BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477135
Length=3032
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G79620.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 4874 0.0
AT1G51880.1 | Symbols: RHS6 | root hair specific 6 | chr1:19270... 60.2 1e-07
> AT1G79620.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr1:29957562-29962305 REVERSE LENGTH=3118
Length=3118
Score = 4874 bits (2639), Expect = 0.0
Identities = 2916/3049 (96%), Gaps = 22/3049 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACACATTTTTCTTGATGAGACAATTATGAATCTTGTCTCATAAGGAAGCTACTTT-A--- 56
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4 ACACATTTTTTTTGATGAGACAATTATGAATCTTGTCTCATAAGGAAGCTACTTTAATCT 63
Query 57 G---------TC-C-AAGACTTCACTTAAATATCAAACCTCCTCAAGAACTCATGTCTCT 105
| || | | || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 64 GTTTCTTCTTTCTCTATGATTTCACTTAAATATCAAA-CT--TCAAGAACTCATGTCTCT 120
Query 106 TGAGGAACAATATGGTGGCTTCCAACACTGTAACCGCTATATCGCGGTTGCTCTTGATCG 165
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGAGGAACAATATGGTGGGTTCCAACACCGTAACCGCTACATCGCGGTTGCTCTTGATCT 180
Query 166 GTTTCGCTTACTCGTTCACTGTCTTCTCAATAATTTCATCAGTGACTGACCCTCGTGATG 225
|||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 181 GTTTTGCTTACTCATTCACTGTCTTCTCAATGATTTCATCAGTGACTGATCCTCGTGATG 240
Query 226 CGGCGGCTCTGCGTTCTTTGATGGATCAATGGGACAATACGCCACCTAGTTGGGGAGGTT 285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 241 CGGCGGCTCTGCGTTCTTTGATGGATCAATGGGACAATACGCCGCCTAGTTGGGGAGGTT 300
Query 286 CTGATGATCCTTGTGGAACTCCTTGGGAAGGTGTCTCATGCAATAACTCCAGAATCACTG 345
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTGATGATCCTTGTGGAACTCCTTGGGAAGGTGTATCTTGCAATAACTCCAGAATCACTG 360
Query 346 CTTTGGGTTTGTCAACAATGGGTCTCAAAGGAAGGCTTAGTGGAGATATTGGAGAACTAG 405
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTTGGGTTTGTCAACAATGGGTCTCAAAGGAAGACTTAGTGGAGATATTGGAGAACTAG 420
Query 406 CTGAACTAAGATCCTTGGATCTTTCGTTTAATCGAGGACTCACAGGTTCTCTTACTTCCC 465
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 421 CTGAACTAAGATCATTGGATCTTTCCTTTAATCGAGGACTAACAGGTTCACTTACTTCTC 480
Query 466 GGTTAGGAGACCTGCAAAAGCTCAATATCCTTATTCTTGCTGGCTGTGGCTTCACTGGTA 525
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 GGTTAGGAGACCTGCAAAAGCTAAATATCCTTATTCTTGCTGGTTGTGGCTTCACTGGTA 540
Query 526 GCATCCCAAATGAGCTTGGCCATCTCAAAGATCTATCTTTCTTGGCCTTGAACTCGAATA 585
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 541 CCATCCCAAATGAGCTTGGCTATCTCAAAGATCTATCTTTCTTGGCCTTGAACTCGAACA 600
Query 586 ATTTCACTGGTAAAATTCCGGCGTCTCTAGGAAATCTCACCAAGGTCTATTGGTTGGATC 645
| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||
Sbjct 601 ACTTCACGGGTAAAATCCCGGCGTCTCTAGGAAATCTCACTAAGGTTTATTGGCTGGATC 660
Query 646 TTGCGGATAATCAGTTGACAGGACCCATTCCAATTTCATCAGGCTCAAGTCCTGGTCTTG 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTGCGGATAATCAGTTGACAGGACCCATTCCAATTTCATCAGGCTCAAGTCCTGGTCTTG 720
Query 706 ATCTTCTTTTAAAAGCCAAACACTTTCATTTCAACAAAAATCAGCTCTCAGGCACCATTC 765
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 721 ATCTTCTTTTGAAAGCCAAACACTTTCATTTCAACAAGAATCAGCTCTCTGGGACCATTC 780
Query 766 CACCAAAACTATTCAGCTCTGAGATGATACTGATCCATGTATTATTCGATGGAAATCGAT 825
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CACCAAAACTTTTCAGCTCTGAGATGATACTGATCCATGTATTATTCGATGGAAATCGAT 840
Query 826 TCACAGGGAGCATACCTTCCACTTTAGGACTCATTCAGACACTAGAGGTTCTTCGGCTTG 885
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCACAGGAAGCATACCTTCCACTTTAGGACTCATTCAGACACTAGAGGTTCTTCGGCTTG 900
Query 886 ACAGAAACACTTTGACCGGAAAAGTTCCAGAAAATCTCAGTAATCTCACAAACATCATTG 945
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACAGAAACACTTTGACCGGAAAAGTTCCAGAGAATCTCAGTAATCTCACAAACATCATTG 960
Query 946 AACTGAACTTAGCTCACAACAAGCTTGTAGGTTCATTACCAGATTTGTCAGACATGAAGT 1005
||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AACTGAACTTAGCTCACAACAAGCTCGTTGGATCATTACCAGATTTGTCAGACATGAAGT 1020
Query 1006 CAATGAACTACGTGGATCTCAGCAATAACTCATTTGATCCATCAGAGTCTCCTCTGTGGT 1065
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1021 CCATGAACTACGTAGATCTCAGCAATAACTCATTTGATCCATCAGAGTCTCCTCTCTGGT 1080
Query 1066 TCTCAACCTTACCTTCACTGACCACACTGGTGATGGAATATGGAGCTCTT-AGAGGACCA 1124
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||
Sbjct 1081 TCTCAACCTTACCTTCACTGACCACACTTGTGATGGAATATGGATCTCTTCA-AGGACCA 1139
Query 1125 CTGCCTAATAAGATCTTTGGATTCCCACAACTTCAACAAGTGAAACTAAAAAAGAACGCA 1184
|| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||
Sbjct 1140 CTACCTAATAAGCTCTTTGGGTTCCCACAGCTTCAACAAGTGAGACTGAAGAAGAACGCA 1199
Query 1185 TTCAATGGAACACTGAGCTTGGGAGACACAGTAGGTCCACAACTCCAACTTGTTGATCTA 1244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTCAATGGAACACTGAGCTTGGGAGACACAGTAGGTCCAGAGCTCCAACTTGTTGATCTA 1259
Query 1245 CAAGACAACGACATTTCCTCTGTAACACTAAGCTCTGGATATACCAATACATTAATCCTC 1304
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1260 CAAGACAACGACATATCCTCTGTAACACTAAGCTCTGGATATACCAATACATTAATACTC 1319
Query 1305 GTCGGAAACCCTGTATGTACAACAGCTCTCTCAAACACAAACTACTGTCAGATTCAGCAG 1364
| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GAAGGAAATCCTGTATGCACAACAGCTCTCTCCAACACAAACTACTGTCAGATTCAGCAG 1379
Query 1365 CAACAAGTCAAACGAATATACTCGACCAGTCTTGCTAACTGTGGCGGAAAGTCTTGTCCA 1424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1380 CAACAAGTCAAACGAATATACTCGACCAGTCTTGCTAACTGTGGAGGAAAGTCTTGTCCA 1439
Query 1425 TTAGACCAAAAGATCAGCCCTCAGAGCTGTGAATGCGCCTACCCTTATGAAGGCACACTC 1484
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTAGACCAAAAGGTCAGCCCTCAGAGCTGTGAATGCGCCTACCCTTATGAAGGCACACTC 1499
Query 1485 TACTTTCGAGGGCCTATGTTCAGAGACCTGTCCAATGTGAACACATACCATTCACTGGAG 1544
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 TACTTCCGAGGGCCTATGTTCAGAGACCTGTCCAATGTGAACACATACCATTCTTTGGAG 1559
Query 1545 ATGAGCTTGTGGGTGAAACTAGGACTCACTCCAGGCTCGGTCTCTCTACAAAACCCTTTC 1604
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATGAGCTTGTGGGTGAAATTAGGACTCACTCCAGGCTCGGTCTCTCTACAAAACCCTTTC 1619
Query 1605 TTCAACAATGATGATTATCTTCAGATACAGTTGGCACTTTTCCCACCTATGGGCAAGTAT 1664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTCAACAATGATGATTATCTTCAGATACAGTTGGCACTTTTCCCACCTATGGGCAAGTAT 1679
Query 1665 TTTAACAGAACTGAAGTTCAGAGAATTGGATTTGACTTGAGTAACCAAACATACAAACCT 1724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1680 TTTAACAGAACTGAAGTTCAGAGAATTGGATTTGACTTGAGTAACCAAACATATAAACCT 1739
Query 1725 CCTCCCTTGTTTGGACCTTACTACTTCATTGCATCTCCCTACACTTTCCCAGCTGAAGGT 1784
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1740 CCTCCTTTGTTTGGACCTTACTACTTCATTGCATCTCCCTACACATTCCCAGCTGATGGT 1799
Query 1785 AACGGACATTCCTTGAGCTCTCGGATGGTCACTGGGATAATAACTGGTTGCAGTGCTTTG 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AACGGACATTCCTTGAGCTCTCGGATGGTCACTGGGATAATAACTGGTTGCAGTGCTTTG 1859
Query 1845 GTCCTGTGCCTTGTTGCACTAGGAATATATGCGATTTGGCAGAAGAGACGAGCAGAGCAA 1904
||||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1860 GTCCTGTGCCTTGTTGCGTTAGGAATATACGCAATGTGGCAGAAGAGACGTGCAGAGCAA 1919
Query 1905 GCTATCGGTTTGAGTAGACCATTTGTTTCATGGGCATCGAGTGGAAAAGACAGCGGTGGC 1964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GCTATCGGTTTGAGTAGACCATTTGTTTCATGGGCATCAAGTGGAAAAGACAGCGGTGGC 1979
Query 1965 GCACCGCAGCTGAAAGGGGCACGATGGTTCTCCTACGAAGAACTCAAGAAGATCACGAAC 2024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GCACCGCAGCTGAAAGGGGCACGATGGTTCTCCTACGAAGAACTCAAGAAGATCACGAAC 2039
Query 2025 AATTTCTCTGTGAGCAGTGAGCTGGGTTATGGAGGTTATGGAAAGGTGTATAAAGGAATG 2084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AATTTCTCTGTGAGCAGTGAGCTGGGTTATGGAGGTTATGGAAAGGTGTATAAAGGAATG 2099
Query 2085 CTTCAAGATGGGCACATGGTGGCGATCAAAAGAGCACAACAAGGATCAACACAAGGAGGG 2144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTTCAAGATGGGCACATGGTGGCGATCAAAAGAGCACAACAAGGATCAACACAAGGAGGG 2159
Query 2145 CTCGAGTTCAAAACAGAAATTGAGTTGCTTTCTCGAGTTCATCACAAGAACCTAGTTGGA 2204
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 CTCGAGTTCAAAACAGAGATTGAGTTGCTTTCTCGAGTTCATCACAAGAACCTAGTTGGG 2219
Query 2205 CTTGTCGGGTTTTGCTTCGAGCAAGGCGAGCAGATTCTAGTCTACGAGTATATGTCCAAC 2264
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2220 CTTGTCGGGTTCTGCTTCGAGCAAGGCGAGCAGATTCTAGTCTACGAATACATGTCCAAC 2279
Query 2265 GGATCACTAAAAGATAGCGTAACCGGGCGATCCGGAATTACGCTGGATTGGAAAAGAAGG 2324
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GGATCACTAAAAGATAGCTTAACCGGGCGATCCGGAATTACGCTGGATTGGAAAAGAAGG 2339
Query 2325 CTGAGAGTGGCTCTAGGATCGGCAAGAGGACTCGCATACCTCCATGAACTTGCAGATCCT 2384
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2340 CTGAGAGTGGCTCTAGGATCGGCAAGAGGACTCGCATACCTCCATGAACTGGCGGATCCT 2399
Query 2385 CCGATCATCCACAGGGACGTGAAATCAACCAACATTCTTTTGGATGAGAATCTCACAGCC 2444
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2400 CCGATCATCCACAGGGACGTGAAATCAACTAACATTCTTTTGGATGAGAATCTGACAGCC 2459
Query 2445 AAGGTTGCTGATTTTGGTTTGTCCAAGCTGGTTTCAGACTGCACTAAAGGCCATGTTTCA 2504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2460 AAGGTTGCTGATTTTGGTTTGTCCAAGCTGGTTTCAGACTGCACCAAAGGCCATGTTTCA 2519
Query 2505 ACACAAGTCAAAGGCACATTGGGATATTTGGACCCAGAGTACTACACAACACAGAAACTG 2564
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 ACACAAGTTAAAGGAACATTGGGATATTTGGACCCAGAGTACTACACAACACAGAAACTT 2579
Query 2565 ACAGAGAAGAGTGATGTGTACAGCTTCGGTGTTGTAATGATGGAGCTGATCACCGCGAAA 2624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2580 ACAGAGAAGAGTGATGTGTACAGCTTCGGTGTTGTAATGATGGAGCTGATCACAGCGAAA 2639
Query 2625 CAGCCGATAGAGAGAGGCAAGTACATTGTTAGAGAGATCAAGCTTGTAATGAACAAGAGC 2684
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 CAGCCGATAGAGAAAGGCAAGTACATTGTTAGAGAGATCAAGCTTGTAATGAACAAGAGC 2699
Query 2685 GACGATGAATTCTACGGACTGAGAGATAAGATGGATCGTTCGTTAAGAGACGCCGGAGCT 2744
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2700 GACGATGACTTCTACGGACTGAGAGATAAGATGGATCGTTCGTTAAGAGACGTCGGAACT 2759
Query 2745 CTGCCAGAACTCGGCCGGTATATGGAACTAGCCCTGAAATGCGTAGATGAGACGGC-GTC 2803
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2760 CTGCCAGAGCTCGGCCGGTATATGGAACTAGCCCTGAAATGCGTAGATGAGACGGCAGA- 2818
Query 2804 TCAGAGGCCAACGATGAGCGAAGTGGTTAAGGAGATTGAGATTATCATCCAGAATAGTGG 2863
| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 TGAGAGGCCAACGATGAGTGAAGTGGTCAAGGAGATTGAGATTATCATCCAGAATAGTGG 2878
Query 2864 GACGAGTAGTAGCTCCTCTGCATCTGCGTCGTCTTCGGCTATAGATTTTGGAGAGAAGCT 2923
| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 2879 GGCGAGTAGTAGCTCCTCTGCATCTGCGTCGTCATCCGCTACAGATTTTGGTGAGAAGCT 2938
Query 2924 TTTGTACGGAGGTAGTTTGAGGAAGAAAGAAGCAGGAGACGGAGATGGAGGCGGAGCGTT 2983
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 TTTGTACGGAGGTACTTTGAAGAAGAAAGAAGCAAGAGACGGAGATGGAGGCGGAGCGTT 2998
Query 2984 TGATTATAGTGGTGGCTACTCTGTTCCGACCAAAATTGAGCCCAAGTAA 3032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 TGATTATAGTGGTGGCTACTCTGTTCCGACCAAAATTGAGCCCAAGTAA 3047
> AT1G51880.1 | Symbols: RHS6 | root hair specific 6 | chr1:19270193-19274068
REVERSE LENGTH=2643
Length=2643
Score = 60.2 bits (32), Expect = 1e-07
Identities = 53/63 (84%), Gaps = 2/63 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2535 GACCCAGAGTACTACACAACACAGAAACTGA-CAGAGAAGAGTGATGTGTACAGCTTCGG 2593
||||| |||||||||| |||| | || | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2227 GACCCTGAGTACTACAGAACAAACTGGCTAAGC-GAGAAGAGTGATGTGTACAGCTTCGG 2285
Query 2594 TGT 2596
|||
Sbjct 2286 TGT 2288
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150751663715
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5