BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg472987
Length=3306
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G27770.1 | Symbols: ACA1, PEA1 | autoinhibited Ca2+-ATPase 1... 5193 0.0
> AT1G27770.1 | Symbols: ACA1, PEA1 | autoinhibited Ca2+-ATPase
1 | chr1:9671638-9676157 REVERSE LENGTH=3484
Length=3484
Score = 5193 bits (2812), Expect = 0.0
Identities = 3059/3182 (96%), Gaps = 2/3182 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 77 GTAAGCTGAAGAAATGGAGAGTTATTTGAACGAAAACTTCGGCGATGTGAAGTCGAAGAA 136
||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 135 GTAAGCTGAAGAAATGGAGAGCTACTTGAACGAAAACTTCGGCGATGTGAAGCCGAAGAA 194
Query 137 CTCGTCGGATGAGGCGTTGCAGCGTTGGAGGAAGCTCTGCTGGATCGTGAAGAATCCTAA 196
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 195 CTCGTCCGATGAGGCGTTGCAGCGTTGGAGGAAGCTCTGCTGGATCGTCAAGAATCCTAA 254
Query 197 AAGGAGATTCAGATTCACCGCTAACCTCTCCAAGCGTTCCGAGGCCGAGGCGATTCGGCG 256
||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 AAGGAGATTTAGATTCACTGCTAATCTGTCTAAGCGTTCCGAGGCCGAGGCGATTCGGCG 314
Query 257 TTCCAATCAGGAAAAGTTTCGAGTGGCCGTCTTAGTTTCGCAAGCTGCACTTCAATTCAT 316
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 315 TTCCAATCAGGAAAAATTTCGAGTGGCGGTCTTAGTTTCACAAGCTGCACTTCAGTTCAT 374
Query 317 TAATAGTTTGAAGTTGTCCAGTGAGTACACAGTACCTGAAGAAGTAAGAAAAGCAGGATT 376
||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 375 TAATAGTTTAAAGTTGTCCAGTGAGTATACACTACCTGAAGAAGTAAGAAAAGCAGGGTT 434
Query 377 TGAGATTTGTCCTGATGAGTTGGGATCAATTGTAGAAGGTCACGATGTGAAAAAGTTGAA 436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 435 TGAGATTTGTCCTGATGAGTTGGGATCAATTGTAGAAGGTCATGATTTGAAAAAGTTGAA 494
Query 437 AATTCATGGTGGAACTGAGGGCCTCACTGAAAAACTCTCCACGTCGATTGCTAGTGGAAT 496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 495 AATTCATGGTGGAACTGAGGGCCTCACTGAAAAACTTTCCACGTCTATTGCTAGTGGAAT 554
Query 497 TAGTACATCGGAAGACCTGCTGAGTGTAAGAAAGGAAATTTATGGAATCAACAAATTCAC 556
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 555 TAGTACATCTGAAGACCTGCTGAGTGTAAGAAAAGAAATTTATGGAATCAACCAATTCAC 614
Query 557 AGAAAGCCCCA-CTCGTGGCTTTTGGTTATTTGTTTGGGAAGCCCTTCAGGATACCACCC 615
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 615 AGAAAGCCCCAGC-CGTGGCTTTTGGTTATTTGTTTGGGAAGCCCTTCAGGATACAACAC 673
Query 616 TCATGATTCTAGCTGCATGTGCGTTTGTCTCTCTTATAGTTGGAATACTGATGGAAGGGT 675
| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 674 TTATGATTCTAGCTGCATGTGCGTTTGTTTCACTTATAGTTGGAATACTGATGGAAGGGT 733
Query 676 GGCCTATTGGTGCCCATGACGGACTTGGTATAGTGGCGAGTATTCTGCTTGTTGTATTTG 735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 734 GGCCTATTGGTGCCCATGACGGACTTGGTATAGTGGCGAGTATTCTGCTTGTTGTGTTTG 793
Query 736 TCACTGCCACTAGTGATTATAGGCAATCTCTGCAATTCAAGGACCTGGATGCAGAGAAGA 795
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 794 TCACTGCCACTAGTGATTATAGGCAATCCCTGCAATTCAAGGACCTGGATGCAGAGAAGA 853
Query 796 AAAAGATTGTGGTTCAGGTTACCAGAGACAAGCTGAGGCAAAAAATCTCAATATATGATC 855
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 854 AAAAGATTGTGGTTCAGGTTACGAGAGACAAACTGAGGCAAAAAATCTCAATATATGATC 913
Query 856 TACTGCCTGGCGATGTTGTTCACCTTGGCATTGGAGACCAGATTCCGGCTGATGGGCTTT 915
|||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 914 TACTCCCTGGAGATGTTGTTCATCTTGGCATTGGAGACCAGATTCCAGCAGATGGGCTTT 973
Query 916 TTATCTCAGGGTTTTCTGTTCTGATAAATGAATCGAGCTTGACTGGAGAAAGTGAACCGG 975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TTATCTCAGGGTTTTCTGTTCTGATAAATGAATCGAGCTTGACTGGAGAAAGTGAACCGG 1033
Query 976 TTAGTGTCAGTGTGGAACACCCGTTTCTTCTCTCTGGTACCAAGGTTCAGGATGGATCTT 1035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 TTAGTGTCAGTGTGGAACACCCGTTTCTTCTCTCTGGTACCAAGGTTCAGGATGGATCTT 1093
Query 1036 GCAAAATGTTGGTGACTACAGTTGGAATGAGGACTCAGTGGGGTAAACTGATGGCTACAC 1095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 GCAAAATGTTGGTGACTACAGTTGGAATGAGGACTCAATGGGGTAAACTGATGGCTACAC 1153
Query 1096 TAAGTGAAGGCGGCGATGATGAGACACCTTTGCAAGTAAAACTTAATGGTGTGGCAACCA 1155
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TAAGTGAAGGCGGTGATGATGAGACACCGTTGCAAGTAAAACTTAATGGTGTGGCAACCA 1213
Query 1156 TCATTGGTAAAATAGGTCTATTTTTTGCTGTCATTACGTTTGCTGTTTTGGTTCAAGGAT 1215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 TCATTGGTAAAATAGGTCTATTTTTTGCTGTCATTACGTTTGCTGTTTTGGTTCAAGGAT 1273
Query 1216 TGGCTAATCAGAAGCGCCTCGATGGTTCTCACTGGATCTGGACTGGTGATGAATTGATGG 1275
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1274 TGGCTAATCAGAAGCGCCTAGATAATTCTCACTGGATCTGGACTGCTGATGAATTGATGG 1333
Query 1276 CAATGCTGGAATATTTTGCTGTTGCTGTAACAATTGTTGTGGTTGCGGTCCCAGAGGGTC 1335
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 1334 CGATGCTAGAATATTTTGCTGTTGCTGTAACAATTGTTGTGGTTGCAGTTCCGGAGGGTC 1393
Query 1336 TGCCGTTGGCTGTGACATTAAGTCTTGCTTTTGCCATGAAAAAGATGATGAATGACAAAG 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 TGCCGTTGGCTGTGACATTAAGTCTTGCTTTTGCCATGAAAAAGATGATGAATGACAAAG 1453
Query 1396 CGCTAGTGCGCAATCTAGCTGCTTGTGAGACAATGGGATCTGCAACAACTATTTGTAGTG 1455
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 CGCTAGTGCGCAATCTTGCTGCTTGTGAGACAATGGGATCTGCAACAACTATTTGTAGTG 1513
Query 1456 ACAAGACTGGAACTCTTACAACAAATCACATGACAGTTGTAAAAGCCTGCATCTGTGAGC 1515
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1514 ACAAAACTGGAACTCTTACAACAAATCACATGACAGTTGTAAAAGCCTGCATCTGTGAAC 1573
Query 1516 AAGCCAAAGAGGTTAATGTTTCTGATGCTGCTATGAAATTTGCCTCTGGTATCCCTGAGT 1575
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 AAGCCAAAGAGGTTAATGGTCCTGATGCTGCTATGAAATTTGCCTCTGGTATCCCTGAGT 1633
Query 1576 CTGCTGTTAAACTTCTACTGCAATCTATATTTACTAACACTGGTGGTGAGATTGTAGTGG 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1634 CTGCTGTTAAACTTCTACTGCAATCTATATTTACTAACACTGGTGGTGAGATTGTTGTGG 1693
Query 1636 GCAAAGGAAACAAAACTGAGATACTGGGAACACCCACAGAAACTGCTCTGTTAGAATTTG 1695
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 GCAAAGGAAACAAAACCGAGATACTGGGAACTCCTACAGAAACTGCTCTGTTAGAATTTG 1753
Query 1696 GGTTGTCACTCGGAGGAGACTTCCAAGAAGTAAGACAAGCCTCAAATGTTGTGAAAGTTG 1755
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 GGTTGTCACTCGGAGGGGACTTCCAAGAAGTAAGGCAAGCCTCAAATGTTGTGAAAGTTG 1813
Query 1756 AGCCCTTTAACTCTACAAAGAAAAGAATGGGAGTTGTCATTGAGCTGCCTGAAAGACATT 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 AGCCCTTTAACTCTACAAAGAAAAGAATGGGAGTTGTCATTGAGCTGCCTGAAAGACATT 1873
Query 1816 TCCGGGCGCATTGTAAGGGTGCTTCTGAGATAGTTTTAGATTCTTGTGATAAGTACATCA 1875
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 TCCGGGCACATTGTAAGGGTGCTTCAGAGATAGTTTTAGATTCTTGTGATAAGTACATCA 1933
Query 1876 ACAAAGATGGTGAAGTTGTCCCTCTTAATGAAGAATCTACCGGTCACCTAAAGAACATAA 1935
||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1934 ACAAAGATGGTGAAGTTGTTCCTCTCGATGAAAAATCGACCAGTCACCTGAAGAACATAA 1993
Query 1936 TTGAGGAATTTGCTAGTGAAGCACTTCGAACTCTTTGCCTAGCTTATTTCGAAATTGGTG 1995
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1994 TTGAGGAATTTGCTAGCGAAGCACTTCGAACTCTTTGCCTAGCGTATTTCGAAATTGGTG 2053
Query 1996 ATGAATTCTCATTAGAGGCTCCTATTCCAAGTGGTGGATACACTTGTATAGGTATTGTGG 2055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054 ATGAATTCTCATTAGAGGCTCCTATTCCAAGTGGTGGATACACTTGTATAGGTATTGTGG 2113
Query 2056 GTATCAAAGACCCTGTACGCCCTGGTGTCAAGGAGTCTGTTGCGATTTGTAAATCCGCTG 2115
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2114 GCATCAAAGACCCTGTACGCCCTGGTGTCAAGGAGTCTGTTGCGATTTGTAAATCTGCTG 2173
Query 2116 GCATCACTGTCAGAATGGTGACCGGAGATAACCTTACTACTGCGAAGGCCATAGCCAGGG 2175
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2174 GCATCACTGTCAGAATGGTGACTGGAGATAACCTTACTACTGCGAAGGCCATAGCCAGGG 2233
Query 2176 AGTGTGGCATATTGACTGATGGTGGCATAGCTATCGAAGGTCCTGAGTTCCGGGAGAAAA 2235
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2234 AGTGTGGCATATTGACTGATGATGGCATAGCTATCGAAGGTCCTGAATTCCGGGAGAAAA 2293
Query 2236 GTGATGAGGAACTGCTCAAGCTAATCCCAAAATTACAGGTGATGGCACGATCGTCGCCTA 2295
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2294 GTGATGAGGAACTGCTCAAGCTAATCCCAAAATTGCAGGTGATGGCACGATCCTCGCCCA 2353
Query 2296 TGGATAAGCATACTTTGGTGAGACTCCTCCGTACAATTTTTGAGGAAGTCGTTGCAGTGA 2355
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2354 TGGATAAGCATACTTTGGTGAGACTCCTCCGCACAATGTTTCAGGAAGTCGTTGCAGTGA 2413
Query 2356 CAGGTGATGGAACAAATGATGCTCCAGCACTTCATGAAGCTGATATTGGACTTGCAATGG 2415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2414 CAGGTGATGGAACAAATGATGCTCCAGCACTTCATGAAGCTGATATTGGACTCGCAATGG 2473
Query 2416 GCATTTCTGGAACTGAGGTGGCAAAAGAGAGTGCCGATGTGATTATCCTAGATGATAACT 2475
||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 GCATTTCCGGAACTGAGGTGGCAAAAGAAAGTGCGGATGTGATTATCCTAGATGATAACT 2533
Query 2476 TCTCGACGATTGTCACAGTGGCCAAATGGGGCCGTTCTGTGTACATAAACATTCAGAAAT 2535
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2534 TCTCTACGATTGTCACAGTAGCCAAATGGGGCCGTTCTGTGTACATAAATATTCAGAAAT 2593
Query 2536 TTGTCCAGTTCCAGCTGACAGTAAACGTTGTGGCTCTTATTGTCAACTTCTTATCAGCTT 2595
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2594 TTGTCCAGTTCCAGCTGACAGTAAATGTTGTGGCTCTTATTGTCAACTTCTTATCAGCCT 2653
Query 2596 GCCTCACTGGAAACGCGCCTCTGACAGCTGTCCAACTACTGTGGGTTAACATGATAATGG 2655
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2654 GCCTCACTGGAAACGCGCCTCTGACTGCTGTCCAACTACTGTGGGTTAACATGATAATGG 2713
Query 2656 ACACACTTGGAGCGCTCGCGCTAGCGACTGAACCACCACAGGACGATCTGATGAAGAGAT 2715
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2714 ACACACTTGGAGCACTCGCGCTAGCGACTGAACCACCACAGGACGACCTGATGAAGAGAT 2773
Query 2716 CTCCAGTGGGAAGGAAAGGAAACTTCATAAGTAATGTAATGTGGAGGAACATCCTTGGTC 2775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 CTCCAGTGGGAAGGAAAGGAAACTTCATAAGTAATGTAATGTGGAGGAACATCCTTGGTC 2833
Query 2776 AGTCACTGTACCAGCTTGTCATCATATGGTTTCTTCAAACAAAGGGAAAGACAATGTTTG 2835
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2834 AGTCACTCTACCAGCTTGTCATCATATGGTGTCTTCAAACAAAGGGAAAGACAATGTTTG 2893
Query 2836 GTCTTGATGGCCCCGACTCTGATCTAACACTCAATACCCTTATTTTCAACATTTTTGTCT 2895
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2894 GTCTCGATGGCCCCGACTCTGATCTAACACTCAATACCCTTATTTTCAACATTTTTGTCT 2953
Query 2896 TCTGCCAGGTATTCAATGAAATTAGCTCGAGGGAAATGGAAAAGATTGATGTGTTCAAGG 2955
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2954 TCTGCCAGGTATTCAATGAGATAAGCTCGAGGGAAATGGAAAAAATTGATGTGTTCAAGG 3013
Query 2956 GGATACTAAAGAACTATGTATTCGTAGCGGTTCTAACATGTACAGTGGTGTTCCAAGTAA 3015
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 GGATACTAAAGAACTACGTATTCGTAGCGGTTCTAACATGTACAGTGGTGTTCCAAGTAA 3073
Query 3016 TCATAATCGAGCTGCTGGGTACATTTGCGGATACAACACCACTAAGTTTGGGACAATGGT 3075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3074 TCATAATCGAGCTGCTGGGTACATTTGCGGATACAACACCATTAAATTTGGGACAATGGT 3133
Query 3076 TGGTTAGCATCATGCTAGGATTCCTTGGCATGCCCGTTGCTGCTGCCTTGAAGTTGATCC 3135
||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3134 TGGTTAGCATCATACTCGGGTTCCTTGGCATGCCTGTTGCTGCTGCCTTGAAGATGATCC 3193
Query 3136 CTGTTGGTTCACATTAAGCTACATATTATAAAATGTGATTCGTTGTGCCACAACATTGGC 3195
||||||||||||| ||||| ||| ||| || |||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 3194 CTGTTGGTTCACACTAAGCAACACATTGTATAATGTGATTCCTTGTGCCACAACTTTGGC 3253
Query 3196 TTTGGAAGGTACCAACTTTTTCTCAGGCCTTTGGAAGTTTGATATCCCAAGATGGCCTTG 3255
||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3254 ATTGAAAGGTACCAATTTTTTCTCCGGCCTTTGGAAGTTTGATATCCCAAGATGGCCTTG 3313
Query 3256 GA 3257
||
Sbjct 3314 GA 3315
Score = 115 bits (62), Expect = 3e-24
Identities = 75/81 (93%), Gaps = 2/81 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTTATATATAATATCTTCTTCTTTCCTCGATTTACGAGATCCTTGATTCTCTCTTTCTC 60
|||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 23 TGTTATATATCATATCTTCTTCGTT-CTCGATTTACGAGATCCTTGATTCTCTCTTTCTC 81
Query 61 TAATCTGATCTAATCTGTAAG 81
|||||| |||| ||||| |||
Sbjct 82 TAATCTTATCTCATCTG-AAG 101
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164497406097
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5