BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg477122 Length=2579 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G79540.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4100 0.0 > AT1G79540.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr1:29920083-29922676 REVERSE LENGTH=2594 Length=2594 Score = 4100 bits (2220), Expect = 0.0 Identities = 2477/2599 (95%), Gaps = 26/2599 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAAACCACAGATGTTCTTTCGATCAGTCATTCAGTTCTATTCAAAGCCGTCATGGATG 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAAACCACAGATGTTCTTTCGATCAGTCATTCAGTTCTATTCAAAGCCGTCATGGATG 60 Query 61 CAACGTTCCTACTCTTCCGGTAACGCCGAATTCAATATCTCCGGCGAGGTCATCAGCATT 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CAACGTTCCTACTCTTCCGGTAACGCCGAATTCAATATCTCCGGCGAGGTCATCAGCATT 120 Query 121 CTAGCTAAGAAGAAACCTATAGAGCCTGCTTTAGAGCCGCTTGTTCCGTTTCTCTCGAAG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CTAGCTAAGAAGAAACCTATAGAGCCTGCTTTGGAGCCGCTTGTTCCGTTTCTCTCGAAG 180 Query 181 AATATCATCACATCGGTAATCAAAGAGGAGGTCAATCGACAATTAGGATTCCGttttttt 240 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AATATCATCACATCGGTAATCAAAGATGAGGTCAATAGACAATTAGGATTCCGTTTTTTT 240 Query 241 ATATGGGCGTCGAGAAGAGAGCGTCTCAGGAGCGGAGAGTCTTTTGGTTTGGTCATCGAT 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 ATATGGGCGTCGAGAAGAGAGCGTCTCAGGAGCCGAGAGTCTTTTGGTTTGGTCATCGAT 300 Query 301 ATGCTCTCTGAAGATAATGGGTGCGATCTATACTGGCAGACATTGGAGGAGCTTAAATCT 360 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 ATGCTCTCTGAAGATAATGGTTGCGATCTATATTGGCAGACATTGGAGGAGCTTAAATCT 360 Query 361 GGAGGCGTCTCTGTCGATTCTTATTGCTTCTGTGTTCTGATCTCGGCTTATGCTAAGATG 420 || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| Sbjct 361 GGTGGCGTCTCTGTCGATTCTTATTGCTTCTGTGTTTTGATCTCTGCTTATGCTAAGATG 420 Query 421 GGTTTGGCGGAGAAAGCAGTGGAATCGTTTGGAAGGATGAAGGAGTTTGACTGCAGACCC 480 ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 421 GGTATGGCGGAAAAAGCAGTGGAATCGTTTGGAAGGATGAAGGAGTTTGATTGCAGACCC 480 Query 481 GATGTGTTCACCTACAACGTGATATTGCGAATCATGATGCGAGAAGATGTCTTCTTTATG 540 ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 481 GATGTGTTCACGTACAACGTGATATTGCGAGTCATGATGCGAGAGGAGGTCTTCTTTATG 540 Query 541 TTGGCTTTTGCTGTGTACAATGAAATGCTCAAGTGTAATTGTTCCCCAAATCTATACACG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 CTGGCTTTTGCTGTGTACAATGAAATGCTCAAGTGCAATTGTTCCCCAAATCTATACACG 600 Query 601 TTTGGTATCTTGATGGATGGATTGTATAAGAAAGGAAGAACGAGTGATGCACAGAAGATG 660 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TTTGGTATCTTGATGGATGGATTGTATAAGAAAGGGAGAACGAGTGATGCACAGAAGATG 660 Query 661 TTCGACGATATGACCGGTAGAGGAATTTCGCCTAACAGAGTTACCTATACCATTCTCATT 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 TTCGACGATATGACCGGTAGAGGAATTTCGCCTAACAGAGTTACCTATACCATTCTCATT 720 Query 721 TCAGGTTTGTGTCAGAGAGGAAGTCCTGAAGATGCACGAAAGCTATTCTACGAGATG-AA 779 ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 721 TCAGGTTTGTGTCAGAGGGGAAGTGCTGACGATGCACGAAAGCTATTCTACGAGATGCAA 780 Query 780 AGCGAGCGGTAACTATCCTGATTCCGTCGCACACAATGCTTTGCTTGATGGGTTTTGTAA 839 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 A-CGAGCGGTAACTATCCTGATTCCGTCGCACACAATGCTTTGCTTGATGGGTTTTGTAA 839 Query 840 ATTAGGTCGGATGGTTGAAGCATTTGAGCTGTTGCGGCTTTTTGAGAAAGATGGTTTTGT 899 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 ATTGGGTCGGATGGTTGAAGCATTTGAGCTGTTGCGGCTTTTTGAGAAAGATGGTTTTGT 899 Query 900 GCTTGGTCTTCGAGGTTATAGCAGTCTAATCGATGGATTGTTCAGAGCTAGGAGATACAC 959 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 GCTTGGTCTTCGAGGTTATAGCAGTTTAATCGATGGATTGTTCAGAGCTAGGAGATACAC 959 Query 960 TCAGGCATTTGAGCTGTATGCAAATATGCTGAAGAGGAATATTAAACCTGACATCATTTT 1019 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 TCAGGCATTTGAGCTGTATGCAAATATGCTGAAGAAGAATATTAAACCTGACATCATTTT 1019 Query 1020 GTACACGATATTGATTCAAGGGTTATCTAAAGCCGGTAAGATTGAGGATGCATTGAAGCT 1079 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 GTACACGATATTGATTCAAGGGTTATCTAAAGCCGGTAAGATTGAGGATGCATTGAAGCT 1079 Query 1080 GTTACGCAGCATGCCAAGTAAGGGCATTACCCCAGATACCTACTGCTACAATGCTGTTAT 1139 |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1080 GTTAAGCAGCATGCCAAGTAAGGGCATTAGCCCAGATACCTACTGTTACAATGCTGTTAT 1139 Query 1140 AAAGGCTCTATGTGGGAGGGGACTTTTGGAAGAGGGTCGGTCCCTCCAACTCGAGATGTC 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1140 AAAGGCTCTATGTGGGAGGGGACTTTTGGAAGAGGGTCGGTCCCTCCAACTCGAAATGTC 1199 Query 1200 AGAAACGGAATCCTTCCCTGATGCGTGCACACACACAATTCTTATTTGTAGCATGTGCAG 1259 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1200 AGAAACGGAATCCTTCCCTGATGCGTGCACACACACAATTCTTATCTGTAGTATGTGCAG 1259 Query 1260 GAATGGGCTGGTAAGGAAAGCCGAAGAAAtttttttGGAGATTGAGAAGAGTGGTTGTTC 1319 |||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 GAATGGGCTGGTTAGGGAAGCTGAAGAAATTTTTACGGAGATTGAGAAGAGTGGTTGTTC 1319 Query 1320 TCCTTCGGTTGCTACTTTTAATGCTTTAATCGATGGACTGTGCAAGTCCGGTGAGCTCAA 1379 ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 TCCTTCGGTTGCTACGTTCAATGCTTTAATTGATGGACTGTGCAAGTCCGGTGAGCTCAA 1379 Query 1380 GGAAGCCAGGTTATTGTTGCATAAAATGGAGGTCGGGAGACCTGCTTCCTTGTTTCTAAG 1439 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1380 GGAAGCCAGGTTATTGTTGCATAAAATGGAGGTCGGGAGACCTGCTTCCTTGTTTCTTAG 1439 Query 1440 GCTTGCGCACAGTGGAAACCGGAGTTTTGACACCATGGTTCAATCTGGTTCGATTCTCAA 1499 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| Sbjct 1440 GCTTTCGCACAGTGGAAACCGGAGTTTTGACACCATGGTTGAATCCGGTTCGATTCTCAA 1499 Query 1500 GGCATACAAGAATCTTGCACATTTTGCTGATACCGGGAATTCGCCAGACATTGTTTCTTA 1559 |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 GGCATACAGGGATCTTGCACATTTTGCTGATACCGGGAGTTCGCCAGACATTGTTTCTTA 1559 Query 1560 CAATGTTCTTATAAACGGGTTCTGCAGAG-AGGGAGACATTGACGGTGCTCTCAAGCTTC 1618 ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 CAATGTTCTTATAAATGGGTTCTGCAGAGCAGG-AGACATTGACGGTGCTCTCAAGCTTC 1618 Query 1619 TCAATGTGCTTCAACTAAAGGGTTTATCCCCTGACAGTGTCACTTACAACACTCTCATCA 1678 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 TCAATGTGCTTCAACTAAAGGGATTATCCCCTGATAGCGTCACTTACAACACTCTCATCA 1678 Query 1679 ACGGACTTCATAGAGTCGGCAGAGAAGAAGAAGCTTTTAAACTCTTTTATGCTAAAGATG 1738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1679 ATGGACTTCATAGAGTCGGCAGAGAAGAAGAAGCTTTTAAACTCTTTTACGCTAAAGATG 1738 Query 1739 ATTTTAGACACAGTCCTGCGGTTTACAGATCGCTCATGACATGGTCATGTCGAAAAAGAA 1798 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1739 ATTTTAGACACAGTCCCGCGGTTTACAGATCGCTCATGACATGGTCATGTCGGAAAAGAA 1798 Query 1799 A-GCTCTTGGTGGCTTTTAATCTATGGATGAAATACCTAAAGAAGATATCTTGCCTGGAT 1857 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 1799 AAG-TCTTGGTGGCTTTTAATCTATGGATGAAATACCTTAAGAAGATATCTTGTCTGGAT 1857 Query 1858 GATGAAACAGCTAATGAGATTGAACAATGTTTCAAGGAAGGGGAAACCGAGAGAGCTTTA 1917 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 GATGAAACAGCTAATGAGATTGAACAATGTTTCAAGGAAGGGGAAACCGAGAGAGCTTTA 1917 Query 1918 AGACGACTTATTGAATTGGATACCAGAAAAGACGAGTTAACGTTAGGGCCTTACACGATA 1977 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1918 AGACGACTTATTGAATTAGATACCAGAAAAGACGAGTTAACTTTAGGGCCTTACACGATA 1977 Query 1978 TGGCTGATCGGGTTATGCCAATCAGGGAGATTTCACGAGGCCTTGATGGTGTTTTCGGTT 2037 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 TGGCTTATCGGGTTATGCCAATCAGGGAGATTTCACGAGGCCTTGATGGTGTTTTCGGTT 2037 Query 2038 TTAAGGGAGAAGAAGATCCTTGTCACACCTCCGAGTTGTGTCAAACTGATTCATGGACTC 2097 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 TTAAGGGAGAAGAAGATCCTTGTAACACCTCCGAGCTGTGTCAAACTGATTCATGGACTC 2097 Query 2098 TGCAAAAGAGAACAACTTGATGCAGCAATAGATGTGTTCTTATACACTCTAGATAACAAC 2157 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 TGCAAAAGAGAACAACTTGATGCTGCAATAGAGGTGTTCTTATACACTCTAGATAACAAC 2157 Query 2158 TTCAAGCTGATGCCTAGAGTTTGCAACTACCTCCTAAGCTCCCTCCTCCAATCTAGAGAA 2217 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| Sbjct 2158 TTCAAGCTGATGCCTAGAGTTTGCAACTACCTCCTAAGCTCCCTCCTGGAATCAACAGAA 2217 Query 2218 AAGATGGAGATTGTTTCGCAACTTACAAACAGAATGGAACGTGCAGGGTACGATGTTGAC 2277 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2218 AAGATGGAGATTGTTTCGCAACTTACAAACAGAATGGAACGTGCAGGGTACAATGTTGAC 2277 Query 2278 TCGATGCTTCGATTCGAGCTTTTGAAACATCATAGATATAGAAAGCAGGTCCTGATAGAT 2337 |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2278 TCGATGCTTCGATTCGAGATTTTGAAATATCATAGACATAGAAAGCAGGTGCTGATAGAT 2337 Query 2338 CTTTAGGTAATGAAATGAT-ACGTAAAGGTATATCTACATCCGGATTCATTGGCGCCGGT 2396 ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 2338 CTTTAGGTAATGAAATGATTAT-TAAAGGTTTATCTACATCCGGATTCATAGGCATTAGT 2396 Query 2397 TTTGTCGAGAAGAGAAATTTGAGTTTTGATTC-AGTCTCTTTACCTTAACATTACATTAG 2455 ||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2397 TTTGTGGAGAAGAGAAATATGAGTTTTGATTCGAATCTCTTTACCTTAACACTACATTAG 2456 Query 2456 AGTAGAAGAATCTCTGGAA--G-A-G------Ga--aaa-ggaaaaggaaaaaaCATGAG 2502 | ||||| ||||||||||| | | | || ||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 2457 AATAGAAAAATCTCTGGAACCGGAAGCTCTTTGAGGAAAAGGAAAAGGAAAAAT-ATGAG 2515 Query 2503 GTT-ATACGTAAATGCTTTATTTA-TAGAGTCGTTTTTGAAGATTTTCCTTATCTTTATT 2560 ||| ||||||||||||||| | | | | | ||| ||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2516 GTTTATACGTAAATGCTTTGTATGCTTTATT-GTTCATGAAGTTTTTCCTTATCTTTATT 2574 Query 2561 GTACACTGATTTGTTATGT 2579 ||||||||||||||| ||| Sbjct 2575 GTACACTGATTTGTTTTGT 2593 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 128026038536 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5