BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476599
Length=2154
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G74600.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-contai... 3241 0.0
> AT1G74600.1 | Symbols: | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing
protein | chr1:28025153-28027840 REVERSE LENGTH=2688
Length=2688
Score = 3241 bits (1755), Expect = 0.0
Identities = 2026/2159 (94%), Gaps = 10/2159 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTTATTTCTTTTATGAAGTTGTTCAATCGTCTTTGATAGACGCATTCTCTAAGAAT 60
|||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 535 ATGGGTTATTTCTTCTATGAAGTTGTTGAATCGGCTTTGATAGACGTATTCTCTAAGAAT 594
Query 61 CTAAGATTTGAGGATGCTTATAAGGTGTTCCGTGACACTTTATCTGCTAATGTGTATTGT 120
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 CTAAGATTTGAGGATGCTTATAAAGTGTTCCGTGACTCTTTATCTGCTAATGTGTATTGT 654
Query 121 TGGAACACTATCATAGCAGGGGCACTAAGAAATCAAAATTATGGTGCTGTTTTTGATCTT 180
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TGGAACACTATCATAGCAGGGGCACTTAGAAACCAAAATTATGGTGCTGTTTTTGATCTT 714
Query 181 TTCCATGAAATGTGTAATGGGTTTCAGAAACCTGATAGTTATACATATTCCAGTGTTTTG 240
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TTCCATGAAATGTGTGTTGGGTTTCAGAAACCTGATAGTTATACATATTCCAGTGTTTTG 774
Query 241 GCTGCTTGTGCATCTCTTGAAG-AGCTTAGGTTTGGAAAAGTTGTTCAAGCTCGGGTGAT 299
||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 775 GCTGCTTGTGCTTCCCTTG-AGAAGCTTAGGTTTGGAAAAGTGGTTCAAGCTCGGGTGAT 833
Query 300 CAAATGCGGAGCGGAAGATGTCTTTGTTTGTACTTCAATTGTTGATTTATATGCCAAATG 359
|||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 834 CAAATGCGGAGCAGAAGATGTATTTGTTTGTACTGCAATTGTTGACTTATACGCCAAATG 893
Query 360 TGGTCATATGGCTGAAGCTAGGGAAGTATTCTCCCGTATTTCC-AACCCTAGCGTTGTCT 418
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |
Sbjct 894 TGGGCATATGGCTGAAGCTATGGAAGTATTCTCCCGTA-TCCCTAACCCTAGTGTTGTAT 952
Query 419 CTTGGACAGTAATGCTGTCTGGTTACACAAAGAGTAACGATGCTTTCTCTGCTCTTGAAA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CTTGGACAGTAATGCTGTCTGGTTACACAAAGAGTAATGATGCTTTCTCTGCTCTTGAAA 1012
Query 479 TATTCAGGGAAATGAGACACTCAGGTGTTGAGATCAACAGCTGTACCGTAACTAGTGTGA 538
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1013 TTTTCAAGGAAATGAGACACTCAGGTGTTGAGATCAACAACTGTACCGTAACTAGTGTAA 1072
Query 539 TTTCTGCTTGTGGTAGACCTTCTATGGTCTGTGAAGCAAGCCAGGTCCATGCTTGGGTCT 598
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TCTCTGCTTGTGGTAGACCTTCTATGGTCTGTGAAGCAAGCCAGGTCCATGCTTGGGTCT 1132
Query 599 TTAAAAGTGGTTTCTATCTTGATACCTCAGTGGCTGCCGCCTTGATTAGTATGAACTCAA 658
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1133 TTAAGAGTGGTTTCTATCTTGATTCCTCAGTGGCTGCCGCTTTGATTAGTATGTACTCAA 1192
Query 659 AGAGTGGAGATATTAATCTCTCCGAACGGGTTTTTGAGGATCTGGACGATATTCGGAGGC 718
|||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1193 AGAGTGGAGATATTGATCTTTCTGAACAGGTTTTTGAGGATCTGGACGATATTCAGAGAC 1252
Query 719 AAAATATAGTAAATGTAATGGTCACATCGTTTTCGCAAAATAAGAAGCCTGGTAAAGCTA 778
|||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1253 AAAATATAGTTAATGTGATGATCACTTCGTTTTCGCAAAGTAAGAAGCCTGGTAAAGCAA 1312
Query 779 TAAGACTGTTTACTAGAATGCTTCAGGAGGGTTTGA-ATCCTGATGAGTTTAGTGTATGC 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TAAGACTGTTTACTAGAATGCTTCAGGAGGGTTTGAGAACC-GATGAGTTTAGTGTATGC 1371
Query 838 AGTTTGTTAAGTGTATTAGATTGTTTGAATTTAGGTAAGCAGGTTCACAGTTACACCCTT 897
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1372 AGTTTGTTAAGTGTATTGGATTGTTTGAATTTAGGTAAGCAGGTTCACGGTTACACCCTT 1431
Query 898 AAAAGTGGGTTGATCCTAGATCTCACTGTTGGAAGTTCTCTTTTCACAATGTACTCCAAA 957
|||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 1432 AAAAGTGGGTTGGTTCTTGATCTCACTGTTGGAAGTTCTCTTTTTACATTGTACTCTAAA 1491
Query 958 TGTGGTAGTTTGGAAGAATCATATAGCTTATTCCAGGAGATACCTTTTAAAGACAATGCT 1017
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 TGTGGTAGTTTGGAAGAATCATATAAATTATTCCAGGGGATACCTTTTAAAGACAATGCT 1551
Query 1018 TGCTGGGCTTCCATGATTTCTGGCTTCAATGAGTACGGTTATCTAAGAGAAGCTATTGGA 1077
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TGCTGGGCTTCCATGATTTCTGGTTTCAATGAGTACGGTTATCTAAGAGAAGCTATTGGA 1611
Query 1078 CTATTCAGCGAGATGCTCGATGAAGGGACTAGCCCTGATGAGAGCACTCTAGCTGCTGTT 1137
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1612 CTATTCAGCGAGATGCTGGATGATGGGACTAGCCCTGATGAGAGTACTCTAGCTGCTGTT 1671
Query 1138 CTAACTGTATGTTCTACTCTTCCTTCTCTACCAAGAAGTAAAGAAATACATGGGTACACA 1197
|||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1672 CTAACTGTGTGTTCTTCTCATCCTTCTCTGCCAAGAGGTAAAGAAATACATGGGTATACG 1731
Query 1198 CTAAGAGCTGGAATTGACAGGGGAATGCCTCTCGGTTCTGCACTAGTAAACACATATTCA 1257
|||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1732 CTAAGAGCGGGAATTGACAAGGGAATGGATCTTGGTTCTGCACTAGTAAACATGTATTCA 1791
Query 1258 AAGTGTGGGTCACTAAAGTTGGCTAGAAAGGTCTATGATAGGCTCCCTGAAATGGATCCA 1317
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1792 AAGTGTGGCTCACTAAAGTTGGCTAGACAGGTCTACGATAGGCTCCCTGAACTGGATCCA 1851
Query 1318 GTTTCATGTTCATCTTTAATTTCAGGATATTCACAACACGGGTTAGTCCAGGATGGCTTC 1377
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1852 GTGTCATGTTCATCTTTAATTTCGGGATATTCACAACACGGGTTAATCCAGGATGGCTTC 1911
Query 1378 C-TCTTATTTCGCGATATGGTCATGTCTGGCTTTT-CCATGGACTCCTATGCAATTTCAT 1435
| || ||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1912 CTTC-TATTTCGTGATATGGTCATGTCTGG-TTTTACTATGGACTCCTTTGCAATTTCAT 1969
Query 1436 CCATTCTTAAAGCTGCTGTTCTCTCTGAAGAATCAGAGCTGGGAGCTCAAGTTCATGCCT 1495
||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1970 CCATTCTTAAAGCCGCTGCTCTCTCTGACGAATCATCGCTGGGAGCTCAAGTTCACGCCT 2029
Query 1496 ACATCACAAAAATCGGATTATGCACAGAGCCTTCTGTAGGAAGTTCATTACTGACAATGT 1555
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 2030 ACATCACAAAAATTGGATTGTGCACAGAGCCTTCTGTAGGAAGCTCACTACTGACAATGT 2089
Query 1556 ATTCCAAATTTGGAAGCATTGAAGACTGCTGTAAAGCATTTAGCCAGATCAATGGCCCAG 1615
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2090 ATTCGAAATTTGGAAGCATTGACGACTGCTGTAAAGCATTCAGCCAGATCAATGGCCCAG 2149
Query 1616 ATTTAATCGCATGGACTGCACTGATTGCAAGTTATGCTCAACATGGAAAGGCCAACGAAG 1675
||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2150 ATTTAATAGCGTGGACAGCGCTGATTGCAAGTTATGCTCAACATGGAAAGGCCAATGAAG 2209
Query 1676 CGTTACAAGTGTACTGCCTTATGAAGGAAAAAGGATTCAAGCCTGATAAAGTGACTTTTG 1735
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 CGTTACAAGTGTACAATCTTATGAAGGAAAAAGGATTCAAGCCTGATAAAGTGACTTTTG 2269
Query 1736 TGGGAGTCTTGTCTGCTTGTAGTCATGGTGGTTTGGTTGAAGAAGGCTATTTCCATCTCA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2270 TGGGAGTCTTGTCTGCTTGTAGTCATGGTGGTTTGGTCGAAGAAAGCTATTTCCATCTCA 2329
Query 1796 ACTCGATGGTAAAAGACTATGGTATCGAACCTGAGAACCGACATTATGTCTGCATGGTCG 1855
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2330 ACTCGATGGTAAAAGACTATGGTATCGAACCAGAGAACCGACATTATGTCTGCATGGTCG 2389
Query 1856 ATGCTCTAGGGAGGTCAGGAAGACTTAGAGAAGCTGAGAATTTTATCAACACTAGGCCTA 1915
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||
Sbjct 2390 ATGCTTTAGGGAGGTCAGGAAGACTTAGAGAAGCTGAGAGTTTTATCAACAATATGCATA 2449
Query 1916 TTAAACCGGACGCCTTGGTCTGGGGAACATTGCTTGCTGCTTGCAAAATTTACGGGGATG 1975
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2450 TTAAACCAGACGCCTTGGTCTGGGGAACATTGCTTGCTGCTTGCAAAATTCACGGGGAAG 2509
Query 1976 TTGAACTCGGGAAGCTAGCAGCCAAAAAGGCTATAGAGTTAGAGCCATCAGACGCTGGAG 2035
|||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510 TTGAACTCGGGAAGGTAGCTGCAAAAAAGGCTATAGAATTAGAGCCATCAGACGCTGGAG 2569
Query 2036 CATATGTTTCACTCTCGAACATCCTTGCAGAGGTTGGTGAGTGGGACGAAGTGGAGGAAA 2095
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570 CATATATTTCACTCTCGAACATCCTTGCAGAGGTTGGTGAGTGGGACGAAGTGGAGGAAA 2629
Query 2096 CTCGAAAGCTGATGAAAGGAACAGGTGTACAGAAAGAACCAGGGTGGAGTTCTGTCTGA 2154
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2630 CTCGTAAGCTGATGAAAGGAACAGGTGTACAGAAAGAACCAGGGTGGAGTTCTGTCTGA 2688
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106826759760
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5