BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg475008
Length=2922
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G63440.1 | Symbols: HMA5 | heavy metal atpase 5 | chr1:23527... 3330 0.0
> AT1G63440.1 | Symbols: HMA5 | heavy metal atpase 5 | chr1:23527655-23531109
FORWARD LENGTH=2988
Length=2988
Score = 3330 bits (1803), Expect = 0.0
Identities = 1989/2081 (96%), Gaps = 3/2081 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 844 TTTGG-TTTTACTGTACCGGTGTTTTTGACAGCCATGGTCTTTATGTATATCCCTGGAAT 902
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 TTTGGTTTTTACAGTACCGGTGTTTTTGACAGCCATGGTCTTTATGTATATCCCTGGAAT 968
Query 903 TAAAGATTTGCTGATGTTTAAGGTCATCAATATGCTTACCATTGGAGAAATCATAAGGTG 962
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 969 TAAAGATTTGCTCATGTTTAAGGTCATCAATATGCTCACCGTTGGAGAAATCATAAGGTG 1028
Query 963 GGTTTTGGCTACCCCTGTCCAGTTTATCATCGGTTGGAGATTTTATACTGGCTCTTACAA 1022
||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 TGTTTTGGCTACTCCTGTCCAGTTTGTCATTGGTTGGAGATTTTATACTGGCTCTTACAA 1088
Query 1023 GGCTATACGCCGAGGATCGGCTAACATGGATGTTCTGATTGCTCTGGGAACAAATGCAGC 1082
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1089 GGCTTTACGCCGAGGATCGGCTAATATGGATGTTCTGATTGCTCTGGGGACAAATGCAGC 1148
Query 1083 TTATTTCTATTCATTATACACTGTGTTGAGAGCTGCAACCTCTCCTGATTTCAAGGGTGT 1142
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1149 TTATTTCTATTCATTATACACAGTGTTGAGAGCTGCAACATCTCCTGATTTCAAGGGAGT 1208
Query 1143 AGATTTCTTTGAGACCAGTGCCATGCTCATTTCGTTTATCATACTGGGAAAATATTTGGA 1202
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1209 AGATTTCTTTGAGACTAGTGCCATGCTCATTTCCTTTATCATACTAGGAAAATATTTGGA 1268
Query 1203 GGTTATGGCTAAAGGAAAAACATCTCAAGCGATCGCAAAGCTTATGAACTTGGCACCGGA 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1269 GGTTATGGCTAAAGGAAAAACATCTCAAGCGATCGCAAAGCTTATGAACTTGGCACCCGA 1328
Query 1263 CACTGCGATATTGTTGACTTTGGATAAGGAAGAGAATGTGACTGGTGAAGAAGAGATTGA 1322
||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1329 CACTGCGATATTGTTGAGTTTGGACAAGGAAGGGAATGTGACTGGTGAAGAGGAGATTGA 1388
Query 1323 TGGTCGATTGATACAGAAGAATGATGTGATCAAAATTGTTCCTGGTGCTAAAGTAGCTTC 1382
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TGGTCGATTGATACAGAAGAATGACGTGATCAAAATTGTTCCTGGTGCTAAAGTAGCTTC 1448
Query 1383 AGATGGTTATGTCATATGGGGACAAAGTCATGTGAATGAAAGTATGATAACTGGAGAGGC 1442
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1449 AGATGGTTATGTCATATGGGGACAAAGTCATGTGAATGAAAGTATGATCACTGGAGAGGC 1508
Query 1443 AAGGCCAGTGGCAAAGAGGAAGGGTGATACAGTGATAGGAGGGACTTTGAACGAGAATGG 1502
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1509 TAGGCCAGTGGCAAAGAGAAAGGGTGATACAGTTATAGGAGGCACTTTGAACGAGAATGG 1568
Query 1503 AGTTCTACATGTTAAGGTTACAAGGGTTGGTTCAGAGAGTGCTCTTGCTCAGATTGTTCG 1562
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 TGTTCTGCATGTTAAGGTTACAAGGGTTGGTTCAGAGAGTGCTCTTGCTCAGATTGTTCG 1628
Query 1563 ACTTGTTGAGTCTGCGCAGCTAGCGAAAGCTCCAGTACAGAAGTTGGCTGACCGAATTTC 1622
|||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1629 ACTTGTTGAGTCCGCACAACTGGCCAAAGCTCCAGTACAGAAGTTGGCTGATCGGATTTC 1688
Query 1623 CAAGTTCTTTGTTCCTCTTGTAATTTTCCTCTCGTTCTCTACTTGGCTTGCCTGGTTCTT 1682
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 CAAGTTCTTTGTTCCTCTTGTAATTTTCCTCTCGTTCTCAACTTGGCTTGCCTGGTTCTT 1748
Query 1683 AGCTGGGAAACTGCATTGGTACTCTGAATCCTGGATACCTTCTTCAATGGATAGCTTCGA 1742
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1749 AGCTGGGAAACTGCATTGGTACCCTGAATCCTGGATACCTTCTTCGATGGATAGCTTTGA 1808
Query 1743 GCTTGCTCTTCAGTTTGGGATCTCTGTAATGGTTATAGCTTGTCCATGTGCTCTTGGGCT 1802
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 GCTAGCTCTTCAGTTCGGGATCTCTGTCATGGTCATAGCTTGTCCATGTGCTCTTGGGCT 1868
Query 1803 GGCTACTCCAACTGCTGTTATGGTTGGTACTGGGGTTGGTGCATCCCAAGGTGTACTGAT 1862
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1869 GGCTACTCCAACTGCTGTTATGGTTGGTACTGGGGTTGGTGCATCCCAAGGTGTGCTGAT 1928
Query 1863 AAAGGGTGGTCAAGCCCTAGAAAGAGCACACAAGGTAAACTGCATTGTCTTTGACAAGAC 1922
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1929 AAAGGGTGGCCAAGCCCTAGAAAGAGCACACAAGGTAAATTGCATTGTCTTTGACAAGAC 1988
Query 1923 AGGAACTCTCACGATGGGGAAGCCCGTGGTTGTGAAAACAAAGCTCCTGAAAAACATGGT 1982
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1989 AGGAACTCTCACGATGGGGAAGCCCGTTGTTGTGAAAACAAAGCTCCTGAAAAACATGGT 2048
Query 1983 ACTTCGAGAGTTCTATGAACTTGTTGCTGCAACTGAGGTCAACAGTGAGCATCCGTTAGC 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 ACTTCGAGAGTTCTATGAACTTGTTGCTGCAACTGAGGTAAACAGTGAGCATCCGTTAGC 2108
Query 2043 AAAGGCCATTGTCGAGTACGCGAAGAAATTCAGAGACGACGAAGAGAACCCTGCGTGGCC 2102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2109 AAAGGCCATTGTCGAGTACGCGAAGAAATTCAGAGACGACGAAGAGAACCCTGCCTGGCC 2168
Query 2103 TGAAGCCCGTGACTTTGTGTCCATCACTGGAAAGGGAGTGAAAGCCACCGTTAAAGGAAG 2162
|||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2169 AGAAGCCTGTGATTTTGTGTCCATCACTGGAAAGGGAGTGAAAGCCACCGTTAAAGGTAG 2228
Query 2163 AGAGATCATGGTGGGAAACAAGAATCTGATGGATGATTATAAAGTTTTTATTCCAG-TCG 2221
|||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |
Sbjct 2229 AGAGATTATGGTGGGGAACAAGAATCTGATGAATGATCATAAAGTTATTATTCCAGAT-G 2287
Query 2222 ATGCTGAAGAGTTGCTAGCCGATTCTGAAGATATGGCCCAGACCGGGATTCTTGTCTCTA 2281
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2288 ATGCTGAAGAGTTGCTAGCTGACTCTGAAGATATGGCCCAGACCGGAATTCTTGTCTCCA 2347
Query 2282 TAAACAATGAACTGATAGGAGTTTTATCTGTTTCGGATCCTCTAAAACCGAGTGCTCGAG 2341
|||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348 TAAACAGTGAACTGATTGGAGTTTTGTCTGTTTCGGATCCTCTAAAACCGAGTGCTCGAG 2407
Query 2342 AAGCCATCTCCATTTTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCATGGTAACTGGTGACAACT 2401
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2408 AAGCCATCTCCATTCTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCATGGTAACTGGTGACAACT 2467
Query 2402 GGGGAACAGCAAATTCCATTGCTAGAGAAGTCGGTATCGACTCTGTTATCGCAGAAGCTA 2461
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2468 GGGGAACAGCAAACTCAATTGCTAGAGAAGTCGGTATCGACTCTGTTATCGCAGAAGCTA 2527
Query 2462 AACCAGAGCAGAAAGCAGAGAAAGTCAAGGAATTACAGGCTGCGGGACATGTTGTGGCAA 2521
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2528 AACCTGAGCAAAAAGCAGAGAAAGTCAAGGAATTACAGGCTGCGGGACATGTTGTGGCAA 2587
Query 2522 TGGTGGGTGACGGAATCAATGACTCACCCGCTCTAGTGGCAGCGGATGTAGGCATCGCAA 2581
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || |
Sbjct 2588 TGGTAGGTGACGGAATCAATGACTCACCGGCTCTCGTGGCAGCGGATGTAGGTATGGCGA 2647
Query 2582 TAGGTGCAGGAACCGACATTGCCATAGAAGCAGCTGATATAGTTCTGATGAAAAGCAACT 2641
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2648 TAGGTGCAGGAACAGACATTGCTATAGAAGCAGCGGATATAGTTCTGATGAAAAGCAACT 2707
Query 2642 TAGAAGATGTGATCACAGCCATTGATCTTTCAAGGAAAACGTTCTCAAGAATCCGTCTCA 2701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2708 TAGAAGATGTGATCACAGCCATTGATCTTTCAAGGAAAACGTTCTCAAGAATCCGTCTCA 2767
Query 2702 ACTACGTTTGGGCTCTCGGATACAACCTCATGGGGATACCGATCGCTGCGGGAGTGCTTT 2761
||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2768 ACTACGTATGGGCTCTCGGGTATAACCTCATGGGGATACCGATCGCTGCGGGAGTGCTTT 2827
Query 2762 TCCCAGCGACACGTTTCAGGTTGCCTCCATGGATTGCAGGTGCTGCAATGGCTGCTTCTT 2821
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2828 TCCCAGGGACACGTTTCAGGTTGCCTCCATGGATTGCAGGTGCTGCAATGGCTGCTTCTT 2887
Query 2822 CTGTTAGTGTAGTGTGTTGCTCTCTCTTGCTGAAGAATTACAAGCGACCTAAGAAGCTTG 2881
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2888 CTGTTAGTGTTGTGTGTTGCTCTCTCTTGCTTAAGAACTACAAGCGACCTAAGAAGCTTG 2947
Query 2882 ATCATCTGGAGATCCGGGAGATTCAGGTGGAGCGAGTTTAA 2922
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2948 ATCATCTGGAGATTCGGGAGATTCAGGTGGAGCGAGTTTAA 2988
Score = 1308 bits (708), Expect = 0.0
Identities = 799/843 (95%), Gaps = 5/843 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGACGAAGCTTTTGTCGCTTACATGCATAAGGAAAGAGAGATTCAGCGAGCGTTAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGACGAAGCTTTTGTCGCTTACATGCATAAGGAAAGAGAGATTCAGCGAGCGTTAC 60
Query 61 CCTCTGGTGCGGAAGCACCTAACCAGGTCTCGCGACGGCGGCGGA---TCATCGTCGGAG 117
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CCTCTGGTGCGGAAGCACCTTACCAGGTCTCGCGACGGCGGCGGAGGATCATCGTCGGAG 120
Query 118 ACGGCGGCGTTTGAGATGGATGATGCGATTTCCAGGGCGGTTTTTCAAGTGTTGGGGATG 177
|||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 121 ACGGCGGCTTTTGAGATCGATGATCCGATTTCCAGGGCGGTTTTTCAAGTGTTAGGAATG 180
Query 178 ACTTGCTCTGCTTGCGCTGGATCTGTTGAGAAAG-CTATCAAGCGTCTCCCTGGAATTCA 236
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTGCTCTGCTTGCGCTGGATCTGTTGA-AAAGGCTATCAAGCGTCTCCCTGGAATTCA 239
Query 237 CGAAGCTGTCATCGATGCTCTGAATAATCGTGCTCAGATTCTGTTTTACCCTAAATCTGT 296
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 CGATGCTGTCATCGATGCTCTGAATAATCGTGCTCAGATTCTGTTTTACCCTAACTCTGT 299
Query 297 CCATGTGGAGACAATTCGTGAGACTATTGAAGATGCTGGATTTGAAGCATCGTTGATAGA 356
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 CGATGTGGAGACAATTCGTGAGACTATTGAGGATGCTGGATTTGAAGCATCGTTGATCGA 359
Query 357 AAATGAAGCGAATGAGAGATCTAAACAAGTTTGCAGGATAAGAATTAATGGTATGACTTG 416
|||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AAATGAAGCGAATGAGAGGTCGAGACAAGTTTGTAGAATAAGAATTAATGGTATGACTTG 419
Query 417 TACTTCGTGTTCTTCAACAATCGAAAGAGTTTTGCAATCGGTCAATGGCGTACAAAGAGC 476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 420 TACTTCGTGTTCTTCAACAATCGAAAGAGTTTTGCAATCGGTTAATGGTGTACAAAGAGC 479
Query 477 TCATGTGGCTTTAGCAATTGAAGAAGCTGAGATTCATTATGATCCTAGACTCTTGAGCTA 536
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 480 ACATGTGGCTTTAGCAATTGAAGAAGCTGAGATTCATTATGATCCTAGACTCTCGAGCTA 539
Query 537 TGATAAACTACTGGAAGAGATTGAAAATGCTGGTTTTGAAGCTGTTCTTATAAGTACCGG 596
||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 540 TGATAGACTATTGGAGGAGATAGAAAATGCTGGTTTTGAAGCTGTGCTTATAAGTACAGG 599
Query 597 TGAGGATGTGAGCAAGATTGATTTGAAGATTGATGGTGAGTTTACTGATGAATCCATGGA 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 600 CGAGGATGTGAGCAAGATTGATTTGAAGATTGATGGTGAGCTTACTGATGAATCCATGAA 659
Query 657 GATCATTGAAAGATCGCTTGAAGCACTTCCTGGAGTTCAAAGTGTTGAGATCAGCCATGG 716
| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GGTTATTGAAAGGTCGCTTGAAGCACTTCCTGGTGTTCAAAGTGTTGAGATCAGCCATGG 719
Query 717 AACTGATAAGATATCTGTATTGTACAAACCTGATGTGACAGGGCCGAGGAATTTTATTCA 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 720 AACTGATAAGATATCTGTATTGTACAAACCTGATGTGACGGGGCCGAGGAATTTCATTCA 779
Query 777 GGTGATTGAGTCTATTGTCTTTGGTCATAGTGGTCACATCAAGGCAACGATATTTTCCGA 836
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 780 GGTGATTGAGTCTACTGTCTTTGGTCATAGTGGTCACATCAAGGCAACAATATTCTCAGA 839
Query 837 GGG 839
|||
Sbjct 840 GGG 842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145233299985
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5