BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474152
Length=3268
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G50200.1 | Symbols: ALATS, ACD | Alanyl-tRNA synthetase | ch... 5299 0.0
> AT1G50200.1 | Symbols: ALATS, ACD | Alanyl-tRNA synthetase |
chr1:18591204-18598481 REVERSE LENGTH=3407
Length=3407
Score = 5299 bits (2869), Expect = 0.0
Identities = 3143/3275 (96%), Gaps = 19/3275 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTTT-ATTGTTATCCCTTAAAATAATATATCCTACGGAAAAGGAATCGGATTAAATAA 59
|||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 54 TTTTTTAAGTATTATCCCTTAAAATAATATATCTTGCGGAAAAGGAATCGGATTAAATAA 113
Query 60 A-TTAAACGGTAGAAAATAAAATAGGATAGGAGGGGAGAGAGAGAAAAGGTCTTAT-TTG 117
| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 114 ATTTTAACGGTAG-----AAAATAGGATAGGA--GGAGAGAGAG--AAGGTCTTTTATTG 164
Query 118 GTTTGAATGAGATTAGTGAACGCAGCTTTTCTTCTGATTTCTTCAACCAAACCTCCGTCT 177
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 165 GTTTGAATGAGATTAGTGAAGGCAGCTTCTCTTCTGATTTCTTCAACCAAACCTCCGTCT 224
Query 178 AGGGTTTTTTACTCTTCTCGTCTCCGCCGCCCTTCTTTCTCTCAATTCCGTTTTAGTTCC 237
||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 225 AGGGTTTTTTACTCTTCCCATCTCCGCCGCCCTTTTTTCTCTCACTTCCGTTTTTCTTCC 284
Query 238 TCTTCGTCGACGTCGTCCTCCGTCGCAGTCATGCCGGGTTCCGAACCATCGGAGACTCAG 297
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 TCTTCGTCGACGTCTTCCTCCGTCGCAGTCATGCCGGGTTCCGAACCATCGGAGACTCAG 344
Query 298 TGGCCAGCAAAGAGAGTCAGGGATACTTATGTCGATTTCTTCAAAGGCAAAGGCCACAAG 357
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 345 TGGCCAGCAAAGAGAGTCCGGGATACTTATGTCGATTTCTTCAGAGGCAAAGGCCACAAG 404
Query 358 TTCTGGCCATCAAGCCCCGTTGTTCCTCATAATGATCCCACTCTTCTCTTCGCTAACGCT 417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 405 TTCTGGCCATCAAGCCCCGTTGTTCCTCATAATGATCCTACTCTTCTCTTCGCTAACGCT 464
Query 418 GGAATGAACCAGTATAAGCCAATATTTTTGGGTACGGCCGATCCAAATACTGAGCTCAGC 477
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 465 GGAATGAACCAGTATAAGCCAATATTTTTGGGTACGGCCGATCCAAATACTGAGCTTAGC 524
Query 478 AAGCTAACTCGGGCATGTAACACCCAAAAGTGTATTCGTGCTGGTGGAAAACATAATGAT 537
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 525 AAGCTATCTCGGGCATGTAACACCCAAAAGTGTATTCGTGCTGGTGGAAAGCATAATGAT 584
Query 538 TTGGACGATGTCGGCAAAGATACGTACCATCACACCTTCTTTGAAATGCTTGGTAACTGG 597
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TTGGATGATGTCGGCAAAGATACGTACCATCACACCTTCTTTGAAATGCTTGGTAACTGG 644
Query 598 T-CTTTCGGAGATTATTTCAAGAAGGAAGCTATCGAATGGGCTTGGGAGCTCTTAACCAA 656
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TCCTTT-GGAGATTATTTCAAGAAGGAAGCTATCGAATGGGCTTGGGAGCTCTTAACCAA 703
Query 657 GGTCTATGGGCTACCGACTGATCGAATTTACGCTACCTATTTTGGCGGTGATGAGAAAGC 716
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GGTCTATGGGCTACCGACTGATCGAATCTACGCTACATATTTTGGCGGTGATGAGAAAGC 763
Query 717 TGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTAGAGATATATGGTTGCAGTTTCTCCCATCTGGACG 776
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||
Sbjct 764 TGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTAGGGATATATGGTTGAAGGTTCTTCCATCTGGACG 823
Query 777 CGTTCTGCCCTTTGGTTGCAAAGACAACTTCTGGGAAATGGGTGACACAGGTCCGTGTGG 836
|| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 824 TGTGCTGCCATTTGGTTGCAAAGACAATTTCTGGGAAATGGGCGACACAGGTCCGTGTGG 883
Query 837 ACCTTGTACTGAAATACATTATGATCGTGTTGGTAATCGTGATGCTGCATCCTTAGTTAA 896
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 ACCTTGTACTGAAATACATTATGATCGCATTGGTAACCGTGATGCTGCATCCTTAGTTAA 943
Query 897 CAATGACGATCCAACATGTTTAGAAATATGGAATCTTGTCTTTATTCAGTTCAACAGAGA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 944 CAATGACGATCCAACATGTTTAGAAATATGGAATCTTGTCTTTATTCAGTTCAACCGAGA 1003
Query 957 AAGTGATGGCTCACTAAAACCTCTGCCGGCTAAGCATGTTGATACCGGAATGGGATTCGA 1016
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1004 AAGTGATGGCTCGCTAAAACCTCTGCCTGCTAAGCATGTTGATACCGGGATGGGCTTCGA 1063
Query 1017 GAGGTTGACTTCTGTTCTTCAAAACAAAATGAGCAACTATGATACAGATGTGTTCATGCC 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 GAGGTTGACTTCTGTTCTTCAAAACAAAATGAGCAACTATGATACAGATGTGTTCATGCC 1123
Query 1077 TATCTTTGATGACATCCAAAAGGCAACGGGAGCTAGGCCATATTCTGGAAAAGTTGGTCC 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 TATCTTTGATGACATCCAAAAGGCAACGGGAGCTAGGCCATATTCTGGAAAAGTTGGTCC 1183
Query 1137 GGAAGATGATGACAGAGTTGACATGGCATATAGAGTGGTTGCTGATCATATTAGAACCCT 1196
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 GGAAGATGTTGACAGAGTTGACATGGCATATAGAGTGGTTGCTGATCATATTAGAACCCT 1243
Query 1197 ATCATTTGCCATCGCGGATGGCTCTCGTCCTGGTAATGAGGGCCGTGAGTATGTTCTGCG 1256
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 ATCATTTGCAATTGCGGATGGCTCTCGTCCTGGTAATGAGGGCCGTGAGTATGTTCTGCG 1303
Query 1257 GCGTATTCTTCGTCGAGCAGTTCGCTATGGAAAGGAGATCCTAAAAGCTGAAGAAGGGTT 1316
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1304 GCGTATTCTTCGTCGAGCGGTTCGCTATGGAAAGGAGATCCTAAAAGCTGAAGAAGGATT 1363
Query 1317 TTTCAATGGGCTTGTAAGTTCTGTTATTCGGGTGATGGGAGATGTCTTTACAGAGTTGAA 1376
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 TTTCAACGGGCTTGTAAGTTCTGTCATTCGGGTGATGGGCGATGTCTTTACAGAGTTGAA 1423
Query 1377 GGAACATGAGAAAAAGATCACAGAGATAATAAAAGAAGAAGAAGCAAGCTTTTGCAAGAC 1436
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 GGAACATGAGAAAAAGATCACAGATATAATTAAAGAAGAGGAAGCAAGCTTTTGCAAGAC 1483
Query 1437 CTTGGCGAAGGGAATTGAGAAATTTCAGAAAGCTGGACAGGCGGTTCAGGGGAATACACT 1496
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 CTTGGCAAAGGGAATTGAGAAATTTCGGAAAGCTGGACAGGCGGTTCAGGGGAATACACT 1543
Query 1497 GAGTGGAGAGGATGCTTTTGTCTTATGGGATACATATGGCTTCCCGTTAGATTTGACTCA 1556
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1544 GAGTGGAGATGATGCTTTTATCTTATGGGATACATATGGTTTCCCGTTAGATTTAACTCA 1603
Query 1557 GTTGATGGCTGAAGAAAGAGGGTTACTGGTTGATGTTGATGGTTTCAACAAAGCCATGGA 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 GTTGATGGCTGAAGAAAGAGGGTTACTGGTTGATGTTGATGGTTTCAACAAAGCCATGGA 1663
Query 1617 AGAGGCGAGGGAAAGATCGAGAAGTGCCCAGAATAAGCAAGCTGGTGGCGCCATTGTTAT 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1664 AGAGGCGAGGGAAAGATCGAGAAGTGCCCAGAATAAGCAAGCTGGTGGTGCCATTGTTAT 1723
Query 1677 GGATGCTGATGCTACATCAACATTGCACAAGACTGGTGTGTCAGCAACAGATGATTCTTT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 GGATGCTGATGCTACATCAACATTGCACAAGGCTGGTGTTTCAGCAACAGATGATTCTTT 1783
Query 1737 CAAATACATTTGGTTCCAGGATCACGAGAGTGAACTAAAGGCAATCTACACTGGCTCTAC 1796
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1784 TAAATACATTTGGTTCCAGGACCACGAGAGTGAACTAAAGGCAATCTATACTGGCTCTAC 1843
Query 1797 TTTCCTGGAAAGTTCAGCTGCTACTGATAACGTGGGACTAGTCTTGGGGTCTACAAGTTT 1856
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1844 TTTCCTAGAAAGTTCAGCTGCTAGTGATAACGTGGGACTAGTATTGGGGTCTACAAGCTT 1903
Query 1857 CTATGCTGAGCAGGGTGGTCAGATTTTTGACACAGGA-TTAATAGAAGGCTCGTTTGGTA 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1904 CTATGCTGAGCAGGGTGGTCAGATTTTTGACACTGGACTTA-TAGAAGGCTCGTTTGGGA 1962
Query 1916 CATTCAATGTGTGCAATGTCCAAATATTTGGGGGCTTTGTTCTTCATATTGGTTATCTCT 1975
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1963 CATTCAATGTATGCAATGTACAAATATTTGGGGGCTTTGTTCTTCACATTGGTTATCTCT 2022
Query 1976 CTAAAGAAACTGGAGAGGTATCTGTGGGGGATAAAGTGATTTGCAAGGTTGACTATGAGA 2035
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 CTAAAGAAACTGGAGAGGTATCTGTGGGTGATAAAGTGATTTGCAAGGTTGACTATGAGA 2082
Query 2036 GACGTAAACTCATCGCTCCTAATCATACTTGTACACATATGTTGAATTTTGCCCTGAAGG 2095
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2083 GGCGTAAACTCATCGCTCCTAATCATACTTGCACACATATGTTGAATTATGCCCTGAAGG 2142
Query 2096 AAGTGCTCGGGGATCATATTGATCAGAAGGGATCAATAGTTCTTCCTGAAAAATTGCGAT 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2143 AAGTGCTCGGGGATCATATTGATCAGAAGGGATCAATTGTTCTTCCTGAAAAACTGCGAT 2202
Query 2156 TTGATTTTTCCCATGGCAAGCCGGTTGATCCTGAAGATCTGAGAAGGATCGAATCCATAG 2215
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 TTGATTTTTCTCATGGCAAGCCGGTTGATCCTGAAGATTTGAGAAGGATCGAATCCATAG 2262
Query 2216 TGAATAAACAGATCAAGGATGAATTAGATGTATTTTCCAAGGAAGCAGTGCTTTCTGAAG 2275
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2263 TGAATAAACAGATCAAGGATGAATTAGATGTGTTTTCCAAGGAAGCTGTGCTTTCTGAAG 2322
Query 2276 CCAAGCGCATTAAAGGTCTAAGAGCAGTGTTTGGAGAAGTCTACCCTGATCCTGTCAGAG 2335
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2323 CCAAGCGCATCAAAGGTCTAAGAGCAGTGTTTGGAGAAGTCTACCCCGATCCCGTCAGAG 2382
Query 2336 TGGTGTCAATTGGGAG-ACAGGTTGAGGATCTTTTGGCTGATCCTGAAAACAATGAATGG 2394
|||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 TGGTGTCAATTGGGAGGA-AGGTTGAGGATCTCTTGGCTGATCCTGAAAACAATGAATGG 2441
Query 2395 TCATTGCTTTCTTCTGAGTTTTGTGGAGGAACCCACATAACAAACACCCGTGAAGCCAAA 2454
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2442 TCATTGCTTTCTTCCGAGTTTTGTGGAGGAACCCACATAACAAACACCCGCGAAGCCAAA 2501
Query 2455 GCGTTTGCTCTTCTATCAGAGGAGGGAATTGCTAAAGGTATTCGTAGGGTAACTGCTGTG 2514
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 GCATTTGCTCTTCTATCGGAGGAGGGAATTGCTAAAGGTATTCGTAGGGTAACTGCTGTG 2561
Query 2515 ACTACTGAATGTGCTTTTGATGCATTGAATGCGGCATCCTTACTTGAAAGAGAAGTAGAG 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 ACTACTGAATGTGCTTTTGATGCATTGAATGCGGCGTCCTTACTTGAAAGAGAAGTAGAG 2621
Query 2575 GATGCGTCCAGAGCGGAGGGAAGTGCATTGGAAAAGAAAGTTTCTGCTTTGAAAAGCCGA 2634
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 GATGCCTCCAGAGCGGAGGGAAGTGCATTGGAAAAGAAAGTTTCTGCTTTGAAAAGCCGA 2681
Query 2635 GTAGATGCAGCAATTATCCCAGCAGCTAAAAAGGCAGATATCAGGGCAAAAATTGCTTCG 2694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||
Sbjct 2682 GTAGATGCAGCAATTATCCCAGCAGCTAAAAAGGCAGATATTAGGACTAAGATTGCTTCG 2741
Query 2695 CTTCAGAATGAAGTAAGAAAAGCTCAGAAGAAAATAGCGGAACAAAACCTGAAAAAATCT 2754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 CTTCAGAATGAAGTAAGAAAAGCTCAGAAGAAAATAGCGGAACAAAACCTGAAAAAATCT 2801
Query 2755 GTCAAAGTAGCAACAGAGGCAGCTGAGTCCGCAGCATCAGATGGGAAAACTTTCTGCATA 2814
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2802 GTCAAATTAGCAACAGAGGCAGCTGAGTCCGCAGCATCAGATGGGAAGACTTTCTGCATA 2861
Query 2815 ATCCAGCTGGATGTTGGTCTTGATGCAGCAGCTGTGCGAGAGGCCGTTTCAAAAGTCATG 2874
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 ATCCAGCTGGATGTGGGTCTTGATGCAGCAGCTGTGCGAGAGGCCGTTTCAAAAGTCATG 2921
Query 2875 GAAAAGAAGGGAATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAAGCACAAACAAGGCAGTT 2934
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2922 GAAAAGAAGGGTATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAAGCACAAACAAGGCGGTT 2981
Query 2935 GTGTGTGCAGGAGTTCCAGAAAAATCAGACCAGTTCAAGCCGTTAGACGTCACCGAATGG 2994
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2982 GTGTGTGCAGGAGTGCCAGAAAAATCAGACCAGTTTAAGCCGTTAGACGTCACTGAATGG 3041
Query 2995 TTGACAACTGCATTGGGTCCTCTAAAAGGGAGGTGCGGGAAAGGAAAAGGTGGTCTTGCA 3054
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3042 TTGACAACTGCATTGGGTCCTCTAAAAGGAAGGTGCGGGAAAGGGAAAGGTGGTCTTGCA 3101
Query 3055 TCAGGACAGGGAACGGATGCTTCTCAAGTGCAGGCGGCTTTGGATATGGCTGCATCATTT 3114
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3102 TCAGGGCAGGGAACGGATGCTTCTCAAGTGCAGGCGGCTTTGGATATGGCTTCATCATTT 3161
Query 3115 GCATCAATGAAGCTCAACTGATTTGGTCGGGAGATTACATAATCTGTGAGGTCAGAATAA 3174
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3162 GCATCAATGAAGCTCAACTGATTTGGTCGGGAGGTTACATAATCTGTGAGGTCAGAATAA 3221
Query 3175 CCTCTACTTA-TTTGATTTCATTGTACACCGTTTTACACATGTTTTAAGAATCTGTTAAA 3233
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3222 CCTCTACTTAATTTGCTTTCATTGTACACCGTTTTACACATGTTTTAAGAATCTGTTAAA 3281
Query 3234 TTTCTCTGTTTTTGTGATGGAATTTGTTGTATCAC 3268
|||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3282 TTTCTCTGTTCTTGTGATGGAATTTGTGGTATCAC 3316
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162591062263
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5