BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg475595
Length=2067
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 3670 0.0
ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein ... 134 4e-30
> ATCG00340.1 | Symbols: PSAB | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:37375-39579 REVERSE LENGTH=2205
Length=2205
Score = 3670 bits (1987), Expect = 0.0
Identities = 2049/2077 (99%), Gaps = 12/2077 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
Query 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATACTACTGAAGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAA 120
Query 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
Query 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGCAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGAAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
Query 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATACTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
Query 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTACTCTGGTGTT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTT 360
Query 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
Query 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
Query 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
Query 541 GGATTATTCGGGGTAAGCTCCTTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGACTATTCGGGGTAAGCTCATTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
Query 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
Query 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAATCCCGACTCAAGT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAACCCCGACTCGAGT 720
Query 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
Query 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
Query 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
Query 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
Query 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
Query 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
Query 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
Query 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
Query 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
Query 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAT 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAC 1320
Query 1321 GATGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCCATATTTGCC 1380
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 GACGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCTATATTTGCC 1380
Query 1381 CAATGGATACAATCCGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CAATGGATACAATCTGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
Query 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGAAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGCAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
Query 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGG-C-T-----T-----GGTTCAT 1548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||
Sbjct 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGGTCCTGGAGATTTCTTGGTTCAT 1560
Query 1549 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1620
Query 1609 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1680
Query 1669 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1740
Query 1729 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1800
Query 1789 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGACGGTTA 1848
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1801 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGATGGTTA 1860
Query 1849 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCTTTTGGTATG 1908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCGTTTGGTATG 1920
Query 1909 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1980
Query 1969 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCATGG 2028
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1981 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCGTGG 2040
Query 2029 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCT 2065
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCT 2077
> ATCG00350.1 | Symbols: PSAA | Photosystem I, PsaA/PsaB protein
| chrC:39605-41857 REVERSE LENGTH=2253
Length=2253
Score = 134 bits (72), Expect = 4e-30
Identities = 106/123 (86%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTTCTAATCGCGG 916
Query 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
Query 923 ATA 925
|||
Sbjct 977 ATA 979
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102459312345
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5