BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476923
Length=2246
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77590.1 | Symbols: LACS9 | long chain acyl-CoA synthetase 9... 3496 0.0
> AT1G77590.1 | Symbols: LACS9 | long chain acyl-CoA synthetase
9 | chr1:29148256-29152315 REVERSE LENGTH=2516
Length=2516
Score = 3496 bits (1893), Expect = 0.0
Identities = 2036/2107 (97%), Gaps = 2/2107 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTCCTTATGCAGCTGGTGTTATTGTGCCTTTGGCTTTAAC-CTTCTGGGTTCAGAA 59
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 196 ATGATTCCTTATGCTGCTGGTGTTATTGTGCCATTGGCTTTGACGTTTCT-GGTTCAGAA 254
Query 60 ATCTAAGAAAGAAAAGAAAAGAGGTGTTGTTGTTGATGTTGGTGGTGAACCAGGTTATGC 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 ATCTAAGAAAGAAAAGAAAAGAGGTGTTGTTGTTGATGTTGGTGGTGAACCAGGTTATGC 314
Query 120 CATTAGGAATCACAGGTTTACTGATCCTGTTAGTTCCCATTGGGAACATATCTCAACGCT 179
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 TATTAGGAATCACAGGTTTACTGAGCCTGTTAGTTCCCATTGGGAACATATCTCAACGCT 374
Query 180 TCCAGAGCTCTTTGAGATTTCTTGTAATGCTCACAGCGATAGGGTTTTCCTTGGAACCCG 239
|||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 375 TCCAGAGCTCTTTGAGATATCGTGTAATGCTCACAGTGATAGGGTTTTCCTTGGCACCCG 434
Query 240 AAAGCTCATCTCTAGAGAGATTGAGACTAGTGAGGATGGAAAAACTTTTGAGAAACTTCA 299
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 435 AAAGCTGATCTCTAGAGAGATTGAGACTAGTGAGGATGGAAAAACGTTCGAGAAACTGCA 494
Query 300 TTTGGGTGACTACGAGTGGCTTACTTTTGGGAAGACACTCGAAGCTGTGTGTGATTTTGC 359
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 495 TTTAGGTGACTACGAGTGGCTCACTTTTGGGAAGACTCTCGAAGCAGTGTGTGATTTTGC 554
Query 360 CTCTGGGCTGGTTCAGATTGGACACAAGACAGAAGAACGTGTCGCCATTTTTGCAGATAC 419
||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 CTCTGGGTTAGTTCAGATTGGGCACAAGACGGAAGAGCGTGTCGCCATTTTTGCAGATAC 614
Query 420 TAGAGAAGAATGGTTCATCTCCCTACAGGGTTGCTTCAGGCGAAATGTCACTGTGGTAAC 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 615 TAGAGAAGAATGGTTCATCTCCCTACAGGGTTGCTTCAGGCGCAACGTCACTGTGGTAAC 674
Query 480 TATCTATTCATCTTTGGGAGAGGAAGCTCTTTGTCACTCTCTGAATGAGACAGAGGTCAC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 675 TATCTATTCATCTTTGGGAGAGGAAGCTCTTTGTCACTCGCTGAATGAGACAGAGGTCAC 734
Query 540 AACCGTAATATGTGGTAGCAAAGAACTCAAAAAGCTCATGGACATAGGCCAACAGCTTGA 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 735 AACCGTAATATGTGGTAGCAAAGAACTCAAAAAGCTCATGGACATAAGCCAACAGCTTGA 794
Query 600 AACTGTTAAACGTGTGATATGCATGGATGATGAATTCCCATCTGATGTGAACAGTAATTG 659
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 AACTGTGAAACGTGTGATATGCATGGATGATGAATTCCCATCTGATGTGAACAGTAATTG 854
Query 660 GATGGCGACTTCATTTACTGATGTTCAGAAACTTGGCCGCGAAAACCCTGTAGACCCTAA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 855 GATGGCGACTTCATTTACTGATGTTCAGAAACTTGGCCGCGAAAATCCTGTGGATCCTAA 914
Query 720 TTTTCCTCTCTCAGCAGACGTTGCTGTTATAATGTACACCAGTGGAAGCACTGGACTTCC 779
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 TTTCCCTCTCTCAGCAGATGTTGCTGTTATAATGTACACCAGTGGAAGCACTGGACTTCC 974
Query 780 CAAGGGTGTTATGATGACGCATGGTAATGTCCTAGCTACAGTTTCGGCAGTGATGACAAT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 CAAGGGTGTTATGATGACGCATGGTAATGTCCTAGCTACAGTTTCGGCAGTGATGACAAT 1034
Query 840 TGTTCCAGACCTTGGAAAGAGGGATATATACATGGCATATTTACCTTTGGCTCACATCCT 899
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TGTTCCTGACCTTGGAAAGAGGGATATATACATGGCATATTTACCTTTGGCTCACATCCT 1094
Query 900 TGAGTTAGCAGCTGAGAGCGTAATGGCTACTATTGGGAGTGCTATTGGATATGGGTCTCC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 TGAGTTAGCAGCTGAGAGCGTAATGGCTACTATTGGGAGTGCTATTGGATATGGGTCTCC 1154
Query 960 CTTGACGCTCACGGATACTTCAAACAAGATAAAAAAGGGTACAAAAGGAGATGTCACGGC 1019
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1155 CTTGACGCTAACGGATACTTCAAACAAGATAAAAAAGGGTACAAAAGGAGATGTCACAGC 1214
Query 1020 ACTAAAGCCCACCATAATGACAGCTGTTCCAGCCATTCTTGATCGTGTCCGGGATGGTGT 1079
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1215 ACTAAAGCCCACTATAATGACAGCTGTTCCAGCCATTCTTGATCGTGTCAGGGATGGTGT 1274
Query 1080 CCGCAAAAAGGTTGATGCTAAGGGCGGATTGTCAAAGAAATTGTTTGACTTTGCATATGC 1139
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 CCGCAAAAAGGTTGATGCAAAGGGCGGATTGTCAAAGAAATTGTTTGACTTTGCATATGC 1334
Query 1140 TCGGCGATTATCTGCAATCAATGGAAGTTGGTTTGGAGCCTGGGGATTGGAAAAGCTTCT 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1335 TCGGCGATTATCTGCAATCAATGGAAGTTGGTTTGGAGCCTGGGGATTGGAAAAGCTTTT 1394
Query 1200 GTGGGACGTGCTTGTGTTCAGGAAAATCCGTGCAGTATTGGGAGGTCAAATCCGCTACTT 1259
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1395 GTGGGATGTGCTTGTGTTCAGGAAAATCCGTGCAGTTTTGGGAGGTCAAATCCGCTATTT 1454
Query 1260 GCTCTCTGGTGGTGCCCCTCTTTCTGGTGATACTCAGAGATTCATTAACATATGCGTTGG 1319
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1455 GCTCTCTGGTGGTGCCCCTCTTTCTGGTGACACTCAGAGATTCATTAACATCTGCGTTGG 1514
Query 1320 GGCTCCAATCGGTCAGGGATATGGGCTCACAGAGACTTGTGCTGGTGGAACCTTCTCGGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1515 GGCTCCAATCGGTCAGGGATATGGGCTCACAGAGACTTGTGCTGGTGGAACCTTCTCGGA 1574
Query 1380 GTTTGAGGACACATCCGTTGGCCGTGTTGGTGCGCCACTTCCTTGCTCCTTTGTTAAGCT 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1575 GTTTGAGGACACATCCGTTGGCCGTGTTGGTGCTCCACTTCCTTGCTCCTTTGTAAAGCT 1634
Query 1440 AGTAGACTGGGCGGAAGGTGGGTATCTAACCAGTGATAAGCCAATGCCCCGTGGTGAAAT 1499
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1635 AGTAGACTGGGCGGAAGGTGGGTATCTAACTAGTGATAAGCCGATGCCCCGTGGTGAAAT 1694
Query 1500 TGTAATTGGTGGCTCAAATATCACGCTTGGGTATTTCAAAAATGAGGAGAAAACTAAAGA 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 TGTAATTGGTGGCTCAAATATCACGCTTGGGTATTTCAAAAATGAGGAGAAAACTAAAGA 1754
Query 1560 AGTGTACAAGGTTGATGAAAAGGGGATGAGGTGGTTCTACACAGGAGACATAGGACGATT 1619
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1755 AGTGTACAAGGTTGATGAAAAGGGAATGAGGTGGTTCTACACAGGAGACATAGGACGATT 1814
Query 1620 TCACCCTGATGGCTGCCTCGAGATAATAGACCGAAAAAAGGATATCGTTAAACTTCAGCA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 TCACCCTGATGGCTGCCTCGAGATAATAGACCGAAAAAAGGATATCGTTAAACTTCAGCA 1874
Query 1680 CGGAGAATATGTCTCCTTGGGCAAAGTTGAAGCTGCTCTCAGTATAAGTCCATATGTTGA 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1875 TGGAGAATATGTCTCCTTGGGCAAAGTTGAAGCTGCTCTAAGTATAAGTCCCTATGTTGA 1934
Query 1740 AAACATAATGGTTCATGCTGATTCATTCTACAGTTACTGTGTGGCTCTTGTGGTCGCGTC 1799
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 AAACATAATGGTTCATGCTGATTCGTTCTACAGTTACTGTGTGGCTCTTGTGGTCGCGTC 1994
Query 1800 CCAACATACAGTTGAAGGTTGGGCTTCAAAGCAAGGAATAGACTTTGCCAACTTTGAAGA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1995 CCAACATACAGTTGAAGGTTGGGCTTCAAAGCAAGGAATAGACTTTGCCAACTTCGAAGA 2054
Query 1860 ACTGTGCGCGAAAGAACAAGCCGTGAAAGAAGTGTATGCGTCTCTTGTCAAGGCGGCTAA 1919
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2055 ACTGTGCACGAAAGAGCAAGCCGTGAAAGAAGTGTATGCGTCCCTTGTGAAGGCGGCTAA 2114
Query 1920 ACAATCACGATTGGAGAAGTTTGAGATACCAGCAAAGATAAAATTGTTGGCATCTCCATG 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2115 ACAATCACGATTGGAGAAGTTTGAGATACCAGCAAAGATCAAATTATTGGCATCTCCATG 2174
Query 1980 GACGCCAGAGTCGGGCTTAGTCACAGCAGCTCTAAAGCTTAAAAGGGATGTAATTAGGAG 2039
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2175 GACGCCAGAGTCAGGATTAGTCACAGCAGCTCTAAAGCTGAAAAGAGATGTAATTAGGAG 2234
Query 2040 GGAATTCTCTGAAGAGCTCACCAAGTTATATGCCTAAACTTTTCTTCTTCCTCTACTTTG 2099
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2235 GGAATTCTCTGAAGATCTCACCAAGTTATATGCCTAAATTTTTCTTCTTCCTTTACTTTT 2294
Query 2100 ttttttt 2106
|||||||
Sbjct 2295 TTTTTTT 2301
Score = 76.8 bits (41), Expect = 8e-13
Identities = 46/48 (96%), Gaps = 2/48 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2147 TGTCTTTTCGTGTAATTTGTGTGGGAACT-GTGACGAGACAGAAAAAA 2193
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2387 TGTCTTTTCGTGTAATTTGTGTGGGAACTAG-GACGAGACAGAAAAAA 2433
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111445209900
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5