BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474891
Length=2450
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G64550.1 | Symbols: ATGCN3, GCN3 | general control non-repre... 3993 0.0
> AT1G64550.1 | Symbols: ATGCN3, GCN3 | general control non-repressible
3 | chr1:23968779-23973614 FORWARD LENGTH=2464
Length=2464
Score = 3993 bits (2162), Expect = 0.0
Identities = 2343/2428 (96%), Gaps = 22/2428 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTATCAAATCAGTTTTTGTGGAATTTTGAATCTCGTCGCTTCTGTGTTTGGCCATGACTG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 20 TTATCAAATCAGTTTTTGTGGAATTTTGAATCTCGTCGCTTCTGTG-TTGGCTATGACTG 78
Query 61 AAGTTGCGAGCTCGGTGGTGTATGAAGTGCTCGGACGCAGAGCTCAGGATGTGGACGAGC 120
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 79 AAGTTGCGAGCTCAGTGGTGTATGAAGTGCTCGGACGCAGAGCTCAGGATGTGGACGAGC 138
Query 121 CGATTATGGACTACATCATCAATGTCCTCGCTGATGAAGATTTCGACTTCGGTGAGGAAG 180
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 CGATTATGGACTACATCATTAATGTCCTCGCTGATGAGGATTTCGACTTCGGTGAGGAAG 198
Query 181 GTGAAGGTGCCTTTGATGCCGTCGGTGAGCTCCTCGTCGCTGCTGAATGCGTTTCCGATT 240
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 GTGAAGGCGCCTTTGATGCCGTCGGTGAGCTCCTCGTCGCTGCTGAATGCGTTTCCGATT 258
Query 241 TCGAAGAGTGCCGTTTGGTTTGTAGCAAACTGTCGGATAAGTTTGGAAAGCATGGATTGG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 259 TCGAAGAGTGCCGTTTGGTTTGTAGCAAACTGTCGGATAAGTTTGGAAAGCATGGATTGG 318
Query 301 TGAAGCCTACACCAACTGTGAGGAGTCTTGCTATGCCTGTGCGGATGAACGATGGAATGG 360
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 319 TGAAGCCTACACCTACTGTGAGGAGTCTTGCTATGCCTGTGCGGATGAACGATGGGATGG 378
Query 361 ATGATGGACCGGTGAAGAAGAAGAAGCCGGAGCCTGTGGATGGCCCTTTGCTCACTGAAC 420
|||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 379 ATGATGGACCTGTTAAGAAGAAGAAGCCAGAGCCTGTGGATGGGCCTTTGCTCACTGAAC 438
Query 421 GTGACTTGGCTAAGATTGAAAGGAGAAAGAAAAAGGATGATCGCCAAAGAGAGCTACAAT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 439 GTGACTTGGCTAAGATTGAAAGGAGAAAGAAAAAGGATGATCGCCAAAGAGAGCTACAAT 498
Query 481 ATCAACAGCATGTTGCTGAAATGGAAGCCGCTAAAGCAGGGATGCCTACTGTTAGTGTCA 540
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 ATCAGCAGCATGTTGCTGAAATGGAAGCCGCTAAAGCAGGGATGCCTACTGTTAGTGTCA 558
Query 541 ATCATGACACTGGTGGTGGCTCTGCCATCAGAGATATTCATATGGATAACTTTAATGTTT 600
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 ATCATGACACTGGTGGTGGCTCTGCTATCAGAGATATTCATATGGATAACTTTAATGTTT 618
Query 601 CTGTTGGTGGCCGTGACCTGATTGTCGATGGATCAATCACCCTCTCTTTTGGACGCCATT 660
||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 619 CTGTTGGAGGCCGTGATCTCATTGTCGATGGATCAATCACCCTCTCTTTTGGACGTCATT 678
Query 661 ACGGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGGAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGC 720
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 ACGGTCTTGTAGGACGTAATGGTACCGGAAAAACAACTTTTTTGAGGTATATGGCTATGC 738
Query 721 ATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGTCGAACAAGAAGTGGTTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 739 ATGCTATAGAGGGTATTCCTACTAATTGCCAGATATTGCATGTTGAACAAGAAGTCGTTG 798
Query 781 GTGACAAGACAACAGCCTTACAATGCGTTCTTAACACTGATATTGAAAGAACCAAGCTGT 840
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 799 GTGACAAGACAACAGCCTTACAGTGCGTTCTTAACACTGATATTGAAAGAACCAAACTGT 858
Query 841 TGGAAGAAGAAATTCAAATACTGGCAAAGCAGAGAGAAATGGAAGAACCCACAGCTAAGG 900
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 859 TGGAAGAAGAGATTCAAATACTAGCAAAGCAGAGAGAAACGGAAGAACCCACAGCTAAGG 918
Query 901 ATGGATTGCCTACCAAAGACACACTTGAAGGAGATCTTATGTCTCAAAGGCTTGAAGAAA 960
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 ATGGAATGCCTACCAAAGACACAGTTGAAGGAGATCTTATGTCTCAAAGGCTTGAAGAAA 978
Query 961 TATACAAAAGGCTTGATGCAATTGATGCTTATACTGCTGAGGCTCGGGCAGCTAGTATCC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 TATACAAAAGGCTTGATGCAATTGATGCTTATACTGCTGAGGCTCGGGCAGCTAGTATCC 1038
Query 1021 TTGCTGGTCTAAGTTTCACTCCAGAAATGCAGCTGAAAGCTACAAATACATTTTCAGGAG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1039 TTGCTGGTCTAAGTTTCACTCCAGAAATGCAGCTGAAAGCTACAAATACTTTTTCAGGAG 1098
Query 1081 GATGGAGGATGCGAATTGCACTTGCTCGTGCACTATTTATAGAGCCTGATTTGTTGTTGC 1140
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 GATGGAGAATGCGAATTGCACTTGCTCGTGCACTATTTATAGAGCCTGATTTGTTGTTGC 1158
Query 1141 TTGATGAACCTACGAACCATCTTGATCTCCATGCTGTCTTATGGTTAGAAACATATCTAA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 TTGATGAACCTACGAACCATCTTGATCTCCATGCTGTCTTATGGTTAGAAACATATCTAA 1218
Query 1201 CGAAGTGGCCAAAAACATTTATAGTCGTTTCCCATGCTAGGGAATTCTTGAACACGGTGG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 CGAAGTGGCCAAAAACATTTATAGTCGTTTCCCATGCTAGGGAATTCTTGAACACGGTGG 1278
Query 1261 TCACGGACATCATCCATTTGCAAAACCAAAAACTAAGTACCTATAAGGGAAATTATGATA 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1279 TCACGGACATCATCCATTTGCAAAACCAAAAACTAAGTACCTATAAAGGAAATTATGATA 1338
Query 1321 TTTTCGAAAGAACACGGGAAGAACAAGTGAAAAATCAACAAAAAGCTTTTGAATCAAGTG 1380
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 TCTTCGAAAGAACACGGGAAGAACAAGTGAAAAATCAGCAAAAAGCTTTTGAATCAAGTG 1398
Query 1381 AACGATCACGGTCACATATGCAGGCGTTCATTGATAAATTTCGTTACAATGCAAAGAGGG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 AACGATCACGGTCACATATGCAGGCGTTCATTGATAAATTTCGTTACAATGCAAAGAGGG 1458
Query 1441 CGTCTCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGGCATTGGACCGACTGGCTCATGTGGATCAAGTTA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 CGTCTCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGGCATTGGACCGACTGGCTCATGTGGATCAAGTTA 1518
Query 1501 TTAATGATCCCGACTATAAATTTGAATTCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCTCCCA 1560
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1519 TTAATGATCCTGACTATAAATTTGAATTCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCTCCCA 1578
Query 1561 TTATCAGTTTTAGTGATGCATCATTTGGCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAGGAACC 1620
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 TCATCAGTTTTAGTGATGCATCATTTGGCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAGGAACC 1638
Query 1621 TAAATTTCGGAATAGATCTGGACAGCCGTATCGCAATGGTGGGACCGAATGGTATTGGTA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1639 TAAATTTCGGAATAGATCTGGACAGCCGTATTGCAATGGTGGGACCCAATGGTATTGGTA 1698
Query 1681 AATCAACAATACTCAAACTTATTTCTGGGGATCTGCAACCAAGCTCTGGAACAGTTTTCC 1740
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AATCAACAATACTCAAACTTATTTCTGGCGATCTGCAACCAAGCTCTGGAACAGTTTTCC 1758
Query 1741 GTTCTGCCAAGGTTCGAGTTGCAGTTTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGACTAGACCTTT 1800
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 GTTCTGCTAAGGTTCGAGTTGCAGTCTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGACTAGACCTTT 1818
Query 1801 CTTCGAATCCTCTTCTATATATGATGCGCTGCTACCCAGGAGTACCGGAACAAAAGCTCA 1860
| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1819 CATCGAATCCTCTTCTATATATGATGAGATGCTACCCAGGAGTACCAGAACAAAAGCTGA 1878
Query 1861 GAAGTCACTTGGGTTCTCTTGGTGTCACTGGAAATCTTGCACTGCAGCCCATGTACACTT 1920
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 GAAGTCACTTGGGTTCTCTTGGGGTAACTGGAAATCTTGCACTGCAGCCCATGTACACTT 1938
Query 1921 TATCAGGTGGTCAGAAAAGCAGAGTTGCATTTGCGAAGATAACATTCAAGAAACCACACT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 TATCAGGTGGTCAGAAAAGCAGAGTTGCATTTGCGAAGATAACATTCAAGAAACCACACT 1998
Query 1981 TGCTATTGCTTGATGAGCCGTCCAATCATCTTGATCTGGATGCTGTGGAAGCTTTGATTC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1999 TGCTATTGCTTGATGAGCCGTCCAATCATCTTGATTTGGATGCCGTGGAAGCTTTGATTC 2058
Query 2041 AAGGACTTGTCTTATTCCAAGGCGGTATTTGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATAT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 AAGGACTTGTCTTATTCCAAGGCGGTATTTGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATAT 2118
Query 2101 CGGGAAGCGTGGACGAGTTGTGGGTTGTGTCAGATGGCAGGATTGCACCATTCCATGGAA 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 CGGGAAGCGTGGACGAGTTGTGGGTTGTGTCAGACGGCAGGATTGCACCATTCCATGGAA 2178
Query 2161 CCTTCCATGACTACAAGAAACTTCTCCAATCTTCAACTTAAGCTGCGCTGCATTTAT--- 2217
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2179 CCTTCCATGACTACAAGAAGCTTCTCCAGTCTTCAACTTAAGCTGCGCCGCATTTCTTGT 2238
Query 2218 ATTCCCCAAATCCATGTTGCGTTTTGCGTTTTGTTTACCCTCGCAATACGACAC--GAGT 2275
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 2239 ATTCCCCAAATCCATGTTGCGTTTT---T---GTTTACCCTC--AATACGACACAAGAGT 2290
Query 2276 CCTTTATTATACCTGAGA-TTTGGCGACCGTATTTTGCTTTATGTCTTAAGGTTGAAACT 2334
||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2291 CCTTTAT-A--CCTGAGAATTTGGCGACAGTATTTTGCTTTATGTATTAAGGTTGAAACT 2347
Query 2335 AAAAAGAAATACTGTAAAAACATTATACTTGTTGGAACACGAAAGTATTCATATCCTCCA 2394
||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||| |||||||| |||||||||| |
Sbjct 2348 AAAAAGAAATACTGTAAAATCAT-ACACTTGGTGGAGCACGAAAGGATTCATATCC---A 2403
Query 2395 ATGTGCATCATTCGTAAAATTGTGAACG 2422
||||| ||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2404 ATGTGAATCATCCGTAAAATTGTAAACG 2431
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121554502889
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5