BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477603
Length=2838
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G03580.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4479 0.0
> AT3G03580.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:860512-863352 REVERSE LENGTH=2841
Length=2841
Score = 4479 bits (2425), Expect = 0.0
Identities = 2708/2846 (95%), Gaps = 14/2846 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATGGCGAAATGCAGACTAGAGTGTCATCGGCTTTCATCTCTAGAGCTCTTTCATCGTCA 60
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 AATGGCGAAATGCAGACTAGAGTGTCATCACCTTTCATCTCTAGAGCTCTTTCGTCGTCA 60
Query 61 TCTAACCTCAATGAGCTTCGTCGAATTCACGCCCTTGTGATCTCTCTTGGTCTTGACGGC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 TCTAACCTCAATGAGCTTCGTCGAATTCACGCCCTTGTGATCTCTCTTGGTCTTGACAGC 120
Query 121 TCCGACTTCTTCTCCGGCAAGCTTATCGACAAGTACTCTCACTTTCGTGCTCCCGCCTCT 180
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TCCGACTTCTTCTCCGGTAAGCTTATCGACAAGTACTCTCACTTTCGTGAACCCGCCTCT 180
Query 181 TCCCTCTCTGTTTTCCGACGAGTTTCTCCGGCCAAAAATGTTTATATTTGGAATTCCATC 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||
Sbjct 181 TCCCTCTCTGTTTTCCGACGAGTTTCTCCGGCCAAAAATGTTTACCTCTGGAATTCAATC 240
Query 241 ATCAGAGCGTTTTCTAAGAATGGTTGGTTCCCTAAAGCCCTCGAGTTTTACGGGAAACTC 300
|||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCAGAGCTTTTTCTAAGAATGGTTTGTTCCCTGAAGCCCTCGAGTTTTACGGGAAACTC 300
Query 301 CGGGAATCCAAGGTTTCGCCTGATAAGTACACGTTTCCTTCGGTTATCAAAGCCTGTGCG 360
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 CGGGAATCCAAGGTTTCTCCTGATAAGTACACGTTTCCTTCGGTTATCAAAGCCTGCGCG 360
Query 361 GGATTGTTCGATGCGGAGATGGGAGATTTGGTTTAT-AAGCAGATATTGGAAATGGGTTT 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 361 GGATTGTTCGATGCGGAGATGGGAGATTTGGTTTATGAA-CAGATATTGGATATGGGTTT 419
Query 420 TGAATCGGATTTATATGTAGGCAATGCACTTGTAGATATGTATTCGAGAATGGGATTGTT 479
|||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGAATCGGATTTATTTGTAGGTAATGCACTTGTGGATATGTATTCGAGAATGGGATTGTT 479
Query 480 AAGTAGAGCACGACAAGTGTTCGACGAAATGCCTGTGAGAGATCTCGTGTCCTGGAACAG 539
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AACTAGAGCACGACAAGTGTTCGACGAAATGCCTGTGAGAGATCTCGTGTCCTGGAACAG 539
Query 540 TTTAATTTCTGGGTATAGTTCCCATGGTTACTATGAGGAAGCTTTGGAAATTTATCATGA 599
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTTGATTTCTGGGTATAGTTCCCATGGTTACTATGAGGAAGCTTTGGAAATTTATCATGA 599
Query 600 GTTGAGGAATTCTTGGATTGTACCAGATTCCTTCACGGTTTCAAGTGTTTTGCCTGCCTT 659
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 GTTGAAGAATTCGTGGATTGTACCAGATTCCTTCACGGTTTCAAGTGTTTTGCCTGCATT 659
Query 660 TGCGAATTTGCTGGTTGTCAAACAAGGACAGGGACTTCATGGTTTTGCTCTGAAGTCAGG 719
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGGAATTTGCTGGTTGTCAAACAAGGACAGGGACTTCATGGTTTTGCTCTGAAGTCAGG 719
Query 720 TGTTAATTCTGTT-TCGGTGGTTAACAACGGACTACTTGCAATGTACTTGAAATTTAGCA 778
||||||||| ||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 720 TGTTAATTCCGTTGT-GGTGGTTAACAATGGACTAGTTGCAATGTACTTGAAATTTCGCA 778
Query 779 GACCAACAGATGCAAGACGAGTTTTTGATGAGATGG-TCGTTCGAGATGCTGTTACTTAC 837
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||
Sbjct 779 GACCAACGGATGCAAGACGAGTTTTTGATGAGATGGAT-GTTCGAGATTCTGTTAGTTAC 837
Query 838 AATACTATGATCTGCGGATATCTCAAGCTAGAGATGGTTGAAGAATCTGTGAAGATGTTT 897
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 838 AATACTATGATCTGCGGATATCTCAAGTTAGAGATGGTTGAAGAATCCGTGAGGATGTTT 897
Query 898 TTGGAAAACTTAGATCAGTTCAAGCCAGATATCTTAACTGTTACTTCTGTTCTCTGTGCC 957
||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| |||||
Sbjct 898 TTGGAAAACTTGGATCAGTTCAAGCCTGATCTCTTAACAGTTAGTTCTGTTCTCCGTGCC 957
Query 958 TGCGGACACTTACGGGACTTGAGCTTGGCAAAGTACATTTACAACTATATGCTGAGAGCG 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 958 TGCGGACACTTACGGGACTTGAGCTTGGCAAAGTACATTTACAACTATATGTTGAAAGCT 1017
Query 1018 GGATTTGTTCTTGAATCTACTGTTAAAAACATTCTAATTGATGTGTATGCAAAGTGTGGT 1077
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GGATTTGTTCTTGAATCTACTGTTAGAAACATTCTAATTGACGTGTATGCAAAGTGTGGT 1077
Query 1078 GACATGATCACTGCAAGAGATGTTTTCAACAGCATGGAATGCAAGGATACTGTTTCCTGG 1137
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1078 GACATGATCACCGCAAGAGATGTTTTCAACAGCATGGAATGCAAGGATACTGTTTCGTGG 1137
Query 1138 AACTCGATAATCAGTGGATATATACAAAGCGGGGATCTTATGGAAGCCATGAAACTCTTC 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AACTCGATAATCAGTGGATATATACAAAGCGGAGATCTTATGGAAGCCATGAAACTCTTC 1197
Query 1198 AAGATGATGATGATCATGGAAGAGCAGGCGGATCACATCACTTATTTGATGCTTATATCT 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAGATGATGATGATCATGGAAGAGCAGGCGGATCACATCACTTATTTGATGCTTATATCT 1257
Query 1258 GTCTCCACGCGTCTAGCAGACTTGAAATTTGGGAAAGGGCTACACTCGAATGGGATAAAA 1317
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1258 GTCTCCACACGTCTAGCAGACTTGAAATTTGGGAAAGGGCTACACTCAAATGGGATAAAA 1317
Query 1318 TCTGGAATTTATATCGATCTTTCTGTTAGTAATGCTTTGATTGATATGTATGCAAAGTGC 1377
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1318 TCTGGAATTTGTATCGATCTTTCTGTTAGTAATGCTTTGATTGATATGTATGCGAAGTGC 1377
Query 1378 GGGGAAGTAGGAGATTCTCT-GAAGATATTCAATAGTATGGGAATTCGGGATACAGTAAC 1436
||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||
Sbjct 1378 GGGGAAGTAGGAGATTC-CTTGAAGATATTCAGTAGTATGGGAACTGGGGATACGGTAAC 1436
Query 1437 ATGGAACACGGTTATTTCAGCATGTGTTCGTTTTGGGGATTTCGCAACCGGTTTGCAGGT 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 ATGGAACACGGTTATTTCAGCATGTGTTCGTTTTGGGGATTTCGCAACCGGTTTGCAGGT 1496
Query 1497 AACTACTCAAATGAGAAAGAACAAAGCGGTGCCTGATATGGCTACTTTCTTAGTTACATT 1556
||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AACTACTCAAATGAGGAAGAGCGAAGTGGTGCCTGATATGGCTACTTTCTTAGTTACATT 1556
Query 1557 GCCTATGTGTGCTTCACTTGCTACAAAACGACTAGGCAAGGAGATCCATTGTTGTCTTTT 1616
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1557 GCCTATGTGTGCTTCACTTGCTGCAAAACGACTAGGCAAGGAGATCCATTGTTGTCTGTT 1616
Query 1617 AAGGTTTGGATATGAATCGGAGTTGCAAATAGGGAATGCACTAATTGAAATGTATTCAAA 1676
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1617 GAGGTTTGGATATGAATCAGAGTTGCAAATAGGGAATGCACTAATTGAAATGTACTCAAA 1676
Query 1677 ATGTGGTTGTTTGGAGAGTTCGTTTAGAGTCTTTGAACGTATGAGTAGAAGAGATGTTGT 1736
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATGTGGTTGTTTGGAGAATTCGTCTAGAGTCTTTGAACGTATGAGTAGAAGAGATGTTGT 1736
Query 1737 GACATGGACGGGGATGATCTATGCATATGGAATGTATGGCGAAGGTGAGAAAGCTCTTGA 1796
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GACATGGACAGGAATGATCTATGCATATGGAATGTATGGCGAAGGTGAGAAAGCTCTTGA 1796
Query 1797 AACTTTTGTTGATATGGAAAAATCCGGTATTGTTCCCGATAGTGTTGTCTTCATTGCCCT 1856
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1797 AACTTTTGCGGATATGGAAAAATCCGGTATTGTTCCCGATAGTGTTGTCTTCATTGCCAT 1856
Query 1857 CATCTATGCTTGCAGCCACTCTGGTCTGGTAGAAAAAGGCTTGGCTTGCTTCGAGAAGAT 1916
||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1857 CATATATGCTTGCAGCCACTCTGGTTTGGTAGACGAAGGCTTGGCTTGCTTTGAGAAGAT 1916
Query 1917 GAAAACTCACTACAAAATTGACCCGATGATTGAACACTATGCGTGTGTGGTCGATTTGCT 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1917 GAAAACTCACTACAAAATTGACCCGATGATTGAACATTATGCTTGTGTGGTCGATTTGCT 1976
Query 1977 GTCCCGGTCACAGAAGATTTCAAAAGCCGAAGAATTTATCCAAGCAATGCCAATAGAACC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1977 GTCCCGGTCACAGAAGATTTCAAAAGCCGAAGAATTTATCCAAGCAATGCCGATAAAACC 2036
Query 2037 TGATGCAAGCATATGGGCATCTGTGCTAAGAGCTTGTAGAACAAGTGGGGACATGGAGAC 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 AGATGCAAGCATATGGGCATCTGTGCTAAGAGCTTGTCGAACAAGTGGGGACATGGAGAC 2096
Query 2097 CGCAGAAAGGGTATCTAGGAGGATCATTGAACTGAACCCGGATGATCCAGGTTACTCGAT 2156
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TGCTGAAAGAGTATCTAGGAGGATCATTGAACTGAACCCGGATGATCCAGGTTACTCGAT 2156
Query 2157 TCTAGCATCAAACGCATATGCAGCCTTGAGAAAATGGGACAAAGTAAGTCTAATCCGCAA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2157 TCTAGCATCAAACGCATATGCAGCCTTGAGAAAATGGGACAAAGTGAGTCTAATCCGCAA 2216
Query 2217 ATCCTTGAAAGATAAACACATCAAGAAGAATCCTGGATATAGCTGGATCGAAATCAGTAA 2276
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2217 ATCCTTGAAAGATAAACACATCACGAAGAATCCTGGATATAGCTGGATCGAAGTCGGTAA 2276
Query 2277 AAAAGTTCACGTGTTCTGCTCAGGAGATGATTCAGCTCCTCAGTCGGAAGCCAT-TCACA 2335
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||
Sbjct 2277 AAACGTTCACGTGTTCAGCTCAGGAGATGATTCAGCTCCTCAGTCAGAAGCCATCT-ACA 2335
Query 2336 AGTCACTAGAGATACTTTACAGTCTGATGGCTAAAGAAGGGTACATTCCCGATTCAAGGG 2395
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2336 AGTCACTGGAGATACTTTACAGTCTGATGGCTAAAGAAGGCTACATTCCCGATCCAAGGG 2395
Query 2396 AAGTGTCACAGAATCTAGAGGAAGAAGAAGAGAAGAGACGTTTGATCTGTGGGCACAGCG 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2396 AAGTGTCACAGAATCTAGAGGAAGAAGAAGAGAAGAGACGTTTAATCTGTGGGCACAGCG 2455
Query 2456 AGAGACTAGCTATTGCGTTTGGACTGTTGAACACAGAACCAGGGACTCCATTGCAGGTGA 2515
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 AGAGACTTGCTATTGCGTTTGGACTGTTGAACACAGAACCAGGGACTCCATTGCAGGTGA 2515
Query 2516 TGAAGAACCTTCGTGTTTGTGGTGATTGTCATGAAGTCACAAAGTTGATATCGAAGATCG 2575
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
Sbjct 2516 TGAAGAACCTTCGTGTTTGTGGTGACTGTCATGAAGTCACGAAGCTGATATCGAAGATTG 2575
Query 2576 TGGGACGTGAGATATTAGTGAGGGATGCTAATCGATTCCATCTCTTCAAAGATGGCACTT 2635
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2576 TGGGACGTGAGATATTAGTGCGGGATGCTAATCGATTCCATCTCTTCAAAGACGGCACTT 2635
Query 2636 GTAGCTGCAAAGATCGGTGGTGAATAGTTTCTTTGATGTAATTCAAAGCATGG-TTTGCG 2694
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||
Sbjct 2636 GTAGCTGCAAAGATCGGTGGTGAATAGTTTATTTGATGTAATTTAGAGCATGGATTTGCG 2695
Query 2695 AAAATTTGACTGAAAA-AGCACAAGGAAAGCAGTAGAAGAACAGAACAATTAGGAAAGAT 2753
|||||| ||||||||| | |||| |||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||
Sbjct 2696 AAAATTAGACTGAAAATAT-ACAAAGAAAATAGTAGAAGAAGAGAACGATTACGAAATAT 2754
Query 2754 CTTGAACAAGCTCTGGAAATTTTCCATGGCC-TCAATAATGCTCTGAGAATCGAAAAGTG 2812
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2755 CTTGAACAAGCTCTGAAAATTTTCCATGGCCCTCAATAATGCTGTGAGAATTGAAAAGTG 2814
Query 2813 ATTTATGGTCATCCAAAATTATGAAT 2838
|||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2815 ATTTATTATCATCCAAAATCATGAAT 2840
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141019276773
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5