BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473836
Length=2448
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G45130.1 | Symbols: BGAL5 | beta-galactosidase 5 | chr1:1706... 3901 0.0
> AT1G45130.1 | Symbols: BGAL5 | beta-galactosidase 5 | chr1:17065252-17069262
FORWARD LENGTH=2546
Length=2546
Score = 3901 bits (2112), Expect = 0.0
Identities = 2331/2436 (96%), Gaps = 18/2436 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 AGACCAACGACACTTATTTACACAATCTG--tt-tttttttt--tt-cttcttctcaaat 81
||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||||||| ||
Sbjct 76 AGACCAACGTCACTTATTTACACACTCTGTTTTCTTTTTTTTGGTTGCTTCTTCTCTGAT 135
Query 82 ctttctttc--attttttttttGAAAGATTCAATTTCCCTCTCATATCAGAAATCTAAAA 139
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 136 CTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTGAAAGAATCAATTTCCCTCTCAAATCAGAAATCTAAAA 195
Query 140 ATGGGAACAACGATCTTGGTTCTCTCCAAGATCCTAACTTTCTTACTAACAACAATGCTG 199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 ATGGGAACAACGATCTTGGTTCTCTCCAAGATCCTAACTTTCTTACTAACAACAATGCTG 255
Query 200 ATTGGATCCAGCATGATCCAGTGTAGTAGTGTGACTTACGACAAGAAAGCTATCGTCATC 259
||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 256 ATTGGATCCAGTGTGATCCAGTGTAGTAGTGTAACCTACGATAAGAAAGCTATCGTCATC 315
Query 260 AATGGCCACCGTAGAATCCTCCTCTCCGGTTCTATTCATTACCCAAGAAGCACTCCTGAG 319
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 316 AATGGCCACCGTAGAATCCTCCTCTCTGGTTCTATTCACTACCCAAGAAGCACTCCTGAG 375
Query 320 ATGTGGGAAGATCTTATAAAGAAAGCTAAAGATGGAGGCTTGGATGTTATTGATACTTAT 379
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 ATGTGGGAAGATCTTATAAAGAAAGCTAAAGACGGTGGCTTGGATGTTATTGATACTTAT 435
Query 380 GTTTTCTGGAATGGTCATGAACCTTCTCCTGGAACTTACAATTTCGAAGGAAGATATGAT 439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 436 GTTTTCTGGAATGGTCATGAACCTTCTCCTGGAACTTACAATTTCGAAGGAAGATATGAT 495
Query 440 TTGGTAAGATTCATTAAGACGATTCAGGAAGTGGGTCTTTATGTTCATCTCAGAATTGGT 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 TTGGTAAGATTCATTAAGACGATTCAGGAAGTGGGTCTTTATGTTCATCTCAGAATTGGT 555
Query 500 CCTTATGTTTGTGCAGAATGGAATTTTGGAGGGTTTCCTGTGTGGTTGAAGTATGTAGAT 559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 CCTTATGTTTGTGCAGAATGGAATTTTGGAGGGTTTCCTGTGTGGTTGAAGTATGTAGAT 615
Query 560 GGGATTAGTTTCAGAACTGACAATGGACCATTCAAGGCTGCAATGCAAGGTTTCACAGAG 619
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 616 GGGATTAGTTTCAGAACTGACAATGGACCCTTCAAGTCTGCAATGCAAGGATTCACAGAG 675
Query 620 AAGATTGTTCAGATGATGAAGGAACATAGATTCTTTGCGTCACAAGGTGGACCCATTATT 679
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 676 AAGATTGTTCAGATGATGAAAGAACATAGATTCTTTGCGTCACAAGGTGGACCTATCATT 735
Query 680 -TTGTCTCAGATTGAGAATGAGTTTGAACCAGAGCTTAAAGGGCTTGGACCAGCTGGTCA 738
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 736 CTT-TCTCAGATTGAGAATGAGTTTGAACCAGATCTTAAAGGGCTTGGACCGGCTGGTCA 794
Query 739 CTCGTATGTCAATTGGGCTGCGAAAATGGCGGTCGGTTTAAATACTGGAGTACCGTGGGT 798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 795 CTCGTATGTCAATTGGGCTGCGAAAATGGCGGTCGGTTTAAACACGGGAGTACCGTGGGT 854
Query 799 GATGTGCAAGGAAGATGATGCACCTGACCCAATTATAAATTCTTGCAACGGATTTTACTG 858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 855 GATGTGCAAGGAAGATGATGCACCTGACCCAATTATAAACACTTGCAACGGATTCTACTG 914
Query 859 CGATTATTTTACTCCTAATAAACCATATAAGCCAACTATGTGGACAGAGGCATGGAGTGG 918
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 TGATTATTTTACTCCAAATAAACCGTATAAGCCAACTATGTGGACAGAGGCATGGAGTGG 974
Query 919 CTGGTTCACAGAGTTTGGTGGAACCATTCCAAAACGACCAGTTGAGGATCTAGCTTTTGG 978
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||| |||||
Sbjct 975 CTGGTTCACAGAGTTTGGTGGAACTGTTCCTAAACGACCTGTAGAGGATCTAGCATTTGG 1034
Query 979 AGTAGCCCGTTTCATTCAAAAGGGTGGATCGTATATAAACTACTACATGTACCATGGAGG 1038
|||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 AGTAGCTCGTTTCATTCAAAAGGGCGGTTCGTATATAAACTACTACATGTACCATGGAGG 1094
Query 1039 AACAAACTTTGGACGCACAGCAGGAGGTCCATTTATCACCACTAGTTATGACTATGATGC 1098
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 AACAAACTTTGGACGCACCGCAGGAGGTCCATTTATCACCACTAGTTATGACTATGATGC 1154
Query 1099 TCCCATCGATGAATACGGGTTGGTCCAAGAGCCCAAGTACAGTCATCTTAAGCAGCTTCA 1158
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 TCCTATCGATGAATACGGGTTGGTCCAAGAGCCCAAGTACAGTCATCTTAAGCAGCTTCA 1214
Query 1159 TCAGGCAATTAAGCAATGTGAAGCTGCCTTAGTTTCTTCTGATCCACATGTTACTAAACT 1218
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 TCAGGCAATCAAGCAATGTGAAGCTGCCTTAGTTTCTTCTGATCCACATGTTACTAAACT 1274
Query 1219 AGGAAACTACGAGGAGGCTCATGTGTTCACTGCCGGCAAAGGAAGTTGTGTAGCTTTCCT 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1275 AGGAAACTACGAGGAGGCTCATGTGTTCACTGCTGGCAAAGGAAGTTGTGTAGCTTTCTT 1334
Query 1279 AACGAACTATCACATGAATGCACCTGCAAAAGTAGTGTTCAATAACCGACACTATACTCT 1338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1335 AACGAACTATCACATGAATGCACCTGCAAAAGTAGTGTTCAATAACCGACACTATACTCT 1394
Query 1339 ACCTGCTTGGTCCATCAGCATTCTTCCAGATTGTAGAAATGTTGTTTTCAACACTGCGAC 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 ACCTGCTTGGTCCATCAGCATTCTTCCAGATTGTAGAAACGTTGTTTTCAACACTGCGAC 1454
Query 1399 GGTTGCTGCAAAGACATCACATGTGCAAATGATGCCATCTGGTTCCATATTGTACTCGGT 1458
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 GGTTGCTGCAAAGACATCACATGTGCAAATGGTGCCATCTGGTTCCATATTGTACTCGGT 1514
Query 1459 TGCTAGATATGATGAAGATATTGCTACTTATGGAGACCGTGGGACAATCACAGCCCGTGG 1518
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1515 TGCTAGATACGATGAAGATATTGCTACTTATGGAAACCGTGGGACAATCACAGCTCGTGG 1574
Query 1519 ATTGTTGGAGCAGGTTAATGTTACACGAGATACAACTGATTACCTGTGGTACACAACCAG 1578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1575 ATTGTTGGAGCAGGTTAATGTTACACGAGATACAACTGATTACCTGTGGTACACAACCAG 1634
Query 1579 TGTGGATATTAAGGCGTCAGAATCATTCTTGCGTGGAGGAAAATGGCCGACTCTTATGGT 1638
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1635 TGTGGATATTAAGGCATCAGAATCATTCTTGCGTGGAGGAAAATGGCCAACTCTTACAGT 1694
Query 1639 GGATTCTGCAGGGCATGCTGTTCATGTGTTTGTCAATGGACATTTTTACGGATCCGCCTT 1698
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1695 GGATTCTGCAGGGCATGCTGTTCATGTGTTTGTCAATGGACATTTTTACGGATCTGCCTT 1754
Query 1699 TGGGACAAGAGAAAACAGAAAGTTTTCATTTAGCTCCCAAGTCAATCTACGAGGTGGAGC 1758
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 TGGAACAAGAGAAAACAGAAAGTTTTCATTTAGCTCCCAAGTCAATCTACGAGGTGGAGC 1814
Query 1759 TAACAGAATCGCACTACTGAGCGTAGCAGTTGGGTTGCCGAATGTTGGACCACATTTTGA 1818
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 TAACAAAATCGCACTACTGAGTGTAGCAGTTGGGTTGCCGAATGTTGGACCACATTTTGA 1874
Query 1819 GACATGGGCCACAGGAATCGTCGGGTCTGTGGTGCTTCACGGCCTTGGCGAAGGTAACAA 1878
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1875 GACGTGGGCCACAGGAATCGTCGGGTCTGTGGTGCTTCATGGCCTTGACGAGGGTAACAA 1934
Query 1879 AGACTTGAGTTGGCAGAAATGGACATATCAGGCTGGTCTGCGAGGGGAAGCAATGAACTT 1938
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1935 AGACTTGAGTTGGCAGAAATGGACTTATCAGGCTGGTCTGCGAGGGGAATCAATGAACTT 1994
Query 1939 GGTCTCTCCTACTGAAGATTCCTCTGTTGATTGGATCAAAGGCTCATTGGCTAAGCAAAA 1998
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 GGTCTCTCCTACTGAGGACTCCTCTGTTGATTGGATCAAAGGCTCATTGGCTAAGCAAAA 2054
Query 1999 CAAACAACCTTTGACATGGTACAAGGCCTACTTTGACGCGCCTAGAGGGAACGAGCCGCT 2058
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 CAAACAACCTTTGACATGGTACAAGGCCTATTTTGACGCGCCTAGAGGGAACGAGCCGCT 2114
Query 2059 GGCTTTGGATCTAAATAGTATGGGGAAAGGGCAAGCTTGGATAAACGGGCAAAGCGTAGG 2118
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2115 GGCTTTGGATCTAAAGAGTATGGGGAAAGGGCAAGCTTGGATAAACGGGCAAAGCATAGG 2174
Query 2119 AAGGTATTGGATGGCATTTGCCAAAGGAAACTGCGGAAGTTGTAACTACGCTGGAACTTA 2178
|| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2175 GAGATACTGGATGGCATTTGCCAAAGGAGACTGCGGAAGTTGTAACTACGCTGGAACATA 2234
Query 2179 CAGGCAAAACAAATGCCAATCTGGTTGTGGCGAGCCGACACAAAGATGGTATCATGTTCC 2238
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 CAGGCAGAACAAATGCCAGTCTGGTTGTGGCGAGCCGACACAAAGATGGTATCATGTTCC 2294
Query 2239 GCGTTCGTGGTTGAAGCCAAGAGGAAACTTGTTAGTACTCTTTGAAGAACTTGGTGGCGA 2298
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2295 GCGTTCGTGGTTGAAGCCAAAAGGGAACTTGTTAGTACTTTTTGAAGAACTTGGTGGAGA 2354
Query 2299 TATATCCAAAGTCTCTGTTGTGAAGAGATCAGTAAACTAACT-aaaaaa-aCT-C-AATA 2354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||
Sbjct 2355 TATATCCAAAGTCTCTGTTGTGAAGAGATCAGTAAACTAACTTAAAAAATAAAACCAATA 2414
Query 2355 TTGTGTGTGCATTACAC-AAATAGCATTACTCGTGCTGTGTTTAAATTATTCTTCTTTGT 2413
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||
Sbjct 2415 TTGTGTGTGCATTACACTAAA-AGCATTACTCGTGCTGTGTTTAATTTATCCCTCTTTGT 2473
Query 2414 -AATCAGAAACCAGATTTGAAACTCGAGATAGTTAT 2448
|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 GAA-CAGAAACCATATTTGAAACTCGAGATAGTTAT 2508
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121585719990
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5