BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476621
Length=2855
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G74850.1 | Symbols: PTAC2 | plastid transcriptionally active... 4290 0.0
> AT1G74850.1 | Symbols: PTAC2 | plastid transcriptionally active
2 | chr1:28118849-28122314 REVERSE LENGTH=2977
Length=2977
Score = 4290 bits (2323), Expect = 0.0
Identities = 2712/2894 (94%), Gaps = 50/2894 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACCTAGCAATTCCAAATCCCAACTCACACCAGCTCTCCTTCCTCATCCAAAATTCC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGAACCTAGCAATTCCAAATCCCAACTCACACCACCTCTCCTTCCTCATCCAGAATTCA 60
Query 61 AGTTTCATCGGAAACCGGAGATTCGCCGACGGAAACCGTCTTCGTTTCCTTTCAGGTGGA 120
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 61 AGCTTCATCGGAAACCGGAGATTCGCCGACGGCAACCGTCTCCGTTTCCTCTCAGGAGGA 120
Query 121 AACCGTAGACCATGCTCCGTCGCCGGTAAAATCAAAGCGAAGACAAAAGATCTCGTTCT- 179
|| |||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 AATCGTAAACCATGCTCCTTCTCCGGTAAAATCAAAGCAAAGACTAAAGATCTCGTTCTC 180
Query 180 GGGAAACCCTTCCGTCTCCGTGGAGAAAGGAAAGTACAGCTACGACGTTGAATCGCTGAT 239
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 181 GGG-AACCCCTCCGTCTCCGTGGAGAAAGGAAAGTACAGCTACGACGTCGAATCGCTGAT 239
Query 240 TAACAAGCTGAGCAGTCTTCCACCACGCGGGAGCATCGCCAGGTGCTTGGACATATTCAA 299
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 240 TAACAAGCTGAGCAGTCTCCCACCACGCGGGAGCATCGCCAGGTGCTTAGACATATTCAA 299
Query 300 GAACAAGCTTTCGCTGAACGATTTCGCACTCGTGTTCAAAGAGTTCGCTGGTCGCGGCGA 359
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AAACAAGCTTTCGTTGAACGATTTCGCACTCGTGTTCAAAGAGTTCGCTGGTCGCGGCGA 359
Query 360 CTGGCAAAGGTCGCTTCGTCTCTTCAAGTATATGCAACGGCAGATATGGTGCAAACCAAA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 360 TTGGCAAAGGTCGCTTCGTCTCTTCAAGTATATGCAACGGCAGATATGGTGCAAACCTAA 419
Query 420 CGAGCACATCTACACTATTATGATCTCTTTGCTTGGTAGGGAAGGTCTTCTAGACAAATG 479
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 420 CGAGCATATCTACACTATTATGATCTCTTTGCTTGGTAGAGAAGGTCTACTAGATAAATG 479
Query 480 TCTTGAGGTATTCGACGAAATGCCTAGCCAAGGTGTGTCACGCAGTGTTTTCTCTTACAC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TCTTGAGGTATTCGACGAAATGCCTAGCCAAGGTGTGTCCCGCAGCGTTTTCTCTTACAC 539
Query 540 GGCTTTGATCAATGCTTTTGGTCGAAATGGACGGTATGAGACCTCTCTTGAGCTTCTTGA 599
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 TGCTTTGATCAATGCTTATGGTCGAAATGGACGGTATGAGACTTCTCTTGAGCTTCTTGA 599
Query 600 TAGGATGAAGAACGATAAGATATCACCTAGTATTTTGACTTACAACACAGTGATTAATGC 659
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 600 TAGGATGAAGAATGAAAAGATATCACCTAGTATTTTGACTTACAACACTGTGATTAATGC 659
Query 660 TTGTGCTAGAGGCGGCTTAGATTGGGAGGGTTTATTGGGTTTGTTTGCAGAGATGAGACA 719
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TTGTGCTAGAGGTGGTTTAGATTGGGAGGGTTTATTGGGTTTGTTTGCAGAGATGAGACA 719
Query 720 TGAGGGGATACAACCCGACATCGTGACATATAATACACTGCTTAGTGCTTGTGCTATTAG 779
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGAGGGGATACAACCTGATATCGTGACTTATAATACACTGCTTAGTGCTTGTGCTATTAG 779
Query 780 AGGTTTAGGTGATGAGGCTGAAATGGTTTTTAGGACTATGAATGATGGTGGGATAGTTCC 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 AGGTTTAGGTGATGAGGCTGAAATGGTTTTTAGGACTATGAATGATGGTGGGATTGTTCC 839
Query 840 GGATCTAACCACATATTCTCATCTAGTTGAGACATTTGGGAAGTTACGCCGGCTGGAAAA 899
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 GGATTTAACCACATATAGTCATCTAGTTGAGACATTTGGGAAGTTACGCCGGCTGGAGAA 899
Query 900 AGTGTCTGATCTCCTGA-GTGAGATGGCTTCTGGGGGCAGTTTACCGGATATCACTTCTT 958
||| | |||||| | | | |||||||| || || || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 900 AGTATGTGATCT-TTTAGGCGAGATGGCCTCCGGCGGTAGTTTGCCGGATATCACTTCTT 958
Query 959 ATAATGTGTTGTTAGAGGCATATGCGAAATCCGGGTCTATTAAGGAGGCAATGGGGGTCT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATAATGTGTTGTTAGAGGCATATGCGAAATCCGGGTCTATTAAGGAGGCAATGGGGGTCT 1018
Query 1019 TCCATCAGATGCAGGCTGCAGGGTGCACGCCGAACGCAAATACATATAGTGTTTTACTGA 1078
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1019 TCCATCAGATGCAAGCTGCAGGGTGTACGCCGAACGCAAATACATACAGTGTTTTGCTGA 1078
Query 1079 ATTTGTTTGGACAGAGTGGGAGGTATGATGATGTTCGGCAGCTTTTTCTTGAGATGAAAT 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ATTTGTTTGGACAGAGTGGGAGGTATGATGATGTGAGGCAGCTTTTTCTTGAGATGAAAT 1138
Query 1139 CAAGCAATACAGATCCTGATGCTGCTACATACAACATTTTGATAGAGGTTTTTGGGGAAG 1198
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1139 CAAGCAATACGGATCCTGATGCTGCTACATATAACATTTTGATTGAGGTTTTTGGGGAAG 1198
Query 1199 GTGGGTATTTTAAGGAAGTGGTAACTTTGTTCCATGATATGGTGGAGGAGAATATTGAAC 1258
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGGGGTATTTTAAGGAGGTGGTAACTTTGTTCCATGATATGGTGGAGGAGAATATTGAAC 1258
Query 1259 CTGACATGGAGACATATGAGGGTATAATATTTGCTTGTGGGAAGGGAGGACTCCACGAAG 1318
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1259 CGGACATGGAGACATATGAGGGTATAATATTTGCTTGTGGGAAGGGGGGACTTCACGAAG 1318
Query 1319 ATGCTAGGAAGATTTTACAATATATGACAGCTAATGATATCGTGCCAAGCTCCAAGGCAT 1378
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1319 ATGCTAGGAAGATCTTACAATATATGACAGCTAACGATATCGTGCCAAGTTCCAAGGCGT 1378
Query 1379 ACACTGGGGTTATTGAAGCGTTTGGGCAGGCTGCTTTATATGAAGAAGCACTTGTTGCTT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1379 ACACTGGGGTTATTGAAGCGTTTGGGCAGGCTGCTTTATATGAAGAAGCGCTTGTTGCTT 1438
Query 1439 TTAACACCATGCATGAAGTAGGAAGCAATCCAAGTATTGAAACATACCACTCACTGTTAT 1498
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1439 TCAACACCATGCATGAAGTAGGAAGCAATCCAAGTATTGAAACATTCCACTCACTGTTAT 1498
Query 1499 ATTCTTTTGCAAGGGGAGGACTAGTCAAGGAGTCTGAGGCGATTTTGTCCCGGTTGGTGG 1558
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1499 ATTCGTTTGCAAGGGGAGGACTGGTCAAGGAGTCTGAGGCGATTTTGTCCAGGTTGGTGG 1558
Query 1559 ATTCTGGTATTCCCAGGAACAGAGATACGTTCAATGCACAAATAGAAGCCTACAAGCAAG 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 ATTCTGGTATTCCCAGGAACAGAGATACGTTCAATGCACAGATAGAAGCGTACAAGCAAG 1618
Query 1619 GAGGCAAATTTGAAGAGGCTGTGAAGACATATGTAGATATGGAGAAGTCAAGATGCGATC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GAGGCAAATTTGAAGAGGCTGTGAAGACATATGTAGATATGGAGAAGTCAAGATGCGATC 1678
Query 1679 CTGATGAAAGGACGCTTGAGGCTGTTTTAAGTGTGTATTCTTTTGCGCGACTTGTCGATG 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1679 CTGATGAAAGGACGCTTGAGGCTGTTTTAAGTGTGTATTCTTTTGCGCGGCTTGTTGATG 1738
Query 1739 AGTGCAGGGAGCAGTTTGAGGAAATGAAAGCTTCTGATATACTGCCCAGTATCATGTGCT 1798
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGTGCAGAGAGCAGTTTGAGGAGATGAAAGCTTCTGATATACTGCCCAGTATCATGTGCT 1798
Query 1799 ACTGTATGATGCTAGCTGTGTATGGAAAGACAGAGAGGTGGGACGATGTCAATGAGTTAC 1858
||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ACTGTATGATGCTAGCTGTTTATGGGAAGACGGAGAGGTGGGACGATGTCAATGAGTTAT 1858
Query 1859 TGGAGGAGATGCTTTCAAATAGAGTGTCAAATATTCATCAAGTTATTGGGCAAATGATCA 1918
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGGAGGAGATGCTTTCAAATAGAGTATCAAATATTCATCAAGTTATTGGGCAAATGATCA 1918
Query 1919 AGGGAGATTATGATGATGACTCAAATTGGCAGATAGTGGAATATGTGTTGGACAAACTCA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGGGAGATTATGATGATGACTCAAATTGGCAGATAGTGGAATACGTGTTGGACAAACTCA 1978
Query 1979 ATTCAGAAGGATGTGGTTTGGGAATAAGGTTTTACAATGCACTTCTGGATGCTTTGTGGT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ATTCAGAAGGATGTGGTTTGGGAATAAGGTTTTACAATGCACTTCTGGATGCTTTGTGGT 2038
Query 2039 GGCTGGGCCAGAAAGAGCGAGCTGCAAGGGTACTCAATGAGGCAACAAAACGTGGACTTT 2098
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2039 GGCTGGGCCAGAAAGAGCGAGCTGCAAGAGTACTCAATGAGGCAACAAAGCGTGGACTTT 2098
Query 2099 TCCCTGAGTTATTCCGGAAAAACAAACTTGTGTGGTCTGTTGATGTACATAGGATGTCAG 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCCCTGAGTTATTCCGGAAAAACAAACTTGTGTGGTCTGTCGATGTACATAGGATGTCAG 2158
Query 2159 AGGGTGGCATGTACACGGCACTATCGGTTTGGCTAAATGATATGAATGATATGCTTTTAA 2218
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2159 AGGGTGGCATGTATACAGCACTATCGGTTTGGCTAAATGATATAAATGATATGCTTTTAA 2218
Query 2219 ATGGAGAGGATCTTCCTCAACTAGCTGTTGTTGTTTCAGTACGGGGACAATTGGAGAAAA 2278
| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2219 A-GG-GAG-ATCTTCCTCAACTAGCTGTTGTTGTTTCAGTACGGGGACAGTTGGAGAAAA 2275
Query 2279 GCTCTGCTGCAAGAGAATCTCCTATCACGAAAGCTGCTTTCTCCTTCTTGCAGGATCATG 2338
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 GCTCTGCTGCAAGAGAATCTCCTATCGCGAAAGCTGCTTTCTCCTTCTTGCAGGATCATG 2335
Query 2339 TCTCGTCATCATTTTCCTTCACGGGATGGAATGGAGGTCGCATTATGTGCCAGAGATCTC 2398
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2336 TCTCGTCCTCATTTTCCTTCACGGGATGGAATGGAGGTCGCATTATGTGCCAGCGATCTC 2395
Query 2399 AGCTCAAGCAGTTACTGTCAACGAAAGAACCAACCTT-AGAAGAGTCCCAAAATAAAAAT 2457
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||| ||||||||||
Sbjct 2396 AGCTCAAGCAGTTACTGTCAACGAAAGAGCCAAC-TTCAGAAGAATCCGAAAATAAAAAC 2454
Query 2458 CTAGTTGCTTTAGCAAACTCGCCAATATTTGCTGG-TGGAACAAGAACTTCAACAAGCAG 2516
||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2455 CTAGTGGCATTAGCAAACTCGCCAATATTTGC-GGCTGGAACAAGAGCTTCAACAAGCAG 2513
Query 2517 TGAGACGAACCACAGCAGTAACCCTACACAACGAAGAAACAGGGTGAAAAAAGAACTAGC 2576
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 2514 TGACACGAACCACAGCGGTAACCCTACACAACGAAGAACCAGGACGAAAAAAGAACTAGC 2573
Query 2577 AGGGAGCGCAGCTTAA----T--------T--T--CTGTTACCAAGTCCAGCAATCAAAG 2620
||||||| |||||||| | | | ||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2574 AGGGAGCACAGCTTAAGAACTAGACAACGTAGTTTCTGTTGCCAAGTCCAGAAATCAAAG 2633
Query 2621 AGGCCTCTTCTGTCTTCCTCCATATAGACTGGTTGGTGAAAAATGTATCACTTATT-CAC 2679
| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||| |||
Sbjct 2634 -G-CCTCTTCTGCCTTCCTCCATATAGACTGGTGGGTGAAAACTGTGGG-CGTATTTCAC 2690
Query 2680 TAGCACTCCATGTCCATGATAACTATGTTATGGTGTCAAGCAGTAGTGTCAACCTCTGTT 2739
|||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2691 AAGCACTCCATATCCATGATAACTATGCTATGGTTTCAAGCAGTAGAGTCAACCTCTGTT 2750
Query 2740 AGACAGAAGAAGCCGGAGAAGAAGATAAATGGTGATCTTAGTTTATATGCATAAGCGTC- 2798
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2751 AGACAGAAGAAGCTGGAGAAGAAGATAAATGGTGATCTTAGTTTATATGAAGAAGCGTCT 2810
Query 2799 A-A-G----T---A-G-------CCAACTAAGTATTTTGATGGAAATGTTAGACCCATGA 2841
| | | | | | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2811 ATATGAAAATCTCAAGTAAGTAGCCAACTAAGTGTTTTGATGGAT-TGTTAGACCCATGA 2869
Query 2842 TTTTGCAGCCATAG 2855
||||||||||||||
Sbjct 2870 TTTTGCAGCCATAG 2883
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141872114804
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5