BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg474974
Length=3389
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G63810.1 | Symbols: | CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nrap prot... 5376 0.0
> AT1G63810.1 | Symbols: | CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nrap protein
(InterPro:IPR005554); Has 396 Blast hits to 382 proteins
in 182 species: Archae - 3; Bacteria - 2; Metazoa - 142;
Fungi - 146; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60
(source: NCBI BLink). | chr1:23669532-23675898 REVERSE LENGTH=3447
Length=3447
Score = 5376 bits (2911), Expect = 0.0
Identities = 3229/3380 (96%), Gaps = 31/3380 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 CAAGCTCCGCCGTCGATTTTCTCAGAAGGAGAAGAAGAAGATAATCTAATTTCTAAATTG 89
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 45 CAAGCTTCGCCGTCGATTTTCTCCTCCTCTGAAGAAGAAGATAATTTAATTTCTAAA-T- 102
Query 90 CCTCGAGAATCCAGTACCAGTAACCATGGAGGCAGATACTAAGACAGACTCTCGTACTCT 149
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 103 CATCGAGAATCCAGTACCAGTAACCATGGAGGCAGATACTAAGACAGACTCTCGTACTCT 162
Query 150 GAAAGTTAACGACTTGTTAAAAGACGTTCGCTTAGATTACGATTCTCTCAGCAAGCTTGT 209
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 163 GAAAGTTAACGACTTGTTAAAAGATGCTCGCTTAGATTACGATTCTCTCAGGAAGCTTGT 222
Query 210 CGGTGATGCCGTTTCGTCGATTAAAGAAGCTATTGATGGAATCCCTGAAGATTTTAAGGT 269
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 223 TGATGATACCGTTTCGTCGATTAAAGAAGCTATTGATGGAATCCCTGAAAAATTTCAGGT 282
Query 270 TACCTCGGAGTTAGCTCCTAATTTTGTTAAGGATATTGGGGCGGAT--A-AAGTGGAGTT 326
|||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 283 TACCTCGGAGTTAGCTCCTAGTTTTGTTGAGGACATTGGGGCAGATAAAGAAGTGGAGTT 342
Query 327 CAGTTTTAAGAAGCCAAATGGTTTCAGTCTCTGTGGAAGTTACTCCATTTGTGGCATGGC 386
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 CAGTTTTAAGAAGCCAAATGGTTTCAATCTCTGTGGAAGTTACTCCATTTGTGGCATGGC 402
Query 387 GAAGCCGGATACTTGTGTTGATCTTCTTGTTCACTTGCCTAAGGAATGTTTTTATGAGAA 446
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 403 AAAGCCGGATACTTCTGTTGATCTTCTTGTTCACTTGCCTAAAGAATGTTTTTATGAGAA 462
Query 447 GGATTACATGAATCATAGATACCATGCCAAAAGATGTCTATATCTTTGTGTTATTGAAAA 506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 GGATTACATGAATCATAGATACCATGCCAAAAGATGTCTATATCTTTGTGTTATTGAAAA 522
Query 507 GCATTTGTTGTCGTCATCGTCCATCGAGAAGGTTGTATGGTCAACCTTACAGAACGAAGC 566
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 523 GCATTTGTTGTCGTCATCGTCCATTGAGAAGGTTGTATGGTCAACCTTACATAACGAAGC 582
Query 567 CAGAAAGCCAGTCCTAGTTGTTTTTCCAGCTAAGAAAGTTGATCAGTTTCCTGGATTTTC 626
|| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 TAGGAAGCCAGTCCTTGTTGTTTTCCCAGCTAAGAAACTTGATCAGTTTCCTGGATTTTC 642
Query 627 CATAAGGATAATCCCTTCAGCAACATCGCTGTTTAGTGTTGCAAAGTTGAGTATGAGCAG 686
||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 643 CATAAGGTTAATCCCTTCCGCAACATCACTGTTTAGTGTTGCAAAATTGAGTATTAGCAG 702
Query 687 AAACAACGTCCGTTCTGTGACTGCAGATGGTGTCCCTGAGCCCACGCCAACTTACAACTC 746
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 AAACAACGTCCGTTCTGTAACTGCAGATGGTGTCCCTGAGCCCACGCCAACTTACAACTC 762
Query 747 AAGCATATTGGAGGATATGTTTCTGGAGGAAAATTCTGAGCTTCTCAAGAAAACCTTCTC 806
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 763 AAGCATATTGGAGGACATGTTTCTGGAGGAAAATTCTGAGTTTCTCAAGAAAACCTTCTC 822
Query 807 TGAGTGGAAGGAGTTAG-GCGATGCTTTGATTTTACTGAAGATATGGGCAAGACAAAGGA 865
||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 TGAGTGGAAGGAGTT-GAGCGATGCTTTGATTTTGCTGAAGATATGGGCAAGACAAAGGA 881
Query 866 GCTCGATATACGTCCATGATTGCCTGAACGGATTTCTAATCTCTGTGATACTTTCATACC 925
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 882 GCTCGATATACGTCCACGATTGCTTGAACGGATTTCTAATCTCTGTGATACTTTCATATC 941
Query 926 TTGCAACCCATGCCAAAATTAACAAGGCACTAAACGCATTGGATATATTCAGAGTGACAT 985
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 942 TTGCAACCCATTCCAAAATTAACAAGGCACTAAGTGCATTAGATATATTCAGAGTGACAT 1001
Query 986 TGGATTTCATAGCCACTTCTAAATTATGGGAGAGGGGTTTATATCTTCCGCCACAGAGTG 1045
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1002 TGGATTTCATAGCCACTTCTAAATTATGGGAGAGAGGTTTGTATCTTCCGCCACAGAGTG 1061
Query 1046 AAATTCGTGTCTCGAAGGAGGAGAAGATGCAGTTCAGAGAGTTGTTCCCTGTTGTTATAT 1105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 AAATTCGTGTCTCGAAGGAGGAGAAGATGCAGTTCAGAGAGTTGTTCCCTGTTGTTATAT 1121
Query 1106 GTGATTCATCTACATTTGTGAATTTGGCTTTCCGGATGACCAGTGTTGGATTCCAGGAGC 1165
| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1122 GCGATTCATCTACGTTTGTGAACTTGGCTTTCCGGATGACCAGTGTTGGATTCCTGGAGC 1181
Query 1166 TCCAAGATGAGGCTACTTTGATGCTTAAATGTATGGAGAAACTCAGAGATGGAGGATTCG 1225
| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1182 TTCAAGATGAGGCTTCTTTGACGCTTAAGTGTATGGAGAAACTCAGAGATGGGGGATTCG 1241
Query 1226 AGGAGATTTTTATGACTAAGATTGACTATCCTGTCAAGTATGACCACTGCATAAGGCTAC 1285
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1242 AGGAGATTTTTATGACTAAGATTGACTATCCTGTTAAGTATGACCACTGCATAAGGTTAC 1301
Query 1286 AGCTCAAA-GGGAAAACAGCAGTGTCTATGTCAGGGTTTTGTTTGGACAAGGAGTGTTGG 1344
|||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1302 AGCT-AAAGGGGAAAACAGCAGTGTCTCTGTCAGGGTTTTGTTTGGACAAGGAATGTTGG 1360
Query 1345 AGACTCTATGAGCAGAAAGTGCATAGCCTGCTGCTAGAAGGACTGGGTGACAGAGCAAAA 1404
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1361 AGACTCTATGAGCAGAAAGTGCATAGCCTGCTTTTAGAAGGACTCGGTGACAGAGCTAAA 1420
Query 1405 TCAATCCGTGTTGTTTGGAGAAATACCAATCAAGATTGGCATGTAGAGAGTGGCTTGTCA 1464
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 TCAATCCGTGTAGTTTGGAGAAATACCAATCAAGATTGGCATGTAGAGAGTGGCTTGTCA 1480
Query 1465 GTTCTTGACAGAGAACCTCTTTTCATTGGCATATCTGTCAGCTCCACTGAAAAGGCTTAT 1524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 GTTCTTGACAGAGAACCTCTTTTCATTGGCATATCTGTCAGCTCCACTGAAAAGGCTTAT 1540
Query 1525 AGAACAGTTGATATTGGGCCAGATGCTGAAAACAAGATAGAGGCACTTAGATTCCGGAAG 1584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 AGAACAGTTGATATTGGGCCAGATGCTGAAAACAAGATAGAGGCACTTAGATTCCGGAAG 1600
Query 1585 TTTTGGGGCGAGAAGTCTGATCTAAGGAGGTTTAAAGATGGAAGAATAGCGGAAAGCACA 1644
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1601 TTTTGGGGTGAGAAGTCTGATCTAAGGAGGTTTAAAGATGGAAGAATATCTGAAAGCACA 1660
Query 1645 GTTTGGGAGACTCAGCAGTGGACCAAACATCTTATCATGAAACAAATTGTTGAATATATC 1704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 GTTTGGGAGACTCAGCAGTGGACCAAACATCTTATCATGAAACAAATTGTTGAATATATC 1720
Query 1705 CTTAAGCGGCATCTTTCCCTGTCGTCCGATGACATTGTACAATTAGTGGATCAACTTGAT 1764
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 CTTAAGCGGCATCTTTCACTGACGTCCGATGACATTGTACAATTAGTGGATCAACTTGAT 1780
Query 1765 TTCTCTCTAGACTATGGGGGCAAAGACCCAATATCTTTATCTGGAAATTTGCTTCAAGCC 1824
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1781 TTCTCTCTAAACTATGGGGGCAAAGACCCAATATCTTTATCTGGAAATTTGGTTCAAGCC 1840
Query 1825 TATGAAGTTTTATCGAAGTGCTTGCGTGAGATTGAAGGAATACCTCTCAAAGTCTCTAGC 1884
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 TATGAAGTTTTATCAAAGTGCTTGCGTGAGATTGAAGGCATACCTCTCAAAGTCTCTAGC 1900
Query 1885 GTCCAGCCTTTAGATTCAGCTCTCAGGTTCACATCCGTATTCCCTCCTGAACCTCACCCA 1944
|| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901 GTTCAGTCTTTAGATTCAGCTCTCAGGTTCACATCCGTATTCCCTCCTGAACCTCACCCA 1960
Query 1945 GTGGCTTGCGAAAAAATCGATTCGCGAAGATTGCAAAAACTTTTGCCATCCTGCATTCCA 2004
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1961 GTGGCTTGCGAAAAAATCGATTCGCGAAGACTGCAAAAACTTATACCATCCTGCATTCCA 2020
Query 2005 GCAATGGAGGTCATGATTCAGCTAGAAGGTTCTGGTAACTGGCCCATGGATGATTTGGCA 2064
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2021 GCAATGGAAGTCATGATTCAGCTAGAAGGTTCTGGTAACTGGCCCATGGATGATTTAGCA 2080
Query 2065 GTTGAGAAAACAAAATCTGCCTTCCTCCTGAAAATTGCAGAGAGCCTTCAGAACGTCAAG 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081 GTTGAGAAAACAAAATCTGCCTTCCTCCTGAAAATTGCAGAGAGCCTTCAGAACGTCAAG 2140
Query 2125 GGAATACCATGCACAGCTACTGAGGATAATGTCGATGTTTTCATGGGTGGTTACGCATTT 2184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2141 GGAATACCATGCACAGCTACTGAGGATAATGTCGATGTTTTCATTGGTGGTTACGCATTT 2200
Query 2185 CGCCTGAGAATATTGCATGAAAGAGGCCTGAGCTTGGTGAAGAGAGAAATTGGAGTGGAC 2244
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 CGCTTGAGAATATTGCATGAAAGAGGCCTGAGTTTGGTGAAGAGAGAAATTGGAGTGGAC 2260
Query 2245 CCGGTGAAGCATGTTTCCTCTACCGATAAAATGCTTTTTATTCGTAGTCAACATGCAAGT 2304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 CCGGTGAAGCATGTTTCCTCTACCGATAAAATGCTTTTTATTCGTAGTCAACATGCAAGT 2320
Query 2305 ATGATCAATGGTTTGCAAGGTCGATTTCCTATATACGCACCAGTTGCCAGGCTTGCAAAA 2364
||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 ATGATTAATGGTTTGCAAGGTCGATTTCCTGTATACGCACCAGTTGCCAGGCTTGCAAAA 2380
Query 2365 AGATGGGTTTCTGCACATCTCTTTTCTGGTTGCCTGGCAGAAGAGGCCATTGAACTTTTG 2424
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 AGATGGGTTTCTGCGCATCTCTTTTCTGGTTGCCTGGCAGAAGAGGCCATTGAACTTTTG 2440
Query 2425 GTTGCTCATGTCTTCCTCACACCTCTCCCACTTGGTGTTCCTTGCTCCCGAATTAATGGA 2484
|||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2441 GTTGCTTATCTCTTCCTCACACCTCTCCCACTCGGTGTTCCTTCCTCCCGGATTAATGGA 2500
Query 2485 TTCTTAAGGTTCTTGCGATTACTAGCAGACTATGACTGGATGTTCTACCCGTTGATTGTT 2544
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501 TTCTTAAGGTTCTTGCGATTACTAGCAGACTATGAATGGATGTTCTACCCGTTGATTGTT 2560
Query 2545 GACATAAACAATGACTTTGGTAGAAATGACGAGAAAGAGATCAATGATAATTTCATGTCA 2604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2561 GACATAAACAATGACTTTGGTAGAAATGACGAGAAAGAGATCAATGATAACTTCATGTCA 2620
Query 2605 AGTAGAAAAGGCTACGAAGAGGACAGACAAAACATAAGTTCAGCTATGTTCTTGGCTGCT 2664
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2621 AGTAGAAAAGGCTACGAAGAGGACAAACAAAACATAAGTTCAGCTATGTTCTTGGCTGCT 2680
Query 2665 CCTTACGACAAGGCATCAGAGGCATGGACAGCAACTTCACCAAATTTATTGGAACAAAAA 2724
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2681 CCTTACGACAAGGCATCAGAGGCATGGACATCAACTTCACCAAATTTATTGGAACAAAAA 2740
Query 2725 AGGTTGGTGGCTTATGCTCGAAGCAGTGCAAACGTGTTGAGCAA-ATTGGTATTGCAAGA 2783
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2741 AGGTTGGTGGCTTATGCTCGAAGCAGTGCAAACGTGTTGAGCAAGAT-GGTATTGCAAGA 2799
Query 2784 ACATAACGATTCTGTTCGATGGGAGTGCCTTTTCAGGACACCCTTGCACAACTATGACGC 2843
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2800 ACATAATGATTCTGTTCAATGGGAGTGCCTTTTCAGGACACCCTTGAACAACTATGACGC 2859
Query 2844 AGTTATTCTTCTCCACAGAGACAAATTACCTTATCCACGTCGTCTTCTGTTTCCATCTGA 2903
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2860 AGTTATTCTTCTCCATAGAGACAAATTACCTTATCCACGTCGTCTTCTGTTTCCATCTGA 2919
Query 2904 ACTTAACCAAGGGAAGCATTTAGCACGGGGAAAAGCGAGTAGATTGTTTAACCCATTTAT 2963
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2920 ACTTAACCAAGGGAAGCATGTAGCACGGGGAAAAGCGAGTAGATTGTTCAACCCATTTAT 2979
Query 2964 GTCGCCTGGAGATTTGAAGAGAAGCCATGAAGAGCTTAAGAATAAGCTAATGGTGGACTT 3023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2980 GTCGCCTGGAGATTTGAAGAGAAGCCATGAAGAGCTTAAGAATAAGCTAATGGTGGACTT 3039
Query 3024 TGAGCCGACCAAGTGCTTGTTGAGTGGGTTGCAGGAAGAGTTTGGGACGTTGAAGCCGTG 3083
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3040 CGAGCCGACCAAGTGCTTGTTGAGTGGGTTGCAGGAAGAGTTTGGGACGTTGAAGCCATG 3099
Query 3084 GTATGATCATATAGGAGGTGACGCAATTGGTTTAACATGGAACAAACACAATTCAAAGAA 3143
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3100 GTATGATCATATAGGAGGCGACGCAATTGGTTTAACATGGAACAAACACAATTCAAAGAA 3159
Query 3144 ACGAGAACGAGATGAAGA-G--GAAGAAGAA-A-G----TAATCCAATGGAGATGTTGAA 3194
|||||||||||||||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||| ||
Sbjct 3160 ACGAGAACGAGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTAATCCAATGGAGATGTTAAA 3219
Query 3195 GGCGGTAGGCGAAATGGGTAAAGGGTTGGTAAGGGATATCTATTTGCTCAAGCCTCCACG 3254
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3220 GGCGGTAGGCGAAATGGGTAAAGGGTTAGTGAGGGATATCTATTTGCTCAAGCCTCCACG 3279
Query 3255 CTTTGTCTAAATATCAACTTGTCTTATTTTTCTT-AAAATTTGTATGTCAATTTTGTTTA 3313
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 3280 CTTTGTCTAAATATCAACTTGTCTTAGTTT-CTTTAAAATGTGTTTGTCAATTTTGTTTA 3338
Query 3314 CTCATCAT-A--CTCAAACTGTCTAAAGAGACCAACCAAACACATTGCCAGTTTTCCTTC 3370
|||||||| | |||||||||||||||| ||| || | |||||| |||||||| ||||
Sbjct 3339 CTCATCATCATACTCAAACTGTCTAAAGCGACTAA--A--CACATTACCAGTTTTGCTTC 3394
Query 3371 -TTCCATTGAGTTTAATGTG 3389
||| |||||||||||||||
Sbjct 3395 ATTC-ATTGAGTTTAATGTG 3413
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168661262366
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5