BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473269
Length=3373
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G30450.1 | Symbols: CCC1, ATCCC1, HAP5 | cation-chloride co-... 5439 0.0
> AT1G30450.1 | Symbols: CCC1, ATCCC1, HAP5 | cation-chloride co-transporter
1 | chr1:10762739-10769505 FORWARD LENGTH=3409
Length=3409
Score = 5439 bits (2945), Expect = 0.0
Identities = 3244/3385 (96%), Gaps = 33/3385 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATTCTCTGAAATCTGAAAAATCATCTCTT-T---TA-TGT-TTTTCCGTTAATTCGTGGA 54
||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATTCTCTGAAATCTGAAAAATCATCTCTTCTGAAAATTTTGTTTTCCGTTAATTCGTCGA 60
Query 55 GTCTCTCGATCTCCGTTCTCATCAGATTTCAAAACTCTCCGATCTCTGATTCCGACGAGA 114
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 GTCTCTCGATCTCCGTTCTCATCAGATTTC-AAACTCTCCGATCTCGGATTCCGACGAGA 119
Query 115 TATCAGTCTCATTGTTGAAAGAGATCTGTGCAGATACGGCGTGAGAAATGGATAGCGGCG 174
||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TATTAGTCTCATTGTCGAAAGAGATCTGTTCCGATACGGCGTGAGAAATGGATAGCGGCG 179
Query 175 ACATTGAAGAAGCCGGCGGTAATGGCGAAGAGGAATTCCGGTCAGGACCACGTCTCGGCG 234
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 ACATTGAAGAAGCCGGCGGGAATGGCGAAGAGGAATTCCGGTCAGGACCACGTCTCGGCG 239
Query 235 GAAGCAAATACAGACCGGTGGTGGCGCACGATAGAGCGGTTGTTGAGATGTCCTCCATCG 294
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GTAGCAAATACAGACCGGTGGTGGCGCACGATAGAGCGGTTGTTGAGATGTCCTCCATCG 299
Query 295 ATCCTGGATCTTCTTCCTCTTCCACCCTCAAGAACATAAAAGTAGTTGCACCAGGAGACG 354
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATCCTGGA---TCTTCCTCTTCCACCCTCAAGAACATAAAAGTAGTTGCACCAGGAGACG 356
Query 355 TGGGCGCTGGTGTAAGGGGACCAGAAGATGGAGTCAATGGCCATCAGAAGGAATCCAAGC 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 TGGGCGCTGGTGTAAGGGGACCAGAAGATGGAGTCAATGGCCATCAGAAGGAATCCAAGC 416
Query 415 TGGAATTATTTGGTTTCGACTCTCTTGTGAATATTCTTGGCTTGAAGAGTATGACAGGGG 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 417 TGGAATTATTTGGTTTCGACTCTCTTGTGAATATTCTTGGCTTGAAGAGTATGACGGGGG 476
Query 475 AGCAAATTCCGGCACCATCTAGCCCTAGAGATGGGGAGGATATCTCCATCACGCAAGGGC 534
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AGCAAATTCAGGCACCATCTAGCCCTAGAGATGGGGAAGATATCTCCATCACGCAAGGGC 536
Query 535 ACCCAAAGCCTCCTGCTCTCAAGATGGGTACAATGATGGGAGTTTTCGTTCCCTGCTTGC 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 ACCCAAAGCCTCCTGCTCTCAAGATGGGTACAATGATGGGAGTTTTCGTTCCCTGCTTGC 596
Query 595 AAAACATATTAGGAATTATATATTATATCCGTTTCACATGGATTGTTGGCATGGCTGGTA 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AAAACATATTAGGAATTATATATTATATCCGTTTCACATGGATTGTTGGCATGGCTGGTA 656
Query 655 TCGGACAAGGCCTAGTATTGGTATTGCTTTGTGGCTTATGTACATTCTTGACGACAATAT 714
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TCGGACAAGGCCTAGTATTGGTATTTCTTTGTGGCTTATGTACATTCTTGACGACAATAT 716
Query 715 CTTTGAGTGCTATTGCAACAAATGGTGCAATGAAGGGTGGAGGACCATATTACCTCATTG 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CTTTGAGTGCTATTGCAACAAATGGTGCAATGAAGGGTGGAGGACCATATTACCTCATTG 776
Query 775 GTCGCGCTCTTGGTCCGGAAGTTGGGATTAGCATAGGTTTATGCTTTTTTCTTGGCAATG 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GTCGCGCTCTTGGTCCGGAAGTTGGGATTAGCATAGGTTTATGCTTTTTTCTTGGCAATG 836
Query 835 CAGTTGCTGGAGCTCTGTATGTTTTGGGTGCTGTGGAGACTTTTCTAAAAGCATTCCCTG 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CAGTTGCTGGAGCTCTGTATGTTTTGGGTGCTGTGGAGACTTTTCTAAAAGCATTCCCTG 896
Query 895 CTGCTGGGATTTTTAGAGAAACTATCACAAAGGTTAATGGAACAGCAGTTTCCGAATCAA 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CTGCTGGGATTTTTAGAGAAACTATCACAAAGGTTAACGGAACAGCAGTTTCCGAATCAA 956
Query 955 TACAAAGCCCGAACTCACATGACTTGCAAGTTTATGGAATTGTTGTGACGATCCTTCTTT 1014
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TACAAAGCCCGAACTCACATGACTTGCAGGTTTATGGAATTGTTGTGACGATCCTTCTTT 1016
Query 1015 GCTTCATTGTGTTTGGTGGCGTGAAGATGATCAATCGGGTTGCACCTGCTTTCCTTGTAC 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1017 GCTTCATTGTGTTTGGTGGCGTGAAGATGATCAATCGGGTTGCACCTGCTTTCCTCGTAC 1076
Query 1075 CCGTTTTGCTCTCTATCTTCTGCATATTCATCGGGATATTTTTGGCAAAGACAGATGATC 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CCGTTTTGCTCTCTATCTTCTGCATATTCATCGGGATATTTTTGGCAAAGACAGATGATC 1136
Query 1135 CTGACAATGGAATTACGGGCTTGCGCTTAAAAAGTTTTAAAGATAATTGGGGTTCTGCTT 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1137 CTGACAATGGAATTACGGGCTTGCGCTTAAAAAGCTTTAAAGACAACTGGGGTTCTGCTT 1196
Query 1195 ATCAAATGACAAATGATGCGGGAATTCCTGATCCAACTGGAGGGACGTACTGGAGTTTCA 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ATCAAATGACAAATGATGCGGGAATTCCTGATCCAACTGGAGGGACGTACTGGAGTTTCA 1256
Query 1255 ATGAGCTGGTGGGTCTATTTTTCCCTGCTGTAACAGGAATTATGGCTGGTTCAAATCGAT 1314
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 ATGAGCTGGTGGGTCTATTTTTTCCTGCTGTAACAGGAATTATGGCTGGTTCAAATCGAT 1316
Query 1315 CAGCTTCACTTAAAGACACTCAAAAATCAATTCCTGTTGGTACATTGGCTGCCACTCTGA 1374
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CAGCTTCACTTAAAGATACACAAAAATCAATTCCTGTTGGTACATTGGCTGCCACTCTGA 1376
Query 1375 CCACAACCTCACTATATTTGATTTCTGTGTTGTTTTTTGGAGCTGTTGCGACCCGTGACA 1434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CCACAACCTCACTATATTTGATTTCTGTGTTGTTTTTTGGAGCTGTTGCGACCCGTGACA 1436
Query 1435 AACTTTTGACTGATAGGCTACTTACTGCTACAATTGCTTGGCCTTTCCCTGCCATTGTTC 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AACTTTTGACTGATAGGCTACTTACTGCTACAATTGCTTGGCCTTTCCCTGCCATTGTTC 1496
Query 1495 ACGTTGGAATCATACTTTCAACCTTAGGGGCTGCTCTCCAGAGTTTGACAGGGGCACCAC 1554
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ACGTTGGAATCATCCTTTCAACCTTAGGTGCTGCTCTCCAGAGTTTGACAGGGGCACCAA 1556
Query 1555 GGTTACTTGCAGCTATAGCAAATGATGATATTCTCCCCATCCTGAATTATTTTAAAGTTG 1614
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1557 GGTTACTTGCCGCTATAGCAAATGATGATATTCTCCCCATCCTGAACTATTTCAAAGTTG 1616
Query 1615 CAGATACTAGTGAACCTCACATAGCGACACTCTTCACAGCATTTATCTGCATCGGATGTG 1674
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1617 CAGATACTAGTGAACCTCATATAGCGACTCTCTTCACAGCATTTATCTGCATTGGATGTG 1676
Query 1675 TTGTTATCGGAAATCTGGATCTTATCACACCGACTGTGACCATGTTTTATCTTTTGTGCT 1734
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TTGTTATCGGAAATCTGGATCTTATCACACCTACTGTGACCATGTTTTATCTTTTGTGCT 1736
Query 1735 ATTCGGGAGTAAACTTGTCTTGTTTCCTACTCGATCTTCTTGATGCTCCAAGTTGGCGTC 1794
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 ATTCGGGAGTAAACTTGTCTTGTTTCCTGCTCGATCTTCTTGATGCTCCAAGTTGGCGTC 1796
Query 1795 CACGGTGGAAATATCATCATTGGAGCCTTTCCTTTGTTGGAGCCGCACTTTGCATAGTGA 1854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1797 CACGGTGGAAATATCATCATTGGAGCCTTTCCTTTGTTGGAGCCTCACTTTGCATAGTGA 1856
Query 1855 TCATGTTCTTGATTTCTTGGTCATTCACTGTGATTGCCATTGCACTTGCAAGTCTTATAT 1914
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TCATGTTCTTGATATCTTGGTCATTCACTGTGGTTGCCATTGCACTTGCAAGTCTTATAT 1916
Query 1915 ACAAATACGTTGGCCTAAAAGGAAAGGCTGGGGACTGGGGGGATGGTTTCAAGAGTGCAT 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 ACAAATACGTTGGCCTAAAAGGAAAGGCTGGGGACTGGGGGGATGGTTTCAAGAGTGCAT 1976
Query 1975 ATTTTCAGTTGGCCCTTCGTAGTCTCAGGTCACTCGGAGCGAACCAAGTGCACCCAAAGA 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1977 ATTTTCAGTTGGCCCTTCGTAGTCTCAGGTCACTCGGAGCGAATCAAGTGCACCCAAAGA 2036
Query 2035 ACTGGTACCCAATTCCCCTTGTTTTCTGCAGACCGTGGGGACAGCTTCCGGAAAATGTTC 2094
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2037 ACTGGTACCCAATTCCCCTTGTCTTCTGCAGACCGTGGGGACAGCTCCCGGAAAATGTTC 2096
Query 2095 CGTGTCACCCTAAGCTGGCTGATTTTGCTAACTGTATGAAGAAAAAAGGTCGTGGAATGT 2154
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 CATGTCACCCTAAGCTGGCTGATTTTGCTAACTGTATGAAGAAAAAAGGTCGTGGAATGT 2156
Query 2155 CGATCTTTGTCTCAATATTAGATGGTGACTACTATGAATGTGCTGAAGAAGCAAAGGAAG 2214
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CGATCTTTGTCTCAATTTTAGATGGTGACTACTATGAATGTGCTGAAGAAGCAAAGGAAG 2216
Query 2215 CTTGCAAACAATTGGCCACCTACATTGAGTACAAGCGTTGTGAAGGTGTAGCTGAAATCG 2274
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CTTGCAAACAATTAGCCACCTACATTGAGTATAAGCGTTGTGAAGGTGTAGCTGAAATCG 2276
Query 2275 TTGTAGCCCCAAACATGACCGAAGGGTTCCGTGGGATCATCCAGACGATGGGACTCGGAA 2334
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TTGTAGCCCCAAACATGACTGAAGGGTTCCGTGGGATCATCCAGACGATGGGACTCGGAA 2336
Query 2335 ACCTCAAACCCAACATCGTGGTAATGCGGTACCCTGAGATCTGGCGCCGAGAAAATCTAA 2394
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2337 ACCTCAAACCCAACATTGTGGTAATGAGGTACCCTGAGATCTGGCGCAGAGAAAATCTAA 2396
Query 2395 CAGAGATTCCATCCACATTTGTTGGAATTATCAATGACTGCATAACAGCAAACAAAGCAG 2454
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CAGAGATTCCATCCACATTTGTTGGGATAATCAATGACTGCATAACAGCAAACAAAGCAG 2456
Query 2455 TTGTCATCATCAAAGGGTTAGACGAGTGGCCAAACGAGTACCAAAGACAGTATGGAACAA 2514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TTGTCATCATCAAAGGGTTAGACGAGTGGCCAAACGAGTACCAAAGACAGTATGGAACAA 2516
Query 2515 TCGACTTGTACTGGATTGTGAGAGATGGTGGTCTCATGCTTCTTCTCTCACAGCTTCTTC 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TCGACTTGTACTGGATTGTGAGAGATGGTGGTCTCATGCTTCTTCTCTCACAGCTTCTTC 2576
Query 2575 TGACAAAAGAAAGCTTCGAAAGCTGCAAAATCCAACTCTTTTGCATAGCTGAAGAGGATT 2634
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2577 TGACAAAAGAAAGCTTCGAAAGCTGCAAAATCCAACTCTTCTGCATAGCTGAAGAGGATT 2636
Query 2635 CAGATGCGGAAGCACTCAAAGCCGACGTAAAGAAGTTCCTCTACGATCTCAGAATGCAAG 2694
|||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2637 CAGACGCGGAAGCACTCAAAGCTGACGTGAAGAAGTTCCTCTACGATCTCAGAATGCATG 2696
Query 2695 CAGAAGTAATCGTGGTCACGATGAAATCATGGGACATAAGATCCGAAGGAAACAGCCAAG 2754
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 CAGAAGTAATCGTGGTCACAATGAAATCATGGGACATAAGATCCGAAGGAAACAGCCAAG 2756
Query 2755 AGGATTCATTGGAAGCTTTTGATGCAGCACAAAGACGAATCTCAGATTACTTGGGAGAGA 2814
| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 AAGATTCATTGGAAGCTTTTGATGCTGCACAGAGACGAATCTCAGATTACTTGGGAGAGA 2816
Query 2815 TCAAGAGACAGGGTTCGAATCCGTTATTGGCAAATGGGAAACCGATGGTGGTGAATGAGC 2874
|||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TCAAGAGACAAGGTTCGAATCCTTTGTTGGCTAATGGGAAACCGATGGTGGTGAATGAGC 2876
Query 2875 AGCAAGTGGAGAAGTTTCTATACACAATGCTGAAACTGAACTCGACCATACTCAGTTACT 2934
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |
Sbjct 2877 AACAAGTGGAGAAGTTTCTTTACACAATGCTGAAACTGAACTCAACCATTCTGAGTTATT 2936
Query 2935 CGAGGATGGCTGCGGTGGTTCTGGTTAGTCTCCCGCCACCTCCGTTGAACCACCCCGCAT 2994
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
Sbjct 2937 CGAGAATGGCCGCAGTGGTTCTGGTTAGTCTCCCGCCACCTCCGTTGAATCACCCGGCGT 2996
Query 2995 ATTTCTACATGGAATATATGGATTTGCTGGTGGAGAATGTGCCAAGGATGTTGATCGTAA 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 ATTTCTACATGGAATATATGGATTTGCTGGTGGAGAATGTGCCAAGGATGTTGATCGTAA 3056
Query 3055 GAGGGTATCACAGAGACGTTGTTACTTTGTTTACATAGTTCAA-TCTCA-TTTTATACCC 3112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 3057 GAGGGTATCACAGAGACGTTGTTACTTTGTTTACATAGTTTAAATCTCAATTTTATACCA 3116
Query 3113 ACCAAGAACATCAAAAAGCCTGCCTTTCAAGATAGAATA-TTTCTGAGGTTGTATTCTGA 3171
|||| || |||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3117 ACCATGAGCATCAAAAAGCCTGCCCTTCAAGATAGAACAATTTATGAGGTTGTATCCTGA 3176
Query 3172 GACA-ATTCAATACATTTCCCTCTCATGGATATGGATATCTCCTGACTTTTGGAAGATTT 3230
| || || |||||||||||| |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3177 GGCAGAT-CAATACATTTCC-TCTCCTGGAT-T--ATATCTCCCGACTTTTGGAAGATTT 3231
Query 3231 TGAGATAATTAGCT-TCATCTAAACACC-TATGGTCACCACCGCTCACTTATTTTTCATG 3288
|| | || || || | | | || || ||| | | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 3232 TGCTAAAACTACCTATGGTTTTTAC-CCGTATTATTTC-ACCGCTCACTAATTTTTCATG 3289
Query 3289 TTTTTAAAAAAGATAAAAATCTTCAAAATTACATGGATTATTCTCACCAGATGTGAAACG 3348
|| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 3290 TTCATAAAA----T-----TCTTCAAAATTACATGGATTATTTTCACCATATGTGAAACG 3340
Query 3349 AGAAAAAGATTATGTTAACATGATG 3373
| | | ||||||||||||||||||
Sbjct 3341 ACATGA-GATTATGTTAACATGATG 3364
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167858591278
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5