BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477411
Length=2697
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G01180.1 | Symbols: AtSS2, SS2 | starch synthase 2 | chr3:62... 3559 0.0
> AT3G01180.1 | Symbols: AtSS2, SS2 | starch synthase 2 | chr3:62245-65845
REVERSE LENGTH=2757
Length=2757
Score = 3559 bits (1927), Expect = 0.0
Identities = 2408/2625 (92%), Gaps = 93/2625 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 GTAAATGGCATCAGTTGCCGAGAGCTCTTTTCCTCTTCTGTGTCAAATCAAGACTCAGCG 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 164 GTAAATGGCATCAGTTGCCGAGAGCTCTTTTCCTCTTCTCTGTCAAATCAAGACTCAGCG 223
Query 178 TCGCGTCGTCACTTCGTCTACGCTGAGGAATTCGAGTCTTGTCCGAGTTTCTTACCCTGA 237
| || | ||| ||| |||||||||||| | | || ||| |||||||||| |||
Sbjct 224 T--CG-CATCAATTCCTCTACGCTGAGG----C-A---TT-CCCGTGTTTCTTACCATGA 271
Query 238 ATTGCCTTCTGGGTCGCTCTCATTTCGTTGTCGGAGCTTTGTT-TACGGACATCGATGGA 296
||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 272 TTTGCCTTCTGGCTCGCTGTCTTTTCGTTCTCGGAGCTTTGTTCT-GGGACATCGATGCA 330
Query 297 AGTGTGCGAGGCGCGTGGAGGCTACGGGCTCAGATTCTTCTGAATCTGCGAGTGGAGGAG 356
|||||| ||| ||||| |||||| | ||||| | | | ||| | |
Sbjct 331 AGTGTGTGAGCCGCGTCGAGGCTTCCGGCTC--A-------G-A----CGA-T------G 369
Query 357 ATGAGCCAGAGGATGCCCTTCAGGCTACCATTGAGAAGAGCAAGAAGGTTCTTGCTATGC 416
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 ATGAGCCAGAGGATGCGCTTCAGGCTACCATTGACAAGAGCAAGAAGGTTCTTGCTATGC 429
Query 417 AAAGGAACCTTCTTCAGCAGATTGCTGAAAGGAGGAAGCTGGTCTCATCTATTAAAGAGA 476
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 AAAGGAACCTTCTTCACCAGATTGCTGAAAGGAGGAAGCTGGTCTCATCTATTAAAGAGA 489
Query 477 GCACACCTAACTTGGATGATGGAAAAGATTCTTCCAAAGAAGAGTATGGTTCTTCTGTGA 536
|||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||
Sbjct 490 GCACACCTGACTTGGATGATGCAAAAGCTTCTTCCAAACAAGAGTCTGCTTCTTCTGTGA 549
Query 537 ATGCAAATACTGATGCAACTAAAAAAGAAAAGATGGATGGAGATGTAAACCGTAGTGTTA 596
|||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 550 ATGCTAATACTGATGCTACTAAAAAAGAAATTATGGATGGAGATGCAAACGGTAGTGTTA 609
Query 597 GCCCAAGCAGTTATGGCAAGTCACCTTTAAACAAAGAACCAGAAGCTAAGAGTTTTTCTC 656
| ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 610 GTCCAAGCACTTATGGCAAGTCATCTTTAAGTAAAGAACCAGAAGCTAAGACTTTCTCTC 669
Query 657 CCAGTACTGAATCCCTGAATAAAAGCAAACAAAGCTCAG---C---G---------T--- 698
|||||||||||||| |||| || ||||||||||||| | | | |
Sbjct 670 CCAGTACTGAATCCTTGAAGAACCGCAAACAAAGCTCGGCCTCTGTGATATCTTCTTCCC 729
Query 699 CTGTGACCTCTCCTCAGAAACCATCCGATGTAGCCGCGAATGGGAAGCCTTGGTCTAGCG 758
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 CTGTAACCTCTCCTCAGAAACCATCCGATGTAGCCACTAATGGGAAGCCTTGGTCTAGCG 789
Query 759 TAGTAGCCTCCAGTCTAGATCCTCCTTACAAACCATCTTCTGTTGTAACCTCTCCTGAGA 818
||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| || |||||| | |||||||||||||
Sbjct 790 TAGTAGCGTCTAGTGTAGATCCTCCTTATAAACCTTCATCTGTTATGACCTCTCCTGAGA 849
Query 819 AAACTTC---TCCTG--A----------AAAGCCAAGTCAATCTCGCGCTGGTGCATTTT 863
||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 850 AAACTTCTGATCCTGTAACTTCTCCTGGAAAGCCAAGTAAATCTCGCGCTGGTGCATTTT 909
Query 864 GGTCAGACCCACTACCGTCTTACCTGACTAAAGCTCCTGAAACATCAAGTATGAGGACAG 923
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||
Sbjct 910 GGTCAGATCCACTACCGTCTTATCTGACTAAAGCTCCTCAAACATCAACTATGAAGACAG 969
Query 924 AGGAGTACGTGGAAACAAGAGAGGAAAAAACACCTGAAGTAGCTAGTAGTGAAACTAACG 983
| || | || || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 A-GA--A-GT----AC----GTGGAAAAAACACCTGACGTAGCTAGTAGTGAAACTAACG 1017
Query 984 AACCTGAG-AAGGATGAAGAGAAGCCGCCTCCACTGGCTGGAGCAAATGTCATGAATGTG 1042
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AACCTG-GCAAGGATGAAGAGAAGCCGCCTCCACTGGCTGGAGCAAATGTCATGAATGTG 1076
Query 1043 ATATTGGTAGCAGCAGAATGTGCTCCATTTTCGAAAACAGGTGGCCTTGGAGATGTAGCT 1102
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ATATTGGTAGCAGCAGAGTGTGCTCCATTTTCGAAAACAGGTGGCCTTGGAGATGTAGCT 1136
Query 1103 GGTGCTTTGCCAAAGGCTTTGGCTCGGCGTGGACATAGGGTTATGGTTGTGGTTCCTCGA 1162
|||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GGTGCTTTACCAAAGTCTTTGGCTAGGCGTGGACACAGGGTTATGGTTGTGGTTCCTCGG 1196
Query 1163 TATGCCGAGTATGCCGAAGCCAAAGATTTAGGGGTACGGAAGAGATATAAGGTGGCTGGG 1222
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1197 TATGCCGAGTATGCTGAAGCCAAAGATTTAGGGGTACGGAAGAGATATAAGGTGGCCGGG 1256
Query 1223 CAGGATATGGAAGTAATGTACTTCCATGCATATATAGATGGTGTGGATTTTGTTTTCATT 1282
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CAGGATATGGAAGTAATGTACTTCCATGCATTTATAGATGGTGTGGATTTTGTTTTCATT 1316
Query 1283 GATAGCCCAGTATTCCGGCATCTGAGTAATAACATTTACGGTGGAAACCGACTTGATATC 1342
|||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GATAGCCCTGAATTTCGGCATCTGAGTAATAACATTTATGGTGGAAACCGACTTGATATC 1376
Query 1343 TTGAAGCGGATGGTTTTATTTTGCAAGGCTGCTGTTGAGGTTCCGTGGTATGTTCCTTGT 1402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TTGAAGCGGATGGTTTTATTTTGCAAGGCTGCTGTTGAGGTTCCGTGGTATGTTCCTTGT 1436
Query 1403 GGAGGTGTGTGTTATGGTGATGGAAATTTGGCTTTTATAGCAAATGATTGGCACACTGCG 1462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GGAGGTGTGTGTTATGGTGATGGAAATTTGGCTTTTATAGCAAATGATTGGCACACTGCG 1496
Query 1463 TTACTACCAGTTTACCTGAAAGCCTATTACCGAGATCACGGAATAATGAAATACACACGA 1522
|||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TTACTACCGGTGTACCTGAAGGCCTATTACCGGGATCACGGAATAATGAAATACACACGA 1556
Query 1523 TCTGTTCTTGTAATTCATAACATTGCTCATCAGGGTCGAGGACCGGTAGATGATTTCTCC 1582
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TCTGTTCTTGTAATTCATAACATTGCTCATCAGGGGCGGGGACCGGTAGATGATTTCTCC 1616
Query 1583 TACGTGGATTTACCGAACCATTACTTGGATAGCTTCAAGTTATATGACCCGGTAGGTGGT 1642
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1617 TACGTGGATTTACCGAGCCATTACTTGGATAGCTTCAAGTTATATGACCCAGTAGGAGGT 1676
Query 1643 GAGCACTTCAACATCTTCGCAGCTGGTCTAAAAGCTGCGGATAGAGTTCTCACTGTTAGC 1702
||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 GAGCACTTCAATATTTTTGCAGCTGGTCTAAAAGCTGCGGATAGAGTTCTCACTGTTAGC 1736
Query 1703 CATGGATATTCCTGGGAGGTTAAGACCTTAGAAGGAGGTTGGGGTCTGCATAACATCATA 1762
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CATGGATACTCCTGGGAGGTTAAGACCTTAGAAGGAGGTTGGGGTCTGCATAACATCATA 1796
Query 1763 AATGAAAACGACTGGAAATTTAGAGGAATTGTGAACGGTATTGATACACAAGAATGGAAC 1822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AATGAAAACGACTGGAAATTTAGAGGAATTGTGAACGGTATCGATACACAAGAATGGAAC 1856
Query 1823 CCAAAATATGATACTTTCTTGCACTCTGATGATTATACCAACTATTCCTTGGAGAATCTT 1882
||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CCAGAATTTGATACTTACTTGCACTCTGATGATTATACCAACTATTCCTTGGAGAATCTT 1916
Query 1883 CACATTGGTAAACCCCAATGTAAAGCTGCATTACAGAAAGAGCTCGGTTTACCTATTCGG 1942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1917 CACATTGGTAAACCCCAATGTAAAGCTGCATTACAGAAAGAGCTCGGTTTGCCTGTTCGG 1976
Query 1943 CCTGATGTTCCCCTGATCGGTTTTATTGGAAGATTGGATCACCAGAAAGGTGTTGATTTG 2002
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCTGATGTTCCGCTGATCGGTTTTATTGGAAGATTGGATCACCAGAAAGGTGTTGATTTG 2036
Query 2003 ATAGCTGAGGCGGTTCCATGGATGATGAGTCAGGATGTTCAGCTGGTTATGTTAGGCTCA 2062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2037 ATAGCTGAGGCGGTTCCATGGATGATGAGTCAGGATGTTCAGCTGGTTATGTTAGGCACA 2096
Query 2063 GGGCGACCGGATCTTGAAGAGGTCCTCAGACAAATGGAGCATCAATACCGAGATAAAGCA 2122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2097 GGGCGACCGGATCTTGAAGAGGTCCTCAGACAAATGGAGCATCAATATCGAGATAAAGCA 2156
Query 2123 CGGGGATGGGTTGGGTTCTCAGTGAAAACAGCACACAGAATAACAGCTGGTGCAGACATA 2182
|||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CGGGGATGGGTTGGATTCTCGGTTAAAACAGCACACAGAATAACAGCTGGTGCAGACATA 2216
Query 2183 TTGCTGATGCCTTCGAGATTTGAGCCGTGCGGTCTGAACCAGCTTTACGCAATGAACTAC 2242
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TTGCTGATGCCTTCTAGATTTGAGCCGTGTGGTCTAAACCAGCTTTACGCAATGAACTAT 2276
Query 2243 GGAACCATTCCAGTGGTCCATGCTGTGGGAGGATTGAGGGATACAGTTCAACAGTTTGAC 2302
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2277 GGAACCATTCCGGTGGTCCATGCCGTGGGAGGATTGAGGGATACAGTTCAACAATTTGAT 2336
Query 2303 CCCTATAGTGAAACGGGTCTTGGTTGGACATTTGATAGCGCAGAAGCAGGTAAGTTGATT 2362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CCCTATAGTGAAACGGGTCTTGGTTGGACATTTGATAGCGCGGAAGCAGGTAAGTTGATT 2396
Query 2363 CATGCCTTAGGAAACTGTTTGTTGACATATAGAGAGTATAAGGAGAGTTGGGAAGGGCTT 2422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CATGCCTTAGGAAACTGTTTGTTGACATATAGAGAGTATAAGGAGAGTTGGGAAGGGCTT 2456
Query 2423 CAGAGAAGAGGAATGACACAAGATTTGAGCTGGGATAATGCTGCAGAGAAGTACGAAGAA 2482
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 CAGAGAAGAGGAATGACACAGGATTTGAGTTGGGATAATGCTGCAGAGAAGTACGAAGAA 2516
Query 2483 GTTCTTGTTGCTGCTAAGTATCATTGGTGAAGTTCC-t-----tt---ttttttACTGTC 2533
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||
Sbjct 2517 GTTCTTGTTGCTGCTAAGTATCATTGGTGA-GTTAAATAAAAGTTACCTTTTTTACTGTC 2575
Query 2534 TATAAAGAACCTGTCTTTGGAATTGTTAAGAAGCTTAGTTGTGTAGATTTGGTGATAAAA 2593
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 TATAAAGAACATGTCTTTGGAATTGTTAAGAAGCTTAGTTGTGTAGATTTGGTGATAAAG 2635
Query 2594 CTACATTGGAGCTTGGCAATTTCTCATGCCATTTAAGCTCCTTGTGGTAAAGGGTCAAGC 2653
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2636 CTACATTGGAGCTTGGCAAATTCTCATGCCATGTAAGCTCCTTGTGGTAAAGGATCAAGC 2695
Query 2654 TTGTTAATCTCTTGCTCTCTCTCTAT-AGTAATTCTAAAGTGATA 2697
||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||
Sbjct 2696 TTGTTAATCTCTTGCTCTCTCACTCTTAGTAATTTTAAAGTGATA 2740
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133945737810
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5