BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476926
Length=3604
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77620.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosp... 5234 0.0
> AT1G77620.1 | Symbols: | P-loop containing nucleoside triphosphate
hydrolases superfamily protein | chr1:29167764-29172867
REVERSE LENGTH=3626
Length=3626
Score = 5234 bits (2834), Expect = 0.0
Identities = 3352/3598 (93%), Gaps = 51/3598 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATCAGACTCCACGGCGGAATGTTCGTCGGAAATTGGTTCAGTCGACGTTGCTCCCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1 ATGGATCAGACTCCACGGCGGAATGTTCGTCGGAAATTGGTTCAGTCGTCTTTGCTCCCC 60
Query 61 CATAAATCC-GAGGAGGTAATTGAGTCCAACGGAGATCGGATGAGCGATGAAGGAGGAGA 119
|||||| || ||||| |||||||| || || ||||||| |||| ||||||||||| | |
Sbjct 61 CATAAA-CCGGAGGATGTAATTGACTCTAATGGAGATCCGATGTGCGATGAAGGA-G-G- 116
Query 120 AGAAGTAGGAGATGGTGGTTTATGTAGTAGTCAAGGGAAGAAGACGAGAAAACAGAAAGA 179
|||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 AGAAGTAGGAGA---T-G-----GTCGTAGTCAAGGGAAGAAGACGAGAAAACAGAAAGA 167
Query 180 GACAACTCCGAAGAACGGTGCTTCCAAGAAGGTGGCTAAAGGAAAGAGTCCTCGAAAAAC 239
|| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 GAGAACTCCGAAGAACGGAGCTACCAAGAAGGTGGCTAAAGGAAAGAGTCCTCGAAAAAC 227
Query 240 AACGCCTaaaaaaaGTGCAACTAAAAACGGAATTGTAGCTGCTGCTGATCAGATGGTTGC 299
||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 228 AACTCCTAAGAAATGTGCAACTAAAAACGGAATTGTAGCTGCTGGTGATCAGATGATTGC 287
Query 300 TGCCAATGTTTCACCTCCAGTTCCCAATTTGCGTCTGGAAGCAAAGTTAAGAGCTGAGGA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 288 TGCCAATGTTTCACCTCCAGTTCCCAATTTGCGCCTGGAAGCTAAGTTAAGAGCTGAGGA 347
Query 360 AGATTCGCGGATGTCTGCTGGCAAGCAAATACATCCCTTTTTCTCGACTTGGAAAGGCA- 418
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 348 AAATTCGCGGATGTCTGCTGGGAAGCAAATACATCCGTTTTTCTCGACTTGGAAAGG-AG 406
Query 419 GTAAAAGAAATCAAGATGCCGTTGCAGCAGAGAATGGTACGTGTCAGGGTCAAGGAAGAG 478
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||
Sbjct 407 GTAAAAGAAATCAAGAAGCTGTTGCAGCAGAGAATGGTACGTGTCTTGGTCGAGGGAGAG 466
Query 479 AGAAAATTGTCACCATCGGCCCTATCCATGTATTTGAGAGGTTTCAGGATGATTATCAAA 538
| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||
Sbjct 467 ATAAAATCGTCACCATTGGCCCTATCCATGTATTTGACAAGTTTCAGGATGATTATCCAA 526
Query 539 CCCCCCTTGATTGGAAGAACTGGACTTTCTATGAGCAAACATCCACCACTGAGAGTGCGG 598
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |
Sbjct 527 CCACCCTTGATTGGAAGAACTGGACTTTCTATGAGCAAACATCTACTACTGAGAGTCCTG 586
Query 599 ATCAACAAATGAATTTTGACACTCTTGAACCCCGACCCAAGGTGTTTGATTTAAATGAAC 658
|||||||||| || ||| || |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 587 ATCAACAAATAAAATTTAACTCTCTTGAACCTCGGCCCAAGGAGTTTGATTTAAATGAAT 646
Query 659 TGCCATCTCTTTCACATCCTGACGTGTGTATCATCGATGATGAGGAGCCTGAACAATGTG 718
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 TGCCATCTCTTTCACATCCTGACGTGTGTGTCATCGATGATGAGGAGCCTGAACAATGCA 706
Query 719 CTAGTCAATCAGAACGTATCGCAGAGGCATCTCCGTTAGTCTTAATAGCAGACCAGGAGG 778
|||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 707 CTAGTCAATCAGAAGGTATTGCAGAGGCATCTTCGGTAGTCTTAATAGAAGACCAGGAGG 766
Query 779 AGAAACGTGGGTACCTTGGCTCCTTAGATGGAGCAGAATCGGATTGTGAAGTTCATGAAG 838
|||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 AGAAACGTGGGTGCCTCGGCTTCTTAGATGGAGCAGAATCGGATTGTGAAGTTCATGAAG 826
Query 839 CAATTCACTTGTCTGATGATGCTGAAGGCGCAG-TAGATATTTCTCATGAAATGCAACAC 897
||||| |||||||||||||||||| || | || | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 CAATTAACTTGTCTGATGATGCTGGTGGTGAAGCCA-ATATTTCTCATGAAATGCAACAC 885
Query 898 CTGTCATGTCGAGAAAGTAATGACTCCAGTGGCCAACCTCGTAATAGCTTATGGGTAGAT 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||
Sbjct 886 CTGTCATGTCGAGAAAGTAATGACTCCAGTGGCCAACCTTGTAATCGATTATGGGTAGAT 945
Query 958 AAGTACCAGCCAAGAAGTGCCTCGGAGGTATGTGGTAATACTGAATCTGTAAAAGTAATG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 946 AAGTACCAGCCAAGAAGTGCCTCGGAGGTATGTGGTAATACTGAATCTGTAAAGGTAATG 1005
Query 1018 AATGAATGGCTGCGCCAATGGCAGGAGAGAGGGTTTCAGCCAGATAAAGACTTTTTGAGT 1077
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1006 AATGAATGGCTGCGCCAATGGTATGAGAGAGGGTTTCAGCCAAACAAAGACTTTTTGAGT 1065
Query 1078 AGTGATGAAGATAAATCGCAAGATGCTGACTACAACTGTTCTGAAAGTGACACTGACTCG 1137
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1066 AGTGATGAAGATAAATCGCAAGATGCTGATTACAACTGTTCTGAAAGTGACTCTGACTCA 1125
Query 1138 GAAAATATTGGTGCTGAAGATCGCCTGAAAAATGTGCTCTTAATCGTTGGTCCAGCTGGG 1197
||||| | ||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1126 GAAAAAAGTGGTGCTGAAGATAGCCAGAAGAATGTTCTCTTAATTGTTGGTCCAGCTGGG 1185
Query 1198 AGTGGGAAATCTGCAGCTATTCATGCATGCGCCAAGGAACAAGGGTTTAAAATCCTAGAG 1257
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1186 AGTGGGAAATCTGCAGCCATTCATGCATGCGCCAAGGAACAAGGATTTAAAATCCTAGAG 1245
Query 1258 TCCAACACATCAGAATGCCGAAGTGGAACAGTAGTTAGGCAGAAATTTGGGGAGGCTCTC 1317
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 TCCAATACATCAGAATGCCGAAGTGGAACAGTAGTTAGGCAGAAATTTGGGGAGGCTCTC 1305
Query 1318 AAGTCATATAGCCTGTCAAGGTCCTTGGACCCTCTTTTCAATTCCTGTACTGATGGCAAT 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 AAGTCATATAGCCTGTCAAGGTCCTTGGACCCTCTTTTCAATTCCTGTACTGATGGCAAT 1365
Query 1378 GGGGTAGAGGATGTAATGGAAGTGGTACCCATATTACATATCCAGAATGATGGAGCTAAC 1437
||||||||||||||| | |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 GGGGTAGAGGATGTAGTTGAAGTGATGCCCGTATTACATATCCAGAATGATGGAGCTAAC 1425
Query 1438 TTGAAGCCTTTAATTCTCTTT-GAAGATGTAGATGTTTGCTTTGCTGAAGATCGTGGTCT 1496
||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 TTGAAGCCTTTAATTCT-TTTCGAAGATGTAGATATTTGCTTTGCTGAAGATCGTGGTCT 1484
Query 1497 CGTTTCTGCTATCCAGCAGATTGCTGCGAAAGCAAAAGGGCCTGTGGTATTGACTACCAA 1556
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1485 CGTTTCTGCTATCCAGCAGATTGCTGTGAAAGCAAAAGGGCCTGTGGTATTGACTGCCAA 1544
Query 1557 TGACAAGAATCATGGTTTACCAGACAACTTAGAGAGGATAGAAATATACTTTTCATTGCC 1616
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TGACAAGAATCATGGGTTACCAGACAACTTAGAGAGGATAGAAATATACTTTTCATTGCC 1604
Query 1617 ATCAAAAGAAGAACTATTTAGTCACCTTTCTCTGGTTTGTGCAGCAGAGGAAGTTAAAGT 1676
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 ATCAAAAGAAGAACTGTTTAACCACCTTTCTCTGGTTTGTGCAGCAGAGGAAGTTAAAGT 1664
Query 1677 TAATCGTGGTTCACTAGATCAAATGACCACGTCTTGTGGTGGTGATATACGGAAAGCAAT 1736
||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1665 TAATCATGGTTCACTAGAGGAAATGACCACGTTTTGTGGTGGAGATATACGGAAAGCAAT 1724
Query 1737 TATGCAATTGCAGTTTTGGTTTCAGAGTAAACCGAAAAGAGCCAGAAAGGTGAAGAACAC 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1725 TATGCAATTGCAGTTTTGGTTTCAGAGTAAACCGAAAAGAGCCAGAAAGGTGAAGAATAC 1784
Query 1797 AGGTAATCAAGATCTCTTTGATCATGAAGCTGGCCACTTGCTGCTTCCCAAGATAATTAC 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1785 AGGTAATCAAGATCTCTTTGATCATGAAGCTGGCCACTTGCTGCTTCCCAAGATAATTGC 1844
Query 1857 ACGGGATTTCCCTTCTCAATTATCTCAGTTGGTGGAGAATGAGATTGCTAAGGTAATATC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1845 ACGGGATTTCCCTTCTCAATTATCTCAGTTGGTGGAGAATGAGATTGCTAAGGTATTATC 1904
Query 1917 TATAGAAGAGGAAAGCTATAACACAGTGGAAGTATTTGTTGAAGAGGTTGAAAACGAAAA 1976
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 TATGGAAGAGGAAAGAAATAACACAGTGGAAGTATTTGTTGAAGAGGTTGAAAACGAAAA 1964
Query 1977 AATGCTTAATAGATTATGGAGGCGAGGCACAGGAAAGAACAGCATACAAGCTAAGAAAAC 2036
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
Sbjct 1965 AATGCTTAATAGATTATGGAGGCGTGGCACAGGAAAGAACAGTATACAAGCCAAGAAAGC 2024
Query 2037 AGCCATGTTTAAGCAGAACACTACTTTTGAAGATTATGATGAATTAGAAGACGTCTTAAG 2096
||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 AGCGATGTTCAGGCAGAACACTACTTTTGAAGATTATGACGAATTAGAAGACGTCTTAAG 2084
Query 2097 TATTCCGTGTGAACTTAGCAACAGTTCCTACCAACCACTCTCTTTCTCTCAGCCAAACAG 2156
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 GATTCCGTGTGAACTTAGCAACACTTCCTACCAACCACTCTCTTTCTCTCAGCCAAACAG 2144
Query 2157 AAGACGGAAGCTCAATGTTGTGATGTCCTCTGATTCAGAAGATGAGCCTCTGACTGACAT 2216
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 AAGGCGGAAGCTCAATGTTGTGATGTCCTCTGATTCAGAAGATGAGCCTCTGACTGACAT 2204
Query 2217 ACGGGTTTCCATTGCACAACATCAGAAGGACGACAGATTGATTTTCCAAGAAGATGGTAC 2276
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 ACGGGTTTCCATTTCTCAACATCAGAAGGACGACAGATTGATTTTCCAAGAAGATGGTAC 2264
Query 2277 GTTGTCCTCATATTGGCCAGATATGCAAAAGGAAACAAACCTATTAGCTGATCCTTCAGT 2336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2265 GTTGTCCTCATATTGGCCAGATATGCAAAAGGAAACAAACCCATTAGCTGATCCTTC--T 2322
Query 2337 TCCTTCCAGAGCAGAAATATTGGAAGCAACTTGTTATGAGTATGAGACATCAAAATTCTC 2396
||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 -------AGAGCAGAAATATTGGAGGCAGCTTGTTATCAGTATGAGACATCAAAATTCTC 2375
Query 2397 TTGCATTAATGAGGTGTCCCAGTCAGTTGATGTATCATGTGTACCAGAGTCTTTGTATGT 2456
|| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2376 TTACATTAATGAGGTGTCCCAGTCAGTTGAAATATCATGTGTACCAGAGTCTTCATATGT 2435
Query 2457 TCCAGAAACATTAATGGATGGTGAAGCTGAGCTGTCGCCAAGAGCGGTATCTTGCGGACA 2516
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2436 TCCAGAAACTTTAATGGATGGTGAAGCTGAGCTGTCGCCAAGAGCAGTATCTTGCGGACA 2495
Query 2517 TTTTGATGGAAGAGTAGAAGTGTCCATGAATGAGGACGTTGTACAGACTCCCCCATCAAA 2576
|||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2496 TTTTGATGGAAGAGTAGAGGTTTCAATGAATGAGGACGTTGTACAGACTCCCCCATCAAA 2555
Query 2577 AGAGATATACATGGACAGATTTCAGATTTTTGATTGTTTAAAGAATACATGTGAGATCAT 2636
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2556 AGAGATATACATAGACAGATTCCAGATTTTTGATTGTTTAAAGAATACAAGTGAGATCAT 2615
Query 2637 TGCAGAATCTTCTGATGCGATGGTGATGGAAAACTGTTTCAAGGAATATGTAGGGACTGC 2696
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2616 TGCAGAATCTTCTGATGCGACAGTGATGGAAGACTGTTTCAAGGAATATGTAGGGGCTGC 2675
Query 2697 CCAGAAGATGCAACCAGTTTCAGATGAATGCAGCCGTATAGATTTTGGTAAGACATTCAA 2756
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 2676 CCAGAAGATGCAACAAGTTTCAGATGAATGTAGCCGTATGGATTTTGGTAAGACATACAA 2735
Query 2757 GACGGCTCAGAAACCGAAGCTTGATACCTCTAAATCTGCTGTGCAAGAATCGTGGGAAAA 2816
||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 2736 GACGGCTGAGAAACCAAAGCTAGATACCTCTAGATCTGCGGTGCAAGAATCATGGGAAAA 2795
Query 2817 AATCTGTTCGAGTCATGCTGATTTCAAGCCATACTTGGATTCAGAACCTGTAGAAGCTCC 2876
||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2796 AATCTGTTCCAATCTTGCTGATTTCAAGCCATACTTGGATTCAGAACCTGTAGAAGCTCC 2855
Query 2877 ACAAGTTCTTGATCTCACTCACCAGATAACCAATCTTATTTCAGAAGCTGACCTAACACA 2936
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2856 ACAAGTTCTTGATCTCACTCATCAGATAACCAATCTAATTTCAGAAGCTGACCTAACACA 2915
Query 2937 TTTTAGATGCCTGAACCTTGGAGCTTTGGAGCCATTGATGAACGCTTCTGGAGAACTTGA 2996
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||
Sbjct 2916 TTCCAGATGCCTGAACCTTGGAGCTTTGGAGCCAATGATGAACACTTCAGGAGATCTTGA 2975
Query 2997 TACGTCTGGTTTATCTCAGATGCTTGAACAGATGACTTCCACTGTGGCACAGCAAGAATT 3056
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2976 TACGTCTGGTTTATCTCAGATGCTTGAAGAGATGACTTCCACCGTGTCACAGCAAGAATT 3035
Query 3057 TTGCTTTTTCACAAATCAAATTACTACAACAGGAACCGTTCCTAATTCATCAGCCACCAT 3116
||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3036 TTGCTTTTTGACAAACCAAATTACGACAACGGGATCCGTTCCTACTTCATCAGCCACCAT 3095
Query 3117 GGTACCAGGAAGAGGATTGGCAGTAGACGAGGCAAGGCAGGATTGCACATCGAGCAATGG 3176
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3096 GGTACCAGAAAGAGGATTAACAGTAGACGAGGCAAGGCAGGATTACACATCGAGCAATGG 3155
Query 3177 AAGCTGCTTGGATAT-AAACCCAGA----CTTG-----TTA--AAA-TGTAGGCGAATGG 3223
||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||| ||| ||||||||||||
Sbjct 3156 AAGCTGCTTGGATATGAAACC-AGATATACTTGAAGACTTACTAAAATGTAGGCGAATGA 3214
Query 3224 TAAGGCTTTCCGGCATATTAGAGTCAGTAGTCCCTCTGAGATCATTGAAAGGAAGAGCTT 3283
| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3215 CACGGCTTTCCGGTGTCTTAGAGTCAGTAGTCCCTCTGAGATCATTGAAAGGAAGAGCTT 3274
Query 3284 TCCATGAATATGCTTCATTCATAGGGAAGATTTCAAGAGCAGATCCCTCCAACTTATCCG 3343
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3275 TCCATGAATATGCTTCATTCATAGGGCAGATTTCAAGAGCAGATCCCTCTAACTTATCCG 3334
Query 3344 GAGCCATGGAGAAAGGCAGACGGCGAAGGTCAAGAGAAGCTCGACATTATCTGTTAATGG 3403
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3335 GAGCCTTGGAGAAAGGCAGACGGCGAAGGCCAAGAGAAGCTCGACATTACCTGTCAATGG 3394
Query 3404 AACTATCGTCCGAAGATATTGCATTATTGGGCCAACACAGCACATACAGTAGAAATGAAT 3463
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3395 AACTATCCTCCGAAGATATTGCATTATTGGGCCAACACAGCACATACAATAGAAATGAAT 3454
Query 3464 GAATAATAAAGCAGTTT-CAGTTGTATAGAAATTAGAACAGCTCCACACTTCAAGAAGAG 3522
||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3455 -AATAA-A--GCAGTTTTCAGTTGTATAGAAATCAGAACTGCTCCACACTTCAAGAAGAG 3510
Query 3523 TTTTTATTTTAAACTTGTTTGCTCAGA-GTTAAACTTAGCCGAGATGATTCTCTCGAC 3579
| ||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3511 TCTTTATTTTAAACTTGTTCGCTCA-ACGTTAA-CTTAGCCGAGATGATTCTCTCGAC 3566
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 179447155111
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5