BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474038
Length=2066
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G48930.1 | Symbols: AtGH9C1, GH9C1 | glycosyl hydrolase 9C1 ... 3121 0.0
> AT1G48930.1 | Symbols: AtGH9C1, GH9C1 | glycosyl hydrolase 9C1
| chr1:18101643-18104661 REVERSE LENGTH=2097
Length=2097
Score = 3121 bits (1690), Expect = 0.0
Identities = 1962/2091 (94%), Gaps = 28/2091 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCAGAGATTCACAATTTTGAACAAAGAAATTTTCTTAGGAGAGAAAAATTAGAA-TTAA 59
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| || |
Sbjct 1 ATCATAGATTCACAATTTTGAACAAAGAAAATTTCTTTGGAGAGAAAACTTAGAACTT-A 59
Query 60 GATTGATATAGAGAAATGAGGAAGTATGGTGGATCATTGTTCGGCTTAAGCCTATTGCTG 119
|||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 60 GATTGACATAGAGAAATGAGGAAGTTTGGTGGATCATTGTTCGGCGTAAGCCTATTGCTG 119
Query 120 ACCGTTCTTCTAGCGGCAGCAACCGCGGCAGCGGAGTACTATAACTACGGAAATGCCCTA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 120 TCCGTTCTTCTAGCGGCAGCAACCGCGGCAGCGGAGTACTATAACTACGGAAGTGCTCTT 179
Query 180 GACAAGACATTCTTGTTCTTTGAGGCTCAACGATCAGGGAAGTTGCCAGCTGCTCAGCGT 239
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 180 GATAAGACCTTCTTGTTCTTTGAGGCTCAACGATCAGGGAAGTTGCCAGCTGCTCAACGT 239
Query 240 GTCAAATGGCGTAGCCAC-TCTGGTCTCAAGGATGGTCTTGCTCAAGGAGTGAGCTTGGA 298
|||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 240 GTCAAATGGCGTGGCC-CTTCTGGTCTCAAGGATGGTCTTGCTCAAGGAGTGAGCCTGGA 298
Query 299 AGGAGGATATTACGATGCAGGAGACCACGTGAAATTCGGTTTACCAATGGCTTTCGCAGT 358
||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GGGAGGATATTATGATGCTGGAGACCATGTGAAATTCGGTTTACCAATGGCTTTCGCAGT 358
Query 359 GACAATGCTATCGTGGGCAGCTGTTGATAACCGGAAAGAGCTATCCAGTTCGAACCAAAT 418
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 359 GACGATGCTATCGTGGGCAGCGGTTGATAACCGGAAAGAGCTATCCAGTTCGAACCAGAT 418
Query 419 GCAACAGACATTATGGTCAATCAGATGGGGTACTGATTACTTCATCAAGGCTCATCCTCA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GCAACAGACATTATGGTCAATCAGATGGGGTACTGATTACTTCATCAAGGCTCATCCTCA 478
Query 479 GCCCAATGTTCTATGGGGTCAAGTTGGAGATGGAGAATCAGACCATTACTGTTGGGAACG 538
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ACCAAATGTTCTATGGGGTCAAGTTGGAGATGGAGAATCAGACCATTACTGTTGGGAACG 538
Query 539 ACCAGAGGACATGACCACTTCAAGAACAGCTTATAAGCTTGACCAGTACCATCCTGGCTC 598
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 539 TCCCGAGGACATGACCACTTCAAGAACAGCTTATAAGCTTGACCCGTACCACCCTGGCTC 598
Query 599 AGACTTAGCTGGTGAAACCGCTGCTGCTTTAGCCGCTGCTTCCTTGGCTTTCAAGCCATT 658
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GGACCTAGCCGGTGAAACCGCTGCTGCTTTAGCCGCTGCTTCCTTGGCTTTCAAGCCATT 658
Query 659 TAACTCCTCTTACTCTGCTCTCCTCTTAACTCATGCCAAAGAGCTCTTCTCATTTGCTGA 718
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TAACTCCTCTTACTCTGCTCTTCTCTTATCTCATGCCAAAGAGCTCTTCTCATTTGCTGA 718
Query 719 CAAGTACAGAGGACTATACACTGACTCAATCCCAAATGCAAAAGCTTTCTACATGTCATC 778
||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CAAGTACAGAGGACTATACACAAATTCTATCCCAAATGCAAAAGCTTTCTACATGTCATC 778
Query 779 TGGTTACTCGGATGAGCTTCTCTGGGCTGCAGCTTGGCTACACCGCGCCACCGGGGATCA 838
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGGTTACTCGGATGAGCTTCTTTGGGCTGCAGCTTGGCTACACCGCGCCACCGGGGATCA 838
Query 839 GTATTACTTGAAATATGCTATGGACAATTCCGGTTACATGGGCGGAACTGGCTGGGGAAT 898
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 839 GTATTACTTGAAGTATGCTATGGACAATTCCGGTTACATGGGAGGAACTGGCTGGGGGGT 898
Query 899 GAAAGAATTCTCTTGGGATAACAAATATGCCGGTGTTCAAATCCTTCTCTCCAAGATCTT 958
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GAAAGAGTTCTCTTGGGATAACAAATACGCCGGTGTTCAAATCCTTCTCTCCAAGATCTT 958
Query 959 GTTAGAAGGGAAAGGCGGTGTGTATACTTCGACATTGAAGCAATATCAGACGAAAGCCGA 1018
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 959 GTTAGAAGGGAAAGGCGGTATATATACTTCGACATTGAAGCAATATCAAACCAAAGCTGA 1018
Query 1019 CTACTTCGCTTGTGCTTGTCTCAAGAAGAATGGTGGCTACAACATTCAAACAACTCCTGG 1078
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTACTTCGCTTGTGCTTGCCTCAAGAAGAATGGTGGCTACAACATTCAAACAACTCCTGG 1078
Query 1079 TGGTTTAATGTATGTAAGAGAGTGGAACAATCTGCAGTATGCATCCGCGGCTGCTTATCT 1138
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1079 TGGTTTAATGTATGTTAGAGAGTGGAACAATCTGCAATATGCATCCGCGGCTGCGTATCT 1138
Query 1139 TCTCGCGATTTATTCAGATTATCTCTCTGCAGCAAATGCTAAACTCAATTGTCCTGATGG 1198
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1139 TCTCGCGGTTTATTCAGATTATCTCTCTGCAGCAAATGCTAAACTCAACTGCCCTGATGG 1198
Query 1199 TTTGGTGCAACCTCAAGCACTTCTTGACTTTGCTAGATCTCAGGCTGATTACATTCTTGG 1258
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TTTGGTGCAACCTCAGGGGCTTCTTGACTTTGCTAGATCTCAGGCTGATTACATTCTTGG 1258
Query 1259 AAAGAACCGACAAGGAATGAGTTATGTAGTTGGATATGGACCGAAATATCCAATTCATGT 1318
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1259 AAAGAACCGTCAAGGAATGAGTTATGTAGTTGGATATGGACCGAAATATCCAATCCGTGT 1318
Query 1319 TCACCATAGAGGCGCTTCAATCCCTTCAATCTTTGTTCAACGTTCTTTTGTGAGTTGTGT 1378
||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1319 TCATCATAGAGGCTCTTCAATCCCTTCAATATTTGCTCAACGTTCTTCTGTGAGTTGTGT 1378
Query 1379 TCAAGGGTTTGACTCTTGGTATAGAAGGTCTCAAGCTGATCCTAATGTTATCTATGGTGC 1438
||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1379 ACAAGGATTTGACTCTTGGTATAGAAGGTCTCAGGGTGATCCTAATGTTATTTATGGAGC 1438
Query 1439 TCTTGTTGGTGGACCGGACGAGAATGATAACTATTCCGATGACCGCTCAAATTACGAGCA 1498
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TCTTGTTGGTGGACCTGACGAGAATGATAACTATTCCGATGACCGCTCAAATTACGAGCA 1498
Query 1499 ATCAGAACCAACTTTGTCTGGAACAGCTCCACTTGTTGGCCTATTCGCTAAACTCTATGG 1558
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 ATCAGAACCAACATTGTCAGGAACAGCTCCACTTGTTGGCCTATTCGCTAAACTCTATGG 1558
Query 1559 TGGAAATTTAGGATCTTATGGAGGAGGGTCATATAAACCTTATGTAACTACAAAACCACC 1618
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1559 AGGAAGTTTAGGATCTTATGGAGGAGGATCATATAAACCTTATGAAACTACAAAACCAGC 1618
Query 1619 AG-TTATATCCTACAAAGCAACACCGACAACATACAGTCCAAAACAATCAGGTGCACAAA 1677
|| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGCTTC-ATCTTACAAAGCAACACCAACAACATACAGTCCAAAGCAATCAGGTGCACAAA 1677
Query 1678 TCGAGTTTCTTCATTCGATAACTACCAACTGGATGGCCGGGAACACAAGATACTATAGGC 1737
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TCGAGTTTCTTCATTCCATAACTAGCAACTGGATAGCCGGGAACACAAGATACTATAGGC 1737
Query 1738 ATAAAGTGATCATCAAGAACAATTCTCAAAAACCCATATCAGATCTCAAGCTTAAGATTG 1797
| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ACAAAGTGATCATCAAAAACAATTCTCAAAAACCAATATCAGATCTCAAGCTTAAGATTG 1797
Query 1798 AAGATCTCTCAGGACCTATCTGGGGTTTAAACCCAACAGGACAAAAGTATACTTACCAGC 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAGATCTCTCAGGACCTATCTGGGGTTTAAACCCAACGGGACAGAAGTATACTTACCAGC 1857
Query 1858 TTCCTCAATGGCAAAAGACTTTGAGACCAGGACAAGCTTATGATTTTGTCTATGTACAAG 1917
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TTCCTCAATGGCAAAAGACTTTGAGAGCAGGACAAGCTTATGATTTTGTCTATGTACAAG 1917
Query 1918 GTGGTCCTCAAGCTAAAGTCTCAGTTTTGAGTTACAACTAGT-------------T--CT 1962
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1918 GTGGCCCTCAAGCTAAAGTCTCAGTTTTGAGTTACAACTAGTGAGAAAACAACACTTTCT 1977
Query 1963 T---T-TT---GTTTATGCTTCTTATGAGTGAAAGATGTGAAAATAGCCAACCAAGTTGA 2015
| | || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1978 TCAATCTTTTTGTTTATGCTTATTATGAGTGAAAGATGTGAACATAGCCAACCAAGTTGA 2037
Query 2016 GACTAAATATGAGAAATGTAAATTTGTGTCCCTTCGTAGAGAATGCTTTTT 2066
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2038 GCCTAAATATGAGAAATGTAAATTTGTGACCCTTGGTAGAGAATGCTTTTT 2088
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102409111800
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5