTGGACAGGGAAGAGAGCATCATAGTATG 3397
Query 3408 TGTGTAAAAAGTGTGTGTGCATGATTTAGGAT-T--CTTCTTGTATTAGAGAACAGTGCA 3464
||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3398 TGTGTAAAA-GTGTGTGTGCATGATTTAGGATATTTCTTCTTGTATTAGAGAACAGTGCT 3456
Query 3465 GCAGTTTCTTTGTTATCATCATGGTCCAAGATAGGGAAGTGGACATTACTACTACTTATA 3524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 3457 GCAGTTTCTTTGTTATCATCATGGTCCAAGATAGGGAAGTGGACATTACTACT--T-ATA 3513
Query 3525 CATACACTGGCTTTGTGATATAAAGTTGAAGATAGCTTTTACTTTCTCT 3573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3514 CATACACTGGCTTTGTGATATAAAGTTGAAGATAGCTTTTACTTTCTCT 3562
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177891979878
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5