BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476044
Length=2088
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G69200.1 | Symbols: FLN2 | fructokinase-like 2 | chr1:260158... 3269 0.0
> AT1G69200.1 | Symbols: FLN2 | fructokinase-like 2 | chr1:26015877-26018493
FORWARD LENGTH=2120
Length=2120
Score = 3269 bits (1770), Expect = 0.0
Identities = 1993/2100 (95%), Gaps = 18/2100 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAGCTTAAACCCCAATCTCCCTC-AAACTCATAAACTTATTGCTCTCCTGTGTTGATTT 59
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1 AGAGCTTAAACCCCAATCTCCCTCAAAACTCATAAACATATTGCTCTCCTTTGTTCATTT 60
Query 60 CTGGGTTTAGGCTTCTTTCGACTTTATGGGTTTCGGAGCTTAGTTTCAGTACAATTTCGT 119
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 61 CTGGGTTTACGCTTCTTTCGACTTTATGGGTTTCGGAGCTTAGTTTTACTACAATTTCG- 119
Query 120 TTTGG-AAAGAGCTCTTATTTGATGTCCATGGCGTCTCTCTCCTTCACCCAATTCTTATC 178
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTTGGAAAAGAGCTCTTATTTGATGTTCATGGCGTCTCTCTCCTTCACCCAATTCTTATC 179
Query 179 ATTTCCCAGATGCAATGCAGATGTTCCTTGTCTGCTCCAGTCGC-TGGGTTTTGTGAAGT 237
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 180 ATTCCCCAGATGCAATGCAGATGTTCCTTGTCTGCTCCAGTCGCAT-GGTTTTGTGAAGT 238
Query 238 TTAGAGGTGAAAGATGGAATGGGAAACAAAGCTTTTCTATGGCTGCTGGTAGGAGAAAGT 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TTAGAGGTGAAAGATGGAATGGGAAACAAAGCTTTTCTATGGCTGCTGGTAGGAGAAAGT 298
Query 298 TATCAGAGTCAGCACCTCTTGAAGACGAAGGCAATGATGGAAACGGGGCGGTTGGGGGGA 357
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |
Sbjct 299 TATCAGAGTCAGCACCTCTTGAAGAAGAAGGTAATGATGGAAACGGTGCGGTTGTGGGAA 358
Query 358 AGAAACCATCGAAAAGTGTTAAGAGAACAACGAAGAAGAAGGTGGTAG-CAACTGATGAA 416
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||
Sbjct 359 AGAAACCATCTAAAAGTGTTAAGAGAACAACGAAGAAGAAGGTTGTGGTTAA-GGATGAA 417
Query 417 TCATTAGAAGAAAGTTCTGAACTTTTGGTAGATAGTGATGATGTTTTAGACAAGGAAAGC 476
|||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CCATTAGAAGAAATTTCTGAATTTTTGGTTGATAATGATGATGTTTTAGACAAGGAAAGC 477
Query 477 ACTGTCTCAGCTTCGAAACC---AAAGACAAGAACTAGAAAGAAAGCTGCAGCAGCTTCT 533
| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATTGTCTCAGCTTTGAAACCAAAAAAGACAAGAACTAGAAAGAAAGCTGCAGCAGCTTCT 537
Query 534 TCTGATGTGGAGGAAGTAAAAACCGAGAAGAAAGTGAGACGAAAGAGGACTGTTAAGAAA 593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TCTGATGTGGAGGAAGTAAAAACCGAGAAGAAAGTGAGACGAAAGAGGACTGTTAAGAAA 597
Query 594 GATAAAGAAACGGAGGATGATTTAGCTACTAGTACTC-ATGATGAGGTTAGTGATGTCGA 652
|||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 598 GATAAAGATGTGGAGGATGATTTAGCTACTATTA-TGGATGCTGAGGTTAGTGATGTCGA 656
Query 653 GGAAGCCTTGGCTGTTGAAAGCACTGATACCGAGAGTGAAGAAGAAGAGATTGATCTGAG 712
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GGAAGCATTGGCTGTTGAAAGCACTGATACAGAGAGTGAAGAAGAAGAGATTGATCTGAG 716
Query 713 TAAACATGACAG-TGAAGATATTAGTCACACATATGGATGGCCTCCGCTTGTGTGTTGCT 771
||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 717 TAAACATGA-AGGTGAAGATATTAGTCACACTTATGGATGGCCTCCTCTCGTGTGTTGCT 775
Query 772 TTGGATCTGCACAACATGCTTTTGTGCCCTCGGGAAGGCCAGCAAACAGGCTATTAGATT 831
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TTGGATCTGCACAACATGCTTTTGTGCCTTCGGGAAGGCCAGCAAACAGGCTATTAGATT 835
Query 832 ATGAACTACATGAACGGATGAGAGACGCAAAGTGGGCCCCGGAGAAGTATATCCGGGCTC 891
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 836 ATGAACTACACGAACGGATGAGAGATGCAAAGTGGGCTCCAGAGAAGTATATCCGGGCTC 895
Query 892 CTGGAGGATGTGCAGGAGGTGTTGCTATTGCCCTTGCAAGCTTGGGTGGTAAGGTTGCCT 951
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 896 CTGGAGGATGTGCAGGAGGTGTTGCTATTGCTCTTGCAAGCTTGGGTGGTAAGGTTGCTT 955
Query 952 TTATGGGCAAACTCGGGGATGATGACTATGGTCAAACCATGTTGTATTACCTGAATGTGT 1011
||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 956 TTATGGGCAAACTTGGGGCTGATGACTATGGTCAAGCCATGTTGTATTATCTGAATGTGT 1015
Query 1012 GCAAGGTCCAAACTAGATCAGTTAAGATTGATAGTAAAAAGGTTACGGCTTGTTCTACTA 1071
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1016 GCAAAGTCCAAACTAGATCAGTTAAGATTGATGGTAAAAGGGTTACGGCGTGTTCTACTA 1075
Query 1072 TGAAGATTAGCAAGAGAGGTCGCTTGAAATCGACTTGTATCAAGCCCTGTGCAGAGGATT 1131
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1076 TGAAGATCAGCAAGAGAGGTCGCTTGAAATCGACTTGTATTAAGCCATGTGCAGAGGATT 1135
Query 1132 CTCTTTCAAAATCTGAAATCAACGTTGATGTGCTCAAAGAGGCGAAAATGTTCTACTTCA 1191
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 CACTTTCAAAATCTGAAATCAACGTTGATGTGCTCAAAGAGGCGAAAATGTTCTACTTCA 1195
Query 1192 GCACGCATTCTCTACTCGATAAGAAGATGAGGTCAACTACGATACAAGCCATCAAGATAT 1251
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GCACGCATTCTCTACTCGATAAGAAGATGATGTCAACTACGATACAAGCCATCAAGATAT 1255
Query 1252 CAAAGCAACTAGGCAATGTCATTTTCTATGACTTGAATCTCCCTTTACCACTATGGCAGT 1311
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1256 CAAAGCAACTAGGCAATGTCATTTTTTATGACTTGAATCTCCCTTTACCACTATGGCACT 1315
Query 1312 CCAGCGAAGAAACCAAGTCTTTCATACAGGAAGTGTGGGATCTTGCAGACATAATTGAAA 1371
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||
Sbjct 1316 CCAGCGAAGAAACCAAGTCTTTCATACAGGAAGTGTGGAATCTTGCAGACGTCATTGAAA 1375
Query 1372 TCACAAAACAGGAACTTGAGTTCTTATGCGGAATCGAGCCAACTGAAGAGTTCGATACAG 1431
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TCACAAAACAGGAACTTGAATTCTTATGCGGAATCGAGCCTACTGAAGAGTTCGATACAG 1435
Query 1432 AAAACAATGACATCAGTAAGTTTGTCCATTATCCACCAGAAACTGTGGAGCAGCTTTGGC 1491
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1436 AAAACAATGACATCAGTAAGTTTGTCCATTACCCGCCAGAAACTGTGGAACAGCTTTGGC 1495
Query 1492 ATGAAAATCTCAAGGTCTTGTTTGCGACCAATGGCACTTCTAAGATCCATTACTATACCA 1551
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 ATGAAAATCTCAAGGTCTTGTTTGTGACCAATGGCACTTCTAAGATCCATTACTATACCA 1555
Query 1552 AAGAGCACAATGGTGCTGTTTCCGGAATGGAGGATGCTCCCATTACTCCTTTCACAAGGG 1611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1556 AAGAGCACAATGGTGCTGTTTCCGGAATGGAGGATGTTCCCATTACTCCTTTTACAAGGG 1615
Query 1612 ATATGTCAGCATCTGGAGATGGCATCGTTGCAGGTCTAATAAGAATGCTTACGGTTCAAC 1671
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1616 ATATGTCAGCATCTGGAGATGGCATCGTTGCAGGTCTAATAAGAATGCTTACGGTTCAGC 1675
Query 1672 CAGATCTTATGAACAATAAAGGGTACCTGGAACGCACAGCAAGATATGCAATTGAGTGTG 1731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CAGATCTTATGAACAATAAAGGGTACCTGGAACGCACAGCGAGATATGCAATTGAGTGTG 1735
Query 1732 GGGTTGTTGATCAATGGTTGCTGGCACAAACCCGAGGATATCCTCCTAAGGATGACATGg 1791
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1736 GTATTATTGATCAATGGTTGCTGGCACAAACCCGAGGATATCCTCCAAAGGATGACATGG 1795
Query 1792 aagaagaagatgatgatgaagaaga---tgaagTGGAATCAGATCCAAACGGTATAAGAT 1848
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 AAGAAGAAGAAGATGATGAAGAAGAAGATGAAGTGGAATCAGATCCAAACGGTATAAGAT 1855
Query 1849 CGATAACTGAGAGGGAATACCGAACCTCAAAGCCTTATGATGAACCAGATGGTCCATATG 1908
||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1856 CGATAACAGAGAAGGAATACAGAACCTCAAAGCCTTATGATGAACCAGATGGTCCATACG 1915
Query 1909 TTATGAAACCGGTCGAGGAAAGGGAATACAAGAAGTTAGAGCTTGTTGGCTCAATGTTTG 1968
|||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TTATGAAACCAGTAGAGGAAAGGGAGTACAAGAAGTTAGAGCTTGTTGGCTCAATGTTTG 1975
Query 1969 AAGATGGTAGTTTATGATTTTCATAAGATTTGATATTATTTCTGTTAGTCAGCTTTTTTC 2028
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 AAGATGGTAGTTTATGATTTTCATAAGATTTGATAATGTTTCTGTTAGTCAGCTTTTTTT 2035
Query 2029 -CCTGTTCGCATCTTACAACATCTTGGTAGTGTGAATTTTTGTCATATGTTTTAATATCT 2087
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2036 TCCTGTTCACATCTTACAACATCTTAGTAGTGTGAATTTTTGTCATATGTTTTGATATCT 2095
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103513523790
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5