BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476131
Length=3571
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G70070.1 | Symbols: EMB25, PDE317, ISE2 | DEAD/DEAH box heli... 5688 0.0
> AT1G70070.1 | Symbols: EMB25, PDE317, ISE2 | DEAD/DEAH box helicase,
putative | chr1:26390016-26394196 REVERSE LENGTH=3564
Length=3564
Score = 5688 bits (3080), Expect = 0.0
Identities = 3424/3584 (96%), Gaps = 47/3584 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 aaaaaaaaaTCAAATCTTGAAATGCTCTGAAAACATGAATACTCTTCCCGTCGTCTCTCT 60
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 15 AAAAAAAAATCAAATCTTGAAATGCCCTGAAAACATGAACACTCTTCCCGTCGTCTCTCT 74
Query 61 CACACCGTCTTCTTCCTTGTTCAAATTCTTCCATTTTCCTTCTCTGCACCGTTCTCTCTC 120
|||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CACAGCTTCTTCTTCC---TTCAAATTCTTCCATTTTCCTTCTCTGCACCGTTCTCTCTC 131
Query 121 TCATTCCCCAAACTTCTCTTTCACCAAAACCCTAATCCTCAATCCAAACCAACTCTCCTT 180
|||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 132 TCATTCCCCAAACTTCTCCTTCACCAAATCCCTTATCCTCAATCCAAACCACCTCTCCTT 191
Query 181 CAAATCCTCTTTAAATTCTCTCTCACCGTCGCAGTCTCAGCTCTCcgaagaggaagagga 240
||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||
Sbjct 192 CAAATCCACCTTAAATTCTCTTTCACCGTCTCAGTCTCAGCTCT---------ACGAGGA 242
Query 241 agacgacgacgacgaagaagaagaagaagaagaagaagaagacgaagatgacgatgacga 300
||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 243 AGA--A-GACGAC---------GAAGAAGAAGAAGAAGAAGACGAAGAT---GATGATGA 287
Query 301 cgaagctgcagacgaatacgacAATATCTCCGATGAAATT-GG--TA---AT-A-G-CGA 351
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || | | |||
Sbjct 288 CGAAGCTGCTGACGAATACGACAATATCTCCGATGAAATTCGGAATAGCGATGACGACGA 347
Query 352 CGACGATGAAGAAACCGAGTTCTCGGTGGATTTACCAACGGAGGAATCAGCTCGGGAACG 411
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 348 CGACGATGAAGAAACCGAATTCTCCGTGGATTTGCCGAC---GGAATCAGCTCGGGAACG 404
Query 412 AGTCGAGTTCCGGTGGCAGAGAGTTGAGAAGCTTCGTAGTCTTGTTCGAGATTTTGGTGT 471
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 405 AGTGGAGTTCCGGTGGCAGAGAGTGGAGAAGCTTCGTAGTCTTGTTAGAGATTTTGGTGT 464
Query 472 TGAGATGATTGATATCGATGAACTCATTTCCATCTACGATTTTCGAATCGACAAGTTTCA 531
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 TGAGATGATTGATATCGATGAACTCATTTCAATCTACGATTTTCGAATCGACAAGTTTCA 524
Query 532 GAGATTGGCTATTGAAGCTTTTCTTAGAGGTTCTTCTGTGGTGGTTTCTGCTCCAACGAG 591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 525 GAGATTGGCTATTGAAGCTTTTCTTAGAGGTTCTTCTGTTGTGGTTTCTGCTCCGACTAG 584
Query 592 TAGTGGCAAGACTTTGATTGCTGAAGCAGCTGCTGTTGCTACAGTGGCTAAAGGTCGTCG 651
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| ||
Sbjct 585 TAGTGGCAAGACTTTGATTGCTGAAGCTGCTGCTGTTTCCACGGTGGCTAAAGGTCGCCG 644
Query 652 GTTGTTCTATACTACACCTCTTAAAGCACTCTCTAATCAGAAGTTTCGTGAGTTTAGGGA 711
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 GTTGTTCTACACTACACCTCTTAAAGCACTCTCTAATCAGAAGTTTCGTGAGTTTAGGGA 704
Query 712 GACATTTGGCGACGATAATGTTGGTCTACTCACAGGTGACTCTGCTATCAATAAGGATGC 771
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 705 GACATTTGGGGATGATAATGTTGGTCTACTCACAGGTGACTCTGCTATTAACAAAGATGC 764
Query 772 TCAGATTGTGATCATGACTACAGAGATTCTCCGGAACATGTTGTATCAAAGTGTTGGAAT 831
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 TCAGATTGTGATTATGACTACAGAGATTCTCCGTAACATGTTGTATCAAAGTGTTGGAAT 824
Query 832 GGCTTCTTCAGGAACTGGACTGTTTCATGTTGATGCTATTGTTTTGGATGAGGTTCATTA 891
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 825 GGCTTCTTCAGGAACTGGACTTTTTCATGTTGATGCCATTGTTTTGGATGAGGTTCACTA 884
Query 892 TTTAAGTGACATTTCTAGGGGAACTGTGTGGGAGGAGACT-GTCATTTATTGCCCGAAGG 950
||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || ||||
Sbjct 885 TTTAAGTGATATATCTAGGGGAACTGTGTGGGAAGAGA-TAGTCATTTATTGTCCAAAGG 943
Query 951 AGGTTCAACTTATATGCTTATCAGCTACAGTTGCAAACCCAGATGAATTAGCTGGTTGGA 1010
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 944 AGGTTCAACTTATATGCCTATCAGCTACAGTTGCAAATCCGGATGAATTAGCTGGTTGGA 1003
Query 1011 TTGGTGAGATACATGGTAAAACTGAGTTGGTAACATCGACAAGACGCCCAGTTCCATTAA 1070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 TTGGTGAGATACATGGTAAAACTGAGTTGGTAACATCGACAAGACGCCCAGTTCCATTAA 1063
Query 1071 CTTGGTACTTCTCAACAAAACATTCTTTATTACCCCTGCTTGATGAGAAAGGGACAAATG 1130
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1064 CTTGGTACTTTTCAACAAAACATTCTTTATTACCTCTGCTTGATGAGAAAGGGATAAACG 1123
Query 1131 TTAATAGGAAGCTGTCTCTCAATTATTTGCAACTGTCTGCCTCAGAAGCTAGATTCCGTG 1190
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 TGAATAGGAAGCTTTCTCTCAATTATTTGCAACTGTCTGCCTCAGAAGCTAGATTCCGTG 1183
Query 1191 ATGATGATGACGGGTACAGGAAAAGGAGGTCAAA-AAAGAGAGTAGGTGATACCAGCTAC 1249
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1184 ATGATGATGACGGGTATAGGAAAAGGAGGTCAAAGAAA-CGAGGAGGTGATACCAGCTAC 1242
Query 1250 AACAGCCTTGTGAACATTACTGATTATCCTCTTTCAAAGAATGAGATAAACAAGATTCGC 1309
|||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 AACAACCTTGTGAACGTAACTGATTATCCTCTTTCAAAGAATGAGATAAACAAGATTCGT 1302
Query 1310 CGATCACAGGTACCTCAAATTAGCGACACATTATGGCATCTCCAGGGGAAAGATATGTTA 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1303 CGATCACAGGTACCTCAAATTAGCGACACATTATGGCATCTCCAGGGGAAAAATATGTTA 1362
Query 1370 CCAGCTATATGGTTCATTTTTAACCGTAGAGGATGTGATGCAGCTGTACAGTATGTTGAA 1429
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 CCAGCGATATGGTTCATTTTTAACCGTAGAGGATGTGATGCAGCTGTACAGTATGTTGAA 1422
Query 1430 AATTTTCAGCTTTTAGATGATTGCGAGAAGAGTGAGGTTGAGTTGGCATTGAAGAAGTTT 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1423 AATTTTCAGCTTTTAGATGATTGCGAGAAGAGTGAGGTTGAGTTGGCCTTGAAGAAGTTT 1482
Query 1490 CGCGTTCTTTATCCAGATGCAGTGAGAGAGAGTGCAGAGAAAGGACTGCTTAGGGGAATT 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 CGCGTTCTTTATCCAGATGCAGTGAGAGAGAGTGCAGAGAAAGGACTGCTTAGGGGAATT 1542
Query 1550 GCTGCTCATCATGCAGGTTGTCTACCTCTTTGGAAATCTTTCATTGAGGAACTGTTTCAG 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1543 GCTGCTCATCATGCAGGTTGTCTACCTCTTTGGAAATCTTTCATTGAGGAACTTTTTCAG 1602
Query 1610 CGAGGACTTGTTAAGGTTGTCTTTGCTACTGAGACACTTGCTGCTGGAATAAACATGCCG 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 CGAGGACTTGTTAAGGTTGTCTTTGCTACTGAGACACTTGCTGCTGGAATAAACATGCCG 1662
Query 1670 GCTAGAACGGCTGTTATCTCGTCTCTAACAAAAAAGGCTGGTAATGAACGAATACAGTTG 1729
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1663 GCTAGAACGGCTGTTATCTCGTCTCTTTCAAAAAAGGCTGGTAATGAACGAATAGAGTTG 1722
Query 1730 GGTCCTAACGAATTGTTCCAGATGGCTGGACGTGCTGGACGCAGAGGCATTGATGAAAAG 1789
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1723 GGTCCTAACGAATTGTACCAGATGGCTGGGCGTGCTGGACGCAGAGGCATCGATGAAAAG 1782
Query 1790 GGCTACACTGTGCTGGTTCAGACTGCTTTTGAAGGCGCTGAAGAGTGCTGCAAACTTGTC 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 GGCTACACTGTGCTGGTTCAGACTGCTTTTGAAGGCGCTGAAGAGTGCTGCAAACTTGTC 1842
Query 1850 TTTGCTGGAGTTAAACCTCTCGTGTCACAATTTACTGCTTCATATGGCATGGTGCTGAAT 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1843 TTTGCTGGAGTTAAACCTCTCGTGTCACAATTTACTGCTTCATATGGCATGGTACTGAAT 1902
Query 1910 CTGGTAGCTGGTTCAAAAGTTACTCGTAAATCAAGTGGAACTGAGGCCGGGAAAGTCTTA 1969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 CTGGTAGCTGGTTCAAAAGTTACTCGTAAATCAAGTGGAACTGAGGCCGGGAAAGTCTTA 1962
Query 1970 CAAGCAGGGAGAAGTCTGGAAGAAGCCAAGAAATTAGTTGAGAAGAGTTTTGGAAACTAT 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 CAAGCAGGGAGAAGTCTGGAAGAAGCCAAGAAATTAGTTGAGAAGAGTTTTGGAAACTAT 2022
Query 2030 GTGAGCAGCAATGTGACGGTTGCTGCGAAGGAGGAACTTGCTGAAATCGACCAGAAGATC 2089
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2023 GTGAGCAGCAATGTGACGGTTGCTGCGAAGCAGGAACTTGCTGAAATCGACAATAAGATC 2082
Query 2090 GAGATTCTGTCATCTGAAATAAGCGATGAAGCAATAGATAAGAAGAGTAGGAAACTTCTT 2149
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 GAGATTCTGTCATCTGAAATAAGTGATGAAGCAATAGATAAGAAGAGTAGGAAACTTCTT 2142
Query 2150 TCAGCGAGGGACTACAAGGAGATCACTGAACTTAAAGAAGAGCTACGGGAAGAGAAACGC 2209
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 TCAGCGAGGGATTACAAGGAGATCACTGTACTTAAAGAAGAGCTACGGGAAGAGAAACGC 2202
Query 2210 AAGCGTGCTGAAGTACGAAGAAGAATGGAACTCGCAAGGTTCTCAGCTCTAAAACCGCTC 2269
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2203 AAGCGTGCTGAACAACGAAGAAGAATGGAACTCGAAAGGTTCTTAGCTCTAAAACCGCTC 2262
Query 2270 TTAAAAGGGATGGAAGAGGGGAACTTACCATTTATTTGTTTGGAGTTCAAGGATTCTGAA 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 TTAAAAGGGATGGAAGAGGGGAACTTACCATTTATTTGTTTGGAGTTCAAGGATTCTGAA 2322
Query 2330 GAGAGGCAGCAGTCAGTCCCTGCTGTTTACTTGGGACATATTGATTCATTTCAGGGTTCC 2389
| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 GGGAGGGAGCAGTCAGTCCCTGCTGTTTACTTGGGGCATATTGATTCATTTCAGGGTTCC 2382
Query 2390 AAACTTCAGAAGATGATGTCTTTGGATGAGTCTTTTGCGTTAAACGTAATCGAGGATGAG 2449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2383 AAACTTCAGAAGATGATGTCTTTGGATGAGTCTTTTGCGTTAAACTTAATCGAGGATGAG 2442
Query 2450 CCGGCGGCTGATGAACCTGGAAAGCCTAATGTTAAACCGTCTTACTATGTGGCCCTTGGC 2509
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CTGGCGGCTGATGAACCTGGAAAGCCTAATGTTAAACCGTCTTACTATGTGGCCCTTGGC 2502
Query 2510 TCTGATAACTCATGGTATCTCTTTACTGAGAAGTGGGTTAGGACTGTCTACAGAACTGGT 2569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 TCTGATAACTCATGGTATCTCTTTACTGAGAAGTGGGTTAGGACTGTCTACAGAACTGGT 2562
Query 2570 TTTCCTAACATTTCTCTAGCGCTTGGAGATGCTTTGCCTCGAGAAATCATGAAGACTCTC 2629
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2563 TTCCCTAACATTGCTCTAGCGCTTGGAGATGCTTTGCCTCGAGAAATCATGAAGAATCTC 2622
Query 2630 CTGGATAAAGCAGATATGCAGTGGGATAAACTAGCTGAATCTGAACTTGGAAGTTTGTGG 2689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2623 CTGGATAAAGCAGATATGCAGTGGGATAAACTAGCTGAATCTGAACTTGGAAGTTTGTGG 2682
Query 2690 AGATTGGAAGGATCTCTAGAGACATGGTCCTGGAGTTTAAACGTACCTGTCCTAAGCAGC 2749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2683 AGATTGGAAGGATCTCTAGAGACATGGTCCTGGAGTTTAAACGTACCTGTCCTAAGCAGC 2742
Query 2750 CTTTCTGACGAAGATGAGGTGTTACATATGTCTGAAGAGTATGATAACGCGACGGAACAA 2809
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 2743 CTTTCTGACGAAGATGAGGTGTTACATATGTCCGAAGAGTATGATAACGCGGCGCAAAAA 2802
Query 2810 TACAAGGAACAAAGGAG-AAAAGTGTTT-CGTTTGAAGAAGAAGATGTCCCGGTCAGCAG 2867
||||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2803 TACAAGGAACAAAGGAGCAAAA-T-TTCGCGTTTGAAGAAGAAGATGTCCCGGTCAGAAG 2860
Query 2868 GGTTCAGAGAATATAAGAAAATTCTAGAGAATGCTAACTTGACGGTTGAGAAGATGAAAC 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2861 GGTTCAGAGAATATAAGAAAATTCTAGAGAATGCTAACTTGACGGTTGAGAAGATGAAAC 2920
Query 2928 GGCTCAAGGCGAGATCAAGACGCCTTATAAACCGTTTAGAGCAGATCGAACCGTCTGGTT 2987
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2921 GGCTCAAGGCGAGATCGAGACGCCTTATAAACCGTTTAGAGCAGATTGAACCGTCTGGTT 2980
Query 2988 GGAAAGATTTCATGCGCATAAGCAACGTGATTCACGAAAGCAGAGCATTGGACATTAACA 3047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2981 GGAAAGATTTCATGCGCATAAGCAACGTGATTCACGAAAGCAGAGCATTGGACATTAATA 3040
Query 3048 CACACTTGATATTTCCTCTGGGAGAAACAGCTGCTGCAATCCGAGGAGAAAACGAGCTTT 3107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 CACACTTGATATTTCCTCTGGGAGAAACAGCTGCTGCAATCCGAGGAGAAAACGAGCTTT 3100
Query 3108 GGCTTGCAATGGTGCTGCGGAACAAAGCCCTGGTGGATCTCAATCCTCCTCAACTAGCTG 3167
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3101 GGCTTGCAATGGTGTTGCGGAACAAAGCCCTGGTGGATCTCAAGCCTCCTCAACTAGCTG 3160
Query 3168 GTGTATGTGCAAGTTTAGTTTCGGAAGGCATAAAAGTTCGACCTTGGAGAGACAACAACT 3227
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 GTGTATGTGCAAGTTTAGTTTCAGAAGGCATAAAAGTTCGACCTTGGAGAGACAACAACT 3220
Query 3228 ATATTTACGAGCCATCTGATACAGTAGTAGACATGGTTAATTTCTTAGAAGACCAAAGAA 3287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3221 ATATTTACGAGCCATCTGATACAGTAGTAGACATGGTCAATTTCTTAGAAGACCAAAGAA 3280
Query 3288 TCTCTCTTATAAAGCTTCAAGAGAAGCACGAGGTTATGATTCCATGTTGTTTAGACGTTC 3347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 3281 GCTCTCTTATAAAGCTTCAAGAGAAGCACGAGGTTATGATTCCATGTTGTCTGGACGTTC 3340
Query 3348 AGTTCTCTGGTATGGTTGAAGCGTGGGCTTCTGGATTAAGTTGGAAAGAAATGATGATGG 3407
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 AGTTCTCTGGTATGGTTGAAGCTTGGGCTTCTGGATTAAGTTGGAAAGAAATGATGATGG 3400
Query 3408 AATGTGCAATGGACGAAGGCGATCTTGCTCGCCTGTTACGACGCACAATTGATCTCTTAG 3467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3401 AATGTGCAATGGACGAAGGCGATCTTGCTCGCCTGTTACGACGCACAATTGATCTCTTAG 3460
Query 3468 CTCAGATTCCAAAGTTGCCTGATATTGACCCAGTCCTGCAACGTAGTGCAGCAGCTGCAG 3527
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 CTCAGATTCCTAAGTTGCCTGATATTGACCCAGTCCTGCAACGTAGTGCAGCAGCTGCAG 3520
Query 3528 CAGACATCATGGACCGTCCCCCAATCAGTGAGCTTGCCGGTTAA 3571
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3521 CAGATATCATGGACCGTCCACCAATTAGTGAGCTTGCCGGTTAA 3564
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 177791645992
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5