BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474334
Length=2241
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G52190.1 | Symbols: | Major facilitator superfamily protein... 3506 0.0
> AT1G52190.1 | Symbols: | Major facilitator superfamily protein
| chr1:19434509-19438971 FORWARD LENGTH=2284
Length=2284
Score = 3506 bits (1898), Expect = 0.0
Identities = 2134/2248 (95%), Gaps = 16/2248 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ctctctttctctctcaaatcacttgcaaagacaaagatcttccacttcctcttcttcttc 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 13 CTCTCTCTCTCTCTCAAATCACTTGCAAAGACAAAGATCTTCCACTTCCTCTTCTTCTTC 72
Query 61 ttcttcccttttt-tttttAC-CTTTCTCTGT-TTCA--CTCTCCTATATAAAGATCACT 115
|||| ||||||| ||| | || |||| | | | |||| ||||||||| ||||||
Sbjct 73 CTCTT-CCTTTTTGCCTTT-CTCTGTCTCCCTCTAGAGTCTCTTCTATATAAATATCACT 130
Query 116 AGATTTAGTGTTTGATC-AATCACATTCAACAATGGAGAACCCTCCTAATGAAACCGAGG 174
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 131 AGATTTAGTGTTTGATCAAATCACATTCAACAATGGAGAACCCTCCCAATGAAACCGAGG 190
Query 175 CTAAGCAGATCCAACCCAATGAAGGCaaaaaaaCAAAGGGTGGAATCATCACCATGCCTT 234
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 191 CTAAGCAAATCCAAACCAATGAAGGCAAAAAAACAAAGGGTGGAATCATCACTATGCCTT 250
Query 235 TTATCATAGCAAACGAGGCGTTCGAGAAAGTGGCGAGTTATGGATTATTACCAAACATGA 294
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 251 TTATCATAGCTAACGAGGCGTTTGAGAAAGTGGCGAGTTATGGATTACTACCAAACATGA 310
Query 295 TTATGTACTTAATCAGAGATTACAGATTTGGAGTAGCAAAAGGAACAAATGTGCTCTTCA 354
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 311 TTATGTACTTAATCAGAGATTATAGATTTGGAGTAGCAAAAGGAACAAATGTGCTTTTCA 370
Query 355 TGTGGTCTGCTGCATCAAATTTCACTCCTCTCTTGGGTGCTTTTCTCTCTGATTCCTATC 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 TGTGGTCTGCTGCATCAAATTTCACTCCTCTCTTGGGTGCTTTTCTCTCTGATTCCTATC 430
Query 415 TTGGTCGCTTCCTCACCATCTCCATTGCTTCTCTCTCCAGTTTCTTGGGGATGGTGCTTT 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 431 TTGGTCGCTTCCTCACCATCTCCATTGCTTCTCTCTCCAGTTTCTTGGGAATGGTGCTTT 490
Query 475 TATGGCTAACTGCAATGTTACCACAAGTGAAGCCATCGCCTTGCGATCCCACAGCAGCTG 534
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 491 TATGGCTAACTGCAATGTTACCACAAGTGAAGCCATCGCCTTGCGATCCCACAGCAGCCG 550
Query 535 GAAGTCACTGTGGGTCTTCGACCGCGTCTCAGCTGGCTCTTTTGTATTCCGCATTTGCCC 594
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 GAAGCCACTGTGGGTCTTCGACCGCATCTCAGCTGGCTCTTTTGTATTCCGCATTTGCCC 610
Query 595 TTATATCGATTGGGTCAGGCGGTATCAGACCGTGTTCCTTAGCATTTGGAGCTGATCAAT 654
|||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 TTATATCGATCGGGTCAGGCGGGATCAGACCATGTTCCTTAGCATTTGGAGCTGATCAAC 670
Query 655 TAGACAACAAAGAGAATCCAAAGAACGAAAGAATTCTCGAGAGTTTCTTTGGTTGGTACT 714
|||||||||||||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 TAGACAACAAAGAGAACCCAAAAAATGAAAGAGTTCTCGAGAGTTTCTTTGGTTGGTACT 730
Query 715 ATGCTTCCTCGGCTGTGGCTGTACTCATCGCATTCACGGGAATTGTATACATTCAGGAGC 774
| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 731 ACGCTTCCTCAGCTGTGGCGGTTCTCATCGCGTTCACGGGTATTGTATACATTCAGGAGC 790
Query 775 ATCTCGGATGGAAAATCGGGTTTGGAATACCTGCGGTCCTCATGTTGATCGCTGCTTTAC 834
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 791 ATCTCGGGTGGAAAATCGGGTTTGGAGTACCTGCGGTCCTCATGTTGATCGCTGCTTTGC 850
Query 835 TATTCATTCTCGCGTCTCCTCTCTATGTTACACGTGGTGTGACCAAGAGTCTCTTCACCG 894
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 TATTCATTCTTGCGTCTCCTCTCTATGTTACACGTGGTGTGACCAAGAGTCTCTTCACCG 910
Query 895 GTTTAGCTCAAGCGGTTGTTGCAGCTTACAAGAAGAGGAAGCTAACTCTACCAGATCATC 954
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 911 GTTTAGCTCAAGCGATTGTTGCAGCTTACAAGAAGAGGAAGCTAAGTCTACCAGATCATC 970
Query 955 ATGACTCCTTTGATTGTTATTATCACATGAAAGATTCTGAAATCAAAGCTCCAAGTCAAA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 ATGACTCCTTTGATTGTTATTATCACATGAAAGATTCTGAAATCAAAGCTCCAAGTCAAA 1030
Query 1015 AGTTGAGGTTTTTGAATAAAGCTTGTTTAATAAGTAACCGTGAGGAGGAGATTGGGTCAG 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 AGTTGAGGTTTTTGAATAAAGCTTGTTTAATAAGTAACCGTGAGGAGGAGATTGGGTCAG 1090
Query 1075 ATGGGTTTGCTTTGAATCCATGGAGGCTATGCACAACAGACAAAGTAGAGGAGCTTAAGG 1134
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 ATGGGTTTGCTTTGAATCCATGGAGGCTATGTACAACAGACAAAGTAGAGGAGCTTAAGG 1150
Query 1135 CATTGATCAAAGTCATACCGATATGGTCCACAGGTATAATGATGTCCATAAACACTAGCC 1194
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 CATTGATCAAAGTCATACCCATATGGTCCACAGGTATAATGATGTCCATAAACACTAGCC 1210
Query 1195 AAAGCTCGTTTCAGTTGCTGCAAGCGACTTCTATGGACAGGCGTCTGAACCGCCATGGTT 1254
|||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1211 AAAGTTCGTTTCAGTTACTGCAAGCGACTTCCATGGACAGGCGTCTGAGCCGCCATGGTT 1270
Query 1255 CAAGCTTTCAAGTTCCAGCTGGATCATTCGGTATGTTTACAATCATAGCTCTAGCCCTGT 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1271 CAAGCTTTCAAGTTCCAGCTGGATCATTCGGTATGTTCACAATCATAGCTCTAGCCCTAT 1330
Query 1315 GGGTCGTTCTATATGACCGTGCGGTTATCCCACTAGCTTCAAAGATTCGAGGTAGACCTT 1374
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 1331 GGGTCATTCTATATGACCGTGCGGTTATCCCATTAGCTTCCAAGATCCGAGGCAGACCTT 1390
Query 1375 TTAGACTCAGCGTTAAGCTAAGAATGGGATTAGGGTTATTCATGTCATTTTTGGCAATGG 1434
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1391 TTAGACTTAGCGTTAAGCTAAGAATGGGATTAGGATTATTCATGTCATTCTTAGCAATGG 1450
Query 1435 CGATTTCCGCAATGGTTGAAAGCTTCAGAAGGAAAAAAGCTATAAGCCAAGGGTATGCAA 1494
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1451 CAATTTCCGCAATGGTTGAAAGCTTCAGAAGGAAAAAAGCTATAAGCCAAGGATATGCAA 1510
Query 1495 ACAATGCCAATGCTGTGGTAGACATCTCAGCGATGTGGCTTGTGCCACAATATGTGCTAC 1554
||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1511 ACAATTCAAATGCTGTGGTAGACATCTCAGCAATGTGGCTTGTGCCACAATATGTTCTAC 1570
Query 1555 ATGGATTAGCAGAGGCTCTTACCGCAATAGGACAGACTGAGTTTTTCTACACCGAGTTTC 1614
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 ATGGTTTAGCAGAGGCTCTTACCGCAATAGGACAGACTGAGTTTTTCTACACCGAGTTTC 1630
Query 1615 CTAAAAGCATGTCTAGCATCGCTGCTTCTCTCTTCGGTCTAGGAATGGCTGTGGCTAGTC 1674
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 CTAAAAGTATGTCTAGCATCGCGGCTTCTCTCTTCGGTTTAGGAATGGCTGTGGCTAGTC 1690
Query 1675 TATTGGCAAGTGTGGTCCTCAATGCGGTCAATGAACTAACCTCAAGAAATGGTAAAGAGA 1734
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1691 TATTGGCAAGCGTGGTCCTCAATGCGGTCAATGAACTAACTTCTAGAAATGGTAAAGAGA 1750
Query 1735 GTTGGGTTTCGGACAACATTAACAAGGGTCATTACAACTATTACTATTGGGTACTCGCGA 1794
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 GTTGGGTTTCAGACAACATTAACAAGGGTCACTACAACTATTACTATTGGGTACTCGCGA 1810
Query 1795 TAATGAGCTTCATCAATGTGATCTACTACGTGATATGTAGCTGGTCGTATGGTCCTTTGG 1854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 TAATGAGCTTCATCAATGTGATCTACTACGTGATATGTAGCTGGTCGTATGGTCCTTTGG 1870
Query 1855 TCGACCAGGTAAGGAATGGTAGGGTTAATGGTGTGAGAGAGGAAGAGGAGCTGCTTGACA 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1871 TCGACCAGGTAAGGAATGGTAGGGTTAATGGTGTGAGAGAGGAAGAGGAGTTGATTGACA 1930
Query 1915 TTGTTGGGAAAGGCTTCGAGAAGGAAGATCTAAGTCCAGTTATTAAAACCATTTAAGGAA 1974
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 1931 TTGTTGGCAAAGGATTCGAGAAGGAAGATCTAAGTCCAGTTGTTAAAACCAATTAAGGAA 1990
Query 1975 TTATAGGTCTTGCAAGCTTGTATTTTGTCTATAAAGGGAGCGAAAAAACTATATATAGGA 2034
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||
Sbjct 1991 CAATAGGTCTTGCAAGCTTGTATTTTGTTTATAAAGGGAGCGATAAA-CTATA----GGA 2045
Query 2035 AATGGTATTTTATTGTTTTGGTGTGTGGTGTTATTAAGTGTTAATTAAAGTCTATATAGA 2094
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 AATGATATTTTATTGCATTGGTGTGTGGTGTTATTAAGTGTTAATTAAAGTCTATATAGA 2105
Query 2095 TTTGTAATTAGATTGAATTATGTATTTGGGTTTTAATTAGGGTTTTTGATGAAAATGTCA 2154
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2106 TTTGTAATTAGATTGAATTATGTGTTTGGGTTTTCATTAGGGTTTTTGATGAAAAGGT-A 2164
Query 2155 ACGGTTTTTTGGTTGTGTACAAGCCAAAGTGGTTGTTGTAttttttttttt-GTGTTATT 2213
| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2165 ATGGTTTTT-GGTTGTATACAAGCCAAAGTGTTTGTTGTATTTTTTTTTTTCGTGTTATT 2223
Query 2214 GCAATTCATGGAGTCTTCTGTCTATATT 2241
|||||||| |||||||| ||| ||||||
Sbjct 2224 GCAATTCAAGGAGTCTTGTGTATATATT 2251
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111194207175
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5