BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg475570
Length=2187
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 2483 0.0
ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 139 1e-31
> ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:39605-41857 REVERSE LENGTH=2253
Length=2253
Score = 2483 bits (1344), Expect = 0.0
Identities = 1352/1356 (99%), Gaps = 0/1356 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
Query 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
Query 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCACGATTTTGATAGTCATACC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCACGATTTTGATAGTCATACC 180
Query 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
Query 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
Query 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
Query 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
Query 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
Query 481 ATAGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATTGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
Query 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
Query 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
Query 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
Query 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCt 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCC 780
Query 781 ttttttACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTTTTACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
Query 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
Query 901 CTTTTCCTAATAGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTTTTTCTAATCGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
Query 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
Query 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
Query 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATGCCCCCTTATCCATATCTAGCTACTGAC 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATGCCCCCTTATCCATATCTAGCTACTGAC 1140
Query 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
Query 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
Query 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
Query 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTG 1356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTG 1356
Score = 1363 bits (738), Expect = 0.0
Identities = 746/750 (99%), Gaps = 0/750 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1438 AGCACCTGTTTGACTTgggggggCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCTTTG 1497
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 AGCACCAGTTTGACTTGGGGGGGCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCTTTG 1563
Query 1498 TTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACAATT 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 TTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACAATT 1623
Query 1558 CATGTAACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCCCGTTTAATA 1617
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1624 CATGTGACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCGCGTTTAATA 1683
Query 1618 CCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGAACA 1677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 CCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGAACA 1743
Query 1678 TGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCTATT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 TGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCTATT 1803
Query 1738 TCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATAAGT 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 TCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATAAGT 1863
Query 1798 GATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACTATT 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 GATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACTATT 1923
Query 1858 AATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTATGGT 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 AATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTATGGT 1983
Query 1918 TCTTCGTTATCTGCATATGGTCtttttttCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTCAGT 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 TCTTCGTTATCTGCATATGGTCTTTTTTTCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTCAGT 2043
Query 1978 TTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTTTGG 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 TTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTTTGG 2103
Query 2038 GCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTGTACAA 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2104 GCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTATACAA 2163
Query 2098 GGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCGTTC 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 GGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCGTTC 2223
Query 2158 TTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2187
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 TTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2253
Score = 167 bits (90), Expect = 5e-40
Identities = 90/90 (100%), Gaps = 0/90 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1356 GGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTTGCTCAAT 1415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388 GGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTTGCTCAAT 1447
Query 1416 GGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTG 1445
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 GGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTG 1477
> ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:37375-39579 REVERSE LENGTH=2205
Length=2205
Score = 139 bits (75), Expect = 1e-31
Identities = 107/123 (87%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTAATAGCGG 916
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
Query 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
Query 977 ATA 979
|||
Sbjct 923 ATA 925
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108483377745
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5