BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473038
Length=1132
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G28290.1 | Symbols: AGP31 | arabinogalactan protein 31 | chr... 950 0.0
> AT1G28290.1 | Symbols: AGP31 | arabinogalactan protein 31 | chr1:9889125-9890993
REVERSE LENGTH=1436
Length=1436
Score = 950 bits (514), Expect = 0.0
Identities = 836/977 (86%), Gaps = 79/977 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 232 TAAACCCCCGGTTAAGCCCCCAGTGTCTCCACCAGCCAAAcccccggttaagcccccagt 291
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Sbjct 462 TAAACCCCCGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGT 521
Query 292 ttacccaccgaccaaagccccggttaagcccccaactaaacccccGGTCAAGCCACC-G- 349
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Sbjct 522 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGT 581
Query 350 GT---CTCC--CC--A---CC-----AG-------CTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGT 387
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Sbjct 582 TTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGT 641
Query 388 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 447
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Sbjct 642 TTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 701
Query 448 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCC-----A-------ACTAAACCCCCGGT 495
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Sbjct 702 TTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTTTACCCTCCTACCAAAGCTCCGGT 761
Query 496 CAAGCCACCAGTTTCCCCACCAG-CCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCCTA 554
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Sbjct 762 TAAGCCTCCGGTTTCTCCTCC-GACGAAGCCACCTGTTACACCGCCGGTTTACCCGCCTA 820
Query 555 AGTTCAACCGTAGTCTAGTCGCCGTTCGTGGTACGGTTTACTGCAAAAGCTGTAAATACG 614
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Sbjct 821 AGTTCAACCGTAGTCTAGTCGCCGTTCGGGGTACGGTTTACTGCAAAAGCTGCAAGTACG 880
Query 615 CTGCTTTCAACACACTCTTAGGCGCTAAACCCATCGAAGGTGCTACTGTGAAACTAGTGT 674
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Sbjct 881 CTGCTTTCAACACACTCTTAGGCGCTAAACCCATCGAAGGTGCTACGGTGAAACTAGTGT 940
Query 675 GTAAGAGCAAGAAGAACATAACAGCGGAGACGACGACAGACAAGAACGGATACTTCTTGT 734
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Sbjct 941 GTAAGAGCAAGAAGAACATAACAGCGGAGACGACGACAGACAAGAACGGATACTTCTTGT 1000
Query 735 TGTTGGCTCCTAAGACGGTGACGAACTTCGGTTTCAGAGGATGTCGTGTGTATTTGGTGA 794
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Sbjct 1001 TGTTGGCTCCTAAGACGGTGACGAACTTCGGTTTCAGAGGATGTCGTGTGTATTTGGTGA 1060
Query 795 AATCAAAGGACTACAAATGCAGCAGAGTCTCAAAGCTCTTCGGTGGAGATGTCGGTGCTG 854
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Sbjct 1061 AATCAAAGGACTACAAATGCAGCAAAGTCTCAAAGCTCTTCGGTGGAGATGTCGGCGCTG 1120
Query 855 AACTCAAGCCGGAGAGAAGGCCGGGAAAAGGTACGGTGGTCGTCAACACGCTCACATACG 914
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Sbjct 1121 AACTTAAGCCTGAGAAAAAGCTGGGAAAATCTACGGTGGTCGTCAACAAGCTCGTATACG 1180
Query 915 GTCTCTTTAACGTTGGTCCATTTGCCTTTAACCCGACTTGCCCCAAATGAAGATGATTTG 974
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Sbjct 1181 GTCTCTTTAACGTTGGTCCATTTGCCTTTAACCCGTCTTGCCCCAAATGAAGATGATTTG 1240
Query 975 ATGCTCTAGTTAC-ATTCTTGATT-TCGTCATGTTCAAAA-GATTGAGAC----T-T-G- 1024
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Sbjct 1241 ATGCTCTGGTTACTAT-CTTGATTGTT-TCATGTTTAAAAAGATTGAGAGAGAGTGTTGT 1298
Query 1025 -A-GAG---A--GT--G-T-GAATTTTAATTAATGTTAGCTAGTCTTTAAGTTAAATGCT 1073
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Sbjct 1299 TATGCGTCTACTGTACGGTTGAATTTTAATCAATGTTAGCTAGTCTTTAAGTTAAATGCT 1358
Query 1074 TG--T-TTAAGT-G-A-C-------GT----T-GTTTAAGTTTCGTTTGAATAAAAATAG 1115
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Sbjct 1359 TGGGTATTATGTTGTATCTCTTTAAGTGACGTCGTTTGAGTTTCGTTTGAATAAAAATAG 1418
Query 1116 CAGCTTTCAAGAAGATT 1132
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Sbjct 1419 CAGCTTTCAAGATGATT 1435
Score = 843 bits (456), Expect = 0.0
Identities = 511/538 (95%), Gaps = 2/538 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 aaaaacaaaacaaaaaaTGGGTTTCATTGGTAAGAGTGTATTAGTGAGTCTCGTAGCACT 60
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Sbjct 135 AAAAACAAAACAAAAAATGGGTTTCATTGGTAAGAGTGTATTAGTGAGTCTCGTAGCACT 194
Query 61 TTGGTGCTTCACTTCCTCTGTCTTCACTGAAGAAGTGAACCATGTGACTCAAACCCCTTC 120
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Sbjct 195 TTGGTGCTTCACTTCCTCTGTCTTCACTGAAGAAGTGAACCATAAGACTCAAACCCCTTC 254
Query 121 TCTAGCTCCTGCTCCTGCTCCTTaccaccacggccaccaccacccacaccctcctcatca 180
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Sbjct 255 TCTAGCTCCTGCTCCTGCTCCTTACCACCACGGCCACCACCACCCACACCCTCCTCATCA 314
Query 181 ccatcaccctcaccctcaccctcaccctcacccaccGGCCAAATCTCCCGTTAAACCCCC 240
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Sbjct 315 CCACCACCCTCACCCTCACCCTCACCCCCACCCACCGGCCAAATCTCCTGTTAAACCCCC 374
Query 241 GGTTAAGCCCCCAGTGTCTCCACCAGCCAAAcccccggttaagcccccagtttacccacc 300
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Sbjct 375 GGTTAAGGCACCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCCCCGGTTTACCCACC 434
Query 301 gaccaaagccccggttaagcccccaactaaacccccGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCACC 360
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Sbjct 435 CACCAAAGCCCCGGTGAAACCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACC 494
Query 361 AGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCC 420
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Sbjct 495 AGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCC 554
Query 421 AACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCC 480
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Sbjct 555 AACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCC 614
Query 481 AACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAA-CCTCCGGTTACGCC 537
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Sbjct 615 AACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCC-CCGGTTAAGCC 671
Score = 329 bits (178), Expect = 3e-89
Identities = 255/291 (88%), Gaps = 10/291 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 269 AAAcccccggttaagcccccagtttacccaccga-ccaaagcc-ccggttaagcccccaa 326
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Sbjct 463 AAACCCCCGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACC-AGCCAAA-CCTCCGGTTAAGCCACC-A 519
Query 327 ctaaaccc-ccGGTC-AAGCCACC-GGTCTCCCCACCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 383
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Sbjct 520 GTTTACCCTCCAACCAAAG-CTCCAGTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCAC 577
Query 384 CGGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 443
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Sbjct 578 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCAC 637
Query 444 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 503
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Sbjct 638 CAGTTTACCCTCCAACCAAAGCCCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCAC 697
Query 504 CAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCCTA 554
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Sbjct 698 CAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCAGTTAAGCCCCCGGTTTACCCTCCTA 748
Score = 172 bits (93), Expect = 5e-42
Identities = 184/228 (81%), Gaps = 6/228 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 328 taaacccccGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCACCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACCGGT 387
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Sbjct 366 TAAACCCCCGGTTAAGGCACCAGTGTCTCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCCCCGGT 425
Query 388 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCAGT 447
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Sbjct 426 TTACCCACCCACCAAAGCCCCGGTGAAACCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACCTGT 485
Query 448 TTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCC-CCGGTCAA-GCCACCA 505
|| ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| | | ||| || ||| || |||
Sbjct 486 TTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTTTA-CCCTCCAACCAAAGCT-CCA 543
Query 506 GTTTC-CCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTTTACCCTCC 552
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Sbjct 544 GTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCC 590
Score = 165 bits (89), Expect = 9e-40
Identities = 115/128 (90%), Gaps = 0/128 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 425 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACT 484
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Sbjct 403 AAACCTCCGGTTAAGCCCCCGGTTTACCCACCCACCAAAGCCCCGGTGAAACCCCCAACT 462
Query 485 AAACCCCCGGTCAAGCCACCAGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTACGCCGCCGGTT 544
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Sbjct 463 AAACCCCCGGTCAAGCCACCTGTTTCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACCAGTT 522
Query 545 TACCCTCC 552
||||||||
Sbjct 523 TACCCTCC 530
Score = 159 bits (86), Expect = 4e-38
Identities = 173/214 (81%), Gaps = 10/214 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 329 aaacccccGGTCAAGCCACCGGTCTCCCCA-CCAGCTAAACCCCCGGTCAAGCCACC-GG 386
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Sbjct 403 AAACCTCCGGTTAAGCCCCCGGTTTACCCACCCA-CCAAAGCCCCGGTGAAACCCCCAAC 461
Query 387 TTTACCCTCCAACCAAAG-CTCCAGTTAAGCCC-CCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC 444
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Sbjct 462 TAAACCC-CCGGTC-AAGCCACCTGTT-TCCCCACCAGCCAAACCTCCGGTTAAGCCACC 518
Query 445 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCGGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCGGTCAAGCCACC 504
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 519 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCTCCAGTTAAGCCCCCAACTAAACCCCCAGTCAAGCCACC 578
Query 505 AGTTTCCCCACCAGCCAAA-CCTCCGGTTACGCC 537
||||| ||| ||| ||||| || ||||||| |||
Sbjct 579 AGTTTACCCTCCAACCAAAGCC-CCGGTTAAGCC 611
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55521802770
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5