BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474191
Length=2018
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G50600.1 | Symbols: SCL5 | scarecrow-like 5 | chr1:18737132-... 2950 0.0
> AT1G50600.1 | Symbols: SCL5 | scarecrow-like 5 | chr1:18737132-18739547
REVERSE LENGTH=2060
Length=2060
Score = 2950 bits (1597), Expect = 0.0
Identities = 1877/2007 (94%), Gaps = 39/2007 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTATTATTCCCCTGGTGGAAAGTAGGCAAGCAAGCAAGTGGTATCATCAACAAACAAAGC 60
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 17 TTATTATTCCCCTGGTGGAAAGTA-G---GCAAGCAAGTGGTATCATCAACAAACAAAGC 72
Query 61 ACTTCTC--CT--TT-GATTCTCTCTTTACCTTGAAGCTTCAAAATCAAAATATCAACCG 115
||||||| | || |||||||||||||||||||||| | || ||||||||||
Sbjct 73 ACTTCTCTTTTGATTCGATTCTCTCTTTACCTTGAAGC-T-----TC--AATATCAACCA 124
Query 116 AATATCTGTTCGTTGAAATCTCGAAGAATCTCTCAAACTCAGTCTCAAATCTGTCTCTCT 175
||| | | ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 125 AATCTTTTTTC-TCAAAATCTCAAAGAATCTCTCAAACTCAGTCTCCTATCTGTCTCTCT 183
Query 176 GCAAACTATCAACAACCAGATAATTTAGATATGGAAGCTACTCAGAAACATATGATTCAA 235
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 GCAAACTATTACCAACCAGATAATTTAGATATGGAAGCTACTCAGAAACATATGATTCAA 243
Query 236 GAAGGATCTTCAATGTTTTACCATCAACCATCTTCAGTCAAACAAATGGACCTTTCTGTT 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 GAAGGATCTTCAATGTTTTACCATCAACCATCTTCAGTCAAACAAATGGACCTTTCTGTT 303
Query 296 CAGACATTTGATTCTTACTGCACACTTGAATCCTCTTCAGGCACCAAGTCTCATCCTTGT 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 CAGACATTTGATTCTTACTGCACACTTGAATCCTCTTCAGGCACCAAGTCTCATCCTTGT 363
Query 356 CTTAACAACATCAACAATTCTTCTTCAACCACAAGCTTTTCCTCTAATGAAAGTCCTATT 415
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 364 CTTAACAACAAAAACAACTCTTCTTCAACCACAAGCTTTTCCTCTAATGAAAGTCCCATT 423
Query 416 TCGCAAGCCAACAACAACAACTTATCGCGGTTTAACAATCATTCCCCTGATGACAACAAC 475
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 424 TCTCAAGCCAACAACAACAACTTATCAAGGTTTAACAATCATTCCCCTGAAGAAAACAAT 483
Query 476 AACTCTCCGTTGAGCGGTTCTTCCGCGACAAACAACAACGAGACAGAGCTTAGTCTCATG 535
|||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 AACTCTCCCTTGAGCGGTTCTTCAGCGACAAACACCAACGAGACAGAGCTTAGTCTCATG 543
Query 536 CTTAAAGATTTGGAGACTGCAATGATGGAGCCTGATTTAGACAACAGCTTTAACCATCAA 595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||
Sbjct 544 CTTAAAGATTTGGAGACTGCAATGATGGAGCCTGATGTAGACAACAGCTATAACAATCAA 603
Query 596 GGCGGGTTTGGACAGCAACATAGAGTTGTTTCTTCAGCTATGTATAGATCTATGGAGATG 655
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 GGCGGGTTTGGACAGCAGCATGGAGTTGTTTCTTCAGCTATGTATAGATCTATGGAGATG 663
Query 656 ATCTCTAGGGGAGATTTAAAAGGAGTGCTCTATGAATGTGCTAAAGCTGTTGAAAACTAT 715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 664 ATCTCTAGGGGAGATTTAAAAGGAGTGCTCTATGAATGCGCAAAAGCTGTTGAAAACTAT 723
Query 716 GATTTGGAAATGACTGATTGGTTGATTTCTCAGTTACAGCAAATGGTTTCTGTTTCTGGT 775
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 GATTTGGAAATGACTGATTGGTTGATCTCTCAGTTACAGCAAATGGTTTCTGTTTCTGGT 783
Query 776 GAGCCTGTTCAGCGCTTAGGAGCTTATATGCTTGAAGGGCTTGTTGCTCGGTTGGCTTCT 835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||
Sbjct 784 GAGCCTGTTCAGCGCTTAGGAGCTTATATGCTTGAAGGTCTCGTTGCTAGGTTAGCTTCT 843
Query 836 TCGGGTAGCTCCATCTATAAAGCTTTGAGATGCAAAGACCCTACGGGTCCTGAGCTTCTT 895
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 844 TCGGGTAGCTCCATCTATAAAGCATTGAGATGCAAAGACCCAACGGGTCCTGAGCTTCTT 903
Query 896 ACTTATATGCATATCTTGTATGAAGCCTGCCCTTACTTCAAATTCGGTTATGAATCTGCT 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 ACTTATATGCATATCTTGTATGAAGCCTGCCCTTATTTCAAATTCGGTTATGAATCTGCT 963
Query 956 AATGGAGCTATAGCTGAAGCTGTGAAGAACGAAAGTTTTGTTCACATTATCGATTTCCAG 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 964 AATGGAGCTATAGCTGAAGCTGTGAAGAACGAAAGTTTTGTGCACATTATCGATTTCCAG 1023
Query 1016 ATTTCTCAAGGCGGTCAATGGGTGAGTTTGATCCGTGCTCTCGGTGCTCGACCTGGTGGA 1075
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1024 ATTTCTCAAGGTGGTCAATGGGTGAGTTTGATCCGTGCTCTTGGTGCTAGACCTGGTGGA 1083
Query 1076 CCTCCGAAAGTTAGGATAACGGGAATTGATGATCCAAGATCATCGTTTGCTCGACAAGGA 1135
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1084 CCTCCGAACGTTAGGATAACGGGAATTGATGATCCGAGATCATCGTTTGCTCGTCAAGGA 1143
Query 1136 GGACTTGAACTAGTTGGACAAAGACTCGGGAAGCTAGCGGAAATGTGCGGTGTGCCGTTT 1195
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1144 GGACTTGAGTTAGTTGGACAAAGACTTGGGAAGCTAGCTGAAATGTGCGGTGTTCCGTTT 1203
Query 1196 GAGTTCCACGGAGCTGCTTTATGCTGTACGGAAGTCGAAATCGAGAAGCTAGGAGTTAGA 1255
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 GAGTTCCATGGAGCTGCTTTATGCTGCACGGAAGTCGAAATCGAGAAGCTAGGAGTTAGA 1263
Query 1256 AATGGAGAAGCGCTTGCGGTTAACTTCCCGCTTGTTCTTCACCACATGCCTGATGAGAGC 1315
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 AATGGAGAAGCGCTCGCGGTTAACTTCCCGCTTGTTCTTCACCACATGCCTGATGAGAGT 1323
Query 1316 GTAACTGTGGAGAATCACAGAGATAGATTGTTGAGATTGGTCAAACGTTTGTCGCCAAAC 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1324 GTAACTGTGGAGAATCACAGAGATAGATTGTTGAGATTGGTCAAACACTTGTCACCAAAC 1383
Query 1376 GTCGTGACTCTGGTCGAGCAAGAAGCGAATACAAACACTGCGCCGTTTCTGCCCCGGTTT 1435
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1384 GTTGTGACTCTGGTTGAGCAAGAAGCGAATACAAACACTGCGCCGTTTCTTCCCCGGTTT 1443
Query 1436 GTCGAGACAATGAACCACTACTTGGCAGTTTTCGAATCAATCGATGTGAAACTCGCAAGA 1495
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1444 GTCGAGACAATGAACCATTACTTGGCAGTTTTCGAATCAATAGATGTGAAACTCGCTAGA 1503
Query 1496 GATCACAAGGAAAGGATCAATGTTGAGCAGCATTGTTTGGCTAGAGAGGTTGTGAATCTA 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 GATCACAAGGAAAGGATCAATGTTGAGCAGCATTGTTTGGCTAGAGAGGTTGTGAATCTT 1563
Query 1556 ATAGCTTGCGAAGGTGTCGAAAGGGAAGAGAGGCACGAGCCACTCGGGAAATGGAGGTCT 1615
|||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1564 ATAGCTTGTGAAGGTGTTGAAAGAGAAGAGAGGCACGAGCCACTAGGGAAATGGAGGTCT 1623
Query 1616 CGGTTTCACATGGCGGGGTTTAAACCGTATCCGCTGAGCTCGTATGTGAACGCAACAATC 1675
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 CGGTTTCACATGGCGGGATTTAAACCGTATCCTTTGAGCTCGTATGTGAACGCAACAATC 1683
Query 1676 AAAGGATTGCTTGAGAGTTACTCAGAGAAGTATACTCTTGAAGAAAGAGATGGAGCATTG 1735
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 AAAGGATTGCTTGAGAGTTATTCAGAGAAGTATACACTTGAAGAAAGAGATGGAGCATTG 1743
Query 1736 TATTTAGGATGGAAGAATCAACCTCTTATCACTTCTTGTGCTTGGAGGTAGGTAACAAAT 1795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1744 TATTTAGGATGGAAGAATCAACCTCTTATCACTTCTTGTGCTTGGAGGTAACTAATAAA- 1802
Query 1796 TTAAACTT-TGCTTTTTC-GA-GAGATTAGGAACTTCTTTTACAGTTTGCAGAATATGTT 1852
|| ||| | | |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1803 --AACCTTGTTCGGTTTCAGAAGAGATTAGAAACTTCTTTTAAAGTTTGCAGAATCTGTT 1860
Query 1853 TGTAAAAGTAAAACTCATGCATGATCCGAAGGAACAAGTTGTCAAATTAATGTTGTAGTA 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 TGTAAAAGTAAAACTCATGCATGATCCGAAGGAACAAGTTGTCAAAT----GTTGTAGTA 1916
Query 1913 GTA-GTAAGTGTTGTTGATGATCCCATATATGTTGAAAGTTTATGttttttt----CTT- 1966
||| || | | | |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 1917 GTAAGTGA-TAT-GTTGATGACCCCATATATGTTTAAGGTTTATGTTTTTTTTTTTCTTT 1974
Query 1967 -C--ACAAGAAACTATGATTTGACATC 1990
| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1975 TCTCACAACAAACTATGATTTGACATC 2001
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99999485640
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5