BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg475584
Length=1522
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00120.1 | Symbols: ATPA | ATP synthase subunit alpha | chrC... 2756 0.0
> ATCG00120.1 | Symbols: ATPA | ATP synthase subunit alpha | chrC:9938-11461
REVERSE LENGTH=1524
Length=1524
Score = 2756 bits (1492), Expect = 0.0
Identities = 1512/1522 (99%), Gaps = 0/1522 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTAACCATTAGAGCCGACGAAATTAGTAATATTATCCGTGAACGTATTGAGCAATAT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTAACCATTAGAGCCGACGAAATTAGTAATATTATCCGTGAACGTATTGAGCAATAT 60
Query 61 AATAGAGAAGTAACGATTGTAAATACCGGTACCGTACTTCAAGTGGGCGATGGCATCGCT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AATAGAGAAGTAACGATTGTAAATACCGGTACCGTACTTCAAGTGGGCGATGGCATCGCT 120
Query 121 CGTATTTATGGTCTTGATGAAGTAATGGCAGGTGAATTAGTAGAATTTGAGGAGGGTACT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTATTTATGGTCTTGATGAAGTAATGGCAGGTGAATTAGTAGAATTTGAGGAGGGTACT 180
Query 181 ATAGGTATTGCCCTTAATTTAGAATCAAATAATGTTGGTGTTGTATTAATGGGTGACGGT 240
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATAGGTATTGCCCTTAATTTAGAATCCAATAATGTTGGTGTTGTATTAATGGGTGACGGT 240
Query 241 TTGATGATCCAAGAAGGAAGTTCAGTCAAAGCTACGGGAAAAATTGCTCAGATACCGGTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGATGATCCAAGAAGGAAGTTCAGTCAAAGCTACGGGAAAAATTGCTCAGATACCGGTG 300
Query 301 AGTGAGGCTTATTTGGGGCGTGTTATAAACGCCTTGGCTAACCCTATTGATGGTCGAGGT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGTGAGGCTTATTTGGGGCGTGTTATAAACGCCTTGGCTAACCCTATTGATGGTCGAGGT 360
Query 361 AAGATTTCCGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAATCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCAAGA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 AAGATTTCCGCTTCTGAATCTCGGTTAATTGAATCTCCTGCCCCAGGTATTATTTCGAGA 420
Query 421 CGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTTATTGCTATTGATTCCATGATCCCTATA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CGTTCTGTATATGAGCCTCTTCAAACAGGACTTATTGCTATTGATTCCATGATCCCTATA 480
Query 481 GGACGCGGCCAGCGAGAATTAATTATTGGTGACAGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGCC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GGACGCGGCCAGCGAGAATTAATTATTGGTGACAGACAGACCGGTAAAACAGCAGTAGCC 540
Query 541 ACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGTCAAAATGTAATATGTGTTTATGTAGCTATTGGT 600
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACAGATACAATTCTCAATCAACAAGGCCAAAATGTAATATGTGTTTATGTAGCTATTGGT 600
Query 601 CAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACCAGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAAAAAGCTTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACCAGTTTACAGGAACGAGGGGCAATGGAA 660
Query 661 TACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCCCCAGCTACGTTACAATACCTCGCGCCT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TACACTATTGTGGTAGCTGAAACGGCCGATTCCCCAGCTACGTTACAATACCTCGCGCCT 720
Query 721 TATACAGGAGCAGCCTTGGCTGAATATTTTATGTACCGTGAACAACACACTTTAATCATT 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 721 TATACAGGAGCAGCCTTGGCTGAATATTTTATGTACCGTGAACAACACACTTTAATAATT 780
Query 781 TATGATGATCTTTCCAAACAAGCACAAGCTTATCGACAAATGTCTCTTCTATTACGAAGA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TATGATGATCTTTCCAAACAAGCACAAGCTTATCGACAAATGTCTCTTCTATTACGAAGA 840
Query 841 CCGCCGGGTCGTGAAGCTTATCCAGGAGATGTTTTTTATTTACATTCACGTCTTTTAGAA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCGCCGGGTCGTGAAGCTTATCCAGGAGATGTTTTTTATTTACATTCACGTCTTTTAGAA 900
Query 901 AGAGCCGCTAAATTAAGCTCTCAATTAGGTGAAGGAAGTATGACTGCCTTACCAATCGTC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGAGCCGCTAAATTAAGCTCTCAATTAGGTGAAGGGAGTATGACTGCCTTACCAATCGTC 960
Query 961 GAGACCCAGTCAGGAGATGTTTCAGCTTATATTCCTACTAATGTAATTTCCATTACAGAT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GAGACCCAGTCAGGAGATGTTTCAGCTTATATTCCTACTAATGTAATTTCCATTACAGAT 1020
Query 1021 GGACAAATATTCTTATCCGCCGATCTTTTTAATGCTGGAATCAGACCTGCTATTAATGTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GGACAAATATTCTTATCCGCCGATCTTTTTAATGCTGGAATCAGACCTGCTATTAATGTA 1080
Query 1081 GGGATTTCTGTCTCGAGAGTAGGATCCGCCGCTCAAATTAAAGCTATGAAACAGGTAGCT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGGATTTCTGTCTCGAGAGTAGGATCCGCCGCTCAAATTAAAGCTATGAAACAGGTAGCT 1140
Query 1141 GGAAAATTAAAATTGGAATTGGCTCAATTCGCTGAATTAGAAGCCTTTGCCCAATTTTCT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1141 GGAAAATTAAAATTGGAATTGGCTCAATTCGCTGAATTAGAAGCCTTTTCCCAATTTTCT 1200
Query 1201 TCTGATCTCGATAAAGCTACTCAGAATCAATTGGCAAGAGGTCAACGATTGCGTGAGTTA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TCTGATCTCGATAAAGCTACTCAGAATCAATTGGCAAGAGGTCAACGATTGCGTGAGTTA 1260
Query 1261 CTGAAACAATCCCAATCAGCCCCTCTCACAGTGGAAGAACAGATAATGACCATTTATACC 1320
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTGAAACAATCCCAATCAGCCCCCCTCACAGTGGAAGAACAGATAATGACCATTTATACC 1320
Query 1321 GGAACAAATGGTTATCTGGATGGATTAGAAATTGGACAAGTAAGAAAATTTCTCGTTCAG 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGAACAAATGGTTATCTGGATGGATTAGAAATTGGACAAGTAAGAAAATTTCTCGTTCAA 1380
Query 1381 TTACGCACTTACTTAAAAACGAATAAACCTCAGTTTGAAGAAATCATAGCCTCTACCAAG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTACGCACTTACTTAAAAACGAATAAACCTCAGTTTCAAGAAATCATAGCCTCTACCAAG 1440
Query 1441 ACATTAACCGCTGAAGCAGAAAGCTTTTTGAAAGAAGGTATTCAAGAGCAACTAGAACGT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACATTAACCGCTGAAGCAGAAAGCTTTTTGAAAGAAGGTATTCAAGAGCAACTAGAACGT 1500
Query 1501 TTTCTACTTCAGGAGAAAGTAT 1522
|| |||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TTCCTACTTCAGGAGAAAGTAT 1522
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75100015320
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5