BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473402
Length=706
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G35207.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1347... 1125 0.0
AT1G42690.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:1604... 1099 0.0
AT5G34838.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1300... 935 0.0
AT5G28700.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1075... 928 0.0
AT5G28076.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1008... 584 3e-166
AT3G15310.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:5152... 464 5e-130
AT5G32621.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:1227... 420 1e-116
> AT5G35207.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:13471730-13472482
REVERSE LENGTH=753
Length=753
Score = 1125 bits (609), Expect = 0.0
Identities = 674/706 (95%), Gaps = 2/706 (0%)
Strand=Plus/Plus
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Sbjct 103 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACTATAT 162
Query 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 222
Query 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACCTCACATATGGAATTTA 240
||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 223 GAAATACGTAGTCAACGAGAA-GACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 281
Query 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 282 TCCTAAATGGTTTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 341
Query 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAACTTGTCGTAAAGATGTTGAACGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 360
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 342 ATTTGCTATAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTTGGAGTTTTGCA 401
Query 361 AGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTTAAAATTGGAAA 420
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 402 AGCTCGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTAGAAA 461
Query 421 TATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAACGAGATGGGTA 480
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 462 TATTATGCGAGCATATATAATACTTCACAATATGATAGTAGAAGACGAACGAGATGGGTA 521
Query 481 TACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCAGCTCTTCACAAGTGGA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 522 CACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCATCTCTTCACAAGTAGA 581
Query 541 TTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGAGCCCG 600
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Sbjct 582 TTTCACCTATGCTATAGATATGCCTCCAAATCTCGGTAATATGATGGCCATTAGAGCCCG 641
Query 601 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTATGGCA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 642 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTT-GTTGAACATGTATGAAA 700
Query 661 ACATTATTACCAGAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTAtttttttt 706
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Sbjct 701 ACATTATTATCATAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTATTTTTTTT 746
> AT1G42690.1 | Symbols: | transposable element gene | chr1:16043755-16045041
FORWARD LENGTH=1287
Length=1287
Score = 1099 bits (595), Expect = 0.0
Identities = 655/685 (96%), Gaps = 0/685 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGGAAAGGAAAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAATAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 60
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Sbjct 603 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 662
Query 61 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACTTTAAACGATAT 120
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 663 TTCACAAGATCTCTGAATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCATGTACCTTAAACGATAT 722
Query 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180
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Sbjct 723 CAATGTTCTTGACCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCAAAAGT 782
Query 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACCTCACATATGGAATTTA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 783 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 842
Query 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 843 TCCTAAATAGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCTACAAGGTAATAAAGCTTCTTT 902
Query 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAACTTGTCGTAAAGATGTTGAACGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 360
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Sbjct 903 ATTTGCTACAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTCGGAGTTTTGCA 962
Query 361 AGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTTAAAATTGGAAA 420
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 963 AGCTCGGTTTGCCATTATCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTGGCAA 1022
Query 421 TATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAACGAGATGGGTA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||
Sbjct 1023 TATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGAGGACAAACGAGATGGTTA 1082
Query 481 TACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCAGCTCTTCACAAGTGGA 540
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Sbjct 1083 CACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCTAGCTCTTCACAAGTGGA 1142
Query 541 TTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGAGCCCG 600
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Sbjct 1143 TTTCACTTATGCTACAGTTATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTGGAGCTCG 1202
Query 601 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTATGGCA 660
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Sbjct 1203 AGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGTTGAACATGTATGGCA 1262
Query 661 ACATTATTACCAGAATCAATCTTAA 685
||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1263 ACATTATAACCAGAATCAATCTTAA 1287
> AT5G34838.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:13008218-13009492
FORWARD LENGTH=936
Length=936
Score = 935 bits (506), Expect = 0.0
Identities = 544/563 (97%), Gaps = 0/563 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 105 GTACTTTAAACGATATCAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAG 164
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Sbjct 368 GTACCTTAAACGATATCAATGTTTTTGACCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAG 427
Query 165 GTCGAGCTCCGAAAGTGAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACC 224
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 428 GTCGAGCTCCGAAAGTGAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGGCTTACTACC 487
Query 225 TCACATATGGAATTTATCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAG 284
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 TCACAGATGGAATTTATCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAG 547
Query 285 GTGATAAAGCTTCTTTATTTGCTACAACTCAAGAAACTTGTCGTAAAGATGTTGAACGTG 344
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Sbjct 548 GTAATAAAGCTTCTTTATTTGCTACAACTCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTG 607
Query 345 CTTTCGGAGTTTTGCAAGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATA 404
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 CTTTCGGAGTTTTGCAAGCTCGGTTTGCCATTATCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATA 667
Query 405 AGGTTAAAATTGGAAATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGG 464
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 668 AGGTGAAAATTGGCAATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGAGG 727
Query 465 ACGAACGAGATGGGTATACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCA 524
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 728 ACGAACGAGATGGTTACACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCTA 787
Query 525 GCTCTTCACAAGTGGATTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGA 584
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 GCTCTTCACAAGTGGATTTCACTTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGA 847
Query 585 TGGCCACTAGAGCCCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAG 644
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 TGGCCACTAGAGCTCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAG 907
Query 645 TTGAACATGTATGGCAACATTAT 667
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 TTGAACATGTATGGCAACATTAT 930
> AT5G28700.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10755920-10757122
REVERSE LENGTH=1203
Length=1203
Score = 928 bits (502), Expect = 0.0
Identities = 567/599 (95%), Gaps = 2/599 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGGAAAGGAAAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAATAATCGTTTTAGAGGCCGTTGC 60
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Sbjct 603 TTGGAAAGGACAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAACAATCGTTTTATAGGTTGTTGC 662
Query 61 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACTTTAAACGATAT 120
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Sbjct 663 TTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGATTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAATGATAT 722
Query 121 CAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAAGT 180
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 723 CAATGTTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTTCGAAAGT 782
Query 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACCTCACATATGGAATTTA 240
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Sbjct 783 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGGCTTACTACCTCACAGATGGAATTTA 842
Query 241 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAAATCCACAAGGTGATAAAGCTTCTTT 902
Query 301 ATTTGCTACAACTCAAGAAA-CTTGTCGTAAAGATGTTGAACGTGCTTTCGGAGTTTTGC 359
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Sbjct 903 ATTTGTTACAACTCAA-AAAGCTTGTCGTAAAGATGTTGAGCGTGCTTTCGGAGTTTTTC 961
Query 360 AAGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTTAAAATTGGAA 419
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 962 AAGCTCGGTTTTCCATTGTCAAACATCCAGCTCTTTTTCATGATAAGGTGAAAATTGGAA 1021
Query 420 ATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAACGAGATGGGT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1022 ATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGAGGATGAACGAGATGGGT 1081
Query 480 ATACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCAGCTCTTCACAAGTGG 539
| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1082 ACACTCAGTGTGATGTATCTGAATTTGTACATCCTGAATTTGCTAGCTCTTCACAAGTGG 1141
Query 540 ATTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGAGCC 598
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 ATTTCACGTATGCTACATATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATGGCCACTAGAGCC 1200
> AT5G28076.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:10086843-10089344
FORWARD LENGTH=2502
Length=2502
Score = 584 bits (316), Expect = 3e-166
Identities = 506/597 (85%), Gaps = 15/597 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 TAAACGATATCAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAG 170
||||| || ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1913 TAAACAATGTCAATATTCATGATCGTTCACCTGTTTTTGATGATATATTACAAGTTCGAG 1972
Query 171 CTCCGAAAGTGAAATACGTAGTCAACGGGAAAGACTATAATTTGTCTTACTACCTCACAT 230
||| |||||||| ||| |||| ||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1973 CTCTGAAAGTGAGATAAGTAGACAACGAGAATGATTATAATTTGGCTTACTATCTCACAG 2032
Query 231 ATGGAATTTATCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATTCCACAAGGTGATA 290
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||| |
Sbjct 2033 ATGAAATTTATCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCTATTTCACTACCACAAGATGAAA 2092
Query 291 AAGCTTCTTTATTTGCTACAACTCAAGAAACTTGTCGTAAAGATGTTGAA-CGTGC-TTT 348
|| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||| | |||
Sbjct 2093 AAACTACTTTATTTGCTACAAATCAAGAAGCTTGTCGTAAAGATGTT-AAGCGTTCCTTT 2151
Query 349 CGGAGTTTTGCAAGCTTGGTTTGCCATTGTCAAACATCCAGCTCTT-TTTCATGATAAGG 407
|||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2152 -GGAGATTTGCAAGCTCGATTTGCTATTGTCAAACATCCAGCTCTTATTTGG-GATAATA 2209
Query 408 TTAAAATTGGAAATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAG-TGGAC 466
| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||
Sbjct 2210 TGAAAATCAGAAATATTATGGGAGCATATATAATATTTCACAATATGATAATAGATG-AC 2268
Query 467 GAACGAGATGGGTATACTCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAGCCAGC 526
||||||||||| || ||||| | ||||||||| || || | ||||||||||||| ||||
Sbjct 2269 GAACGAGATGGATACACTCAATATGATGTATCCGATTTTGCACATCCAGAATCAACCAGT 2328
Query 527 TCTTCACAAGTGGATTTCACCTATGCTACAGATATGCCTTCAAATCTCGGTAATATGATG 586
| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2329 TTTTCACAAGTGGATTTCACATATTCTACAGATATGCCTTCAAATCTTGGTAATACGATG 2388
Query 587 GCCACTAGAGCCCGAGTTCGTGATCGGATTAA-ACATGAAGAATTGAAAGCTGATTTAGT 645
|||||| || ||| | ||||||||| || ||| | ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2389 GCCACTCGAACCCAACTTCGTGATCAGACTAAGA-ATGAACAATTGAAAATTGATTTAGT 2447
Query 646 TGAACATGTATGGCAACATTAT--TACCAGAATCAATCTTAAAATGTAATCGTTAtt 700
||||| || ||||| ||| | | || ||||||| |||||| | || | ||||||
Sbjct 2448 CGAACACATAAGGCAAAATTTTGGT-CC-GAATCAAGCTTAAATTTTATT-GTTATT 2501
> AT3G15310.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:5152099-5153642
REVERSE LENGTH=1544
Length=1544
Score = 464 bits (251), Expect = 5e-130
Identities = 544/680 (80%), Gaps = 41/680 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTGGAAAGGAAAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAATAATCGTTTTAGAGGCCG-TTG 59
||||||||| | ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || | |
Sbjct 728 TTGGAAAGGCCAGTATACACGTGGCTCTGGAAAACCAACCATCGTTTTAGAGG-CGATCG 786
Query 60 CTTCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACTTTAAACGATA 119
| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 787 CATCACAAGATCTCTGGATTTGGCACGTATTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACGATA 846
Query 120 TCAATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAA- 178
| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 847 TAAATATTCTTGATCGATCACCAATTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCCCC-AAAT 905
Query 179 GTGAAATACGTAGTCAACGGGAA-AGACTATAATTT-GTCTTACTACCTCACATATGGAA 236
||||| ||| |||||| || | ||| ||| |||| | ||||||| |||||| |||| |
Sbjct 906 GTGAAGTACAAAGTCAATGG-ACGAGAGTATCATTTAG-CTTACTATCTCACAGATGGTA 963
Query 237 TTTATCCTAAATGGGCTACATTTATCCAATCAATTTCAATT-CCACAAGGT-GATAAAGC 294
||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| | | | |||||| | | |||||
Sbjct 964 TTTATCCAAAATGGGCGACTTTTATCCAATCTATT-CGACTACCACAAAATCGG-AAAGC 1021
Query 295 TTCTTTATTTGCTACA-ACTCAAGAAACTTGTC-GTAAAGATGTTGAACGTGC-TTTCGG 351
|||||||||| ||| | ||||||| | | | |||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 1022 CACTTTATTTGCAACACA-TCAAGAAGCG-GACCGTAAAGATGTCGAACGTGCATTT-GG 1078
Query 352 AGTTTTGCAAGCTTGGTTTGC-CATTGTCAAACATCCAGCTCTT-TTTCATGATAAGGTT 409
||| ||||||||| | ||| | |||| | ||| ||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1079 AGTATTGCAAGCTCGCTTT-CACATTATTAAAAATCCAGCTCTTGTTTGG-GATAAGGAA 1136
Query 410 AAAATTGGAAATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAA 469
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||
Sbjct 1137 AAAATTGGAAATATTATGAAAGCATGTATCATACTGCACAATATGATAGTCGAAGACGAA 1196
Query 470 CGAGATGGGTATA-C-T-CAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACATCCAGAATCAG-CCAG 525
||||||||||| | | | ||||||||||| || |||||| |||| ||| | |||
Sbjct 1197 CGAGATGGGTACAACATTCAGTTTGATGTTTCAGAATTCCTACAAGTTGAAGGAAACCAA 1256
Query 526 -CTCTTCACAAGTGGATTTCACC-TATGCTACAGATATGCCT-TCAAATCTCG-GTAATA 581
||| ||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||||| | |||| ||| | ||||
Sbjct 1257 ACTC--CACAAGTCGATTT-ATCGTATTCTACAGGTATGCCTCT-AAATATCGAG-AATA 1311
Query 582 TGATGGCCACTA-GAGCCCGAGTTCGTGATCGGATTAAACATGAAGAATTGAAA--GCTG 638
|||||| || | || | | ||||||||| | || ||| || ||| |||| | ||
Sbjct 1312 TGATGGGCA-TGCGAAATCAACTTCGTGATCAAAATATGCATCAACAAT-GAAAAAG-TG 1368
Query 639 ATTTAGTTGAACATGTATGG 658
|||| ||||| ||| |||||
Sbjct 1369 ATTTGGTTGAGCATATATGG 1388
> AT5G32621.1 | Symbols: | transposable element gene | chr5:12271360-12273728
FORWARD LENGTH=1878
Length=1878
Score = 420 bits (227), Expect = 1e-116
Identities = 429/523 (82%), Gaps = 27/523 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GGAAAGGAAAATATACACGTGGATCAGGAAAACCAATAATCGTTTTAGAGGCCG-TTGCT 61
||||||| | ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| || | |
Sbjct 617 GGAAAGGCCAGTATACACGTGGCTCTGGAAAACCAACCATCGTTTTAGAGG-CGATAGGA 675
Query 62 TCCCAAGATCTCTGGATATGGCACGCGTTTTTTGGACCTCCAGGTACTTTAAACGATATC 121
|| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 676 TCACAAGATTTCTGGATTTGGCACGCATTTTTTGGACCTCCAGGTACCTTAAACGATATA 735
Query 122 AATATTCTTGATCGCTCACCAGTTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCTCCGAAA-GT 180
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||
Sbjct 736 AATATTCTTGATCGATCACCAATTTTTGATGATATATTACAAGGTCGAGCCCC-AAATGT 794
Query 181 GAAATACGTAGTCAACGGGAAAG-ACTATAATTT-GTCTTACTACCTCACATATGGAATT 238
||| ||| |||||| || | | | ||| |||| | ||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 795 GAAGTACAAAGTCAATGG-ACGGGAGTATCATTTAG-CTTACTATATCACAGATGGTATT 852
Query 239 TATCCTAAATGGGCT-ACATTTATCCAATCAATTTCAATT-CCACAAGGT-GATAAAGCT 295
||||| ||||||| | || ||||||||||| ||| | | | |||||| || | |||||
Sbjct 853 TATCCGAAATGGG-TGACTTTTATCCAATCTATT-CGACTACCACAAAGTCGG-AAAGCC 909
Query 296 TCTTTATTTGCTACA-ACTCAAGAAACTTGTC-GTAAAGATGTTGAACGTGC-TTTCGGA 352
|||||||||| ||| | ||||||| | | | |||||||||| |||||||| ||| |||
Sbjct 910 ACTTTATTTGCAACACA-TCAAGAAGCG-GCCCGTAAAGATGTCGAACGTGCATTT-GGA 966
Query 353 GTTTTGCAAGCTTGGTTTGC-CATTGTCAAACATCCAGCTCTT-TTTCATGATAAGGTTA 410
|| ||||||||| | ||| | |||| | ||| ||||||||||| ||| ||||| | |
Sbjct 967 GTATTGCAAGCTCGCTTT-CACATTATTAAAAATCCAGCTCTTGTTTGG-GATAAAGAAA 1024
Query 411 AAATTGGAAATATTATGCGAGCATGTATAATACTTCACAATATGATAGTAGTGGACGAAC 470
||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1025 AAATTGGAAATATTATGAAAGCATGTATCATACTGCACAATATGATAGTCGAAGACGAAC 1084
Query 471 GAGATGGGTATA-C--TCAGTTTGATGTATCTGAATTCGTACA 510
|||||||||| | | |||||||||||| || |||||| ||||
Sbjct 1085 GAGATGGGTACAACACTCAGTTTGATGTTTCAGAATTCCTACA 1127
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 34209454107
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5