BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476028
Length=3317
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G68990.2 | Symbols: MGP3 | male gametophyte defective 3 | ch... 4933 0.0
> AT1G68990.2 | Symbols: MGP3 | male gametophyte defective 3 |
chr1:25935351-25940925 REVERSE LENGTH=3270
Length=3270
Score = 4933 bits (2671), Expect = 0.0
Identities = 2989/3140 (95%), Gaps = 32/3140 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 117 TTACCATTTCGTGGCGATCACAAAGACGATT-AAAAAATGTGGAGGAACATTTTGGGAAG 175
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 134 TTACCATTTCGTGGCGATCACAAAAACGATTCAAAAAATGTGGAGGAACATTCTGGGAAG 193
Query 176 AGCTTCATTGAGAAAGGTTAAGTTTTTATCTGATTCTAG---CTCCGGTCCTCATTTTCA 232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||
Sbjct 194 AGCTTCATTGAGAAAGGTTAAGTTTTTATCTGATTCTAGCTCCTCCGGTACTCATTATCC 253
Query 233 AGTGAATAGAGTTCGTGGGATTCTTTCTTCTGTTAATCTTATTGGCGTTAGAAATGGATT 292
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 254 AGTGAATAGAGTCCGTGGGATTCTGTCTTCTGTTAATCTCAGTGGCGTTAGAAATGGTTT 313
Query 293 ATCGATAAACCCAATTGACGAATTTGGTGGATTGAGCTCGTTTCGTTATGGTCAATGCTA 352
||| ||||| ||| | ||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 314 ATCTATAAATCCAGTCAACGAAATGGGTGGATTAAGCTCGTTTCGTCATGGTCAATGTTA 373
Query 353 TGTGTTTGAAGGGTATGCTACAGCTGCTCAAGCTATTGATTCGACTGATCCTGAAGATGA 412
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 374 TGTGTTTGAAGGGTATGCTACAGCTGCGCAAGCTATTGATTCGACTGATCCTGAAGATGA 433
Query 413 GTCTTCTGGGTCTGATGAAGTTAATGAGTTGATAACAGAAATGGAGAAAGAAACTGAGAG 472
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 434 GTCTTCTGGGTCTGATGAAGTTAATGAATTGATAACGGAAATGGAGAAAGAAACTGAGAG 493
Query 473 AATCCGTAAAAAAGCTAGGCTTGCAGCGACACCGCCAAAGAGAGTTATTGCGGGAATGGG 532
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 494 AATCCGTAAAAAAGCTAGGCTTGCAGCTATACCGCCAAAGAGAGTCATTGCGGGAATGGG 553
Query 533 AGCACAAAAGTACTATATGCTG-AGACAAAGACAAGTGAAAATGGAGACTGAAGAATGGG 591
|||||| |||| |||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 AGCACAGAAGTTCTATATGCTGAAG-CAGAGACAGGTGAAAATGGAGACTGAAGAATGGG 612
Query 592 AAAGAGCAGCGAGAGAGTGTCGTGAGATTCTTGCAGATATGTGTGAGCAGAAGCTTGCAC 651
|||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 AAAGAGCAGCGAGAGAGTGTAGAGAGATTCTAGCTGATATGTGTGAGCAGAAGCTTGCAC 672
Query 652 CGAATTTGCCTTATATTAAGACTTTGTTTCTCGGCTGGTTTGAGCCTGTGCGTAATGCTA 711
||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 CGAATTTACCTTATATGAAGTCTTTGTTTCTAGGCTGGTTTGAGCCTGTGCGTAATGCTA 732
Query 712 TTCAAGCTGATCTTGAT-CTATTCAAAATCAAGAAAGGGAAAATTCCGTATGCGCCTTTT 770
|||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 733 TTCAAGATGATCTTGATACT-TTTAAAATCAAGAAAGGGAAGATTCCGTATGCGCCTTTT 791
Query 771 ATGGAGCAGTTACCGGCTGATAAGATGGCTGTTATCACTATGAATAAGATGATGGGATTG 830
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 792 ATGGAGCAGTTACCGGCTGATAAGATGGCTGTTATCACTATGCATAAGATGATGGGATTG 851
Query 831 TTGATGACTAACGTTGAAGGTGTTGGCATTGTTAAGCTAGTTAATGCTGCTACTCAGATC 890
||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 852 TTGATGACTAATGCGGAAGGCGTTGGCATTGTTAAGCTAGTGAATGCTGCTACTCAGATC 911
Query 891 GGGGAAGCCGTTGAGCAGGAGGTCAGGATCAACAGTTTTTTGCAGAAAAATAATaaaaaa 950
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 912 GGGGAAGCTGTTGAGCAGGAGGTCAGGATCAACAGTTTTTTGCAGAAAAAGAATAAAAAA 971
Query 951 aaTGCAACTGACAAGACGATCAATACAGAAGCTGTGCATGTTTCAGAAGAAACCGTGGCC 1010
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 972 AATGCAACTGACAAGACGATCAATACAGAAGCTGAGAATGTTTCAGAAGAAATTGTGGCC 1031
Query 1011 AAAGAAACGGAAAAGGCAAGGAAACGAGCTACTGTACTGATGGaaaaaaaGAAGTTGAGG 1070
||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1032 AAAGAAACGGAAAAGGCGAGGAAACAAGTTACTGTACTGATGGAAAAAAATAAGTTGAGG 1091
Query 1071 GAAGTAAAAGCATTAGTGAGGAAACATGACTCATTCAAGCCATGGGGTCAAGAGGCTCAA 1130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 CAAGTAAAAGCATTAGTGAGGAAACATGACTCATTCAAGCCATGGGGTCAAGAGGCTCAA 1151
Query 1131 GTGAAGGTCGGCGCACGTTTGATTCAGCTGCTGATTGAAAATGCATATATACAACCTCCA 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 GTGAAGGTCGGCGCACGTTTGATTCAGCTGCTGATGGAAAATGCATATATACAACCTCCA 1211
Query 1191 GCTGAACAGTTTGATGATGGTCCACCTGACATCCGACCTGCTTTTAAGCAAAATTTCAGA 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 GCTGAACAGTTTGATGATGGTCCACCTGACATCCGACCTGCTTTTAAGCAAAATTTCAGA 1271
Query 1251 ACTGTCACATTAGAAAATACAAAAACGAGCAGGAGATATGGTTGCATCGAATGCGATCCT 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 ACTGTCACATTAGAAAATACAAAAACGAGCAGGAGATATGGTTGCATCGAATGCGATCCT 1331
Query 1311 TTGGTCCTAAAGGGCC-T------T--G--A-CA-AA---T---C-A-GCTAGACATATG 1349
|||||||||||||||| | | | | || || | | | ||||||||||||
Sbjct 1332 TTGGTCCTAAAGGGCCTTGACAAATCAGTAAGCAGAATCGTGGACTATGCTAGACATATG 1391
Query 1350 GTCATTCCCCACTTGCCAATGCTAATACCTCCCCAGAACTGGACAGGGTATGATCAAGGG 1409
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 GTCATTCCCTACTTGCCAATGCTAATACCTCCCCAGAACTGGACAGGGTATGATCAAGGG 1451
Query 1410 GCACACCTTTTCTTGCCTTCATTCGTCATGAGAACACATGGAGCTAAACAACAACGTACT 1469
|| || ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1452 GCTCATTTTTTCTTGCCTTCGTACGTCATGAGAACACATGGAGCTAAACAACAACGCACT 1511
Query 1470 GTAATGAAACGAACTCCAAAGGAGCAACTGGAGCCAGTGTATGAGGCTTTAGATACTCTA 1529
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1512 GTTATGAAACGAACTCCAAAGGAGCAACTGGAGCCAGTATATGAGGCTTTAGATACTCTA 1571
Query 1530 GGAAACACCAAATGG-AGAATAAACAAAAAGGTGTTAAGTTTGGTGGACAGAATCTGGGC 1588
|||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572 GGAAACACTAAATGGAAG-ATAAACAAAAAGGTGTTAAGTTTGGTGGACAGAATCTGGGC 1630
Query 1589 TAATGGAGGTCGCCTTGGTGGTCTGGTTGACCGTGAAGATGTACCCCTTCCAGAGGAGCC 1648
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1631 TAATGGAGGTCGCATTGGTGGTCTGGTTGACCGTGAAGATGTACCCATTCCAGAAGAGCC 1690
Query 1649 GGAAAGGGAAGACCAGgaaaaatttaaaaattggaaatgggaatcgaaaaaagcagttaa 1708
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1691 GGAAAGGGAAGACCAAGAAAAATTTAAAAATTGGAGATGGGAATCCAAAAAAGCAATTAA 1750
Query 1709 gcaaaataatGAGAGACATTCACAAAGGTGTGATATAGAGCTCAAACTCGAGGTGGCACG 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 GCAAAATAATGAGAGACATTCACAAAGGTGTGATATAGAGCTCAAACTCGAGGTGGCACG 1810
Query 1769 TAAAATGAAGGACGAGGAAGGTTTTTACTACCCTCACAATGTTGATTTTCGTGGCCGAGC 1828
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1811 TAAAATGAAGGATGAGGAAGGTTTCTACTACCCTCACAACGTTGATTTTCGTGGGCGAGC 1870
Query 1829 ATATCCCATTCATCCATATCTTAACCATCTCGGGTCTGATCTCTGCCGAGGCATCCTTGA 1888
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 ATATCCCATACATCCATATCTTAACCATCTCGGGTCTGATCTCTGCCGAGGCATCCTTGA 1930
Query 1889 GTTTTGTGAGGGAAAGCCTCTTGGGAAATCAGGGTTGCGTTGGCTGAAGATACATATAGC 1948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 GTTTTGTGAGGGAAAGCCTCTTGGGAAATCAGGGTTGCGTTGGCTGAAGATACATATAGC 1990
Query 1949 AAACTTATATGCTGGTGGAGTCGATAAGCTGGCTTATGAGGATAGGATTGCATTTACTGA 2008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1991 AAACTTATATGCTGGTGGAGTCGATAAGCTGGCTTATGAGGATAGGATTGCGTTTACTGA 2050
Query 2009 GAGTCACTTGGACGATATATTTGATTCTTCTGATAGACCTCTTGAAGGAAAAAGATGGTG 2068
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 GAGTCACTTGGAAGATATATTTGATTCTTCTGATAGACCTCTTGAAGGAAAAAGATGGTG 2110
Query 2069 GCTTAACGCAGAGGATCCCTTTCAATGTTTGGCTGCTTGCATCAATCTTTCAGAAGCCTT 2128
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2111 GCTTAACGCAGAGGATCCCTTTCAATGTTTGGCTGCTTGCATTAATCTTTCAGAAGCCTT 2170
Query 2129 GAGAAGCCCCTTTCCTGAAGCTGCTATATCTCATATCCCCATCCACCAGGATGGTTCATG 2188
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 GAGAAGCCCCTTTCCTGAAGCTGCAATATCCCATATCCCCATCCACCAGGATGGTTCATG 2230
Query 2189 TAATGGTTTACAACACTATGCTGCTCTTGGGAGGGATAAGTTGGGAGCAGATGCTGTCAA 2248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 TAATGGTTTACAACACTATGCTGCTCTTGGGAGGGATAAGTTGGGAGCAGATGCTGTCAA 2290
Query 2249 CCTTGTAACAGGTGAAAAGCCGGCAGATGTTTATGCACAAATTGCGGCTAGGGTTTTCAA 2308
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2291 CCTTGTTACAGGTGAAAAGCCGGCAGATGTTTATACAGAAATTGCGGCTAGGGTTCTCAA 2350
Query 2309 GATCATGCAGCAAGATGCAGAGGAAGATCCTGAAACGTTTCCAAATGCCACATATGCCAA 2368
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 GATCATGCAGCAAGATGCAGAGGAAGATCCCGAAACATTTCCAAATGCCACATATGCCAA 2410
Query 2369 ACTCATGCTCGACCAGGTTGACAGAAAGCTGGTAAAACAGACTGTCATGACATCAGTGTA 2428
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2411 ACTCATGCTCGACCAGGTTGACAGAAAGCTGGTCAAACAGACTGTCATGACATCAGTGTA 2470
Query 2429 TGGTGTTACTTATTCTGGCGCACGTGACCAAATAAAGAAGAGGTTAAAAGAACGTGGTAC 2488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 TGGTGTTACTTATTCTGGCGCACGTGACCAAATAAAGAAGAGGTTAAAAGAACGTGGTAC 2530
Query 2489 CTTTGAGGACGACTCACTGACTTTTCATGCAGCTTGTTATGCAGCAAAAATCACTTTGAA 2548
|||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 CTTTGAGGACGATTCACTGACTTTTCATGCATCGTGTTATGCAGCAAAAATCACTTTGAA 2590
Query 2549 AGCATTGGAAGAGATGTTTGAAGCTGCTAGAGCTATCAAGAGTTGGTTTGGTGATTGTGC 2608
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AGCATTGGAAGAGATGTTTGAAGCTGCAAGAGCTATCAAGAGTTGGTTTGGTGATTGTGC 2650
Query 2609 AAAGATAATAGCTTCAGAAAACAAAGCAGTTTGTTGGACGACTCCTCTTGGACTTCCAGT 2668
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2651 AAAGATAATAGCTTCAGAAAACAATGCAGTTTGTTGGACGACTCCTCTTGGACTTCCAGT 2710
Query 2669 TGTACAGCCTTATCGGAAGCCTGGAAGACATTTGGTTAAGACTACCCTTCAGGTGTTGAC 2728
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2711 TGTACAGCCTTATCGAAAGCCTGGAAGACATTTGGTTAAGACTACCCTTCAGGTGTTAAC 2770
Query 2729 TTTAAGCCGTGAGACTGATAAGGTCGCGGCGAGGAGGCAGATGACTGCTTTTGCACCAAA 2788
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 TCTAAGCCGTGAGACTGATAAGGTCATGGCGAGGAGGCAGATGACTGCTTTTGCACCAAA 2830
Query 2789 TTTTATACATTCTCTTGACGGGTCTCACATGATGATGACAGCAGTTGCCTGCAACAGGGC 2848
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2831 TTTTATACATTCTCTTGATGGGTCTCACATGATGATGACAGCAGTTGCCTGCAACAGGGC 2890
Query 2849 GGGCTTGAGTTTCGCAGGGGTGCATGATTCGTTCTGGACGCATGCCTGTGATGTTGAAAT 2908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2891 CGGCTTGAGTTTCGCAGGGGTGCATGATTCGTTCTGGACGCATGCCTGTGATGTTGACGT 2950
Query 2909 AATGAACACAATACTCAGAGAGAAGTTTGTCGAGCTCTACGAAAAGCCAATCTTAGAAAA 2968
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2951 AATGAACACAATACTCAGAGAAAAGTTTGTCGAGCTCTACGAAAAGCCAATCTTAGAAAA 3010
Query 2969 CTTGTTGGAGAGTTTCCAGAAGTCCTTCCCAGACATAAGTTTTCCGCCATTACCAGAACG 3028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3011 CTTGTTGGAGAGTTTCCAGAAGTCCTTCCCAGACATAAGTTTTCCGCCATTACCAGAACG 3070
Query 3029 AGGCGACTTTGATCTGAGGAAGGTCCTACAGTCGACATACTTCTTCAACTGAGCTGCAAC 3088
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3071 AGGCGACTTTGATCTGAGGAAGGTCCTAGAGTCGACTTACTTCTTCAACTGAGCTGCAGC 3130
Query 3089 ACATTCAGGTTACTTGCATATTGGAAGGTCCAATACTCCACATCTAACATTCAGGGCAGA 3148
||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3131 ACATTCAGGTTACTTAAATACTGGAAGCTCCAATACTCCACATCTAACATTCAGGACAGA 3190
Query 3149 GTAAGTTTGCTTCTTCAGGCCAATACAACATCCACATTGATCAAAGGGGAAA-GATTCTC 3207
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3191 GTAAGTTTGCTTCTTCAGGCCAATACATCAGCCACATTGATCAAAGGGGAAAAGATTCTT 3250
Query 3208 AATAAGGAATGTTGATGGTT 3227
||||||||||||||||||||
Sbjct 3251 AATAAGGAATGTTGATGGTT 3270
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165049242470
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5