BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477227
Length=3123
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G80260.1 | Symbols: emb1427 | Spc97 / Spc98 family of spindl... 4813 0.0
AT1G20570.1 | Symbols: | Spc97 / Spc98 family of spindle pole ... 3205 0.0
AT4G12917.1 | Symbols: | other RNA | chr4:7563157-7563847 REVE... 132 2e-29
> AT1G80260.1 | Symbols: emb1427 | Spc97 / Spc98 family of spindle
pole body (SBP) component | chr1:30175785-30180681 FORWARD
LENGTH=3297
Length=3297
Score = 4813 bits (2606), Expect = 0.0
Identities = 2847/2963 (96%), Gaps = 18/2963 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 CACTCAGAACTGGCCCTTCCCTCAGTGAGCGTGACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTC-- 172
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 CACTCAGAACTGGCTCTTCCCTCAGTGAGCGTAACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTCTA 268
Query 173 -T---A---TTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGGACAAACT 225
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 TTACAAGCTTTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGGACAAACT 328
Query 226 TTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCCCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCACGTCCTT 285
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 329 TTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCTCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCATGTTCTT 388
Query 286 CTCGCTGGATTCTTGTATGCCGCTACTTGTTTGAAGCTCGTGGAGTCTATCGTTGCTGCC 345
|||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 389 CTCGCTGGGTTCCTGTATCCCGCTACATGTTTGAAACTCGTTGAGTCTATCGTTGCTGCC 448
Query 346 ATTAATACCTCTCTCAGCTCTCCTCCTACCTTAATGGCGTTCTCTGACTCTGTCTCCGCA 405
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 449 ATTAATACCTCTCTTAGGTCTCCTCCTACCTTAATGGCATTCTCTGACTCTGTCTCCGCA 508
Query 406 TGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCAACAATTCTGAT 465
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 509 TGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCGACAATTCTGAT 568
Query 466 ATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTGACAAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGT 525
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 ATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTAACCAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGT 628
Query 526 GCTGAATATCTCTTACAAGTTGTACATGCG-GCGATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAG 584
|||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 GCTGAATATCTCTTACAAGTTGTACATG-GTGCCATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAA 687
Query 585 TTCAACTATTTCCGCTGCTGAAATTGCTTTCCATGTTCTTGATTACCTTTACAAGAAGCT 644
|| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 688 CTCTACGATTTCCGCTGCTGAGATTGCTGTCCATGTTCTTGATTATCTTTACAAGAAGCT 747
Query 645 GGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAAT 704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 TGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAAT 807
Query 705 GTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGCTTGTTTGAGGGAAC 764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 808 GTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGGTTGTTTGAGGGAAC 867
Query 765 ACTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTAACGA 824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 868 TCTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTGACGA 927
Query 825 TGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACCCAAAATCAAATGT 884
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 928 TGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACTCAAAATCAAATGT 987
Query 885 AACTTCCCTAAATGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCGTCTTTAGTTTC 944
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 988 AACTTCACTAAACGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCATCTTTAGCTTC 1047
Query 945 TGACAAAGACAAAGAGCAGAATACTGGGGTGTTATGTCCATTGTTCATTAAAGACATCTG 1004
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1048 TGACAAAGACAAAGAGCAAAATACTCGGGTGTTATGTCCCTTATTCATTAAAGACATCTG 1107
Query 1005 TAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCATATTCCTTCCACGTC 1064
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 TAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTAATGCAGCATATTCCTTCCACGTC 1167
Query 1065 TTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGAGCGAAATGGTTTTGGGAATTCTGGCTG 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || |
Sbjct 1168 TTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGGGCGAAATGGTTATGGGAAATCTAGC-G 1226
Query 1125 -TGGTAGACTCCTGGCTAAAAAGAGTAGCTTTAGTAGCACTGCAGACTTATCCTTGTCTG 1183
|||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1227 TTGGTAGTCTCCTGACTAAAATGAGCAGCTGTAGTAGCACTGCGGACTTATCCTTGTCTG 1286
Query 1184 AAGTCTTTTGTTTGACACTCGCCGGCTTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAGATATC 1243
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 AAGTCTTTTGTTTGACACTCGCCGGCCTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAGATATC 1346
Query 1244 TGTGGAAAGATGAGGCGGACAAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATATAAGTG 1303
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 TGTGGAAAGATGAGGCGGATGAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATATAAGTG 1406
Query 1304 GAGAGCTTGTGAATGGCATGGATGATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTCAGAGCGAA 1363
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 GAGAGCTTGTGAATGACATGGATAATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTCAGAGCGAA 1466
Query 1364 TGTGGTATAAGTTGTTGGTTGATGCTCTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGCCAAATCAG 1423
||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 TGTGGTATAAGTTGTTGGTCGGTGCTGTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGCCAAATCAG 1526
Query 1424 AACTCCAGAATGCATGTTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAATAGTGGTCTCACTGCCC 1483
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 AACTCCAGAGTGCATGCTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAATAGTGGTCTCACTGCCC 1586
Query 1484 AAAAGGCGTTGCAGGGGTTGTTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTGTCAGTATCTAAAATGG 1543
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1587 AAAAGGCGTTGCAGGGGTTATTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTTTCAGTATCTAAAATGG 1646
Query 1544 ATCTTGAGAGGAATAAAAATACTTGGAATGTCTTGAACTTGTCACAAAACTATTGTCTAC 1603
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1647 ATCTTGAGAGGAATAGAAATGCTTGGAATGTCTTGAACTTGTCGCAAAACTATTGTCTAC 1706
Query 1604 CCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGGCGTGGCAGATG 1663
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1707 CCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGGCATGGCAGATG 1766
Query 1664 CTGGATTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGTTTCCAGTTTGGTAGATCTGAATATCTTT 1723
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1767 CTGGACTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGATTCCAATTTGGTAGATCTGAATATATTT 1826
Query 1724 CTTCTCAGGATGACACCAGAA--TTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCTACTTTGCTTCC 1781
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1827 CTTCTCAGGATGACA-CA-AACCTTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCCACTTTGCTTCC 1884
Query 1782 GTCATTACAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCAAAAGAATAGTACACT 1841
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 GTCATTCCAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCAAAAGAATAGTACACT 1944
Query 1842 TCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATACTCGACTTCCCGT 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 TCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATACTCGACTTCCCGT 2004
Query 1902 TGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATCAGGAGGCAGGTGGACTACATTGGCAA 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 TGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATAAGGAGGCAGGTGGACTACATTGGCAA 2064
Query 1962 AGTGATTTTGTCAAAACTTATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACTTTCTGTATTGCG 2021
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2065 AGTGATTTTGTCAAAACTAATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACTTGCTGTATTGCG 2124
Query 2022 TGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGACTGTCATTTTCGA 2081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 CGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGACTGTCATTTTCGA 2184
Query 2082 TAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACATAATACTTCAGGA 2141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 TAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACATAATACTTCAGGA 2244
Query 2142 ATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTTTTAAGCAGTCCTGATTCATTGGTGGTATC 2201
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 ATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTGTTAAGCAGTCCTGATTCATTGGTGGTATC 2304
Query 2202 TATATCCAGAGAAGACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAAC 2261
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 TATTTCCAGAGAAGACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAAC 2364
Query 2262 TCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATA 2321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 TCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATA 2424
Query 2322 CAAGGTGCCATGGCCGCTTGAGCTTATTGCCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCA 2381
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 CAAGGTGCCATGGCCACTTGAGCTTATTGCCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCA 2484
Query 2382 GGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAG 2441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 GGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAG 2544
Query 2442 GTGGATGTGGAAGGGCAAAGGCTCTGCAACAAAAATTCGCAAGCACCACTGGTTACTGGA 2501
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2545 GTGGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCGCAAGCACCACTGGTTACTAGA 2604
Query 2502 ACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCA 2561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 ACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCA 2664
Query 2562 CACTGCGTGGCGTGAACTGTGCGAGGCGATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCAT 2621
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CACTGCGTGGCGTGAACTGTGTGAAGCGATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCAT 2724
Query 2622 ATATGTACATGAGACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAA 2681
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2725 ATATGTACATGAAACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAA 2784
Query 2682 GCTGTGGGCAATCATTGCAAGTCGGATCAACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTA 2741
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 GCTGTGGGCAATCATCGCAAGTCGGATCAACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTA 2844
Query 2742 CTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGTGA 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2845 CTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGCGA 2904
Query 2802 AATGGAAATAGACCGCATCGAGAAACAATTTGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTCAGAGT 2861
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2905 AATGGAAATAGACCGTATAGAGAAACAATTTGAGGACTGTATTGCTTTCCTTCTCAGAGT 2964
Query 2862 ATTATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAAT 2921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 ATTATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAAT 3024
Query 2922 CAATTACAATTATCACTACATGTCAGACACTGGAAGCTTGATGACTAGTGCTGGAGCAGA 2981
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 3025 CAATTACAATTATCACTACATGTCAGATACTGGAAGCTTGATGACTACTTCTGGAGCAGA 3084
Query 2982 GACCAACTCATCCAGACCCAAGACTGCCAAATCTGATGTATGAATGGACCGGGAATTTAT 3041
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3085 GACCAACTCATCCAGACCTTGGACTGCCAAATCTGATGTATGAATGGACCGGGAAATTAT 3144
Query 3042 CGGAAATGTTGGATCGTCGCAAC 3064
|| || |||||||| ||||||||
Sbjct 3145 CGCAA-TGTTGGATTGTCGCAAC 3166
> AT1G20570.1 | Symbols: | Spc97 / Spc98 family of spindle pole
body (SBP) component | chr1:7122018-7126559 REVERSE LENGTH=2931
Length=2931
Score = 3205 bits (1735), Expect = 0.0
Identities = 2529/2898 (87%), Gaps = 111/2898 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 CACTCAGAACTGGC-CCTTCCCTCAGTGAGCGTGACTGAATTGGATCTGGTGAGAGG--T 171
||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |
Sbjct 85 CACTCAGAACTAGCTCC-TCCTTCAGTGAGCGTGAATGAATCCCATCTGGTGAAAGGTCT 143
Query 172 C-T---A---TTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACC-AAACTGG-ACAA 222
| | | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||
Sbjct 144 CTTACAAGCTTTGCAAGGTTTCTCTAGTCCCTTCATTTTCTGGGACCGAAA--GGAACAA 201
Query 223 ACTTTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCCCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCACGTC 282
||||||||||| |||||| | ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 202 ACTTTCCGCGCTAAAAGTGAGATACGAGTTTCTCATTTGTCTCAGTCAAGCCTTCATGTC 261
Query 283 CTTCTCGCTGGATTCTTGTATGCCGCTACTTGTTTGAAGCTCGTGGAGTCTATCGTT-GC 341
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |
Sbjct 262 CTTCTCGCTGGATTTTTGTATGCTGCTACATGTTTGAAGCTTGTGGAGTCTATTGTTAG- 320
Query 342 TGCCATTAATACCTCTCTCAGCTCTCCTCCTACCTTAATGGCGTTCTCTG-ACTCTGTCT 400
|| |||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| || || | |||||| ||
Sbjct 321 TGGAATTAATGCCTCTCTTAAATCTCCTCCTACTTTAATGGCATTTTC-GAACTCTGCCT 379
Query 401 CCGCATGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCAACAATT 460
| | ||||||||| | || | ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||
Sbjct 380 CTGGTTGGCTTGAG-G---CA-A-ATATTGCTTTGAATGAGGAAGTGAAGATCAACGATT 433
Query 461 CTGATATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTGACAAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTT 520
|| || || ||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 434 CTAATGTTGCTGTTACTCCAACTCTTTTGGGATTAACTAGTTCTTTATCTAGTCTGTGTT 493
Query 521 CAGGTGCTGAATATCTCTTACAAGTTGTAC-ATGCG-GCGATCCCTCATACGTTTTTTGA 578
||| ||||||||| || || |||||||||| | | | |||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 494 CAGATGCTGAATACCTTTTCCAAGTTGTACGA-G-GTGCGATCCCTCATGCGTATTTTGA 551
Query 579 TTCAAGTTCAACTATTTCCGCTGCTGAAATTGCTTTCCATGTTCTTGATTACCTTTACAA 638
|| ||||| ||||||| | |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||
Sbjct 552 GTCGAGTTCGGCTATTTCAACAGCTGAAATTGCTGTGCACGTTCTTGATTACCTTTACAA 611
Query 639 GAAGCTGGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGA-------G--GTGGAAGGATTTCA 689
|| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 612 GAGGCTAGATGAAGTATGTCTTGTACAAGGTGGTGAGCTTGTGGCCGTGGAAGGATTTCA 671
Query 690 CATGCTGTTGCAAATGTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATG 749
|||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 672 CATGTTATTGCAAATCTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATGTAGAGAGTTTGGATTCATG 731
Query 750 CTTGTTTGAGGGAACACTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATC 809
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 732 GTTGTTTGAGGGAACTCTTGATGATCCTTTTGAAGAGTTGTTCTTTACAGCCAACCAATC 791
Query 810 GGTCTCCGTTAACGATGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAA 869
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 792 GGTCTCGGTTAGCGATGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCTGTTGACGAGGGTGCTGGG 851
Query 870 CCCAAAATCAAATGTAACTTCCCTAAATGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAA 929
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||
Sbjct 852 TCCAAAATCAAATGTAACTTCGCTAAATCAAAAGAAAGGGATGAGTGGAAATGACTCCAA 911
Query 930 CTCGTCTTTAGTTTCTGACAAAGACAAAGAGCAGAATACTGGGGTGTTATGTCCATTGTT 989
| || ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||| ||||
Sbjct 912 -T--TC---AGTTTCTGACAAAGACAAAGAGCAGAACAATCGGGTGTTATGCCCACTGTT 965
Query 990 CATTAAAGACATCTGTAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCA 1049
||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 CATAAAAGACATATGTAAGTCGATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCA 1025
Query 1050 TATTCCTTCCACGTCTTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGAGCGAAATGGTTT 1109
||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1026 TATTCCTTCTACGTCTTCAGAAAATTGTGAAAAGATTCAGTACCATGGGCGAAATGGTTT 1085
Query 1110 TGGGAATTCTGGCTGTGGTAGACTCCTGGCTAAAAAGAGTAGCTTTAGTAGCACTGCAGA 1169
|||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1086 TGGGAATTCTGGCTGTGGCATACTCCTGGCTGGAAAGAATAGCTTTAGAAGCATTGCAGA 1145
Query 1170 CTTATCCTTGTCTGAAGTCTTTTGTTTGA-CACTCGCCGGCTTTATAGGCCATGGTGATC 1228
|||||||||||||||| | || ||| | | |||| || ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1146 CTTATCCTTGTCTGAAATATTCTGTCT-ATCACTTGCTGGCCTCATAGGCCATGGTGATC 1204
Query 1229 ATGTCTCTAGATATCTGTGGAAAGATGAGGCGGACAAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAG 1288
|||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1205 ATGTATCTAGATATCTGTGGAAAGATGAGACAGATGAGTGGGAGATTTCTCCTACTTTAG 1264
Query 1289 CATCATATATAAGTGG-AGAGCTTGTGAATGGCATGGATGATAAAGATCTTCCAGTTCTC 1347
|||||||||||||||| | |||| |||||||||| | | | || | | |||||
Sbjct 1265 CATCATATATAAGTGGTA-AGCTAGTGAATGGCA--CA-GGT---GA---T-C--TTCTC 1311
Query 1348 ACATGCTCAGAGCGAATGTGGTATAAGTTGTTGGTTGATGCTCTGCAAGAGAAAAGAGCT 1407
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||
Sbjct 1312 ACATACTCAGAGCGAATGTGGTATAAGTTGTTGGTTGGTGCTGTGCAAGAGAAAAAATCT 1371
Query 1408 ATGGAGGCCAAATCAGAACTCCAGAATGCATGTTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAAT 1467
|| || ||||||||||||||||||| | |||||| || ||| ||||||| || | |||
Sbjct 1372 ATAGAAGCCAAATCAGAACTCCAGAGTCCATGTTGTGTTACTTGTGTTAAAGAAGAAAAA 1431
Query 1468 AGTGGTCTCACTGCCCAAAAGGCGTTGCAGGGGTTGTTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTG 1527
| || |||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1432 AATGTTCTCGCTGCCGAAAAGGTGTTGCAGGGGTTGTTTTGTCATGAAAACCTTGTTGTT 1491
Query 1528 TCAGTATCTAAAATGGATCTTGAGAGGAATAAAAATACTTGGAATGTCTTGAACTTGTCA 1587
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1492 TCAGCATCTAAAATGGATCTTGAGAGGAATAAAAATGCCTGGCATGTCTTGAACTTATCA 1551
Query 1588 CAAAACTATTGTCTACCCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAA 1647
| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1552 GAGAACTATTGTCTACCCTCTCTAAATGATAAGAGTTTGTTGAGTGCTGTTTTTGAGGGA 1611
Query 1648 TCTGGCGTGGCAGATGCTGGATTGAGT-GGAACAAACTACAAATTTGGTTTCCAGTTTGG 1706
|||||||| || | | ||| || |||||||||||||||| ||| ||||| || ||
Sbjct 1612 TCTGGCGTTGC--A-CCAAAATT-TGTCGGAACAAACTACAAATATGGATTCCAATTCGG 1667
Query 1707 TAGATCTGAATATCTTTCTTCTCAGGATGACACCAGAATTCTAGAAACATTATTTCCCTT 1766
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1668 TAGATCTGAATATCTTTCTTCTCAAGATGACACCAAAATTCTAGAAACGTTATTTCCTTT 1727
Query 1767 TCCTACTTTGCTTCCGTCATTACAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCA 1826
|||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1728 TCCTACATTGCTGCCGTCATTCCAGTCGAAGCTCCATATGTCAGAATTCCTACCTTACCA 1787
Query 1827 AAAGAATAGTACACTTCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGG-CAGAGCCAATGG 1885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||| ||
Sbjct 1788 AAAGAATAGTACACTTCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGATACT-TAGGACAGAGCCAA-GG 1845
Query 1886 -ATACTCGACTTCCCGTTGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATCAGGAGGCAG 1944
|||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1846 AATACTCTACTTCCTGTTGTAATAATGCAAGAATGCTTCACAATCAACATCAGGAGGCAG 1905
Query 1945 GTGGACTACATTGGCAAAGTGATTTTGTCAAAACTTATGAATGACTGGAAATTGATGCAC 2004
|||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1906 GTGGACAACATTAGCAAAGTGATTTTTTCAAAACTAATGAATGAATGGAAATTGATGCAC 1965
Query 2005 GAACTTTCTGTATTGCGTGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTT 2064
|||||| | || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1966 GAACTTGCGGTGTTGCGTGCCATTTATTTGTTAGGTTCAGGGGACCTTCTGCAGCATTTT 2025
Query 2065 CTGACTGTCAT-TTTCGATAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTT 2123
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 TTGACTGTCATATTT-GATAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTT 2084
Query 2124 GAACATAATAC-TTCAGGAATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTT-TTAAGCAGT 2181
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 2085 GAACATAAT-CATTCAGGAATCAATTAGAAATTCAGCTGATACCATG-TTGTTAAGCAGT 2142
Query 2182 CCTGATTCATTGGTGGTATCTATATCCAGAGAA---------GACAGAGACAAAGATGAT 2232
|||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2143 CCTGATGCATTGGTGGTATCTATTTCCAGTGAAGGGTGTTTGGACAGAGACAAAGATGAC 2202
Query 2233 AAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAACTCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTT-TG-GAA 2290
||||| ||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| || || | |
Sbjct 2203 AAGGGCGACGTAAAATCCCTTTCTTCACCTCGTGAAAGCAGCGTTAACA-ATTATGCG-A 2260
Query 2291 TAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATACAAGGTGCCATGGCCGCTTGAGCTTATTG 2350
||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2261 TAGATTGCCTTGAATCTCTCAAATTCACATACAAGGTGCCGTGGCCGCTTGAGCTTATTG 2320
Query 2351 CCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCAGGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGC 2410
| || || |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2321 CGAACAGCGAGGCCATTAAGAAGTATAACC---------------------AGGTCAAGC 2359
Query 2411 GAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAGGTGGATGTGGAAGGGCAAAGGCTCTGCAA 2470
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2360 GAGCAAAATATGTGCTTGATAAGGCACGAAGGTTGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAA 2419
Query 2471 CAAAAATTCGCAAGCACCACTGGTTACTGGAACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTT 2530
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2420 CAAAAATCCGCAAGCACCACTGTTTACTGGAACAAAAGCTCCTCAATTTTGTGGATGCTT 2479
Query 2531 TTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCACACTGCGTGGCGTGAACTGTGCGAGGCGA 2590
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |
Sbjct 2480 TTCATCAATACGTAATGGATAGGGTATATCACACTGCTTGGCGTGAGCTGTGCGAAGCTA 2539
Query 2591 TGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCATATATGTACATGAGACCTACTTGTTATCGA 2650
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2540 TGGTAAAAGCAGGGTCTCTAGATGAGGTCATAGATGTACACGAGACGTACTTGTTATCGA 2599
Query 2651 TTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGGGCAATCATTGCAAGTCGGATCA 2710
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2600 TTCAGAGGCAATGTTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGGGCAATCATCGCAAGTCGGATCA 2659
Query 2711 ACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTACTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTG 2770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2660 ACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTACTCAATACAACAGACGCTGAGCAGCGGTG 2719
Query 2771 GAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGTGAAATGGAAATAGACCGCATCGAGAAACAAT 2830
||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2720 GAGCAGTTTCAGCTATCAAGGCTAGATGGGAGATGGAGATAGACCGCATCGAGAAACAAT 2779
Query 2831 TTGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTCAGAGTATT-ATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACAC 2889
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2780 TCGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTTAGAGTATTGA-CTTCGAAGAAGAATGTGGGACAC 2838
Query 2890 TTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAATCAATTACAATTATCACTACATGTCAGAC 2949
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2839 TTCCCTCATCTGGCTGATTTGGTGACCAGAATCAATTACAATTATCACTACATGTCTGAC 2898
Query 2950 ACTGGAAGCTTGATGACT 2967
|||||||||| |||||||
Sbjct 2899 ACTGGAAGCTCGATGACT 2916
> AT4G12917.1 | Symbols: | other RNA | chr4:7563157-7563847 REVERSE
LENGTH=553
Length=553
Score = 132 bits (71), Expect = 2e-29
Identities = 75/77 (97%), Gaps = 0/77 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 673 GAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAATGTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATA 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 333 GAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAATGTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATA 392
Query 733 GAGGGTTTGGATTCATG 749
||||||| | |||||||
Sbjct 393 GAGGGTTCGTATTCATG 409
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155316855528
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5