BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476853
Length=3865
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G76950.1 | Symbols: PRAF1 | Regulator of chromosome condensa... 6141 0.0
> AT1G76950.1 | Symbols: PRAF1 | Regulator of chromosome condensation
(RCC1) family with FYVE zinc finger domain | chr1:28906523-28911564
FORWARD LENGTH=3980
Length=3980
Score = 6141 bits (3325), Expect = 0.0
Identities = 3618/3761 (96%), Gaps = 14/3761 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 ctcAAAATTAAGTTCCTGAAGATCGGGTTCTGGTCTTTTTCCATCTCGGAGAAGCCTCTT 170
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 163 CTCAAAATTAAGTTCCTGAAGATCGGGTTCTAGTCCTTTTCCATCTCGGAGAAGCGTCTT 222
Query 171 TAGATCTGGGCAAGCACTGCCATCTTCAAAAGTTTTACCtttttttCTCTTTCTCTATCT 230
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 223 TAGATCTGGGCAAGCACTGCCATCTTCAAATTTTTTACC-TTTTTTCTCCTTCTCTATCT 281
Query 231 CTCTTCACCAACTGGGG-TTGGTTACGGGTTTAATTGATGGTTTCCGCGGCGGCTAGGAC 289
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 282 CTCTTCACCAACTGGGGTTTGGTTACGGGTTAAATTGATGGTTTCCGAGGCGGCTAGAAC 341
Query 290 CTCGTGGGCTCTTGTTTTTAGATGATGAACGGTCCTTCGTGTAAGGATCGAAGAGGTTGG 349
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 342 CTCGTGGGCTCTTGTTTGTAGATGATGAACGGTCCTTCGTGTAAGGATCGAAGAGGGTGG 401
Query 350 TGCTCTTCTGCTCTATTTTTCACATGGAATGGCAGATCTTGTGACCTATAGTAATGCCGA 409
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 TTCTCTTCTGCTCTGTTTTTCACATGGAATGGCAGATCTTGTGACCTATAGTAATGCCGA 461
Query 410 CCACAACGTTGAACAGGCATTGATTACATTGAAGAAGGGTACTCAACTTTTGAAATATGG 469
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 CCACAACCTTGAACAGGCATTGATTACATTGAAGAAGGGTACTCAACTTTTGAAATATGG 521
Query 470 TCGCAAAGGGAAGCCTAAGTTTTACCCTTTTAGACTGTCTACTGATGAAAAATCTTTGAT 529
||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 522 TCGCAAAGGGAAGCCCAAGTTTTATCCTTTCAGACTGTCTAGTGATGAAAAATCTTTGAT 581
Query 530 CTGGATATCGAGTAGTGGTGAAAAGCGACTGAAGTTAGCGTCTGTATCTAAAATTGTACC 589
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 582 CTGGATATCAAGTAGTGGTGAAAAGCGACTGAAGTTAGCATCTGTATCTAAAATTGTACC 641
Query 590 TGGGCAAAGAACTGCTGTTTTCCAGCGATATCTTCGCCCAGAGAAAGATTACTTATCCTT 649
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 642 TGGGCAGAGAACTGCTGTTTTCCAGCGTTATCTTCGCCCAGAGAAAGATTACTTATCCTT 701
Query 650 TTCTCTCTTATACAACGGAAAAAAGAAGTCTCTTGACTTGATCTGTAAGGACAAGGTTGA 709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 702 TTCTCTCTTATACAACGGAAAAAAGAAGTCTCTTGACTTGATTTGTAAGGACAAGGTTGA 761
Query 710 GGCTGAGATTTGGATTGGAGGCTTGAAAACATTAATATCGTCTGGGCAAGGCGGGCGCTC 769
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 762 GGCTGAGATTTGGATTGGAGGCCTGAAAACATTAATATCCACTGGGCAAGGCGGGCGCTC 821
Query 770 AAAAATTGATGGCTGGAGTGGCGGAGGCCTTTCCGTTGATGCCAGCAGAGACTTGACATC 829
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 822 AAAAATCGATGGCTGGAGTGGCGGAGGCCTTTCAGTTGATGCCAGCAGAGAATTGACATC 881
Query 830 GAGCAGTCCAAGTAGCAGTTCTGCCAGTGCTTCACGGGGTCACAGCTCTCCTGGGACTCC 889
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 AAGCAGTCCAAGTAGCAGTTCTGCCAGTGCTTCACGGGGTCACAGCTCTCCTGGGACTCC 941
Query 890 CTTTAATTTCGATCCAGTTGCTTCCCCTAAGAGTGTTGAGCCTGAGGTTCCTCCAACTGA 949
|||||| |||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 CTTTAACATCGATCCAATTACTTCTCCTAAGAGTGCTGAGCCTGAGGTTCCTCCAACTGA 1001
Query 950 CACAGAGAAATCACATGTTGCATTGGACAACAAAAATATGCAAACAAAGGTATCTGGTTC 1009
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 TTCAGAGAAATCACATGTTGCTTTGGACAACAAAAATATGCAAACAAAGGTATCTGGTTC 1061
Query 1010 AGATGGTTTTCGGGTTAGTGTCTCTAGTGCCCAAAGTAGTTCTAGTCATGGTTCTGCAGC 1069
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 AGATGGTTTTCGAGTTAGTGTCTCTAGTGCCCAAAGTAGTTCTAGTCATGGTTCTGCAGC 1121
Query 1070 AGATGACTCTGATGCTCTAGGTGACGTTTACATTTGGGGTGAGGTTATATGTGACAATGT 1129
||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 AGATGACTCAGATGCTCTAGGTGATGTTTACATCTGGGGTGAGGTTATATGTGACAATGT 1181
Query 1130 TGTTAAGGTTGGGATTGATAAGAATGCAAGTTATCTGACCACAAGAACGGATGTCCTTGT 1189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1182 TGTTAAGGTTGGGATTGATAAGAATGCAAGTTATCTGACTACAAGAACGGATGTCCTTGT 1241
Query 1190 GCCGAAGCCATTGGAGTCGAATATTGTCTTGGATGTTCATCAAATTGCATGTGGTGTCAG 1249
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 GCCAAAGCCATTGGAGTCGAATATTGTCTTGGATGTTCATCAAATTGCATGTGGTGTCAG 1301
Query 1250 GCATGCTGCATTTGTGACAAGGCAAGGTGAAATTTTTACTTGGGGTGAAGAATCTGGAGG 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 GCATGCTGCATTTGTGACAAGGCAAGGTGAAATTTTTACTTGGGGTGAAGAATCTGGAGG 1361
Query 1310 AAGACTGGGTCATGGTATTGGGAAAGATGTTTTTCATCCCCGTCTTGTTGAATCTCTCAC 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 AAGACTGGGTCATGGTATTGGGAAAGATGTTTTTCATCCCCGTCTTGTTGAATCTCTCAC 1421
Query 1370 AGCTACTTCATCTGTTGACTTTGTTGCTTGTGGAGAATTCCACACTTGTGCTGTTACACT 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 AGCTACTTCATCTGTTGACTTTGTTGCTTGTGGAGAATTCCACACTTGTGCTGTTACACT 1481
Query 1430 GGCTGGAGAGCTCTATACATGGGGTGACGGTACACATAATGTCGGGCTTCTTGGGCATGG 1489
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1482 GGCTGGAGAGCTCTATACCTGGGGTGACGGCACACATAATGTTGGGCTTCTTGGGCATGG 1541
Query 1490 CTCTGATATCAGTCACTGGATACCAAAGAGAATTGCCGGTTGTCTCGAGGGGCTTCATGT 1549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1542 CTCTGATATCAGTCACTGGATACCAAAGAGAATTGCCGGTTCTCTCGAGGGGCTTCATGT 1601
Query 1550 GGCTTCGGTAACTTGTGGACCCTGGCACACCGCTTTGATAACATCATATGGGAGGCTTTT 1609
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 GGCTTCAGTAAGTTGTGGACCCTGGCACACCGCTTTGATAACATCATATGGGAGGCTTTT 1661
Query 1610 TACATTTGGAGATGGAACATTTGGTGTGTTAGGGCACGGTGACAGGGAAACAGTTCAATA 1669
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||
Sbjct 1662 TACATTTGGAGATGGAACATTTGGTGTCTTAGGGCACGGGGACAAGGAAACAGTTCAGTA 1721
Query 1670 TCCAAGAGAAGTTGAGTCTCTATCAGGATTGAGAACGATTGCGGTTTCATGTGGAGTTTG 1729
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1722 TCCAAGAGAAGTTGAATCTCTATCAGGATTGAGAACGATTGCGGTTTCATGTGGGGTTTG 1781
Query 1730 GCACACTGCTGCTGTTGTTGAAATCATTGTCACACAGTCAAACTCAAGTTCTGTATCATC 1789
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 GCACACTGCTGCTGTTGTTGAGATCATTGTCACACAGTCAAACTCAAGTTCTGTATCATC 1841
Query 1790 TGGAAAATTGTTCACATGGGGTGATGGAGACAAAAACCGTCTCGGACATGGTGACAAGGA 1849
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842 TGGAAAATTGTTCACATGGGGCGATGGAGACAAAAACCGTCTCGGACATGGTGACAAGGA 1901
Query 1850 TCCTCGGCTTAAACCAACGTGTGTGCCTGCATTAATTGATTACAACTTTCACAAAATTGC 1909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1902 TCCTCGGCTTAAACCAACGTGTGTGCCTGCATTAATTGATTACAACTTTCACAAAATTGC 1961
Query 1910 ATGTGGACACAGTTTGACAGTTGGTTTGACAACGTCTGGACAAGTGTTCACTATGGGGAG 1969
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1962 ATGTGGACACAGTTTGACAGTTGGTTTGACCACGTCTGGACAAGTGTTCACAATGGGGAG 2021
Query 1970 TACAGTTTATGGTCAACTTGGGAATTTACAGACTGACGGAAAATTACCGTGTTTGGTGGA 2029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 TACAGTTTATGGTCAACTTGGGAATTTACAGACTGACGGAAAATTACCGTGTTTGGTGGA 2081
Query 2030 AGACAAGCTTGCAAGTGAATTTGTCGAGGAGATCTCCTGCGGGGCATATCACGTGGCGGC 2089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2082 AGACAAGCTTGCAAGTGAATTTGTCGAGGAGATCTCCTGCGGGGCATATCACGTGGCAGC 2141
Query 2090 CTTAACATCTAGAAATGAAGTTTACACATGGGGTAAAGGAGCCAATGGTAGATTAGGGCA 2149
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2142 CTTAACATCTAGAAATGAAGTTTACACATGGGGTAAAGGAGCCAATGGGAGATTAGGGCA 2201
Query 2150 TGGTGATCTGGAGGATCGAAAAGTACCAACTCTTGTGGAAGCTTTGAAGGATAGACACGT 2209
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 TGGTGATCTGGAGGATCGAAAAGTACCTACTATTGTGGAAGCTTTGAAGGATAGACACGT 2261
Query 2210 AAAGTACATTGCATGCGGATCAAATTACACTGCAGCCATATGTCTGCACAAATGGGTCTC 2269
||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 2262 AAAATACATTGCTTGCGGATCGAATTACACTGCAGCCATATGTCTTCACAAATGGGTGTC 2321
Query 2270 TGGTGCTGAGCAGTCTCAGTGTTCAACCTGTAGACTGGCTTTTGGGTTTACACGGAAAAG 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 TGGTGCTGAGCAGTCTCAGTGTTCAACCTGTAGACTGGCTTTTGGGTTTACACGGAAAAG 2381
Query 2330 ACATAACTGTTACAATTGTGGACTTGTGCACTGTCATTCATGCAGTTCaaaaaaaGCATT 2389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 ACATAACTGTTACAATTGTGGACTTGTGCACTGTCATTCATGCAGTTCAAAAAAAGCATT 2441
Query 2390 CCGAGCTGCATTGGCCCCAAGCGCGGGAAGACTATATCGTGTCTGCGATTCTTGTTATGT 2449
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442 CCGAGCTGCACTAGCCCCAAGCGCGGGAAGACTATATCGTGTCTGCGATTCTTGTTATGT 2501
Query 2450 TAAGCTCAGCAAAGTGTCTGAGATAAACGACACTAACAGAAGGAACAGTGTTGTGCCTCG 2509
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2502 TAAGCTCAGCAAAGTGTCTGAGATAAACGATACTAACAGAAGGAACAGTGCTGTGCCTCG 2561
Query 2510 TCTTTCAGGGGAGAACAAAGACAGATTAGATAAATCTGAAATAAGATTAGCTAAATTTGG 2569
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 TCTTTCAGGGGAGAATAGAGACAGATTAGATAAATCTGAAATAAGATTAGCTAAATTTGG 2621
Query 2570 TACATCCAATATGGACTTAATTAAGCAATTGGATAGTAAAGCGGCCAAACAAGGAAAGAA 2629
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 TACATCCAATATGGACCTAATTAAGCAATTGGATAGCAAAGCGGCCAAACAAGGAAAGAA 2681
Query 2630 AACTGACACTTTTTCACTCGGTCGCAACTCTCAGCTGCCTTCTTTGTTGCAGCTGAAAGA 2689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2682 AACTGACACTTTTTCACTCGGTCGCAACTCTCAGCTGCCTTCTTTGTTGCAGCTGAAAGA 2741
Query 2690 TGCTGTGCAGTCTAATATAGGCGATATGCGAAGAGCTACTCCAAAGTTAGCTCCGGCTCC 2749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2742 TGCTGTGCAGTCTAATATAGGCGATATGCGAAGAGCTACTCCAAAGTTAGCTCAGGCTCC 2801
Query 2750 ATCAGGTATTAGCTCTCGGTCAGTGTCACCTTTCTCTAGGAGATCTAGTCCTCCCCGCTC 2809
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2802 ATCAGGCATTAGCTCTCGGTCAGTGTCACCTTTCTCTAGGAGATCTAGTCCTCCTCGCTC 2861
Query 2810 TGCCACTCCTATGCCTTCAACTTCTGGGCTCTATTTTCCCG-TCGGTATAGCAGATAACA 2868
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |
Sbjct 2862 TGCCACTCCTATGCCTTCAACTTCTGGGCTCTATTT-CCCGGTGGGTATAGCAGATAATA 2920
Query 2869 TGaaaaaaaCCAATGAAATTCTGAACCAGGAGATTGTTAAGTTACGAACACAGGTTGACA 2928
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2921 TGAAAAAAACCAATGAAATTCTGAACCAGGAGATCGTTAAGTTACGAACACAGGTTGACA 2980
Query 2929 GTCTAACTCAAAAATGTGAACTCCAAGAAGTAGAGCTTCAGAACTCTGTAAAGAAGACAC 2988
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2981 GTCTAACTCAAAAATGTGAATTCCAAGAAGTAGAGCTTCAGAACTCTGTAAAGAAGACTC 3040
Query 2989 AGGAAGCCTTAGCATTGGCAGAGGAGGAATCTGCCAAATCAAGAGCCGCGAAAGAGGCAA 3048
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 AGGAAGCCTTAGCATTAGCAGAGGAGGAATCTGCCAAATCAAGAGCCGCGAAAGAGGCAA 3100
Query 3049 TCAAGTCGCTCATAGCGCAGCTCAAAGATGTAGCTGAGAAGTTGCCTCCTGGTGAGAGTG 3108
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3101 TCAAGTCGCTCATAGCGCAGCTCAAAGATGTCGCTGAGAAGTTACCTCCAGGTGAGAGTG 3160
Query 3109 TAAAATTCGCCTGCCTTCAAAACGGATTTGACCAGAACGGTTTCCATTTCCCTGAAGAAA 3168
||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 TAAAACTCGCGTGCCTTCAAAACGGATTAGACCAGAATGGTTTCCATTTCCCTGAAGAAA 3220
Query 3169 ATGGTTTCCATCCTTCAAGGTCGGAATCAATGACTTCGTCGATATCTTCAGTTGCACCTT 3228
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3221 ATGGTTTCCATCCTTCAAGGTCGGAATCGATGACTTCATCTATATCTTCAGTTGCACCTT 3280
Query 3229 TTGACTTTGCCTTTGCAAATGCATCTTGGTCTAATCTCCAATCACCAAAGCAAACGCCTA 3288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 TTGACTTTGCCTTTGCAAATGCATCTTGGTCTAATCTCCAATCACCAAAGCAAACGCCTA 3340
Query 3289 GAGCCAGCGAAAGAAACAACCATGCTTATCCAGCAGACCCACGGCTTAGCAGCAGCGGGT 3348
|||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 GAGCCAGCGAAAGAAACAGCAATGCTTATCCAGCGGACCCACGGCTTAGCAGCAGCGGGT 3400
Query 3349 CAGTAATCAGTGAGAGAAACGAGCCTTTCCAGTTCCAAAACAATAGCGACAATGGTTCGA 3408
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3401 CAGTAATCAGTGAGAGAATCGAGCCTTTCCAGTTCCAGAACAACAGCGACAATGGTTCGA 3460
Query 3409 GCCAAACAGGAGTTAACAATACTAATCAGGTAGAAGCAGAGTGGATTGAACAGTACGAGC 3468
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3461 GTCAAACAGGAGTTAACAATACTAATCAGGTAGAAGCAGAGTGGATCGAACAGTACGAGC 3520
Query 3469 CAGGCGTGTATATAACCCTTGTCGCCCTCCTCGATGGAACTAGAGATTTACGAAGAGTCC 3528
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 CAGGCGTGTATATAACCCTTGTTGCCCTCCACGATGGAACTAGAGATTTACGAAGAGTCC 3580
Query 3529 GCTTCAGCCGAAGAAGATTCGGGGAACATCAAGCTGAGACATGGTGGTCGGAAAATCGGG 3588
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3581 GCTTCAGCCGAAGAAGATTCGGGGAACATCAAGCTGAGACATGGTGGTCGGAGAATCGGG 3640
Query 3589 AAAAAGTGTATGAGAAATATAATGTTAGAGTGTCGGAAAAATCAACGGCTTCTCAAACGC 3648
|||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3641 AAAAAGTGTACGAAAAATATAATGTAAGAGTATCGGAAAAATCAACGGCTTCTCAAACGC 3700
Query 3649 ATAGAGACAGAGAGGAAGAAGAAGAAGACATTCTTCAGTAGTAGACTCA-TAAGATAATA 3707
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| | |||||
Sbjct 3701 ATAGAGACAGAGATGAAGAAGAAGAAGACATTCCTCACTAGTAG--TCAGTCTCCTAATA 3758
Query 3708 ACATTTGTATGATTTTGCCCCATAGTTTTCAGTTTCTCTAC-GTTTTGCCCCGAAACTCT 3766
|||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||| | |||||||||| ||||| |
Sbjct 3759 ACATTTGTATGATTTTGCCCCATAATTTCCTGTGTCTCT-CTGTTTTGCCCCAAAACTGT 3817
Query 3767 TCATTGTTCAACTTAACTCCTTTTTCTTTTCTTTCTCTATCTCGATTCAATGTGTG--AG 3824
||||||||| |||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 3818 TCATTGTTCTACTTAAGTCCTTTTT-TTTT-TT-CTCTATCTCGATTCAATCTGTGGGAG 3874
Query 3825 ATTAATTTTCATGTCCTTTACATGTATGTTGTATATATATA 3865
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3875 ATTAATTTTCATGTCCTCTACATGTATGTTGTATATATATA 3915
Score = 171 bits (92), Expect = 6e-41
Identities = 106/112 (95%), Gaps = 4/112 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACTTTCTTCTTT-GCTTTTCTTCTCTCTGTCATCGCTGTCTCTGAC-TGACTTGtcttcc 58
|||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 1 ACTTTCTT-TTTGGCTATTCTTCTCTCTGTCATCGCTGTCTCTGACTTCA-TTGTCTTCC 58
Query 59 tccttcttcctttttgcttttccgtcgtttttctccgccggatttttctctc 110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 TCCTTCTTCCTTTTTGCTTTTCCGTCGTTTTTCTCCGCCGGATTTTTCTCTC 110
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 192540727234
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5