BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477487
Length=1756
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G02530.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein... 2848 0.0
AT5G16070.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein... 2060 0.0
> AT3G02530.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein
| chr3:528574-532582 REVERSE LENGTH=1965
Length=1965
Score = 2848 bits (1542), Expect = 0.0
Identities = 1606/1638 (98%), Gaps = 0/1638 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 CCAGTTTCTTTCGATCTCTCATCATCGAAAATGTCTGTGCGTGTTCTGAATCCTAATGCG 86
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 96 CCAGTTTCTTTTGATCTCTCAGCATCGAAAATGTCTGTGCGTGTACTGAATCCTAATGCT 155
Query 87 GAGGTGCTCAACAAATCGGCCGCGCTTCATATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTACAG 146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 156 GAGGTGCTCAACAAATCGGCCGCGCTTCATATGACCATCAACGCCGCTAAGGGTTTACAA 215
Query 147 GATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAGGGAACTATTAAGATGCTTGTTGGTGGTTCC 206
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 216 GATGTACTCAAGTCGAATCTCGGTCCTAAGGGAACTATCAAGATGCTTGTTGGTGGTTCC 275
Query 207 GGGGATATCAAGCTTACCAAGGATGGCAACACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAAT 266
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 GGAGATATCAAGCTTACCAAGGATGGCAACACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAAT 335
Query 267 CCAACAGCCATCATGATTGCCAGGACAGCTGTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGT 326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 336 CCAACAGCCATCATGATTGCCAGGACAGCTGTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGT 395
Query 327 ACTACTTCCACTGTCATCTTCATTGGTGAGCTTATGAAGCAGTCGGAGCGTTGCATCGAT 386
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 396 ACTACTTCTACTGTCATCTTCATTGGTGAGCTTATGAAACAGTCGGAGCGTTGCATCGAT 455
Query 387 GAAGGAATGCATCCACGAGTCTTAGTTGATGGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCTACTCTC 446
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 456 GAAGGAATGCATCCACGTGTCTTAGTTGATGGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCCACTCTC 515
Query 447 CAATTTCTCGACACTTTCAAGACACCTGTGGTTATGGGTGATGAGCCTGACAAAGAGATC 506
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 516 CAGTTTCTCGACACTTTCAAGACACCTGTGGTTATGGGTGATGAGCCTGATAAAGAGATT 575
Query 507 CTGAAAATGGTTGCCAGGACAACGCTAAGAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAA 566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 CTGAAAATGGTTGCCAGGACAACGCTAAGAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAA 635
Query 567 CTGACTGATATTGTTGTTAATTCGGTTCTCTGCATTCGGAAGCCTGAGGAACCTATTGAT 626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 636 CTGACTGATATTGTTGTTAATTCGGTTCTCTGCATTCGGAAGCCTCAGGAACCTATTGAT 695
Query 627 CTGTTTATGGTTGAGATTATGCACATGCGCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTT 686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 CTGTTTATGGTTGAGATTATGCACATGCGCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTT 755
Query 687 GAGGGGCTTGTTCTTGATCATGGTTCAAGACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAAT 746
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 GAGGGGCTTGTTCTTGATCATGGTTCGAGACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAAT 815
Query 747 TGTCACATCCTGACTTGCAATGTGTCATTAGAGTATGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGA 806
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 TGTCACATCCTGACTTGCAATGTGTCATTAGAGTACGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGA 875
Query 807 TTCTTCTACTCGAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCTGTT 866
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 876 TTCTTCTACTCGAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCCGTT 935
Query 867 GATGAAAGAGTTCAGAAAATTATTGAGCTGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAAC 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 GATGAAAGAGTTCAGAAAATTATTGAGCTGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAAC 995
Query 927 AGCTTTGTTGTCCTAAATCAAAAGGGTATTGATCCCCCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGA 986
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 AGCTTTGTTATCCTAAATCAAAAGGGTATTGATCCCCCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGA 1055
Query 987 GAAGGGATAATCGCCCTTAGAAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCA 1046
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 GAAGGGATAATCGCCCTTAGAAGGGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCA 1115
Query 1047 TGTGGTGGAGAAGCTGTGAACTCTGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTGGTTGGGCT 1106
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1116 TGTGGTGGAGAAGCTGTGAACTCTGTCGATGACTTGACCCCTGATTGTCTTGGTTGGGCT 1175
Query 1107 GGACTTGTATATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTCGAGCAAGTGAAG 1166
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1176 GGACTTGTATATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTTGAGCAAGTGAAG 1235
Query 1167 AATCCTCATTCATGTACTATCCTCATAAAAGGCCCTAACGACCACACTATTGCTCAAATT 1226
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 AATCCTCATTCATGTACTATCCTCATAAAAGGGCCTAATGACCACACTATTGCTCAAATT 1295
Query 1227 AAGGACGCTGTCCGTGATGGTTTAAGATCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTC 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 AAGGACGCTGTCCGTGATGGTTTAAGATCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTC 1355
Query 1287 GTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAG 1346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 GTATTAGGAGCTGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAG 1415
Query 1347 AAAACCGTTCAAGGGCGCGCTCAACTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTG 1406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 AAAACCGTTCAAGGGCGCGCTCAACTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTA 1475
Query 1407 GTGCCTAAGACACTTGCTGAAAATGCTGGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTA 1466
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 GTGCCTAAGACGCTTGCTGAAAATGCTGGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTA 1535
Query 1467 ACGAGTGAGCATGACAAAGGAAACGTCGTGGGACTAAACCTACAGGATGGAGAACCAGTC 1526
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1536 ACGAGTGAGCATGACAAAGGAAACATCGTGGGACTAGACCTACAGGATGGAGAACCCGTC 1595
Query 1527 GACCCTCAGCTTGCCGGTATTTTCGACAATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCA 1586
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 GACCCTCAGCTTGCCGGCATTTTCGACAATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCA 1655
Query 1587 GGGCCGGTGATTGCTTCGCAGTTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAAT 1646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 GGGCCGGTGATTGCTTCGCAGTTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAAT 1715
Query 1647 ATGAGGAAGCCTACTTAA 1664
||||||||||||||||||
Sbjct 1716 ATGAGGAAGCCTACTTAA 1733
Score = 52.8 bits (28), Expect = 1e-05
Identities = 28/28 (100%), Gaps = 0/28 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAGAGAAGCTCCCAGAGAAGAAAAGCC 28
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 47 AGAGAGAAGCTCCCAGAGAAGAAAAGCC 74
> AT5G16070.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein
| chr5:5247354-5251179 REVERSE LENGTH=1932
Length=1932
Score = 2060 bits (1115), Expect = 0.0
Identities = 1451/1616 (90%), Gaps = 11/1616 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 50 ATCGAAAATGTCTGTGCGTGTTCTGAATCCTAATGCGGAGGTGCTCAACAAATCGGCCGC 109
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 123 ATCGAAAATGTCAGTGCGAGTTCTGAATCCTAATGCCGAGGTTCTCAACAAATCTGCGGC 182
Query 110 GCTTCATATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTACAGGATGTACTCAAGTCGAATCTCGG 169
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 GCTTCATATGACCATCAACGCCGCCAAGGGTTTGCAAGATGTACTCAAGTCGAATCTCGG 242
Query 170 TCCTAAGGGAACTATTAAGATGCTTGTTGGTGGTTCCGGGGATATCAAGCTTACCAAGGA 229
|||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 243 TCCTAAAGGAACAATCAAAATGCTTGTTGGTGGTTCTGGGGATATTAAGCTTACCAAAGA 302
Query 230 TGGCAACACGCTTTTGAAGGAAATGCAAATTCAAAATCCAACAGCCATCATGATTGCCAG 289
||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 303 TGGGAACACGCTATTGAAGGAAATGCAAATTCAGAATCCAACAGCCATTATGATTGCGAG 362
Query 290 GACAGCTGTTGCTCAGGATGACATAAGTGGTGATGGTACTACTTCCACTGTCATCTTCAT 349
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 363 GACAGCTGTTGCACAGGATGATATAAGTGGTGATGGTACTACTTCCACTGTTATCTTCAT 422
Query 350 TGGTGAGCTTATGAAGCAGTCGGAGCGTTGCATCGATGAAGGAATGCATCCACGAGTCTT 409
||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 423 TGGTGAGCTTATGAAACAGTCTGAACGCTGCATCGATGAAGGTATGCATCCACGAGTCCT 482
Query 410 AGTTGATGGTTTCGAGATTGCAAAAAGAGCTACTCTCCAATTTCTCGAC-ACTTTCAAGA 468
||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| || |||||||
Sbjct 483 AGTTGATGGTTTCGAGATTGCTAAGAGAGCTACTCTTCAATTTCTTGACAAC-TTCAAGA 541
Query 469 CACCTGTGGTTATGGGTGATG-AGCCTGACAAAGAGATCCTGAAAATGGTTGCCAGGACA 527
| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 542 CCCCTGTTGTTATGGGTGATGAAG-TTGATAAAGAGATCCTAAAAATGGTTGCAAGAACG 600
Query 528 ACGCTAAGAACTAAGCTGTATGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGATATTGTTGTTAAT 587
|| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 601 ACACTAAGAACAAAATTGTACGAAGGCTTAGCTGATCAACTGACTGACATTGTCGTCAAT 660
Query 588 TCGGTTCTCTGCATTCGGAAGCCTGAGGAACCTATTGATCTGTTTATGGTTGAGATTATG 647
|||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 661 TCGGTTCTTTGCATCCGAAAGCCTGAGGAAGCTATTGATCTGTTTATGGTGGAAATAATG 720
Query 648 CACATGCGCCATAAATTTGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGGCTTGTTCTTGATCAT 707
|||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 721 CACATGCGTCACAAATTCGATGTTGACACACGATTGGTTGAGGGGCTTGTTCTGGATCAT 780
Query 708 GGTTCAAGACACCCTGACATGAAGCGACGTGCGGAGAATTGTCACATCCTGACTTGCAAT 767
||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||| | |||||||||
Sbjct 781 GGTTCGAGACACCCTGACATGAAACGACGCGCAGAAAATTGCCACATCTTAACTTGCAAT 840
Query 768 GTGTCATTAGAGTATGAGAAGAGTGAAATTAATGCAGGATTCTTCTACTCGAATGCGGAG 827
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 841 GTGTCACTAGAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGGATTTTTCTACTCTAATGCGGAG 900
Query 828 CAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCTGAGCGACGTTCTGTTGATGAAAGAGTTCAGAAAATT 887
|||||||||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 901 CAGAGGGAAGCCATGGTTACCGCAGAGAGGCGATCTGTTGATGAAAGAGTTAAGAAAATA 960
Query 888 ATTGAGCTGAAGAACAAGGTTTGTGCTGGTAATGATAACAGCTTTGTTGTCCTAAATCAA 947
|||||||||||||| |||| |||| |||| || || ||| |||||||||| |||||||
Sbjct 961 ATTGAGCTGAAGAAGAAGG--TGTG-TGGTGATAATGACAACTTTGTTGTCATAAATCAG 1017
Query 948 AAGGGTATTGATCCC-CCGTCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATAATCGCCCTTAG 1006
||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||
Sbjct 1018 AAGGGTATTGA-CCCACCATCATTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGGATTATTGGTCTTAG 1076
Query 1007 AAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTGGTTTTGGCATGTGGTGGAGAAGCTGTGAA 1066
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 AAGAGCAAAGAGGAGGAACATGGAACGTTTAGTTTTGGCCTGTGGTGGAGAAGCTGTGAA 1136
Query 1067 CTCTGTTGATGACTTGACCCCTGATTCTCTTGGTTGGGCTGGACTTGTATATGAGCACGT 1126
|||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1137 TTCTGTTGACGACTTGACCCCTGAGTCTCTTGGATGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGT 1196
Query 1127 TCTTGGAGAGGAGAAGTACACATTTGTCGAGCAAGTGAAGAATCCTCATTCATGTACTAT 1186
|||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1197 TCTTGGGGAGGAAAAGTACACCTTTGTGGAGCAAGTGAAGAATCCTAATTCATGTACCAT 1256
Query 1187 CCTCATAAAAGGCCCTAACGACCACACTATTGCTCAAATTAAGGACGCTGTCCGTGATGG 1246
|||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1257 CCTCATAAAAGGGCCTAATGATCACACTATTGCCCAAATTAAGGACGCTGTTCGTGATGG 1316
Query 1247 TTTAAGATCAGTTAAGAATACCCTAGAAGATGAGTGTGTCGTATTAGGAGCTGGAGCTTT 1306
| | ||||| || ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 1317 TCTGAGATCGGTCAAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGTTGTGTTAGGAGCAGGAGCTTT 1376
Query 1307 TGAAGTTGCAGCAAGACAACACTTAATCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGCGC 1366
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 TGAAGTTGCAGCAAGGCAACACTTACTCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGTGC 1436
Query 1367 TCAACTCGGTGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTGGTGCCTAAGACACTTGCTGA 1426
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1437 CCAACTTGGCGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTGGTGCCTAAGACACTTGCAGA 1496
Query 1427 AAATGCTGGGCTTGACACTCAAGACGTTATCATTTCTCTAACGAGTGAGCATGACAAAGG 1486
|||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1497 AAATGCAGGTCTTGATACCCAAGATGTGATCATTTCTCTTACGAGCGAGCATGACAAAGG 1556
Query 1487 AAACGTCGTGGGACTAAACCTACAGGATGGAGAACC-AGTCGACCCTCAGCTTGCCGGTA 1545
||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| | | ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1557 GAACGTTGTGGGACTGAACCTTCAGGACGGTGAACCTATT-GACCCGCAGCTTGCTGGTA 1615
Query 1546 TTTTCGACAATTACTCGGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCGGTGATTGCTTCGC 1605
|||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1616 TTTTTGATAATTACTCAGTGAAACGCCAACTTATCAATTCAGGGCCAGTGATTGCGTCGC 1675
Query 1606 AGTTGCTATTAGTGGATGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACT 1661
| || || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 AATTACTTTTGGTGGACGAAGTGATTCGTGCAGGCAGAAATATGAGGAAGCCTACT 1731
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86846942850
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5