BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476024
Length=2223
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G68930.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-contai... 3426 0.0
> AT1G68930.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing
protein | chr1:25918314-25920545 FORWARD LENGTH=2232
Length=2232
Score = 3426 bits (1855), Expect = 0.0
Identities = 2113/2237 (94%), Gaps = 19/2237 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTCGAACTACTACTCTGCTCAGATAAAGCAATGCATTGGGTT-GG-G--AG---- 52
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||
Sbjct 1 ATGGCGTCGAACTACTACTCTGTTCAGATAAAGCAATGCATTGGGTTGGGAGCTAGAAAT 60
Query 53 C-GAGTCGCCATGTGAAGATGATCCATGGGAATATTATCAGAACTCTTCC-TCATCCAGA 110
| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | |||||||
Sbjct 61 CAGAGTCGTTATGTGAAGATGATCCACGGGAATATCATCAGAGCTCTTCCAT-ATCCAGA 119
Query 111 GACGTTTTTGCATAACAACATCGTCCACGCGTATGCTTTAA-GCAGAAGCTCCATTTATG 169
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||
Sbjct 120 GACGTTTTTGTATAACAACATCGTCCACGCGTATGCGTTAATG-AAAAGCTCCACTTATG 178
Query 170 CACGCCGAGTGTTCGACGGAATTCCCCAACCAAACCTTTTCTCCTGGAACAATCTTCTTT 229
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 179 CACGCCGAGTGTTCGACAGAATTCCCCAACCAAACCTTTTCTCCTGGAACAATCTTCTCT 238
Query 230 TGGCTTATTCAAAATCTGGGCATCTCTCAGAGATGGAACGTACCTTTGAGAAGCTTCCTG 289
| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TAGCTTATTCAAAAGCTGGGCTTATCTCAGAGATGGAAAGTACCTTTGAGAAGCTTCCTG 298
Query 290 ATCGTGATGGTGTCACTTGGAACGTGCTTATTGAAGGCTATTCCTTGAGTGGATTGGTTG 349
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 299 ATAGAGATGGTGTCACTTGGAACGTGCTTATTGAAGGCTATTCATTGAGTGGATTGGTTG 358
Query 350 GTGCCGCTGTCAAGGCTTATAACACGATGATGAAAGATTTTTCTTCTAATTTGACTAGGG 409
|||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 359 GTGCAGCTGTTAAGGCTTATAATACGATGATGAGAGATTTTTCTGCTAATTTGACTAGGG 418
Query 410 TTACGTTGATGACAATGTTGAAACTTTCTTCTAGCAATGGGCATGTTAGTTTGGGGAAGC 469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTACGTTGATGACAATGTTGAAACTTTCTTCTAGCAATGGCCATGTTAGTTTGGGGAAGC 478
Query 470 AGATTCATGGGCAGGTTATCAAACTTGGGTTTGAGTCTTATCTTTTAGTTGGGAGTCCAT 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AGATTCATGGGCAGGTTATCAAACTTGGGTTTGAGTCTTATCTTTTAGTTGGGAGTCCAT 538
Query 530 TGTTGGATATGTATTCAAAAGTTGGTTGCATCTCTGATGCAAAGAAGGTTTTTTACGGGC 589
||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TGTTGTATATGTATGCAAATGTTGGTTGCATCTCTGATGCAAAGAAGGTTTTTTACGGGT 598
Query 590 TGGACGATAGAAATACGGTTATGTACAATACGCTGATGGGTGGACTTCTAGCATGTGGAA 649
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TGGACGATAGAAATACGGTTATGTACAATTCGTTGATGGGTGGACTTCTAGCATGTGGAA 658
Query 650 TGATCGAAGATGCACTGCAGTTATTTCGAGGAATGGAGAAAGATTCAGTTTCTTGGTCAG 709
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 659 TGATTGAAGATGCACTGCAGTTGTTTCGAGGAATGGAGAAAGATTCAGTTTCTTGGGCAG 718
Query 710 CGATGATTAAAGGACTTGCTCAAAATGGAATGGAAAAGGAGGCTATTGAATGTTTCAGAG 769
||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CGATGATTAAAGGACTTGCTCAAAACGGACTTGCAAAGGAGGCTATTGAATGTTTCAGAG 778
Query 770 AGATGAAAATAGAAGGCTTGAAGATGGATCAATATCCTTTTGGAAGTGTACTACCTGCTT 829
|||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 779 AGATGAAAGTACAAGGCTTGAAGATGGATCAGTATCCTTTTGGAAGTGTACTGCCTGCTT 838
Query 830 GTGGAGGATTAGGAGCAATAAACGATGGGAGACAGATTCATGCTTGTATAATCAGGACCA 889
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 GTGGAGGATTAGGAGCAATAAACGAAGGGAAACAGATTCATGCTTGTATAATCAGGACCA 898
Query 890 ATCTTCAGGATCACATATATGTAGGCAGTGCTCTCATTGACATGTATTGCAAGTGTAAGT 949
|| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ATTTTCAGGATCACATTTATGTAGGTAGTGCTCTCATTGACATGTATTGCAAGTGTAAGT 958
Query 950 GTTTACATTATGCAAAGACTGTTTTTGATAGAATGAAGCAGAAGAATGTTGTGTCTTGGA 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GTTTACATTATGCAAAGACTGTTTTTGATAGAATGAAGCAGAAGAATGTTGTGTCTTGGA 1018
Query 1010 CAGCAATGGTTGTGGGTTATGGCCAGACCGGGCGTGCTGGAGAGGCTGTTAAAATTTTCC 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1019 CAGCAATGGTTGTGGGTTATGGCCAGACCGGGCGTGCTGAAGAGGCTGTTAAGATTTTCC 1078
Query 1070 TTGATATGCAAAGAAGTGGAATTGACCCAGATCATTATACTCTAGGACAAGCGATCAGTG 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTGATATGCAAAGAAGTGGAATTGACCCAGATCATTATACTCTGGGACAAGCGATCAGTG 1138
Query 1130 CGTGTGCCAACATAAGTAGCTTAGAAGAGGGCTCCCAGTTTCATGGAAAAGCTATAACTG 1189
| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTTGTGCCAACGTAAGTAGCTTAGAAGAGGGCTCCCAGTTTCATGGAAAAGCTATAACTT 1198
Query 1190 CTGGCCTAATACATTACATCACTGTTTCGAATTCATTGGTGACTCTGTATGGAAAATGTG 1249
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CTGGCCTAATACATTATGTCACTGTTTCAAATTCATTGGTGACTCTGTATGGAAAATGTG 1258
Query 1250 GTGATATTGATGATTCTACTAGGCTGTTCAACGAGATGAATGTCAGGGATGAAGTCTCTT 1309
| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1259 GAGATATTGATGATTCGACTAGGTTGTTCAACGAGATGAATGTCAGGGATGCAGTCTCTT 1318
Query 1310 GGACTGCAATGGTTTCTGCGTATGCCCAATTTGGAAGGGCCGTCGAGGCTATTCAGTTGT 1369
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1319 GGACTGCAATGGTTTCTGCGTATGCGCAATTTGGAAGGGCCGTCGAGACTATTCAGTTGT 1378
Query 1370 TTGACAAAATGGTTCAAC-TAGGACTAAAACCTGATGGAGTGACTTTGACCGGTGTTATT 1428
||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TTGACAAAATGGTACAACAT-GGTCTAAAACCTGATGGAGTGACTTTGACCGGTGTTATT 1437
Query 1429 TCTGCTTGCAGCAGGGCAGGGTTAGTGGAGAAAGGACAAAGATATTTTGAGTTAATGATA 1488
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1438 TCAGCTTGCAGTAGGGCAGGATTAGTGGAGAAAGGACAAAGATATTTTAAGTTAATGACA 1497
Query 1489 AATGAATATGGAATAGTGCCGAGTAATAGCCATTATTCTTGCATGATCGATCTGTTTAGT 1548
| |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1498 AGTGAATATGGAATAGTGCCAAGTATTGGTCATTATTCTTGCATGATCGATCTCTTCAGT 1557
Query 1549 CGATCTGGAAGGTTAGAGGAAGCCATGGGTTTCATAAATGGGATGCCGTTTCCTCCAGAT 1608
||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1558 CGATCTGGAAGGTTAGAGGAAGCCATGCGTTTTATAAATGGGATGCCTTTTCCTCCAGAT 1617
Query 1609 GCAATTGGTTGGACTACTTTACTCAGCGCATGTAGAAATAAAGGTAACATGGAAATAGGT 1668
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1618 GCAATTGGTTGGACTACTTTACTCAGCGCATGTAGAAATAAAGGTAACTTGGAAATAGGT 1677
Query 1669 AAATGGGCGGCTGAATCACTCATAGAATTAGATCCTCACCATCCTGCTGGCTATACCCTA 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 1678 AAATGGGCGGCTGAATCACTCATAGAATTAGATCCTCATCATCCCGCTGGTTATACGCTA 1737
Query 1729 TTATCAAGCATATATGCTTCAAAGGGGAAATGGGATTGTGTGGCCCAGTTAAGGCGGGGA 1788
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1738 TTATCAAGCATATACGCTTCAAAAGGGAAATGGGATAGTGTGGCCCAGTTAAGACGGGGA 1797
Query 1789 ATGAAAGAGAAGAACGTGA-GAAAAGAACCCGGACAGAGTTGGATCAAATGGAAAGGAAA 1847
|||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ATGAGAGAGAAGAACGTGAAGAAA-GAACCCGGACAGAGTTGGATCAAATGGAAAGGAAA 1856
Query 1848 ATTGCACAGTTTCTCAGCTGATGACGAGTCAAGTCCATATTCAGATCAGATATATGCTAA 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ATTGCACAGTTTCTCAGCTGATGACGAGTCAAGTCCATATTTAGATCAGATATATGCTAA 1916
Query 1908 GCTCGAGGAATTGTACCAA-AAAATCATAGATAATGGTTATAAACCAGATACCAGTTTTG 1966
||| ||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 GCTTGAGGAATTGAAC-AATAAAATCATAGATAATGGTTATAAACCAGATACCAGTTTTG 1975
Query 1967 TCCACCATGATGTCGAGGAAGCTGTTAAAATAAAGATGCTTAACTGTCACAGTGAAAGGC 2026
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1976 TCCATCATGATGTCGAGGAAGCTGTTAAGGTAAAGATGCTTAACTATCACAGTGAAAGGC 2035
Query 2027 TTGCGATTGCTTTTGGGTTGATATTTGTACCCTCAGGCCTACCTATTAGAGTAGGAAAAA 2086
|||| || |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TTGCAATAGCTTTTGGATTGATATTTGTACCCTCAGGGCAACCTATTAGAGTAGGAAAAA 2095
Query 2087 ATCTTCGAGTGTGTGTGGATTGCCACAATGCCACTAAACATATCTCAAGCGTCACTGGTA 2146
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2096 ATCTTAGAGTGTGTGTGGATTGCCACAATGCCACTAAACATATCTCCAGCGTCACTGGTA 2155
Query 2147 GAGAGATACTTGTCAGAGATGCTGTTAGGTTTCACCGTTTTAAAGATGGAACTTGCTCAT 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GAGAGATACTTGTCAGAGATGCTGTTAGGTTTCACCGTTTTAAAGATGGAACTTGCTCAT 2215
Query 2207 GCGGAGATTTCTGGTAG 2223
| |||||||||||||||
Sbjct 2216 GTGGAGATTTCTGGTAG 2232
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110290597365
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5