BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473044
Length=2386
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G28320.1 | Symbols: DEG15 | protease-related | chr1:9920507-... 3858 0.0
> AT1G28320.1 | Symbols: DEG15 | protease-related | chr1:9920507-9924488
REVERSE LENGTH=2437
Length=2437
Score = 3858 bits (2089), Expect = 0.0
Identities = 2296/2393 (96%), Gaps = 26/2393 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCCGAAAACTAAAAAGATCCAAACTTCTG--CAATTTTGGTGTCTGCTATACAGAATCCA 58
||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 43 CCCAAAAACTTAAAAGATCCAAACTTC-GAACAATTTTGGTGTCTGCTATACAGAATCCA 101
Query 59 AATCCACCATCTTCCGATTGAAAA-CGCCTTCTCTTTCGATCATGGATGTGTCGAAAGTC 117
|||||||| || ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 102 AATCCACCTTC-TCCGATTAAAAATC-CCTTCTCTTTCGATCATGGATGTGTCTAAAGTT 159
Query 118 GTCAGCTTTTCCCGGAATTTCGCCGTCTTGGTCAAAGTCGAAGGCCCTGATCCAAAGGGA 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 160 GTCAGCTTTTCCCGGAATTTCGCCGTCTTGGTCAAAGTCGAAGGCCCTGATCCAAAGGGA 219
Query 178 TTGAAGATGAGGAAGCATGCTTTTCATCAATACCATTCTGGCAATGCAACACTTTCAGCT 237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 220 TTGAAGATGAGGAAGCATGCTTTTCATCAATACCATTCTGGCAATGCAACACTTTCAGCT 279
Query 238 TCTGGGATCTTGTTTCCAAGAAATATCTTCAGTG-GTGGTGAGGTCACGGCTAAGGTTCT 296
|||||||||||| |||||||| |||| || || ||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 280 TCTGGGATCTTGCTTCCAAGAGATAT-TTTTTTGAGTGGTGAGGTCGCTGCTAAGGTTCT 338
Query 297 GTTTGAAGCTGGTCAGGACATGGCCCTGGTTTTGACTGTTGCATCTGTTGTAGAGCCATT 356
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 339 GTTTGAAGCTGGTCAGGACATGGCCCTGGTTTTGACCGTTGCATCTGTTGTTGAGCCATT 398
Query 357 CTTAACATTAGGTCACAGAACTAGTAGTAGTATCTCTCAGGATCCGGTGAAGCTTATTCC 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 399 CTTAACATTAGGTCACAGAACTAGTAGTAGTATCTCTCAGGATCCGGTGAAGCTTATTCC 458
Query 417 GGGTGCTCGGATTGAGATTATGGTGGAGGGTCAGCTAAAGTCAGGAAAGGAAGCTCCTTT 476
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 459 GGGTGCTATGATTGAGATTATGGTGGAGGGTCAGCTAAAGTCAGAAAAGGAAGCTCCTTT 518
Query 477 TTGGGTTCCTGCGCAACTTCTTTCGCTGGTTGATGTCCCTGTATCTTCTGCTGCACTCCA 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 519 TTGGGTTCCTGCGCAACTTCTTTCGCTGGTTGATGTCCCTGTATCTTCTGCTGCACTTCA 578
Query 537 ATCTCTTATTGAAGCTTCTTCCGGTTCGAAAGATTCTGGATGGGATGTTGGTTGGTCTTT 596
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 579 ATCTCTTATTGAAGCTTCTTCTGGTTCGAAAGATTCTGGATGGGATATTGGTTGGTCTTT 638
Query 597 GGTTTCTGCTGCTAATGGTTCTCAGCCTTCAACCAATATTGAACATTACAGAAAGCCCTT 656
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 639 GGTTTCTGCTGCTAATGGTTCTCAGCCTTCAATCAATATTGAACATTACAGCAAGCCCTT 698
Query 657 GATGCAACTTGATGAGCCACTCAATGCTAACTTCATGGCCAAGTCTGCCACTCGAATGGC 716
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 GATGCAACTTGATGAGCCACACAACGCTAACTTCATGGCCAAGTCTGCCACTCGAATGGC 758
Query 717 TCTTCTAGGAGTCCCCTTAAGTTTACTGGGTCAGCCAAACATGAATTTTGCTTCATCAAG 776
| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 759 TATTCTAGGAGTCCCCTTAAGTTTACTGGGTCAACCAAGCATGAATTTTGCTTCATCAAG 818
Query 777 TAGCAAGGGTGATACACTTGTAGCACTAGGTTCTCCTTTTGGAATCCTTTCACCTGTTAA 836
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 TAGCAAGGGTGATACACTTGTAGCACTAGGCTCTCCCTTTGGAATCCTTTCACCTGTTAA 878
Query 837 CTTTTTTAACAGTGTATCAACTGGTTCCATTGCGAATTGCTATCCTTCTGGATCCCTAAA 896
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 CTTTTTTAACAGCGTATCAACTGGTTCCATTGCGAATAGCTATCCTTCTGGATCCCTAAA 938
Query 897 GAAGTCACTGATGATAGCTGATGTTCGATGTCTCCCTGGAATGGAAGGGGCTCCGGTGTT 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 GAAGTCACTGATGATAGCTGATGTTCGATGTCTCCCTGGAATGGAAGGGGCTCCGGTGTT 998
Query 957 TGATAAGAATGGGCACTTAATTGGCATTTTGATTAGACCACTAAGGCAAAAGAATAGCGG 1016
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TGCTAAGAATGGGCACTTAATTGGCATTTTGATTAGACCACTAAGGCAAAAGAATAGCGG 1058
Query 1017 CGTTGAAATTCAGCTGGTGGTTCCATGGGGAGCAATCACAACTGCTTGCAGCCACTTGCT 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 CGTTGAAATTCAGCTGGTGGTTCCATGGGGAGCAATCACAACTGCTTGCAGCCACTTGCT 1118
Query 1077 GCTTGAGGAACCATCTGAAGCAGGAAAAGCAAGTCAGTGGGGGAGTGAAG-CACTAAATG 1135
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||
Sbjct 1119 GCTTGAGGAACCATCTGTAGAAGGAAAAGCAAGTCAGTGGGGGAGCGAAGTC-CTAAGTG 1177
Query 1136 TTAAATCAGATACTAGTATTCCTGCACAAGTGGCTATTGAGAAGGCGATGGAATCAGTTT 1195
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178 TTAAATCAGATGCTAGTATTCCTGCACAAGTGGCTATTGAGAAGGCGATGGAATCAGTTT 1237
Query 1196 GTCTTATTACAGTCAATGATGGTGTTTGGGCATCTGGTATTATTCTTAACGAACATGGTC 1255
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 GTCTTATTACGGTCAATGATGGTGTTTGGGCTTCTGGTATTATTCTTAACGAACATGGTC 1297
Query 1256 TCATACTAACAAATGCTCACCTGCTTGAGCCGTGGAGGTATGGAAAAGGTGGTGTATATG 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 TCATACTAACAAATGCTCACCTGCTTGAGCCGTGGAGGTATGGAAAAGGTGGTGTATATG 1357
Query 1316 GTGAAGGAAACGACGCTGGTTTAAAACCCTATGTCTTAGGAGCCGAGGAGTTTTCTTCCA 1375
|||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1358 GTGAAGGA--------T--TT-AAA-CCCTATGTCTTAGGAGCCGAGGAATTTTCTTCCA 1405
Query 1376 CGGGAGGTAAAGTTTGGGAACAGAAGAGTCAAACATTGCCACGGAAAGCTCCA-GCAAAT 1434
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1406 CGGGAAGTAAATTTTGGGAACAGAAGAGTCAAACATTGCCACGGAAAGCTCCACG-AAAT 1464
Query 1435 CTTTATTCGTCTGTTGGAGAGAACATTAGGGAATACAAACACAATTTCCTTCAGACTGGG 1494
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 CATTATTCGTCTGTTGGAGAGAACATCAGGGAATACAAACACAATTTCCTTCAGACTGGG 1524
Query 1495 CATAGAGATATACGTGTACGATTGTGTCACCTAGATTCTTGGACTTGGTGTACTGCAAAC 1554
|||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1525 CATAGAGACATACGTGTGCGTTTGTGTCACCTAGATTCTTGGACTTGGTGTCCTGCAAAC 1584
Query 1555 GTGGTCTATATTTGCAAGGAACAATTAGATATTGCTTTACTGCAGCTAGAATATGTCCCT 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 GTGGTCTATATTTGCAAGGAACAATTAGATATTGCCTTACTGCAGCTAGAATATGTCCCT 1644
Query 1615 GGAAAGCTCCAACCTATTGCTGCCAATTTTTCTTCTCCTCCTTTGGGTACAACAGCGCAT 1674
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 GGAAAGCTCCAACCTATTACTGCCAATTTTTCTTCTCCTCCTTTGGGTACAACAGCGCAT 1704
Query 1675 GTTGTTGGACATGGACTCTTCGGACCAAGATGTGGGCTTTCTCCTTCTATTTGTTCTGGA 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 GTTGTTGGACATGGACTCTTCGGACCAAGATGTGGGCTTTCTCCTTCTATTTGTTCTGGA 1764
Query 1735 GTTGTAGCAAAGGTAGTTTACGCGAAGAGGAGATTGAATACGCAATCCATTT-TGCAAGA 1793
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1765 GTTGTAGCAAAGGTAGTTCACGCAAAGAGGAGATTGAATACGCAATCCATTTCT-CAAGA 1823
Query 1794 AGTCGCAGAGTTCCCCGCTATGCTCGAAACAACAGCTGCTGTGCATCCTGGTGGTAGTGG 1853
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1824 AGTCGCAGAGTTCCCCGCTATGCTCGAAACAACAGCTGCTGTGCATCCTGGTGGCAGTGG 1883
Query 1854 TGGTGCTGTTCTCAATTCAAGTGGCCATATGATTGGACTTGTTACCAGCAACGCAAGACA 1913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 TGGTGCTGTTCTCAATTCAAGTGGCCATATGATTGGACTTGTTACCAGCAACGCAAGACA 1943
Query 1914 TGGAGCGGGGACTGTTATACCGCATCTCAACTTCAGCATCCCATGTGCAGTCTTGGCACC 1973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 TGGAGCGGGGACTGTTATACCGCATCTCAACTTCAGCATCCCATGTGCAGTCTTGGCACC 2003
Query 1974 AATCTTCAAGTTTGCAGAAGATATGCAGAACATAAAGCTCCTTCAAACACTTGATCAACC 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2004 AATCTTCAAGTTTGCAGAAGATATGCAGAACACAACGATCCTTCAAACACTTGATCAACC 2063
Query 2034 AAGCGAAGAACTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCA 2093
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2064 TAGCGAAGAACTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCA 2123
Query 2094 GTCTCTACCCAATCTACCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGGATC 2153
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2124 GTCTCTACCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATC 2183
Query 2154 TCAGTTTGCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTC 2213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 TCAGTTTGCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTC 2243
Query 2214 CCGTGATGTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAGTGTGCGCCTT 2273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||
Sbjct 2244 CCGTGATGTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAATTTGTGCCTT 2303
Query 2274 CTTTTCCCCCTTTTGCTGGAGTGGCAACTTTAACTTTTGTATAGATAGAGAGATTACAAT 2333
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2304 CTTTTACTCCTTTTGCTGGAGTGGCAACTTTAACTTTTGTATAGATAGAGAAATTACAAA 2363
Query 2334 GTGTTGCTGCTGTTTCTGGATTCTTCTGCTTGTAACATATGTAAAACCTTATA 2386
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2364 ATGTTGCTGCTGTTTCTGGATTATTCTGTTTGTAACATATATAAAACCTTATA 2416
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118473286200
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5