BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476511
Length=2970
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G73710.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4471 0.0
> AT1G73710.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr1:27721190-27724165 FORWARD LENGTH=2976
Length=2976
Score = 4471 bits (2421), Expect = 0.0
Identities = 2765/2930 (94%), Gaps = 28/2930 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 46 CATCATCATCGTCTAGCTCTGAGTTCTAAAGCTAGGGTTTTTCCACCTCCTCCTCTTCCC 105
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||
Sbjct 70 CATCATCATCATCTAGCTCTGAGTTCTAAAGCTAGGGTTTTTCCA-CT--TTCACTTCCC 126
Query 106 TGTAACTTCTCCTCTAGGGTTTCTTTCAGGCTTCTTCAACTTAATTGCTCCTCTTCTT-C 164
|||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| | ||| || |||||| |
Sbjct 127 TGTAACTTCTCCTCTAGGGTTTCTTTTAAG---CTTCAACTTCACTGCGCCGCTTCTTCC 183
Query 165 TCCTTCTTCAGTTTCTCCAGCTCGATGCTCTAAGCCTAACCCGAGCTCTCGAAAACGCAA 224
| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 184 T-CTTCTTCAGTTTCTCCACCTCGATGCTCTAAACCTAACCCAAGCTCTCGAAAACGCAA 242
Query 225 ATATGGCGGCGTAATCCCTTCCATTTTGCGTTCTCTTGACTCTTCCACTGATATTGAAAC 284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 ATATGGCGGCGTAATCCCTTCCATTTTGCGTTCTCTTGACTCTTCCACTGATATTGAAAC 302
Query 285 AACTCTAGCTTCTCTTTGTCTCAATTTAAGCCCTAAAGAACAAACTGTTCTTCTTAAAGA 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 AACTCTAGCTTCTCTTTGTCTCAATTTAAGCCCTAAAGAACAAACTGTTCTTCTTAAAGA 362
Query 345 GCAGACTCGTTGGGACAGAGTTCTTCGTGTGTTTCGATTTTTCCAATCTCACCAAGGTTA 404
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 363 GCAGACTCGTTGGGAAAGAGTTCTTCGTGTGTTTCGATTTTTCCAGTCTCACCAAAGTTA 422
Query 405 TGTTCCTAATGTGATTCATTACAACATTGTGTTACGAGCTTTGGGGAGAGCTGGGAAATG 464
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 423 TGTTCCTAATGTGATTCATTACAACATTGTGTTAAGAGCTTTAGGGAGAGCGGGGAAATG 482
Query 465 GGATGAATTGAGGCTTTGTTGGATTGAGATGGCTCATAATGGTGTTTTGCCTACTAACAA 524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 GGATGAATTGAGGCTTTGTTGGATTGAGATGGCTCATAATGGTGTTTTGCCTACTAACAA 542
Query 525 TACTTATGGTATGCTTGTTGATGTTTATGGTAAAGCTGGTCTTGTTAAGGAAGCTCTTCT 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TACTTATGGTATGCTTGTTGATGTTTATGGTAAAGCTGGTCTTGTTAAGGAAGCTCTTCT 602
Query 585 TTGGATTAAACATATGGGTCAGAGAATGCATTTCCCTGATGAAGTCACTATGGCTACTGT 644
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TTGGATTAAGCATATGGGACAGAGAATGCATTTCCCTGATGAAGTCACTATGGCTACTGT 662
Query 645 TGTTCGAGTTTTCAAGAATTCCGGTGAGTTTGATCGTGCTGATAGATTCTTTAAAGGTTG 704
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 663 TGTTAGAGTTTTCAAGAACTCCGGTGAGTTTGATCGTGCTGATAGGTTCTTTAAAGGTTG 722
Query 705 GTGCGCTGGATATGTTAATCTTGATGATCTTGATTTGGATTCTATTGATGATTTTTCTAA 764
|||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 723 GTGCGCTGGA-A----AA----GTTGATCTTGATTTGGATTCTATTGATGATTTTCCTAA 773
Query 765 GAATGGCTCAGCTCAATCTCCTGTGAACTTGAAGCAATTCTTGTCCATGGAGCTCTTTAA 824
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 774 GAATGGTTCAGCTCAATCTCCTGTGAACTTGAAGCAGTTCTTGTCGATGGAGCTTTTTAA 833
Query 825 GGTTGGTGCGAGGAACCCTATTGAGAAAAGTCTGCATTTTGCATCTGGGTCTGACTCTTC 884
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 834 GGTTGGTGCAAGGAATCCTATTGAGAAAAGTCTGCATTTTGCATCTGGTTCAGACTCTTC 893
Query 885 TCCGAGGAAGCCAAGGTTAACTTCCACCTTCAACACTCTGATTGATTTGTACGGGAAGGC 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 894 TCCGAGGAAGCCAAGGTTAACTTCCACCTTCAACACTCTGATTGATTTGTATGGAAAGGC 953
Query 945 AGGTCGTTTAAACGATGCAGCCAATCTCTTCTCGGAGATGTTGAAATCTGGAGTACCTAT 1004
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 AGGTCGTTTAAACGATGCTGCTAATCTCTTCTCGGAGATGTTGAAATCTGGAGTACCTAT 1013
Query 1005 AGATACTGTAACGTTTAACACGATGATACATACTTGTGGAACTCATGGGCACTTGTCAGA 1064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1014 AGATACTGTAACGTTTAACACGATGATACATACTTGTGGAACTCATGGGCATTTGTCAGA 1073
Query 1065 GGCTGAATCTTTATTGAAGAAGATGGAAGAGAAAGGGATATCCCCTGATACTAAGACATA 1124
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 GGCTGAATCCTTGTTGAAGAAGATGGAAGAGAAAGGGATATCCCCTGATACTAAGACATA 1133
Query 1125 TAACATCCTTTTGTCTCTTCATGCCGATGCTGGGGACATTGAGGCCGCTCTTAAATACTA 1184
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||
Sbjct 1134 TAATATCCTTTTGTCTCTTCATGCTGATGCTGGGGACATTGAGGCAGCTCTTGAGTACTA 1193
Query 1185 TAGGAATATTAGGAAAGTGGGACTTTTTCCTGATACTGTAACTCACCGAGCTGTTCTTCA 1244
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1194 TAGGAAAATTAGGAAAGTAGGACTTTTTCCTGATACTGTAACTCATCGAGCTGTTCTTCA 1253
Query 1245 TATCTTGTGCCAGCGGAAAATGGTTGCAGAGGTTGAAGCTGTGATGGCCGAGATGGACAG 1304
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1254 TATCTTGTGTCAGCGGAAAATGGTTGCAGAAGTTGAAGCTGTGATAGCTGAGATGGACAG 1313
Query 1305 AAATAGCATTCGGATTGATGAGCACTCTGTTCCTGTTATTATGCAGATGTATGTCAATGA 1364
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 AAATAGCATTCGCATTGATGAGCACTCTGTTCCTGTTATTATGCAGATGTATGTCAATGA 1373
Query 1365 AGGGTTGGTCGGACAGGCAAAATCTCTGTTTGAGAGGTTCCAGTTGGATTGTGTGCTTTC 1424
||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 AGGTTTAGTCGTACAGGCAAAAGCTCTGTTTGAGAGGTTCCAGTTGGATTGTGTGCTTTC 1433
Query 1425 GTCAACCACACTTGCAGCGGTAATTGATGTCTATGCTGAAAAGGGACTGTGGGTTGAAGC 1484
|||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 GTCAACGACACTTGCAGCAGTTATTGATGTCTATGCTGAAAAGGGACTGTGGGTTGAAGC 1493
Query 1485 AGAGACTGTGTTCTATGGGAAAAGAAACATGACAGGTCAGAGGAATGATATTTTGGAGTA 1544
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1494 GGAGACTGTGTTCTATGGGAAAAGAAACATGTCAGGCCAGAGGAATGATGTTTTGGAGTA 1553
Query 1545 CAATGTCATGATCAAAGCTTATGGTAAGGCCAAACTTCATGAGAAAGCACTTTCTCTCTT 1604
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 CAATGTCATGATCAAGGCTTATGGTAAGGCCAAACTTCATGAGAAAGCACTTTCTCTCTT 1613
Query 1605 CAAAGGGATGAAGAACCTAGGGACTTGGCCTGATGAGTGCACTTACAATTCCCTTATAC- 1663
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1614 CAAAGGGATGAAGAACCAAGGGACTTGGCCTGATGAGTGCACTTACAATTCCCT-ATTCC 1672
Query 1664 AGATGCTTGCTGGGGTTGACTTAGTGGACGAAGCCCAGAGGATATTGGCTGAAATGCTGG 1723
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 1673 AGATGCTTGCTGGGGTTGATTTAGTGGACGAAGCCCAGCGGATCTTGGCTGAAATGCTGG 1732
Query 1724 ATTCGGGCTGTAAACCCGGATGCAAGACCTATGCTACTTTGATAGCTAGCTATGTGCGGC 1783
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 ATTCGGGCTGTAAACCTGGATGCAAGACCTATGCTGCTATGATAGCTAGCTATGTGCGGC 1792
Query 1784 TTGGCCTGTTGTCTGATGCAGTTGACCTGTACGAGGCAATGaaaaaaaCAGGGGTGAAGC 1843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1793 TTGGCCTGTTGTCTGATGCAGTTGACCTGTACGAGGCAATGGAAAAAACAGGGGTGAAAC 1852
Query 1844 CGAATGAAGTTGTTTATGGTTCCTTAATTAATGGGTTTGCTGAGAGTGGAATGGTCGAAG 1903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 CGAATGAAGTTGTTTATGGTTCCTTAATTAATGGGTTTGCTGAGAGTGGAATGGTCGAAG 1912
Query 1904 AAGCTATTCAATACTTTA-AATTGATGGAAGAACATGGTGTTCAGTCCAATCATATCGTT 1962
|||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 AAGCGATTCAATACTTTAGAAT-GATGGAAGAACATGGCGTTCAGTCCAATCATATCGTT 1971
Query 1963 ATGACTTCCCTTATCAAGGCTTATAGCAAAGTGGGGTGTCTTGAAGAAGCTAGGAGAGTG 2022
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 CTGACTTCCCTTATCAAGGCTTATAGCAAAGTGGGGTGTCTTGAAGAAGCTAGGAGAGTG 2031
Query 2023 TATGACAAAATGAAGGATTCAGAAGGTGGGCCAGATGTTGCTGCATCAAACAGCATGCTA 2082
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 TATGACAAAATGAAGGATTCAGAAGGTGGCCCAGATGTTGCTGCATCAAACAGCATGCTA 2091
Query 2083 AGTCTCTGTGCAGATCTCGGCATAGTTTCAGAAGCAGAATCCATTTTCAATGATCTGAGA 2142
||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2092 AGTCTGTGTGCAGATCTTGGCATAGTTTCTGAAGCAGAATCCATTTTCAATGCTCTCAGA 2151
Query 2143 GAAAAAGGCACATGTGATGTTATTTCGTTTGCAACAATGATGTATTTATACAAGGGAATG 2202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||
Sbjct 2152 GAAAAAGGCACATGTGATGTTATTTCGTTTGCAACAATGATGTACTTGTACAAGGGCATG 2211
Query 2203 GGCATGCTCGACGAGGCCATTGAAGTGGCTGAAGAGATGAGAGAGTCTGGTCTACTAAGA 2262
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 GGCATGCTCGACGAGGCTATTGAAGTGGCTGAAGAAATGAGAGAGTCTGGTCTACTAAGT 2271
Query 2263 GACTGCACTTCGTTCAACCAGGTTTTGGCTTGCTACGCCGCTGATGGGCAGTTACGTGAA 2322
||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2272 GACTGCACTTCATTTAATCAGGTTATGGCTTGCTACGCTGCTGATGGGCAGTTAAGTGAA 2331
Query 2323 TGCTGTGAACTGTTTCATGAGATGCTAGTTGAAAGAAAGCTCTTGCTGGATTGGGGAACG 2382
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 TGCTGTGAACTGTTTCATGAGATGTTAGTTGAAAGAAAGCTCTTGCTGGATTGGGGAACA 2391
Query 2383 TTTAAAACGCTATTCACTCTGTTGAAGAAAGGTGGGGTGCCAAGTGAAGCCGTAG-CACA 2441
||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||
Sbjct 2392 TTTAAAACGCTCTTCACGCTCTTGAAGAAAGGTGGGGTGCCAAGTGAAGCTGT-GTCGCA 2450
Query 2442 GCTACAAACCGCCTATAACGAAGCTAAACCGCTTGCCACACCAGCTATAACTGCAACTCT 2501
|||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||
Sbjct 2451 GCTACAAACCGCATACAATGAAGCTAAACCACTGGCAACACCAGCAATCACTGCAACTCT 2510
Query 2502 GTTCTCAGCCATGGGTCTGTATGCATACGCGCTGGAATCATGCCAAGAGCTCACAAGAGA 2561
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2511 GTTCTCAGCCATGGGTTTGTATGCATATGCGCTGGAATCATGCCAAGAGCTCACAAGTGG 2570
Query 2562 TGAAGTCCCTCGTGAGCATTATGCGTACAACGCAGTGATATACACTTATAGTGCATCAGG 2621
|||| | ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 TGAAATTCCTCGCGAGCATTTTGCATACAACGCAGTGATATACACTTATAGTGCATCAGG 2630
Query 2622 AAACATTAACATGGCCCTAAAGGCATACATGAGAATGCAGGAAAAAGGTTTAGAACCAGA 2681
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2631 AGACATTGACATGGCCCTAAAGGCATACATGAGAATGCAGGAAAAAGGTCTAGAACCAGA 2690
Query 2682 TGTTGTCACACAGGCCTACCTTGTTGGGATATACGGGAAAGCTGGAATGGTGGAAGGTGT 2741
| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2691 TATTGTCACGCAAGCCTACCTTGTTGGGATATACGGGAAAGCGGGAATGGTGGAAGGTGT 2750
Query 2742 GAAGAGGGTACATAGCCGGCTTACGTTTGGGGAACTTGAACCAAACCAGTCGTTGTTTAA 2801
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2751 GAAGAGGGTACATAGCCGGCTGACGTTTGGGGAGCTTGAACCAAGCCAATCGTTGTTTAA 2810
Query 2802 AGCGGTTAGGGATGCTTATGTGAGTGCAAATAGACAGGACTTGGCTGATGTGGTGAAGAA 2861
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2811 AGCAGTTAGAGATGCTTATGTGAGTGCAAACAGACAGGACTTGGCTGATGTGGTGAAGAA 2870
Query 2862 AGAGATGAGCATTGCTTTTGAAGCTGAAAGGGAGTGTAGTTCAAGATCTGGGgaagaaga 2921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2871 AGAGATGAGCATTGCTTTTGAAGCTGAAAGGGAGTGTAGTTCAAGATCTGG--A-GAAGA 2927
Query 2922 agaagaagaagaagaagaggaggaat-ctgaagaagaCGAGGCATTTTGA 2970
||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2928 AGAAGAAGACGATGAAGAGGAA-AATTCTGAAGAAGACGAGGCATTTTGA 2976
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 147641313249
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5