BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472955
Length=2245
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G27500.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3570 0.0
> AT1G27500.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr1:9551451-9554139 REVERSE LENGTH=2264
Length=2264
Score = 3570 bits (1933), Expect = 0.0
Identities = 2159/2266 (95%), Gaps = 24/2266 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCCGACCCATTTCTGGACTTGTCATTTCTACAATTAGACTTCTCTCAGATCTT-CCTTGT 59
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||
Sbjct 2 TCCGACCCATTTCTGGTCTTGTCATTTCTACAATTAGACTTCTCTTAGAT-TTCCCTTGT 60
Query 60 TCTTGTCTCCTTCCGAGGATTTCGATTCCGACACAATCCCAAACAAGGTAGCTTTTTATT 119
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 61 TCTTGTCTCTTTCCGCGGATTTCGATTCCGACACAATCCCAAACAAGATAGCTGTTTATT 120
Query 120 CG-GAGGAA-ATAATGGAAGGAGGGTC----------T-G---T-TAATGCGGACCAAAT 162
|| | || | ||||||||||||||| | | | |||||||||||||||
Sbjct 121 CGAAATAAAGAAAATGGAAGGAGGGTCTGTTAATGAATCGCATTCTAATGCGGACCAAAT 180
Query 163 GTTTGACACAACCATAGAGGAGCTATGTAAGAATCTCTGCGAATTGCAGAGTTCTAATCA 222
|||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTTGACACAACTATAGAAGAGTTATGTAAGAATCTCTGCGAATTGCAGAGTTCTAATCA 240
Query 223 GTCTCCTTCAAGGCAGAGTTTTGGATCATATGGTGATGAGTCAAAGATTGATTCTGATCT 282
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCTCCTTCAAGGCAGAGTTTTGGATCATATGGTGATGAGTCAAAGATTGATTCTGATCT 300
Query 283 ACAACATCTTGCTTTGGGAGAGATGCGAGATATTGATATATTGGAAGATGAAGGAGAGGA 342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 301 ACAACATCTTGCTTTGGGAGAGATGCGAGATATTGATATCTTGGAAGATGAAGGAGATGA 360
Query 343 GGACGAAGTGGCAAAGCCAGAAGAGTTTGATGTGAAGTCAAACTCTTCAAACTTGGATTT 402
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 361 GGACGAAGTGGCAAAGCCAGAAGAGTTTGATGTCAAGTCAAATTCTTCAAACTTGGATTT 420
Query 403 GGAAGTCATGCCCAAGGATATGGAGAAACAAATTGGTAAGAAGAATGTGAAC-AAATCGA 461
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 421 GGAAGTCATGCCCAGGGATATGGAGAAACAAACTGGTAAGAAGAATGTG-ACTAAATCGA 479
Query 462 ACGTTGGAGTTGGTGGAATGAGGAAGAAGAAAGTCGGAAATACCAAGTTACAAAATGGAA 521
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACGTTGGAGTCGGTGGAATGAGGAAGAAGAAAGTCGGAGGTACCAAGTTACAAAATGGAA 539
Query 522 ATGAAGAACCGTCATCTGAAAATGTAGAGCTGGCACGTTTTTTACTGAATCAAGCGAGAA 581
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 540 ATGAAGAACCATCATCTGAAAATGTAGAGCTGGCACGTTTTTTACTGAACCAAGCGAGAA 599
Query 582 ATTTGGTTAGTTCTGGTGATAACACCCACAAAGCTCTCGAGTTAACTCATCGAGCAGCTA 641
| ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ACTTGGTTAGTTCTGGTGACAGTACACACAAAGCTCTCGAGTTAACTCATCGAGCAGCTA 659
Query 642 AGTTGTTTGAGGCTTCTGCAGAGAATGGGAAACCGTGTTTAGAGTGGATCATGTGTTTGC 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 660 AGTTGTTTGAGGCTTCTGCAGAGAATGGGAAACCATGTTTGGAATGGATCATGTGTTTGC 719
Query 702 ATGTTACAGCAGCAGTCCATTGTAAGTTAAAGGAGTACAATGAGGCAATTCCGGTTCTGC 761
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 720 ATGTTACAGCAGCAGTCCATTGTAAGTTAAAAGAGTACAATGAGGCAATTCCGGTTCTAC 779
Query 762 AGCGCTCAGTTGAGATTCCGGTTGTCGAAGAGGGTGAAGAGCATGCTCTAGCCAAATTTG 821
||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 780 AGCGCTCTGTTGAGATTCCTGTTGTTGAAGAAGGTGAAGAGCATGCTCTAGCTAAATTTG 839
Query 822 CTGGACTGATGCAGTTAGGGGACACTTATGCTCTGGTGGGGCAGCTAGAGAACTCGATAT 881
|||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 CTGGTCTGATGCAGTTAGGTGACACTTACGCTATGGTGGGGCAGCTAGAGAGCTCGATAT 899
Query 882 CGTGTTATACCGAGGGATTGAATATCCAGAAGAAGGTTTTGGGAGAAAATGACCCAAGAG 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CGTGTTATACCGAGGGATTGAATATCCAGAAGAAGGTTTTGGGAGAAAATGACCCAAGAG 959
Query 942 TTGGTGAAACATGCAGATACCTAGCTGAGGCTCTTGTACAAGCATTACGGTTTGATGAGG 1001
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTGGTGAAACATGCAGATACCTAGCAGAAGCTCTTGTACAAGCATTACGGTTTGATGAGG 1019
Query 1002 CTCAACAGGTGTGCGAAACTGCTCTTTCTATACATAGAGAAAGTGGTTTACCAGGTTCAA 1061
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCAACAGGTCTGCGAAACGGCTCTTTCTATACATAGAGAAAGCGGTTTACCAGGTTCAA 1079
Query 1062 TCGCAGAAGCGGCGGATAGAAGACTCATGGGTCTTATATGTGAGACTAAGGGAGATCACG 1121
||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1080 TCGCAGAGGCCGCGGATAGAAGACTCATGGGGCTTATATGTGAGACTAAGGGAGATCATG 1139
Query 1122 AGAATGCCCTTGAGCATTTGGTATTAGCCAGTATGGCCATGGCAGCAAATGGACAAGAGT 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGAATGCCCTTGAGCATTTGGTATTAGCCAGTATGGCCATGGCAGCAAATGGACAAGAGT 1199
Query 1182 CTGAGGTTGCTTTTGTTGATACTAGCATTGGTGACTCGTACTTGTCTTTGTCTAGGTTTG 1241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1200 CTGAGGTTGCTTTTGTTGATACTAGCATTGGTGACTCGTACTTGTCTTTGTCTCGGTTCG 1259
Query 1242 ATGAAGCGATTTGTGCATACCAGAAATCTCTCACAGCACTGAAGACAGCAAAGGGAGAGA 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATGAAGCGATTTGTGCATACCAGAAATCTCTCACAGCACTGAAGACAGCAAAGGGAGAGA 1319
Query 1302 ACCATCCAGCTGTTGGTTCAGTTTATATCCGTTTAGCTGATCTCTATAATCGGACTGGAA 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1320 ACCATCCAGCTGTTGGTTCAGTTTATATCCGTTTAGCTGATCTCTATAATCGGACAGGAA 1379
Query 1362 AAGTGCGAGAAGCAAAGTCTTATTGTGAAAATGCTCTTCGGATATACGAGTCCCATAACC 1421
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1380 AAGTGCGTGAAGCAAAGTCTTATTGTGAAAATGCTCTTCGGATATACGAGTCTCATAACC 1439
Query 1422 TAGAAATTTCTCCTGAAGAGATTGCAAGTGGTCTTACAGATATCTCCGTGATTTGCGAGT 1481
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1440 TAGAGATTTCTCCTGAAGAGATTGCAAGTGGTCTTACAGATATCTCCGTGATATGCGAGT 1499
Query 1482 CTATGAACGAGGTGGAACAAGCTATTAGCTTGCTTCAAAAGGCGCTGAAGATATACGCGG 1541
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CTATGAACGAGGTGGAACAAGCTATTACCTTGCTACAAAAGGCGCTGAAGATATACGCGG 1559
Query 1542 ATTCTCCTGGCCAGAAAATCATGATTGCAGGGATTGAAGCTCAAATGGGAGTGTTGTACT 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATTCTCCTGGCCAGAAAATCATGATTGCAGGGATTGAAGCTCAAATGGGAGTGTTGTACT 1619
Query 1602 ATATGATGGGGAAATACATGGAGTCGTACAACACATTTAAGAGCGCTGTCTCAAAACTAC 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1620 ATATGATGGGGAAATACATGGAGTCGTACAACACATTTAAGAGCGCTATCTCAAAACTAC 1679
Query 1662 GGGCGACTGGAAAGAAACAATCAACGTTTTTCGGGATTGCACTTAACCAAATGGGTTTAG 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGGCGACTGGAAAGAAACAATCAACGTTTTTCGGGATTGCACTTAACCAAATGGGTTTAG 1739
Query 1722 CATGCATTCAGCTCGACGCAATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAGGCCAAGTGTA 1781
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1740 CATGCATTCAGCTCGATGCAATAGAAGAGGCTGTTGAGTTGTTTGAAGAAGCCAAGTGTA 1799
Query 1782 TCTTAGAACAAGAGTGTGGTCCATATCACCCGGAAACACTTGGATTGTACAGCAACCTTG 1841
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1800 TTTTAGAACAAGAGTGTGGTCCTTATCACCCGGAAACACTTGGATTGTACAGTAACCTTG 1859
Query 1842 CAGGAGCTTATGATGCAATTGGCAGGTTGGATGATGCGATTGCGCTGCTAGGACACGTGG 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1860 CAGGAGCTTATGATGCAATTGGCAGGTTGGATGATGCGATTAAGCTGCTAGGACATGTGG 1919
Query 1902 TTGGGGTTCGGGAGGAAAAACTCGGGACAGCGAATCCTGTAACGGAAGACGAGAAGAGGA 1961
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TTGGGGTTCGGGAGGAAAAGCTCGGGACAGCGAATCCTGTAACGGAAGACGAGAAGAGGA 1979
Query 1962 GGCTGGTCCAACTCTTGAAAGAAGCTGGTAACGTTACAGGAAGGAAAGCTAAATCACTCA 2021
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1980 GGCTGGCCCAACTCTTGAAAGAAGCTGGTAACGTTACAGGAAGGAAAGCTAAATCCCTCA 2039
Query 2022 AGACTCTAATTGATTCCGATCTCACTTCTTCCTCGGCTCTTCGTTAACAATATGTTACAT 2081
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGACTCTAATTGATTCCGATCTCACTTCTTCTTCAGCTCTTCGTTAACAATATGTTACAT 2099
Query 2082 TTTCTTACTATTTTACAGAAATGTGAATACGATAtttttgttttttGTGATTATGTTTGT 2141
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TTTCTTATTATTTTATAGAAATGTGAATACGATATTTTTGTTTTTTGTGATTATGTTTGT 2159
Query 2142 GGAAGTGTTTTCCTTTCACTGTCTTAATCCGGTGTATTTGAATTAACAGGCTC--ACATA 2199
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2160 GGAAGTGTTTTCCTTTCATTGTCTTAATCCGGTGTACTTGAATTAACAGGCTCTCACAGA 2219
Query 2200 TTTGTTTTTAATTTATTGAATGAGAAGATCATTACCAGTTTTAGAC 2245
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2220 TTTGTTTT-AATTTATTGAATGAGAAGATCATTACCACTTTTAGAC 2264
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111395009355
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5