BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477625
Length=2807
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G03770.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 4331 0.0
> AT3G03770.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr3:945135-949038 REVERSE LENGTH=2895
Length=2895
Score = 4331 bits (2345), Expect = 0.0
Identities = 2623/2757 (95%), Gaps = 20/2757 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCTTGAATGTTTTTAAAGCTCCTTGAGGAATTTTCATCAGTTACAGAGGATTTTCTTAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1 ATCTTGAATGTTTTTAAAGCTCCTTGAGGAACTTTCATCTCTTACAGAGGATTTTCTTGG 60
Query 61 GAATTTTTCACACTTTCTTCTTTAAATCAAGTTGCTAC-tttttt-tCTCTTATA-ATAA 117
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| || ||||
Sbjct 61 GAACTTTTCTCACTTTCTTCTTTAAATCAAGTTGCTACTTTTTTTGTTTCTT-TAGATAA 119
Query 118 AATCAATATTCCATTCACAGTTCCTTCACAAGTATGCAGAGGGAAAATAAAATTTAATCT 177
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 120 AATCGATATTCCATTCACAGTTACTTCATAAGTTTGCAGAGGAAAAATAAAATTTAATCT 179
Query 178 CTTGTGCTCAAAAGTTTCCTGCATCttttttttCTTGCAAGGTGTCGTAAAGAGGAGATT 237
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 180 CTTGTGCTCAAAAGTTTCCTGCATC-TTTTCTTCTTGCAAGGTGTCTTAAAGAGGAGATT 238
Query 238 CTGTAATC-CAGGtgatgatgatgatgatgCTTCTGTGATTTTA--T--TACTTAAGT-A 291
|||||| | || ||| | |||||||||||||| | |||||||| | || || ||
Sbjct 239 CTGTAA-CACATGTGGTTTTGATGATGATGCTTATATGATTTTATTTAGTAGTTGTGTGT 297
Query 292 GTTGTGT-GTGTT-TGTGGCTAT-GAGGAAACTCTTTTGTGGCATGCCATTATTGCTTCT 348
||| | | || || ||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 298 GTTTTATGGTCTTGTGTGGCTATGGA-GAAACTCTATTGTGGCATGCCGTTACTGCTTCT 356
Query 349 GGTTCTGCTTTTAGCTTCCATTGATGGCTCTACACAGCTTCAATCATCTCAATCTCAAAC 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 357 GGTTCTGCTTTTAGCTTCCATTGATGGCTCTACACAGCTACAATCATCTCAATCTCAAAC 416
Query 409 TCTCTTGAGGCTGCAACAACTTCTCTACTATCCCAAAGTGTTAAGCAGCTGGAACAACTT 468
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 417 CCTCTTGAGGCTGCAACAGCTTCTCTACTATCCCAAAGTGTTAAACAGCTGGAACAACTA 476
Query 469 TACTGATTTCTGCAATTCTGAGCCAAGCCCTTCGCTAACTGTTGTGTGTTATGAAGATAG 528
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TACAGATTTCTGCAATTCTGAGCCAAGCCCTTCGCTAACCGTTGTGTGTTATGAAGATAG 536
Query 529 TGTAACGCAGCTTCACATTATAGGAGACAATGGAACTCATATGTTACCAAAGAGTTTCTC 588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 TGTAACGCAGCTTCACATTATAGGAGACAATGGAACTCATATGTTACCAAAGAGTTTCTC 596
Query 589 AATAAACTCGTTTGTTACTACTCTTGTTAAGCTCCCTGATGTTAAAGTTCTCACCTTTGT 648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 597 AATAAACTCGTTTGTTACTACTCTTGTTAAGCTCCCTGATGTTAAAGTTCTCACGTTTGT 656
Query 649 GTCCCTTGGGTTATGGGGTTGGTTACCTCAGAAAATCAACCGTTTATCCTCTTTGGAGAT 708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GTCCCTTGGGTTATGGGGTTGGTTACCTCAGAAAATCAACCGTTTATCCTCTTTGGAGAT 716
Query 709 TCTCAATGTGAGTTCTAATTTCTTCTTTGGACCAATCCCTCATGAACTCTCATCGCTCGC 768
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 717 TCTCAATGTGAGTTCCAATTTCCTCTTTGGACCAATCCCTCATGAACTCTCGTCGCTTGC 776
Query 769 TAGC-CTTCAGACGCTTATACTCGATGAGAATATGTTTTCTGGTCAGTTACCGGATTGGA 827
|| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 777 TA-CTCTTCAGACGCTTATACTCGACGAGAATATGTTTTCTGGTGAGTTACCGGATTGGA 835
Query 828 TCGGTTCTTTGCCGAGTTTAGCTGTGTTGAGCTTGAGAAAGAACGTGTTTAATGGGTCAT 887
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 836 TTGATTCTTTGCCGAGTTTAGCTGTGTTGAGCTTGAGAAAGAACGTGCTTAATGGGTCAT 895
Query 888 TGCCTTCTTCACTGAGTAACTTGTCAGGTCTTAGAGTTCTTGCTTTAGCTAATAACCGCT 947
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 896 TGCCTTCTTCTTTGAGTAGCTTGTCAGGTCTTAGAGTTCTTGCTTTAGCTAATAACCGGT 955
Query 948 TTAATGGAGCTTTACCTGATTTAAGCCATTTGACAAACCTTCAAGTGCTTGATCTTGAAG 1007
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 TTAATGGAGCTTTGCCTGATTTAAGCCATTTGACAAACCTTCAAGTGCTTGATCTTGAAG 1015
Query 1008 GAAACTCTTTTGGACCGTTGTTTCCTCGGTTAAGTAACAAGTTGGTTACTCTTATACTCA 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GAAACTCTTTTGGACCGTTGTTTCCTCGGTTAAGTAACAAGCTGGTTACTCTTATACTCA 1075
Query 1068 GCAAGAACAAGTTTAGATCTGCAGTTTCAGCTGAAGAAGTGAGTTCTTTGTATCAGCTTC 1127
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1076 GCAAGAACAAGTTTAGATCTGCAGTTTCAGCTGAAGAAGTAAGTTCTCTGTATCAGCTTC 1135
Query 1128 AGCATTTGGATCTTTCCTACAATACATTCGTTGGTCCATTTCCTACTTCCTTGATGTCTC 1187
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 AACATTTGGATCTTTCCTACAATACATTCGTTGGTCCATTTCCTACTTCCTTGATGTCTC 1195
Query 1188 TTCCCGCGATAACTTACTTGAACATTTCACACAACAAACTCACCGGGCGGCTTTCAGCAA 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTCCCGCGATAACTTACTTGAACATTTCACACAACAAACTCACCGGGCGGCTTTCAGCAA 1255
Query 1248 ATCTTTCTTGCAACTCACAGCTGATGTTTGTCGATATGTCGTCAAATCTTCTTACGGGAA 1307
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1256 ATCTTTCTTGCAACTCACAGCTGATGTTTGTAGATATGTCATCAAATCTTCTTACCGGAA 1315
Query 1308 GTTTGCCTACTTGCCTTAAACCGAGTTCCGGTACTAGCAGAGATGTTGTCTATGCAAGCA 1367
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GTTTGCCTACTTGCCTTAAACCGAGTTCCGGCACTAGCAGAGATGTTGTCTATGCAAGCA 1375
Query 1368 ACTGTTTGGCTACTACGAATGAAGATCAACGTCCAGTTTCATTTTGTAGCAATGAAGCTC 1427
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1376 ACTGTTTGGCTACTACGAATGAAGATCAACGTCCAGTTTCTTTTTGTAGTAATGAAGCTC 1435
Query 1428 TTGCTGTTGGAATCCTACAACAGAGGAGGAACAAAGTTTCCAAAGTGGGTATTGCTTTAG 1487
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TTGCTGTTGGAATCCTACCACAGAGGAGGAACAAAGTTTCCAAAGTGGGTATTGCTTTAG 1495
Query 1488 GCGTAACCGCAAGCATTCTCGGGGTAATTCTCCTCGCCGGTGCCTTATTTGTGGTTCTTA 1547
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GTGTAACCGCAAGCATTCTCGGGGTACTTCTCCTCGCCGGTGCCTTATTTGTGGTTCTTA 1555
Query 1548 GGAGATTAAATGCGAAGAGAACAGTGACAAAATCTTCCCCAAGATTGATAAGAGAGAATG 1607
||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1556 GGAGATTAAATGCTAAGAAAACAGTGACGAAATCTTCCCCAAGATTGATTAGAGAGAATG 1615
Query 1608 CTTCAATGGGCTACACATCAAAATTACTATCAGATGCAAGGTATATATCTCAAACAATGA 1667
|||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1616 CTTCAATGGGGTACACATCGAAACTACTATCAGATGCAAGGTATATCTCTCAAACAATGA 1675
Query 1668 AGCTAGGAGCGCTTGGTCTTCCAGCTTACAGGACATTCTCACTGGAAGAGCTCGAGTATG 1727
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1676 AGCTAGGAGGGCTCGGTCTTCCAGCTTACAGGACATTCTCACTGGAGGAGCTCGAGTATG 1735
Query 1728 CGACAAATAACTTCGAATCCTCTGCTTTCATGGGCGAAGGTTCTCAAGGACAGATTTATA 1787
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CAACAAATAACTTTGAATCCTCTGCTTTCATGGGTGAAGGTTCTCAAGGACAGATTTATA 1795
Query 1788 GAGGGAGACTGAAAGATGGATCCTTTGTGGCAATTAGATGTTTGAAAATGAAGAAAAGTT 1847
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GAGGGAGATTGAAAGATGGATCCTTTGTGGCAATTAGGTGTCTGAAAATGAAGAAAAGTT 1855
Query 1848 GCAGCACACAAAACTTGATGCATCACATTGAGCTCATCGCTAAACTGAGGCACCGTCACT 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1856 GCAGCACACAAAACTTGATGCATCACATTGAGCTCATCGCTAAACTGCGGCACCGTCACT 1915
Query 1908 TGGTTAGTGTGCTCGGGCATTGCTTCGAGTGCTACTTGGATGATTCAACAGTCAGCAGAA 1967
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TGGTTAGTGTGCTCGGGCACTGCTTCGAGTGCTACTTGGATGATTCAACAGTCAGCAGAA 1975
Query 1968 TGTTCTTTGTCTTTGAGTATGTCCCAAATGGAGAACTCAGAAGCTGGATTTCTGATGGTC 2027
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
Sbjct 1976 TGTTCTTTGTCTTTGAGTATGTCCCAAATGGAGAACTCAGGACCTGGATTTCTGATGGGC 2035
Query 2028 ACATGGAAAGATTGCTTACTTGGGAACAACGCATATGCGTAGCAATAGGTGTAGCTAAAG 2087
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2036 ACATGGGAAGATTGCTTACTTGGGAACAACGCATAAGCGTAGCGATAGGTGTAGCAAAAG 2095
Query 2088 GGATCCAGTTCTTGCATACTGGTATTGTGCCTGGTGTTTATGATAACAATCTTAAAATAA 2147
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2096 GGATCCAGTTCTTGCATACCGGTATTGTGCCTGGTGTTTATGATAACAACCTTAAAATGA 2155
Query 2148 CAGACATTTTGCTTGACAATAACCTCGCGGCGAAAATCAGTAGCTATAATCTTCCATTAC 2207
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2156 CAGACATTTTGCTTGACAATAACCTTGCGGCGAAACTCAGTAGCTATAATCTTCCATTGC 2215
Query 2208 TTGTGGAAGGTCTTGGAAAGGTGGGACAAGTAGGATCTCGAAGCGGACCCAAAGGCAATC 2267
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||
Sbjct 2216 TTGTGGAAGGTCTTGGAAAGGTGGGGCAAGTAGGATCTCGGAGCGGACCTAAAGGCACTC 2275
Query 2268 CAAGCATAAAA-AGCGAAGATAAAATCGATATCTATGATTTTGGAGTGATCTTGCTTGAA 2326
||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2276 CAAGCATCAAAGA-CGAAGATAAAATCGATATCTATGATTTTGGAGTGATATTGCTTGAA 2334
Query 2327 CTTATAGTGGGAAGACCATTGAGAGCAAAGAGTCAAGTTGATGTTCTAAAAGAGCAGTTA 2386
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 CTTATAGTGGGAAGACCATTGAGAGCAAAGAGTCAAGTCGATGTTCTAAAAGAGCAGTTA 2394
Query 2387 CAAGCAAGCATTTCAGCAGATGATGGAGCGCGTAGGAGCATGGTGGATCCAACGGTACAT 2446
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2395 CAAGCAAGCATTTCAGCGGATGATGGAGCACGTAGGAGCATGGTGGATCCAACGGTCCAT 2454
Query 2447 AGAGCTTGTTCAGACCAATCACTGAAGACAATGATGGAGATATGTGTAAGGTGTCTCCTT 2506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 AGAGCTTGTTCAGACCAATCACTGAAGACAATGATGGAGATATGTGTAAGGTGTCTCCTT 2514
Query 2507 AAAGACCCTATAGAACGTCCTTCAATTGAAGATGTCATGTGGAATCTTCAGTTTGCTTCT 2566
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 AAAGACCCTTTAGAACGTCCTTCCATTGAAGATGTCCTGTGGAATCTTCAGTTTGCTTCT 2574
Query 2567 CAAGTTCAAGAAGGTTGGCTACAAAACAGCAATCCCTCGAGCATTCGCGGCTCGCCTTCT 2626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2575 CAAGTTCAAGAAGGTTGGCTACAAAACAGCAATCCCTCGAGCAATCTCGGCTCGCCTTCT 2634
Query 2627 CCGGCTGCTTCCTCTCTTCCTCCTCCCTCTCGTTTACACGTAACAACACTCGAATCTCCC 2686
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 CCTGCTGCTTCCTCTCTTCCTCCTCCCTCTCGTTTACACGTAACAACACTCGAATCTCCC 2694
Query 2687 CGAGATTCAGGATGTGAAGAACATGAGAGGTAGAGAGACGAGAgtttttgtttggtc 2743
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2695 CGAGATTCAGGATGTGAAGAACATGAGAGGTAGAGAGACGAGGGTTTTTGTTTGGTC 2751
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139464101540
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5