BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg475645
Length=2487
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G51300.1 | Symbols: | splicing factor-related | chr5:208488... 3520 0.0
> AT5G51300.1 | Symbols: | splicing factor-related | chr5:20848897-20852334
REVERSE LENGTH=2857
Length=2857
Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0
Identities = 2293/2466 (93%), Gaps = 82/2466 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGGCTATGGAGTCCGTCGAATTGAACAATCCCAATCCCAAATCGCAAACCCTAGATCA 60
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 33 TTTTGCTATGGAGTCCGTCGAAATGAACAATCCCAAT------TCGCAAACCCTAGATCA 86
Query 61 ACCTCCTCCTTCCTCCAACGGAGACACTGCTCCACTCGCATCGGATCATATGAATCCTCA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 87 ACCTCCTCCTTCCTCCAACGGAGACACTGCTCCACTCGCATTGGATCATATGAATCCTCA 146
Query 121 GAATTCGGATTCTGTGGCTTTAAACGGTTCTTCTACTCCTA-CACCCGATACTAATGGTT 179
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 147 GAATTCGGAGTCTGTGGCTTTAAACGGTTCTTCTACTCCTATC-CCCGATACTAATGGTT 205
Query 180 CATCAGCAAAGCCTGAG----T---T-C-TTGC-GTC------C--T-TT-GCTA-TCG- 217
||||||||||||||||| | | | |||| || | | || || | ||
Sbjct 206 CATCAGCAAAGCCTGAGCTCTTACGTCCTTTGCTATCGGAGAACGGTGTTAGCAAGACGC 265
Query 218 -GA---G-AACGATAAGGATCAGTCTGGTGGAGAGGAAGAAACTACGAGCAGGAGGAAGC 272
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||
Sbjct 266 TGAGTGGTAACGATAAGGATCAGTCTGGTGGAGAGGAAGAGACTACAAGCCGGAGGAAGC 325
Query 273 GTCGGAGCCGGTGGGATCCT----C--C---G-CC--T--T----CT------GAAGGGG 308
||||||| |||||||||||| | | | || | | || |||||||
Sbjct 326 GTCGGAGTCGGTGGGATCCTCCGCCTTCTGAGTCCATTAATAACCCTAGCGCCGAAGGGG 385
Query 309 GTACTGATTCC-GAACCTGGAATTAGGAAGCGTAAGTCGCGATGGGCAGATGATGAGCCC 367
||||||||||| | | |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 386 GTACTGATTCCGGTA-CTGGGACTAGGAAGCGTAAGTCGAGATGGGCAGATGATGAGCCG 444
Query 368 AAGCCGCAGATTCAGTTACCTGATTTCATCAAGGATTTCACTGGAGGTATTGAGTTCGAT 427
| | |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 445 AGGACGCAAATTCAGTTACCTGACTTCATGAAGGATTTCACTGGAGGTATTGAGTTTGAT 504
Query 428 CCTGAGATTCAGGCTTTGAATAGTAGGTTACTTGAGATTAGTAGGATGTTGCAGTCTGGT 487
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 CCTGAGATTCAAGCTTTGAATAGTAGGTTACTTGAGATTAGTAGGATGTTGCAGTCTGGT 564
Query 488 ATGCCTTTGGATGATAGACCGGAAGGACAGAGGTCTCCTTCACCAGAGCCTGTGTATGAT 547
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 ATGCCTTTGGATGATAGACCAGAAGGACAGAGGTCTCCTTCACCAGAGCCTGTGTATGAT 624
Query 548 AATATGGGAATTAGGATTAACACTAGAGAGTATAGAGCAAGGGAGAGGTTGAATAGAGAA 607
|| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 625 AACATGGGAATTAGGATCAACACTAGGGAGTATCGAGCGAGGGAGAGGTTGAATAGAGAA 684
Query 608 AGACAAGAAATCATTGCTCAGATTATCAAAAAGAATCCGGCTTTTAAACCTCCAGCAGAT 667
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 685 AGACAAGAAATTATTGCTCAGATTATCAAGAAGAATCCTGCTTTTAAACCTCCGGCAGAT 744
Query 668 TATAGGCCTCCTAAGCTCCACAAGAAGCTTTTCATTCCAATGAAGGACTTTCCTGGTTAC 727
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 745 TATAGACCTCCTAAGCTCCATAAGAAGCTTTTCATTCCAATGAAGGAGTTTCCTGGTTAC 804
Query 728 AATTTTATTGGTCTCATTATTGGCCCCAGAGGTAATACTCAGAAGAGAATGGAGAGGGAG 787
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 AATTTTATTGGTCTGATTATTGGTCCCAGGGGTAATACTCAGAAGAGAATGGAGAGGGAG 864
Query 788 ACGGGTGCTAAAATTGTTATTCGGGGTAAAGGATCTGTAAAAGAAGGTAGGCATCAGCAG 847
|| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 ACTGGTGCAAAAATTGTAATTCGGGGTAAAGGGTCTGTAAAAGAAGGTAGGCATCAGCAG 924
Query 848 AAAAAGGATTTGAAATATGACCCTGCTGAGAATGAAGACTTGCATGTTTTAGTTGAGGCT 907
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 925 AAAAAGGATTTGAAATATGACCCTTCTGAGAATGAAGACTTGCATGTTTTAGTCGAGGCT 984
Query 908 GAGACTCAGGATGCTCTTGAAGCTGCTGCTGGTATGGTTGAGAAGCTTTTGCAACCTGTT 967
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 985 GAGACTCAGGAAGCTCTTGAAGCTGCTGCTGGTATGGTTGAAAAGCTATTGCAACCTGTT 1044
Query 968 GATGAAGTGTTGAACGAGCACAAGAGGCAACAGCTCAGGGAACTTGCTACCTTGAATGGA 1027
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1045 GATGAAGTGCTCAACGAGCACAAGAGGCAACAGCTCAGGGAACTTGCAACCTTGAATGGG 1104
Query 1028 ACAATAAGGGATGAAGAATTCTGTAGACTGTGTGGTGAGCCAGGACATAGACAGTATGCA 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105 ACAATAAGGGATGAAGAATTCTGTAGACTGTGTGGTGAGCCAGGACATAGACAGTATGCA 1164
Query 1088 TGTCCTTCTCGTACCAATACCTTTAAGAGTGATGTTCTTTGCAAGATTTGTGGTGATGGT 1147
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1165 TGTCCTTCTCGTACGAATACCTTTAAGAGTGATGTTCTTTGCAAGATCTGTGGTGATGGT 1224
Query 1148 GGACACCCTACTATTGATTGCCCGGTGAAGGGTACTACTGGGAAGAAAATGGATGATGAA 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 GGACACCCTACTATTGATTGCCCGGTGAAGGGTACTACTGGGAAGAAAATGGATGATGAA 1284
Query 1208 TATCAGAACTTCTTAGCAGAGTTGGGAGGAACTGTACCTGAATCTTCTCTCAAACAGAGT 1267
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 TATCAGAACTTCTTGGCAGAGTTAGGAGGAACTGTACCTGAATCTTCTCTCAAACAGAGT 1344
Query 1268 GCTACCCTGGCTCTTGGTCCGGGAAGT-----AA-T---CCTCCATGGGCTAATAATGCA 1318
|||||| | |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 GCTACCTTAGCTCTTGGTCCGGGAAGTTCGGGAAGTAATCCTCCATGGGCTAATAATGCA 1404
Query 1319 GGGAATGGTGCAAGTGCGCATCCTGGCTTAGGGTCAACTCCGACCAAACCCCCCTCCAAA 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1405 GGGAATGGTGCAAGTGCGCATCCTGGCTTAGGGTCAACTCCGACTAAACCCCCCTCCAAA 1464
Query 1379 GAATATGACGAAACAAATCTGTACATTGGGTTCTTACCTCCGATGCTTGAGGACGATGGT 1438
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1465 GAATATGACGAAACAAATTTGTACATTGGGTTCTTACCTCCGATGCTGGAGGACGATGGT 1524
Query 1439 TTGATTAATCTTTTTTCATCCTTCGGTGAAATTGTGATGGCAAAGGTAATCAAGGACCGT 1498
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 TTGATTAATCTCTTTTCATCCTTTGGTGAAATTGTGATGGCAAAGGTAATCAAGGACCGT 1584
Query 1499 GTGACTGGGCTGAGCAAAGGCTATGGTTTCGTGAAGTACGCTGATGTGCAGATGGCTAAT 1558
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1585 GTGACTGGGCTGAGCAAAGGCTATGGTTTTGTGAAGTACGCTGATGTACAGATGGCTAAT 1644
Query 1559 ACTGCTGTTCAGGCAATGAATGGCTATCGGTTCGAAGGCCGAACACTCGCTGTCAGGATT 1618
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 ACTGCTGTTCAGGCAATGAATGGCTATCGTTTCGAAGGCCGAACACTCGCTGTCAGGATT 1704
Query 1619 GCAGGCAAATTGCCACCGCCTACTGCACCTCCAGGACCTCCAGC-----A-CCA--A-CT 1669
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| | ||
Sbjct 1705 GCAGGCAAATCGCCACCGCCTATTGCACCTCCAGGACCTCCAGCTCCTCAACCACCAACT 1764
Query 1670 CAAGGTTATCCTCCCTCAAACCAGCCTCCTGGTGCCTATCCTTCTCAACAGTATGCAACT 1729
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1765 CAAGGTTATCCTCCCTCAAACCAGCCGCCTGGTGCCTATCCATCTCAACAGTATGCCACT 1824
Query 1730 GGTGGTTATTCAACAGctccagttccttggggtcctcctgttccctcctattctccatat 1789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1825 GGTGGTTATTCAACAGCTCCAGTTCCTTGGGGTCCTCCTGTTCCTTCCTATTCTCCATAT 1884
Query 1790 gctcctccccctccacctcctGGTTCTTACCATCCTGTCCATGGTCAACATATGTCTCCT 1849
|||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1885 GCTCTTCCCCCTCCTCCTCCTGGTTCTTACCATCCTGTCCATGGTCAACATATGCCTCCT 1944
Query 1850 TATGGAATGCAATACCCACCACCACCACCTCATGTGACACAAGCACCTCCACCTGGCACT 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 TATGGAATGCAATACCCACCACCACCACCTCATGTGACACAAGCACCTCCACCTGGCACT 2004
Query 1910 ACTCAAAACCCATCTTCTAGTGAACCCCAGCAAAGCTTCCCACCAGGAGTACAAGCTGAC 1969
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 ACTCAAAACCCATCTTCTAGTGAACCCCAGCAAAGCTTCCCACCAGGAGTACAAGCTGAT 2064
Query 1970 AGTGGTGCTGCTACGTC-TGTA--CCACCAAATGTCTATGGTAGCTCAGTCACGGCTATG 2026
||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 AGTGGTGCTGCTACGTCGTCTATACCACCAAATGTCTATGGTAGCTCAGTCACGGCTATG 2124
Query 2027 CCTGGACAGCCTCCATATATGAGTTATACGTCTTACTACAATGCTGTTCCCCCTCCACCA 2086
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2125 CCTGGACAGCCTCCATATATGAGTTATCCGTCTTACTACAATGCTGTTCCCCCTCCAACA 2184
Query 2087 CCTCCAGCACCGGCCTCGTCTACTGATCATTCCCAAAACATGGGTAACATGCCATGGGCC 2146
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 CCTCCTGCACCGGCCTCGTCTACTGATCATTCCCAAAACATGGGTAACATGCCATGGGCC 2244
Query 2147 AACAATCCTCCTGTCTCAACACCTGATCACTCACAAGGTCTTGGTAATGCATCTTGGGCA 2206
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2245 AACAATCCTTCTGTCTCAACACCTGATCACTCACAAGGTCTTGTTAATGCACCTTGGGCA 2304
Query 2207 CCTAATCCTCCTATGCCGCCCACTGTTGGTTATTCACAGAGCATGGGGAACGTACCCTGG 2266
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 CCTAATCCTCCTATGCCACCCACTGTTGGCTATTCACAGAGCATGGGGAACGTACCCTGG 2364
Query 2267 GCTCCCAAACCTCCAGTACAGCCCCCTGCAGAGAATCCATCCACTGTTGGAGATTCTGAG 2326
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 2365 GCTCCCAAACCTCCAGTACAGCCTCCTGCAGAGAATCCATCCTCTGTTGGAGAGTCTGAG 2424
Query 2327 TATGAGAAGTTCATGGCTGAGATGAAGTAGCATGTGTGTTCTGATGAGAAACTCCGTAGT 2386
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2425 TATGAGAAGTTCATGGCTGAGATGAAGTAGCATGCGTGTTCTGATGAGAAACTCCTTAGT 2484
Query 2387 GAAGAG 2392
| ||||
Sbjct 2485 GGAGAG 2490
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123410679780
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5