BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg476024 Length=2223 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G68930.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-contai... 3426 0.0 > AT1G68930.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | chr1:25918314-25920545 FORWARD LENGTH=2232 Length=2232 Score = 3426 bits (1855), Expect = 0.0 Identities = 2113/2237 (94%), Gaps = 19/2237 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGTCGAACTACTACTCTGCTCAGATAAAGCAATGCATTGGGTT-GG-G--AG---- 52 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | || Sbjct 1 ATGGCGTCGAACTACTACTCTGTTCAGATAAAGCAATGCATTGGGTTGGGAGCTAGAAAT 60 Query 53 C-GAGTCGCCATGTGAAGATGATCCATGGGAATATTATCAGAACTCTTCC-TCATCCAGA 110 | |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | ||||||| Sbjct 61 CAGAGTCGTTATGTGAAGATGATCCACGGGAATATCATCAGAGCTCTTCCAT-ATCCAGA 119 Query 111 GACGTTTTTGCATAACAACATCGTCCACGCGTATGCTTTAA-GCAGAAGCTCCATTTATG 169 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||| Sbjct 120 GACGTTTTTGTATAACAACATCGTCCACGCGTATGCGTTAATG-AAAAGCTCCACTTATG 178 Query 170 CACGCCGAGTGTTCGACGGAATTCCCCAACCAAACCTTTTCTCCTGGAACAATCTTCTTT 229 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 179 CACGCCGAGTGTTCGACAGAATTCCCCAACCAAACCTTTTCTCCTGGAACAATCTTCTCT 238 Query 230 TGGCTTATTCAAAATCTGGGCATCTCTCAGAGATGGAACGTACCTTTGAGAAGCTTCCTG 289 | |||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 239 TAGCTTATTCAAAAGCTGGGCTTATCTCAGAGATGGAAAGTACCTTTGAGAAGCTTCCTG 298 Query 290 ATCGTGATGGTGTCACTTGGAACGTGCTTATTGAAGGCTATTCCTTGAGTGGATTGGTTG 349 || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 299 ATAGAGATGGTGTCACTTGGAACGTGCTTATTGAAGGCTATTCATTGAGTGGATTGGTTG 358 Query 350 GTGCCGCTGTCAAGGCTTATAACACGATGATGAAAGATTTTTCTTCTAATTTGACTAGGG 409 |||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 359 GTGCAGCTGTTAAGGCTTATAATACGATGATGAGAGATTTTTCTGCTAATTTGACTAGGG 418 Query 410 TTACGTTGATGACAATGTTGAAACTTTCTTCTAGCAATGGGCATGTTAGTTTGGGGAAGC 469 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 419 TTACGTTGATGACAATGTTGAAACTTTCTTCTAGCAATGGCCATGTTAGTTTGGGGAAGC 478 Query 470 AGATTCATGGGCAGGTTATCAAACTTGGGTTTGAGTCTTATCTTTTAGTTGGGAGTCCAT 529 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 AGATTCATGGGCAGGTTATCAAACTTGGGTTTGAGTCTTATCTTTTAGTTGGGAGTCCAT 538 Query 530 TGTTGGATATGTATTCAAAAGTTGGTTGCATCTCTGATGCAAAGAAGGTTTTTTACGGGC 589 ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 TGTTGTATATGTATGCAAATGTTGGTTGCATCTCTGATGCAAAGAAGGTTTTTTACGGGT 598 Query 590 TGGACGATAGAAATACGGTTATGTACAATACGCTGATGGGTGGACTTCTAGCATGTGGAA 649 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 599 TGGACGATAGAAATACGGTTATGTACAATTCGTTGATGGGTGGACTTCTAGCATGTGGAA 658 Query 650 TGATCGAAGATGCACTGCAGTTATTTCGAGGAATGGAGAAAGATTCAGTTTCTTGGTCAG 709 |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 659 TGATTGAAGATGCACTGCAGTTGTTTCGAGGAATGGAGAAAGATTCAGTTTCTTGGGCAG 718 Query 710 CGATGATTAAAGGACTTGCTCAAAATGGAATGGAAAAGGAGGCTATTGAATGTTTCAGAG 769 ||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 719 CGATGATTAAAGGACTTGCTCAAAACGGACTTGCAAAGGAGGCTATTGAATGTTTCAGAG 778 Query 770 AGATGAAAATAGAAGGCTTGAAGATGGATCAATATCCTTTTGGAAGTGTACTACCTGCTT 829 |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 779 AGATGAAAGTACAAGGCTTGAAGATGGATCAGTATCCTTTTGGAAGTGTACTGCCTGCTT 838 Query 830 GTGGAGGATTAGGAGCAATAAACGATGGGAGACAGATTCATGCTTGTATAATCAGGACCA 889 ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 839 GTGGAGGATTAGGAGCAATAAACGAAGGGAAACAGATTCATGCTTGTATAATCAGGACCA 898 Query 890 ATCTTCAGGATCACATATATGTAGGCAGTGCTCTCATTGACATGTATTGCAAGTGTAAGT 949 || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 ATTTTCAGGATCACATTTATGTAGGTAGTGCTCTCATTGACATGTATTGCAAGTGTAAGT 958 Query 950 GTTTACATTATGCAAAGACTGTTTTTGATAGAATGAAGCAGAAGAATGTTGTGTCTTGGA 1009 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 GTTTACATTATGCAAAGACTGTTTTTGATAGAATGAAGCAGAAGAATGTTGTGTCTTGGA 1018 Query 1010 CAGCAATGGTTGTGGGTTATGGCCAGACCGGGCGTGCTGGAGAGGCTGTTAAAATTTTCC 1069 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| Sbjct 1019 CAGCAATGGTTGTGGGTTATGGCCAGACCGGGCGTGCTGAAGAGGCTGTTAAGATTTTCC 1078 Query 1070 TTGATATGCAAAGAAGTGGAATTGACCCAGATCATTATACTCTAGGACAAGCGATCAGTG 1129 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1079 TTGATATGCAAAGAAGTGGAATTGACCCAGATCATTATACTCTGGGACAAGCGATCAGTG 1138 Query 1130 CGTGTGCCAACATAAGTAGCTTAGAAGAGGGCTCCCAGTTTCATGGAAAAGCTATAACTG 1189 | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 CTTGTGCCAACGTAAGTAGCTTAGAAGAGGGCTCCCAGTTTCATGGAAAAGCTATAACTT 1198 Query 1190 CTGGCCTAATACATTACATCACTGTTTCGAATTCATTGGTGACTCTGTATGGAAAATGTG 1249 |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1199 CTGGCCTAATACATTATGTCACTGTTTCAAATTCATTGGTGACTCTGTATGGAAAATGTG 1258 Query 1250 GTGATATTGATGATTCTACTAGGCTGTTCAACGAGATGAATGTCAGGGATGAAGTCTCTT 1309 | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1259 GAGATATTGATGATTCGACTAGGTTGTTCAACGAGATGAATGTCAGGGATGCAGTCTCTT 1318 Query 1310 GGACTGCAATGGTTTCTGCGTATGCCCAATTTGGAAGGGCCGTCGAGGCTATTCAGTTGT 1369 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1319 GGACTGCAATGGTTTCTGCGTATGCGCAATTTGGAAGGGCCGTCGAGACTATTCAGTTGT 1378 Query 1370 TTGACAAAATGGTTCAAC-TAGGACTAAAACCTGATGGAGTGACTTTGACCGGTGTTATT 1428 ||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 TTGACAAAATGGTACAACAT-GGTCTAAAACCTGATGGAGTGACTTTGACCGGTGTTATT 1437 Query 1429 TCTGCTTGCAGCAGGGCAGGGTTAGTGGAGAAAGGACAAAGATATTTTGAGTTAATGATA 1488 || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 1438 TCAGCTTGCAGTAGGGCAGGATTAGTGGAGAAAGGACAAAGATATTTTAAGTTAATGACA 1497 Query 1489 AATGAATATGGAATAGTGCCGAGTAATAGCCATTATTCTTGCATGATCGATCTGTTTAGT 1548 | |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 1498 AGTGAATATGGAATAGTGCCAAGTATTGGTCATTATTCTTGCATGATCGATCTCTTCAGT 1557 Query 1549 CGATCTGGAAGGTTAGAGGAAGCCATGGGTTTCATAAATGGGATGCCGTTTCCTCCAGAT 1608 ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1558 CGATCTGGAAGGTTAGAGGAAGCCATGCGTTTTATAAATGGGATGCCTTTTCCTCCAGAT 1617 Query 1609 GCAATTGGTTGGACTACTTTACTCAGCGCATGTAGAAATAAAGGTAACATGGAAATAGGT 1668 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1618 GCAATTGGTTGGACTACTTTACTCAGCGCATGTAGAAATAAAGGTAACTTGGAAATAGGT 1677 Query 1669 AAATGGGCGGCTGAATCACTCATAGAATTAGATCCTCACCATCCTGCTGGCTATACCCTA 1728 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| Sbjct 1678 AAATGGGCGGCTGAATCACTCATAGAATTAGATCCTCATCATCCCGCTGGTTATACGCTA 1737 Query 1729 TTATCAAGCATATATGCTTCAAAGGGGAAATGGGATTGTGTGGCCCAGTTAAGGCGGGGA 1788 |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| Sbjct 1738 TTATCAAGCATATACGCTTCAAAAGGGAAATGGGATAGTGTGGCCCAGTTAAGACGGGGA 1797 Query 1789 ATGAAAGAGAAGAACGTGA-GAAAAGAACCCGGACAGAGTTGGATCAAATGGAAAGGAAA 1847 |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 ATGAGAGAGAAGAACGTGAAGAAA-GAACCCGGACAGAGTTGGATCAAATGGAAAGGAAA 1856 Query 1848 ATTGCACAGTTTCTCAGCTGATGACGAGTCAAGTCCATATTCAGATCAGATATATGCTAA 1907 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1857 ATTGCACAGTTTCTCAGCTGATGACGAGTCAAGTCCATATTTAGATCAGATATATGCTAA 1916 Query 1908 GCTCGAGGAATTGTACCAA-AAAATCATAGATAATGGTTATAAACCAGATACCAGTTTTG 1966 ||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1917 GCTTGAGGAATTGAAC-AATAAAATCATAGATAATGGTTATAAACCAGATACCAGTTTTG 1975 Query 1967 TCCACCATGATGTCGAGGAAGCTGTTAAAATAAAGATGCTTAACTGTCACAGTGAAAGGC 2026 |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1976 TCCATCATGATGTCGAGGAAGCTGTTAAGGTAAAGATGCTTAACTATCACAGTGAAAGGC 2035 Query 2027 TTGCGATTGCTTTTGGGTTGATATTTGTACCCTCAGGCCTACCTATTAGAGTAGGAAAAA 2086 |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 2036 TTGCAATAGCTTTTGGATTGATATTTGTACCCTCAGGGCAACCTATTAGAGTAGGAAAAA 2095 Query 2087 ATCTTCGAGTGTGTGTGGATTGCCACAATGCCACTAAACATATCTCAAGCGTCACTGGTA 2146 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2096 ATCTTAGAGTGTGTGTGGATTGCCACAATGCCACTAAACATATCTCCAGCGTCACTGGTA 2155 Query 2147 GAGAGATACTTGTCAGAGATGCTGTTAGGTTTCACCGTTTTAAAGATGGAACTTGCTCAT 2206 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2156 GAGAGATACTTGTCAGAGATGCTGTTAGGTTTCACCGTTTTAAAGATGGAACTTGCTCAT 2215 Query 2207 GCGGAGATTTCTGGTAG 2223 | ||||||||||||||| Sbjct 2216 GTGGAGATTTCTGGTAG 2232 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 110290597365 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5