BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476032
Length=1579
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G69040.2 | Symbols: ACR4 | ACT domain repeat 4 | chr1:259578... 2477 0.0
> AT1G69040.2 | Symbols: ACR4 | ACT domain repeat 4 | chr1:25957819-25960307
FORWARD LENGTH=1620
Length=1620
Score = 2477 bits (1341), Expect = 0.0
Identities = 1462/1520 (96%), Gaps = 10/1520 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGGCTTAAACCC-AAAACGGAACATTAATGGATGTTGGTATGAGTTTTTCACAAGATAT 59
||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTGGCTTAAACCCAAAAAAGGAAC----ATGGATGTTAGTATGAGTTTTTCACAAGATAT 56
Query 60 GGATAATGAGTATGAGAAACTGATAAGAAGAATGAATCCACCAAGGGTTGTGATTGATAA 119
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 GGATAATGAGTATGAGAAGCTGATAAGAAGAATGAATCCACCAAGGGTTGTGATTGATAA 116
Query 120 TGACTCTTGCAAGAAGGCAACTGTGATAAGGGTGGATAGTGCAAATGAATATGGGATTCT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 TGACTCTTGCAAGAAGGCAACTGTGATAAGGGTGGATAGTGCAAATGAATATGGGATTCT 176
Query 180 TCTTGAAGTTGTACAAATCCTTACTGATCTTAACCTTACTATCACTAAGGCGTACATATC 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 TCTTGAAGTTGTACAAATCCTTACTGATCTTAACCTTACTATCACTAAGGCGTACATATC 236
Query 240 TTCTGATGGTGGTTGGTTTATGGATGTGTTTAATGTCACTGATCAAGATGGTAACAAAGT 299
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TTCTGATGGTGGTTGGTTTATGGATGTATTTAATGTCACTGATCAAGATGGTAACAAAGT 296
Query 300 CACTGATGAAGTTGTTCTAGACTATATCCAAAAGTCTCTTGGGCCTGAAGCTTGTTTCTC 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CACTGATGAAGTTGTTCTAGACTATATCCAAAAGTCTCTTGGGCCTGAAGCTTGTTTCTC 356
Query 360 CACTTCCATGAGATCAGTTGGTGTCAGACCATCAACAGACAGTACAGTTATTGAGTTAAC 419
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 357 CACTTCCATGAGATCAGTTGGTGTCATACCATCAACAGACAGCACGGTTATTGAGTTAAC 416
Query 420 CGGATGTGACAGGCCAGG-CTTGCTCTCTGAACTGTCAGCTGTCTTGACCCATCTCAAAT 478
||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 417 TGGATGTGACAGACCAGGTCT-GCTGTCTGAACTGTCAGCTGTTTTGACCCATCTCAAAT 475
Query 479 GCAGTGTCCTAAACGCTGAGGTTTGGACACACAACACCAGAGCAGCTGCTGTGATGCAGG 538
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 GCAGTGTCCTCAACGCTGAGATTTGGACACACAACACCAGAGCAGCTGCTGTGATGCAGG 535
Query 539 TCACAGATGACTCAACCGGGTGTGGTATTTCTGATCCAGAGAGGTTGTCTCGGATCAGGA 598
|||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 536 TCACAGATGACTTAACCGGGTGTGGCATTTCTGATCCAGAGAGGTTGTCTCGGATCAAGA 595
Query 599 ACCTTCTCAGAAATGTGCTTAAAGGAAGCTACACACCAAGGGAAGCTAAAACCGCAGTTT 658
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 596 ACCTTCTCAGAAATGTGCTTAAGGGAAGCAACACACCAAGGGAAGCTAAAACCGTAGTGT 655
Query 659 CTCACGGTGAGGTCCACACGGATAGGAGGCTTCATCAGATGATGTTTGAAGATAGAGACT 718
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 656 CTCATGGGGAGGTCCACACGGATAGGAGGCTTCATCAGATGATGTTTGAGGATAGAGACT 715
Query 719 ATGAACACCGTTTGGTGGACGATGATTCCTCCATCCAAGATGAAAGGCAAAGACCAGATG 778
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 ATGAACACCGTTTGGTGGATGATGATTCCTCTATCCAAGATGAAAGGCAAAGACCAGATG 775
Query 779 TTTGTGTTGATAATTGGCTTGATAAGGATTACTCTGTGGTCACAGTTAGATGTAAAGACA 838
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TTTGTGTTGATAATTGGCTCGATAAGGATTACTCTGTGGTCACAGTTAGATGTAAAGACA 835
Query 839 GACCAAAGCTTCTGTTTGACACAGTCTGCACTTTGACTGATATGCAGTATGTGGTTTTCC 898
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 GACCAAAGCTTCTGTTCGACACAGTCTGCACTTTGACTGATATGCAGTATGTGGTTTTCC 895
Query 899 ATGGAAGTGTTGATACTGAGGGCACAGAGGCATATCAGGAGTATTATGTGAGACATATAG 958
||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 ATGGAAGTGTTGATACTGAGGGCACCGAGGCGTTTCAGGAGTATTATGTGAGACATATAG 955
Query 959 ATGGATCCCCTGTAAAATCAGAGGCAGAGAAGCAAAGAGTCATACAATGTCTTGAAGCAG 1018
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 ATGGATCCCCTGTGAAATCAGAGGCAGAGAAGCAAAGAGTCATACAATGTCTTGAAGCAG 1015
Query 1019 CTATCAAAAGAAGAGTATCTGAGGGATTGAAGTTGGAACTGTGCACGA-GTGATAGAGTA 1077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1016 CTATCAAAAGAAGAGTATCTGAGGGATTGAAGTTGGAACTGTGCACGACG-GATAGAGTA 1074
Query 1078 GGCTTATTGTCAAATGTGACCCGCATATTCCGTGAAAACAGCCTAACGGTCACAAGAGCT 1137
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GGCTTATTGTCAAACGTGACTCGCATATTCCGTGAAAACAGCCTAACGGTCACAAGAGCT 1134
Query 1138 GAAGTGAAAACTAAAGGAGGCAAAGCTCTAAACACATTCTATGTCAGTGATGCATCTGGT 1197
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GAAGTGAAAACCAAAGGAGGCAAAGCTCTAAACACATTCTATGTCAGTGATGCATCTGGT 1194
Query 1198 TACTCGATTGATGCCAAGACCATAGATTCCATAAGACAAACCATAGGCCAAACTATCCTC 1257
||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1195 TACTCAATCGATGCTAAGACCATAGATTCCATAAGACAAACCATAGGCCAAACTATTCTC 1254
Query 1258 AAAGTCAAAAACAACCCTCAAGAACAACAAGAAAGACAGAAATCGCCTTCTCACGAATCC 1317
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 AAAGTCAAGAACAACCCTCAAGAACAACAACAAAGACAGAAATCGCCTTCTCACGAATCA 1314
Query 1318 CCAACCAGGTTTCTCTTTGGGGGTCTCTTCAAGTCGAAATCTTTTGTCAACTTTGGCTTG 1377
|| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CCGACAAGATTTCTCTTTGGGGGTCTCTTCAAGTCGAAATCTTTTGTCAACTTTGGCTTG 1374
Query 1378 GTCCGATCCTACTCTTGAAGAAGAACTTCACTTAGCTGTGAGGTT-CAATCTCCTCTAGG 1436
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1375 GTCCGTTCCTACTCTTGAAGAACAACTTCACTTAGCTGTGAGGTTTCAATCTCATCTAGG 1434
Query 1437 TTTTAACTGCTTTAAACTTGAGAAGAATCTGTAAATCTATCACCAGATATAATCTTAAAT 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TTTTAACTGCTTTAAACTTGAGAAGAATCTGTAAATCTATCGCCAGATATAATCTTAAAT 1494
Query 1497 TCTTGGTCTAGGATCCAACT 1516
||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 TCTTGGTCTAGGATCCAACT 1514
Score = 113 bits (61), Expect = 4e-24
Identities = 63/64 (98%), Gaps = 0/64 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1516 TAGTTGATGTCATGACTAAGTGTTAAGTGTTAACCTGCTCTTCTTGTATATATATCAAAT 1575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TAGTTGATGTCATGACTAAGTGTTAAGTGTTAACCTACTCTTCTTGTATATATATCAAAT 1604
Query 1576 CCTC 1579
||||
Sbjct 1605 CCTC 1608
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77961446385
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5