BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473286
Length=2514
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G30570.1 | Symbols: HERK2 | hercules receptor kinase 2 | chr... 3145 0.0
> AT1G30570.1 | Symbols: HERK2 | hercules receptor kinase 2 | chr1:10828933-10831482
FORWARD LENGTH=2550
Length=2550
Score = 3145 bits (1703), Expect = 0.0
Identities = 1850/1922 (96%), Gaps = 5/1922 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 595 TTGGTGGAAGTGAAGTGGAGCTTGGTTTGGGGCGGACGCGGAATTGAAACTATGTATAGG 654
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 632 TTGGTGGAAGTGAAGTGGAGCTTGGTTT-GGGTGGACGAGGGATTGAAACTATGTATAGG 690
Query 655 CTAAACGTTGGTGGTCCCAAGCTAGGTCCAAGCCAAGATCTTAAGCTTTATAGAACATGG 714
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 CTAAACGTTGGTGGTCCCAAGCTAGGTCCAAGCAAAGATCTTAAGCTTTATAGAACATGG 750
Query 715 GAAACAGATTTAAGCTACATGGTGATTGAGAACGCCGGTGTAGAAGTCAAGAACAGCTCA 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 751 GAAACAGATTTAAGCTACATGGTGATTGAGAACGCTGGTGTAGAAGTCAAGAACAGCTCA 810
Query 775 AACATCACATATGCTATGGCTGATGATTCGCCTGTGGCTCCTCTTCTTGTTTATGAAACT 834
|| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 AATATCACATATGCTTTGGCTGATGATTCTCCTGTGGCTCCTCTTCTTGTTTATGAAACT 870
Query 835 GCTAGGATGATGTCAAACACTGAAGTCTTGGAGAAACGGTTCAACATTTCTTGGAAATTT 894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 871 GCTAGGATGATGTCAAACACTGAAGTCTTGGAGAAACGGTTCAACATTTCTTGGAAGTTT 930
Query 895 GAAGTGGATCCTAATTTCGACTACTTGGTCAGGCTTCATTTCTGTGAGCTTCTTGTTGAT 954
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 GAAGTTGATCCTAATTTCGACTACTTGGTTAGGCTTCATTTCTGTGAGCTTCTTGTTGAT 990
Query 955 AAGCAAAACCAGAGGATATTCAGGATATACATAAACAACCAGACGGCTGCTGGTAATTTC 1014
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 AAGCAAAACCAGAGGATTTTCAGGATATACATAAACAACCAGACGGCTGCTGGTAATTTC 1050
Query 1015 GATATCTTTGCTCATGCGGGCGGGAAGAACAAAGGTATTTATCAAGATTACTTTGATCCG 1074
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1051 GATATATTTGCTCACGCGGGCGGGAAGAACAAAGGTATATATCAAGATTACTTGGATCCG 1110
Query 1075 GTCTCCTCTAAGAACGACGTTCTCTGGATTCAACTCGGACCTGACTCATCTGTCGGTGCT 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1111 GTCTCCTCTAAGAACGACGTTCTCTGGATTCAACTTGGACCTGACTCATCTGTTGGTGCT 1170
Query 1135 TCTGGAGATGCTCTTCTGAGTGGTCTTGAGATTTTCAAGCTCAGCAAAAATGGGAATCTT 1194
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 TCTGGAGACGCTCTTCTGAGTGGTCTTGAGATTTTCAAGCTCAGCAAAAATGGGAATCTT 1230
Query 1195 GCTCATCTCATCAGGTTTGATTCCACTGGTCACTCGGTAGGTGACTCGAAGATGCGGATT 1254
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 GCTCATCTCATCAGGTTTGATTCGACTGGTCACTCGGTAAGTGACTCGAAGATGCGGATT 1290
Query 1255 ATTTGGATCAGTGTTTGTGCTGGTATAGCAACTATCAtttttttCGTGTTCTTGGGAATC 1314
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 ATTTGGATCAGTGTTGGTGCTGGTATAGCAATTATCATTTTTTTCGTGTTCTTGGGAATC 1350
Query 1315 TTGGTAGTATGTTTATGCAAGAAAAGGCGAAATAAATCAAATGAGTCCAAAAACAATCCT 1374
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1351 TTGGTAGTATGTTTATGCAAGAAAAGGCGAAGCAAATCAGATGAGTCGAAAAACAATCCT 1410
Query 1375 CCCGGGTGGCGTCCTTTGTTCTTGCATGTCAATAACAGTACTGCAAACGCCAAAGCAACA 1434
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 CCCGGGTGGCGTCCGTTGTTTTTGCATGTCAATAACAGTACTGCAAACGCCAAAGCAACG 1470
Query 1435 GGAGGCTCGCTGAGACTAAACACTCTTGCGGCATCTACAATGGGTAGGAAGTTTACACTA 1494
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1471 GGAGGCTCGCTGAGACTGAACACTCTTGCAGCATCTACAATGGGAAGGAAGTTTACACTA 1530
Query 1495 GCCGAGATTCGTGCAGCCACCAAGAACTTTGATGATGGTTTAGCTATTGGAGTTGGAGGG 1554
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 GCCGAGATTCGTGCAGCAACTAAGAACTTTGATGATGGTTTAGCTATTGGAGTTGGAGGG 1590
Query 1555 TTCGGTAAGGTCTACAGAGGAGAGCTTGAAGATGGAACCCTCATAGCTATAAAACGAGCC 1614
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 TTTGGTAAGGTTTACAGAGGAGAGCTTGAAGATGGAACACTCATAGCTATAAAACGAGCC 1650
Query 1615 ACCCCACATTCTCAGCAAGGACTTGCTGAATTCGAAACCGAGATCGTCATGCTTTCAAGA 1674
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1651 ACCCCACATTCTCAGCAAGGGCTTGCTGAATTCGAAACCGAGATCGTGATGCTCTCAAGA 1710
Query 1675 CTTAGGCATAGGCATCTTGTGTCTTTGATCGGGTTCTGCGATGAGCACAATGAGATGATC 1734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 CTTAGGCATAGGCATCTTGTGTCTTTGATCGGGTTCTGCGATGAGCACAATGAGATGATC 1770
Query 1735 TTGGTTTATGAATACATGGCAAATGGGACTCTGAGGAGTCATCTATTTGGAAGCAACCTT 1794
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1771 TTGGTTTATGAATACATGGCAAATGGAACTCTCAGGAGTCATCTCTTTGGAAGCAACCTT 1830
Query 1795 CCTCCATTATCATGGAAGCAACGGCTTGAAGCTTGTATAGGCTCTGCGCGAGGATTGCAT 1854
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1831 CCGCCATTATCATGGAAGCAACGGCTTGAAGCTTGTATAGGCTCTGCGAGAGGATTGCAT 1890
Query 1855 TACCTTCACACAGGCTCTGAGAGAGGAATCATTCACAGAGATGTCAAAACAACAAACATA 1914
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 TACCTTCACACAGGGTCAGAGAGAGGAATCATTCACAGAGATGTCAAAACAACAAACATA 1950
Query 1915 CTACTAGACGAGAACTTTGTGGCAAAGATGTCTGATTTTGGGCTGTCCAAAGCTGGACCG 1974
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1951 CTATTAGACGAGAACTTTGTGGCAAAGATGTCTGATTTTGGGCTGTCGAAAGCTGGACCG 2010
Query 1975 TCCATGGACCATACTCATGTCAGTACAGCTGTGAAAGGAAGTTTCGGGTATCTTGATCCT 2034
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2011 TCCATGGACCATACTCATGTGAGTACAGCTGTGAAAGGAAGTTTTGGTTATCTTGATCCT 2070
Query 2035 GAATACTTTAGAAGGCAACAGTTAACAGAGAAGTCAGATGTTTACTCTTTTGGTGTTGTG 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 GAATACTTTAGAAGGCAACAGTTAACAGAGAAGTCAGATGTTTACTCTTTTGGTGTTGTG 2130
Query 2095 TTGTTCGAAGCTGTTTGTGCTCGAGCTGTTATAAACCCGACTTTGCCTAAAGACCAGATC 2154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2131 TTGTTCGAAGCTGTTTGTGCTCGAGCTGTTATAAACCCAACTTTGCCTAAAGACCAGATC 2190
Query 2155 AACCTTGCGGAATGGGCTTTAAGCTGGCAAAAACAGAGAT-CTCTCGAGTCTATCATCGA 2213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 2191 AACCTTGCGGAATGGGCTTTAAGCTGGCAAAAACAGAGAAAC-CTCGAGTCCATCATCGA 2249
Query 2214 CCCAAATCTGAGGGGAAACTACAGTCCTGAATCGTTGGAGAAGTATGGGGAGATAGCAGA 2273
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2250 CTCAAATCTGAGGGGAAACTACAGTCCTGAATCGTTGGAGAAGTATGGGGAGATAGCAGA 2309
Query 2274 GAAGTGCTTAGCGGATGAAGGGAAGAACAGGCCAATGATGGGAGAAGTTTTATGGAGCTT 2333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2310 GAAGTGCTTAGCGGATGAAGGGAAGAACAGGCCAATGATGGGAGAAGTGTTATGGAGCTT 2369
Query 2334 GGAGTATGTTTTGCAGCTTCATGAAGCTTGGCTTCGCAAACAGAATGGAGAAAACTCGTT 2393
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 GGAGTATGTTTTGCAGATTCATGAAGCTTGGCTTCGCAAACAGAATGGAGAAAACTCGTT 2429
Query 2394 TTCGAGTAGCCAAGCGGTAGAAGAAGCGCCAGAGAGCTATACTCTTCAAGGTTGTTCCAA 2453
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||
Sbjct 2430 TTCGAGCAGCCAAGCGGTAGAAGAAGCACCAGAGAGCTTTACTCTTCCAGCTTGTTCCAA 2489
Query 2454 TCAAGATTCCTCAGAAACTGAGAAGAGCCAAACAGGATCAGCTCTTCACAACTT-GGCCT 2512
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |
Sbjct 2490 TCAAGATTCCTCAGAAACTGAGCAGAGCCAAACAGGATCTGCTCTTCACAA-TTCGGCTT 2548
Query 2513 AG 2514
||
Sbjct 2549 AG 2550
Score = 931 bits (504), Expect = 0.0
Identities = 568/599 (95%), Gaps = 3/599 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGAAGCTGAGGAAACAGTTTCTGGAACTTCTTCTATGTGTGTTGATTTTGTTTACT 60
|||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGTCGAAGCTGAGGAAAAAGTATCTGGAACATCTTCTATGTGTGTTGATTTTCTTTACT 60
Query 61 TATGTTATTGGCTATGGAGAAGCTCAGTCCAAGAGTTTTCTTATAGATTGTGGCTCAAAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||
Sbjct 61 TATGTTATTGGCTATGGAGAAGCTCAGTCCAAGAGCTTCCTTGTAGATTGTGGCTCAAAT 120
Query 121 ACCACAACCGAAGCCGATGGAAGAACATGGGTTGGGGATTTATCTCCCAACAAGAGTGTG 180
| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTACAACCGAAGTAGATGGAAGAACATGGGTTGGTGATTTATCTCCCAACAAGAGTGTG 180
Query 181 ACCTTGCAAGGATTTGATGCCATTACTGCTTCGACATCGAAAGGAGGTTCTGTTTTTGGT 240
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |
Sbjct 181 ACCCTGCAAGGATTTGATGCCATTACTGCTTCGACATCGAAAGGAAGTTCTGTTTACGCT 240
Query 241 GAGATATATAAGACTGCTCGTGTTTTCGAGGCTGTGTTGAACTATACATTTGAAGGTATA 300
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGATATATAAGACTGCTCGTGTTTTCGACGCTGTGTTGAACTATACATTTGAAGGTATA 300
Query 301 ACTCAAGGGAATTACTTTGTTAGGCTCCATTTCAGCCCTTTCCCCATTGAAAACCACAAT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 301 ACTCAAGGGAATTACTTTGTTAGGCTCCATTTCAGCCCTTTCGCTATTGAAAACCACAAT 360
Query 361 GTGAATGAGTCTTCTTTCAGCGTCTTTGCGGATCGTCTGAGACTGATGCTTGACATCAAC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTGAATGAGTCTTCTTTCAGCGTCTTTGCGGATGGTCTGAGACTGATGCTTGACATCAAC 420
Query 421 ATCGCGGGAGAAATCGCGCATAAAAATCTCATATTGGAAAGCACTGGACACAATGCTACT 480
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 ATCGCGGGAGAAATCGCGCATAAGAATCTCATCTTGGAAAGCACTGGTCACAATGCTACT 480
Query 481 GCCTCTTCTTTGGTTAAAGAGTTTCTGTTACCTA-TGGGACCAGGAAAACTGGTTTTAAG 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCCTCTTCTTTGGTTAAAGAGTTTCTGTTACCTACTGG-ACCAGGAAAACTGGTTTTAAG 539
Query 540 TTTCATGCCAGAGAAAGGGTCTTTCGGGTTTGTCAATGCTATTGAGATACT-TCTTTTG 597
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||
Sbjct 540 TTTCATCCCGGAGAAAGGGTCTTTCGGGTTTGTCAATGCTATTGAGATAGTCTCTGTTG 598
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124765187241
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5