BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474076
Length=1836
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G49380.1 | Symbols: | cytochrome c biogenesis protein famil... 2748 0.0
> AT1G49380.1 | Symbols: | cytochrome c biogenesis protein family
| chr1:18276707-18279528 FORWARD LENGTH=2055
Length=2055
Score = 2748 bits (1488), Expect = 0.0
Identities = 1740/1856 (94%), Gaps = 39/1856 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CCATTTTTATCCCCACGCAGCATA-AAGCTTGAGGAATGAGAAGATAAGAG--CTC---A 54
|||||||||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 13 CCATTTTTATCCCCACACAG-A-AGAAGCTTGGGGAATGAGAAGATAAGAGCTCTCAAAA 70
Query 55 -------AATTTCGAATATGATAGTAACACTAAACCCTAATATTCTCCATTTCTCCAAGC 107
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 71 TTCCCCGAATTTCGAATATGATTGTAACACTAAACCCTAAGATTCTCCATTTCTCCAAAA 130
Query 108 TCCATTCTTTTTCTCGATCTTCTTCGTATTTCTACAGAACTCGAAATGTCTCTCTGACCA 167
||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 131 TCCATCCTTTTTCTCGACCTTCTTCGTATCTCTGTAGAACTCGAAATGTGTCTCTGATAA 190
Query 168 CCAATTGCAAGCTTCAGAAGCCTCAAAATGGGAATCAGAGAAGTAGTAGTAACGGAAATC 227
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 191 CCAATTGCAAGCTTCAGAAGCCTCAAGATGGTAATCAGAGAAGTAGTAGTAACAGAAATC 250
Query 228 TCACGAAGACCATTTCACTTTCCGATTCAGCGCCGCCGGTTACGGAAGAGACCGTTG-GG 286
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | |
Sbjct 251 TCACGAAGACCATTTCACTTTCCGATTCAGCACCGCCGGTTACGGAGGAGACCGGCGATG 310
Query 287 GAAGTTTCCGGCGAtggaggtggtaatggtggtggaggtggaggaggaggagacggaaga 346
||| || | | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 311 GAA--TT--GTTAAGGGAGGTGGTAA---TGGTGGA---GGAGGAGGAGGAGACGGAAGA 360
Query 347 ggaggaTTAGGGTTTTTGAAGATATTACCAAGAAAGGTTTTGTCAGTTTTGTCTAATTTG 406
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 GGAGGATTAGGGTTTTTGAAGATTTTACCAAGAAAGGTTTTGTCAGTTTTGTCGAATTTG 420
Query 407 CCTCTTGCTATCACAGAAATGTTCACCATTGCTGCTCTCATGGCTCTTGGGACTGTGATT 466
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCACTTGCTATTACAGAAATGTTCACCATTGCTGCTCTCATGGCTCTTGGGACTGTGATT 480
Query 467 GAACAAGGTGAAACACCTGATTTCTATTTCCAAAAGTATCCAGAGGATAATCCTGTACTA 526
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAACAAGGTGAAACCCCTGATTTCTATTTCCAAAAGTATCCAGAGGATAATCCTGTACTA 540
Query 527 GGGTTCTTCACTTGGAGATGGATTTCCACACTTGGATTGGATCATATGTACTCTGCTCCT 586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGGTTCTTCACTTGGAGATGGATTTCCACACTTGGATTGGATCATATGTACTCTGCTCCT 600
Query 587 ATTTTTCTTGGGATGTTGGTTCTTTTAGCAGCTTCACTTATGGCTTGTACTTATACTACT 646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 ATTTTTCTTGGGATGTTGGTTCTTTTAGCAGCTTCACTTATGGCCTGTACTTATACTACT 660
Query 647 CAGATACCTTTGGTTAAGGTTGCAAGAAGATGGAGTTTTATGAAGTCAGATGAGGCAATT 706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAGATACCTTTGGTTAAGGTTGCAAGAAGATGGAGTTTTATGAAGTCAGATGAGGCAATT 720
Query 707 AAAAAGCAGGAGTTTGCAGATACTCTTCCAAGAGCATCCATTCAAGACTTAGGAATGATT 766
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 AAAAAGCAGGAGTTTGCAGATACTCTTCCTAGAGCTTCCATTCAAGACTTGGGAATGATT 780
Query 767 TTGATGGGTGATGGATTTGAGGTATTTATGAAGGGTCCTTCATTGTATGCTTTTAAGGGT 826
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 781 TTGATGGGTGATGGATTTGAGGTGTTTATGAAGGGTCCTTCATTGTATGCTTTTAAAGGT 840
Query 827 TTGGCTGGTCGATTTGCGCCTATTGGAGTACATATAGCAATGCTTCTGATTATGGTGGGT 886
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTGGCTGGTCGATTTGCACCTATTGGAGTACATATAGCAATGCTTCTGATTATGGTGGGT 900
Query 887 GGAACTCTTAGTGCGACCGGGAGCTTTAGAGGCTCGGTCACAGTTCCTCAAGGGCTAAAT 946
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 901 GGAACTCTTAGTGCTACCGGGAGCTTTAGAGGCTCGGTCACAGTTCCTCAAGGACTAAAT 960
Query 947 TTTGTCATGGGAGATGTATTAGCCCCAGTTGGGTTTTTCTCAATTCCAACAGATGCTTTT 1006
||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTTGTCATGGGAGATGTCTTAGCACCAATTGGGTTTTTCTCAATTCCAACAGATGCTTTT 1020
Query 1007 AATACCGAAGTTCATGTTAACCGATTCACCATGGATTATTATGATAGTGGAGAAGTCTCA 1066
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 AATACCGAAGTTCATGTTAATCGATTCACCATGGATTATTATGACAGTGGAGAAGTCTCA 1080
Query 1067 CAGTTTCACTCTGATCTTTCACTGCGTGACCTTAATGGGAAAGAGGTTCTAAGAAAAACA 1126
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1081 CAGTTTCACTCTGATCTTTCACTACGTGACCTTAATGGGAAAGAGGTTTTGAGAAAAACA 1140
Query 1127 ATTAGCGTTAATGATCCCTTGAGATATGGTGGAGTCACCGTATACCAGACAGATTGGAGT 1186
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATTAGCGTTAATGATCCCTTGAGATATGGTGGGGTCACCGTATACCAGACAGATTGGAGT 1200
Query 1187 TTCTCAGCCTTGCAGGTGACAAAAGATGGTGAAGGACCATTCAACTTGGCTATGGCACCT 1246
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTCTCAGCCTTGCAGGTGACAAAGGATGGTGAAGGACCATTCAACTTGGCTATGGCACCA 1260
Query 1247 ATCAAGATCAATGGAGACAAGAAGTTATATGGGACCTTCTTACCAGTTGGTGATACGAAT 1306
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1261 ATTAAGATCAATGGAGACAAGAAATTATATGGGACCTTCTTACCTGTTGGTGATACTAAT 1320
Query 1307 GCTCCCAATGTCAAAGGAATATCTATGCTAGCTCGGGATCTACAATCCATTGTTGTGTAT 1366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GCTCCCAATGTCAAAGGAATATCTATGCTAGCTCGGGATCTACAATCCATTGTTGTGTAC 1380
Query 1367 GATTTGGAAGGAAAATTCGCTGGAATAAGGAGACCAAACTCGAAGCTTCCCATTGAAATC 1426
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1381 GATTTGGACGGAAAATTCGCTGGAATAAGGAGACCAAGCTCGAAGCTTCCCATTGAGATC 1440
Query 1427 AATGGTATGAAGATCGTTATCGAGGATGCAATTGGAAGCACTGGCCTTGAGTTAAAGACT 1486
|||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AATGGTATGAAGATTGTTATTGAAGATGCAATTGGAAGCACTGGCCTTGAGTTAAAGACT 1500
Query 1487 GACCCAGGAGTACCAGTGGTCTATGCTGGTTTTGGTGCTCTAATGCTCACAACTTGTATC 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1501 GACCCAGGAGTACCAGTGGTCTATGCTGGTTTTGGTGCTCTAATGCTCACAACCTGTATC 1560
Query 1547 AGTTACTTATCTCATTCACAGATATGGGCGCTACAAAATGGAACAACATTGGTCGTAGGG 1606
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1561 AGTTACTTATCTCATTCACAGATATGGGCACTACAAAACGGAACAGCATTGGTCGTAGGG 1620
Query 1607 GGAAGAACAAACAGAGCCAAGAACCAATTCCCTGATGACATGAATCGTTTGCTCGATCAA 1666
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGAAAAACAAACAGAGCCAAGAACCAATTCCCTGATGACATGAATCGTTTGCTCGATCAA 1680
Query 1667 GTTCCTGAGCTAATCAAGAAGAATACTTCAGTTGTCTCCGAGCAATCTTGATTAGTTCTT 1726
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 1681 GTTCCGGAGTTAATCAAGAAGAATACTTCAGTTGTCTCTGAGCAATCTTGATTAGCTCTT 1740
Query 1727 CGAAATCTGATACATTTCAAGTCAGAACCAATATAGTTGTACAGAATTATGGAAAAGGTA 1786
||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1741 CGAC-TCTGATACATTTCAA---A---CCAATATAGTTGTACAGAATTATGGAACAGGTA 1793
Query 1787 TAGTTTTCAAGAACGCAT------TCTACATGTTGCTGATCATATGGGAAGAGAGA 1836
||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TAGTTTTGGAGAACACATACACACTCTACATGTTGCTAATCATATGGGAAGAGAGA 1849
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90862986450
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5