BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473363
Length=2378
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G31770.1 | Symbols: ABCG14 | ATP-binding cassette 14 | chr1:... 3631 0.0
> AT1G31770.1 | Symbols: ABCG14 | ATP-binding cassette 14 | chr1:11374893-11377794
REVERSE LENGTH=2456
Length=2456
Score = 3631 bits (1966), Expect = 0.0
Identities = 2226/2344 (95%), Gaps = 47/2344 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 AAGGACAAGTACAGAAACTGGTTCAGGAGTTATCATGCCTCAGAACTGCATAGCACCAAG 137
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 AAGGACGAGTACAGAAACTGGTTCAGGAGTCATCATGCCTCAGAACTGCATAGCACCAAG 176
Query 138 GCCTGAAGAAGATGGTGGAGTCATGGTTCAAGGTTTGCCAGACATGTCAGAAACGC--AG 195
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||
Sbjct 177 GCCTGAAGAAGATGGTGGAGTCATGGTTCAAGGTTTGCCAGATATGTCAGACACGCAGAG 236
Query 196 --AG-C---A--AG---T--CT--G------T-ACAACCTGGTCTCCAGATGTCCATGTA 233
|| | | || | || | | ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 237 CAAGTCTGTACTAGCCTTCCCTACGATTACTTCACAACCTGGTCTCCAGATGTCTATGTA 296
Query 234 TCCCATAACTCTCAAGTTTGAGGAGGTTGTGTACAAGGTTAAAATAGAGCAGACAAGTCA 293
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 297 TCCCATAACTCTCAAGTTTGAGGAGGTTGTGTACAAGGTTAAGATAGAGCAGACAAGTCA 356
Query 294 GTGTATGGGATCATGGAAAAGCAAAGAGAAGACGATTCTT-AATGGGATAACAGGAATGG 352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||
Sbjct 357 GTGTATGGGATCATGGAAAAGCAAAGAGAAGACGATT-TTGAATGGGATAACGGGAATGG 415
Query 353 TTTGTCCAGGAGAGTTTCTAGCCATGTTAGGTCCATCAGGAAGTGGCAAAACCACTCTTC 412
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 416 TTTGTCCCGGAGAGTTTCTAGCCATGTTAGGTCCATCAGGCAGTGGCAAAACCACTCTTC 475
Query 413 TATCAGCTCTCGGAGGCCGTCTCTCCAAAACTTTCTCAGGTAAAGTCATGTACAACGGTC 472
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TATCAGCTCTCGGGGGCCGTCTCTCCAAAACTTTCTCAGGTAAAGTCATGTACAACGGTC 535
Query 473 AGCCTTTCTCTGGCTGCATCAAACGCAGAACAGGGTTTGTTGCTCAGGATGATGTTCTGT 532
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 536 AGCCTTTCTCTGGCTGCATCAAGCGCAGAACAGGATTTGTTGCTCAGGATGATGTCCTGT 595
Query 533 ATCCTCACCTCACGGTTTGGGAGACTCTCTTCTTTACCGCACTTCTACGGCTACCAAGCA 592
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 ACCCTCACCTCACGGTTTGGGAGACTCTCTTCTTTACCGCACTTCTACGGCTACCAAGCA 655
Query 593 GCTTGACCAGAGACGAGAAAGCAGAGCATGTGGACAGAGTTATCGCTGAGCTCGGATTGA 652
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 656 GCTTGACGAGAGACGAGAAAGCAGAGCATGTGGACAGAGTTATTGCTGAACTCGGATTGA 715
Query 653 CTCGGTGTACTAACAGCATGATAGGAGGACCACTGTTCAGAGGAATATCAGGAGGTGAGa 712
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 ATCGGTGTACAAACAGCATGATAGGAGGACCACTCTTCAGAGGAATATCAGGAGGTGAGA 775
Query 713 aaaaaaGGGTTAGCATTGGTCAAGAAATGCTGATCAATCCTAGCTTGCTTCTTCTTGATG 772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 776 AAAAAAGGGTTAGCATTGGTCAAGAAATGCTGATCAATCCTAGCTTGCTCCTTCTTGATG 835
Query 773 AACCCACTTCAGGTCTTGATTCAACCACTGCTCATCGCATTGTGACCACAATCAAACGGT 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 AACCCACTTCAGGTCTTGATTCAACCACTGCTCATCGCATTGTGACCACAATCAAACGGT 895
Query 833 TGGCTTCTGGAGGAAGAACAGTCGTCACCACCATTCATCAACCATCAAGCCGCATATACC 892
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 896 TGGCTTCTGGAGGAAGAACAGTCGTCACAACCATTCATCAGCCATCAAGCCGCATCTACC 955
Query 893 ATATGTTTGACAAGGTGGTTTTGCTGTCTGAAGGAAGTCCCATCTACTATGGCCCTGCAA 952
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 956 ATATGTTTGACAAGGTGGTTTTGCTATCTGAAGGAAGTCCCATCTACTATGGCGCTGCCT 1015
Query 953 CTTCTGCTGTGGAATATTTCAGTTCTCTTGGATTCTCCACTTCCATGACTGTTAACCCAG 1012
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1016 CTTCTGCTGTGGAATATTTCAGTTCTCTAGGATTCTCCACTTCCTTGACAGTTAACCCAG 1075
Query 1013 CTGACCTTTTACTTGACCTTGCAAACGGTATCCCACCTGATTCTCAGAAGGAGACCTCGG 1072
||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1076 CTGACCTCTTACTTGACCTCGCCAACGGAATCCCACCTGATACTCAGAAGGAGACCTCGG 1135
Query 1073 AACAAGAACAGAAGACAGTAAAAGAAACACTGGTTTCAGCTTATGAGAAGAACATTTCTA 1132
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 AACAAGAACAGAAGACAGTAAAAGAAACCCTGGTTTCAGCTTATGAGAAGAACATTTCTA 1195
Query 1133 CTAAACTGAAAGCTGAACTCTGCAATGCGGAATCCCATAGCTATGAGTACACAAAAGCTG 1192
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1196 CTAAACTGAAAGCTGAACTATGCAATGCGGAATCCCACAGCTATGAATACACCAAAGCTG 1255
Query 1193 CTGCAAAAAACCTCAAGTCAGAACAATGGTGCACAACTTGGTGGTACCAGTTCACTGTAT 1252
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CTGCCAAAAACCTCAAGTCAGAACAATGGTGCACAACTTGGTGGTACCAGTTCACTGTAT 1315
Query 1253 TGCTCCAAAGAGGAGTCAGAGAGAGGAGATTCGAATCTTTCAACAAGCTCAGGATTTTCC 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TGCTCCAAAGAGGAGTCAGAGAGAGGAGATTCGAATCTTTCAACAAGCTCAGGATTTTCC 1375
Query 1313 AAGTTATTAGTGTGGCTTTTCTTGGTGGCCTTTTATGGTGGCATACTCCAAAATCTCACA 1372
|||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 AAGTCATCAGTGTTGCTTTTCTTGGTGGCCTTTTATGGTGGCATACTCCAAAATCTCACA 1435
Query 1373 TCCAAGATAGAACTGCTTTGCTCTTCTTCTTCTCAGTCTTTTGGGGCTTCTACCCGCTAT 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TCCAAGATAGAACTGCTTTGCTCTTCTTCTTCTCGGTCTTTTGGGGCTTCTACCCGCTAT 1495
Query 1433 ACAACGCGGTTTTCACATTTCCTCAAGAGAAAAGAATGCTAATCAAAGAACGGTCTTCCG 1492
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1496 ACAACGCGGTTTTCACATTTCCACAAGAGAAAAGAATGCTAATCAAGGAACGGTCTTCCG 1555
Query 1493 GAATGTACCGTCTTTCCTCCTATTTCATGGCTAGAAACGTTGGGGACCTGCCTTTGGAAC 1552
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1556 GAATGTACCGTCTTTCCTCCTATTTCATGGCTAGAAACGTTGGGGACCTGCCCTTGGAAC 1615
Query 1553 TTGCCCTTCCAACTGCTTTTGTGTTCATAATTTACTGGATGGGTGGACTTAAACCTGACC 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TTGCCCTTCCAACTGCTTTTGTGTTCATAATTTACTGGATGGGTGGACTTAAACCTGACC 1675
Query 1613 CCACAACGTTTATCCTCTCATTACTGGTTGTTCTGTATTCCGTCCTTGTTGCTCAAGGTC 1672
| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CAACAACGTTTATCCTCTCGCTACTGGTTGTTCTCTATTCTGTCCTTGTTGCTCAAGGTC 1735
Query 1673 TTGGCTTAGCCTTCGGTGCTCTGCTTATGAACATCAAGCAAGCCACAACGTTAGCATCTG 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTGGCTTAGCCTTCGGTGCTCTGCTTATGAACATCAAGCAAGCCACAACGTTAGCATCTG 1795
Query 1733 TTACTACACTCGTGTTTCTCATAGCCGGAGGATACTACGTTCAACAAATTCCTCCCTTCA 1792
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TTACTACACTCGTTTTTCTCATAGCCGGAGGATACTACGTGCAACAAATTCCTCCCTTCA 1855
Query 1793 TCGTATGGCTCAAGTACCTAAGCTACAGCTACTACTGCTACAAGCTGCTTTTGGGTATTC 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TCGTATGGCTCAAGTACCTAAGCTACAGCTACTACTGCTACAAGCTGCTTTTGGGTATTC 1915
Query 1853 AATACACTGATGACGACTACTATGAGTGTTCAAAAGGAGTCTGGTGCAGAGTTGGAGACT 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AATACACTGATGACGACTACTATGAGTGTTCAAAAGGAGTCTGGTGCAGAGTTGGAGACT 1975
Query 1913 TCCCAGCCATCAAGTCAATGGGATTGAACAATCTCTGGATAGACGTGTTTGTTATGGGAG 1972
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TCCCAGCAATCAAGTCAATGGGATTGAACAATCTCTGGATAGACGTGTTTGTTATGGGAG 2035
Query 1973 TGATGTTGGTGGGTTATCGGCTCATGGCTTATTTTGCACTACATCGGGTGAAGTTGCGGT 2032
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TGATGTTGGTGGGTTATCGGCTCATGGCTTACATGGCACTGCATCGGGTGAAGTTGCGGT 2095
Query 2033 AAACGTGAAGCCCAAGGTAACAACAACTAAGTAACTCCAAGAAGCTCCAAACAAAAATTT 2092
||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2096 AAACGTGCAGCCGAAGGTAACAACAACTAAGTAACTCCAAGAAGCTCCAAAGAAAA-TTT 2154
Query 2093 TCCCCACTGCAACCAAGGAATAATATTAGTATTAGAAAAGATAAAAGTCGTCGAATTTTG 2152
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TCCCCACTGCAACCAAGGAATAATAGTAGTATTAGAAAAGATAAAAGTCGTCGAATTTTG 2214
Query 2153 GTCGATTTTACTTACGTATCCGAGATATATATCCGACGACTTTCATTTTATTTTAGGCT- 2211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2215 GTCGATTTTACTTACGTATCCGAGATATATATCCGACGACTTTCTTTTTATTTTAGGCTA 2274
Query 2212 -------------CT---AAGTTTGAGAATAAAACAGTGAGATAATGTATGAGATAAGAA 2255
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GATGATGATAGTACTCCTAAGTTTGAGAATAAAACAGTGAGATAATGTATGAGATAAGAA 2334
Query 2256 GGGAAACCAAGTATATACTAATTCCCATTTGCAAAATAGTGTGACTAAACTTTCGGTCCA 2315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GGGAAACCAAGTATATACTAATTCCCATTTGCAAAA-ACAGTGACTAAACTTTCGGTCCA 2393
Query 2316 CT-TTACCGTGGAGATGATTGTTGTATCTTTTGTGGGGTTCCTTAAAAAGAAAAGGACTA 2374
|| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2394 CTCTT-CCATGGAAATGATTGTTGTATCTTTTGTGGGGTTCCTTAAAAAGAAAAGGTCTA 2452
Query 2375 CTCT 2378
||||
Sbjct 2453 CTCT 2456
Score = 91.6 bits (49), Expect = 3e-17
Identities = 75/86 (87%), Gaps = 7/86 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGGGAGATCAAGAAGAAAGTTACCAAAGCCACTTTCTTTTAAAT-TTTCTTACCATTAT 59
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1 GAGGGAGATCAAGAAGAAAGTTACCAAAGCCACTTGCTTTTTAAGCTTTCTTACCATTAG 60
Query 60 -A---T-AAGAGCTTTCCATTAAAAG 80
| | ||||||||||||| |||||
Sbjct 61 GACCATTAAGAGCTTTCCAT-AAAAG 85
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118071681840
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5