BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477628
Length=2596
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G03780.1 | Symbols: ATMS2, MS2 | methionine synthase 2 | chr... 4362 0.0
AT5G17920.1 | Symbols: ATCIMS, ATMETS, ATMS1 | Cobalamin-indepe... 2761 0.0
> AT3G03780.1 | Symbols: ATMS2, MS2 | methionine synthase 2 | chr3:957235-960980
FORWARD LENGTH=2617
Length=2617
Score = 4362 bits (2362), Expect = 0.0
Identities = 2502/2569 (97%), Gaps = 12/2569 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 GTACaaaaaa-aaaaaaGAATCAAAAATGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGG 92
||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 GTA-AAAAAACAAAAAACAAACAAAAATGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGG 113
Query 93 GACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCG 152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 GACCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCG 173
Query 153 AGGATTTGCAGAAGGTGTCTGCTGATCTAAGGTCTGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTG 212
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 ATGATTTGCAGAAGGTGTCTGCTGATCTCAGGTCTGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTG 233
Query 213 CTGGGATTAAGTATATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCA 272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 CTGGGATTAAGTATATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCA 293
Query 273 CCGCCATGCTTGGTGCTGTTCCACCTAGATATGGATTTACTAGTGGTGAGATCGGTCTCG 332
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 294 CCGCCATGCTTGGTGCTGTTCCATCTAGATATGGATTTACCAGTGGTGAGATCGGTCTCG 353
Query 333 ATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGT 392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 ATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGT 413
Query 393 GGTTTGACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTCTCTT 452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 414 GGTTTGACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTTTCTT 473
Query 453 ACGCATCTCACAAGGCTGTGAATGAGTACAAGGAGGCTAAGGCTCTTGGTGTTGAGACGG 512
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 474 ACGCATCTCACAAGGCTGTCAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGAGACCG 533
Query 513 TCCCTGTACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAAGCTTGCTAAGGGTGTTG 572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 TCCCTGTACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAAGCTTGCTAAGGGTGTTG 593
Query 573 ACAAGTCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATTCTCCCAGTCTACAAGGAAGTCA 632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 594 ACAAGTCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATCCTCCCAGTTTACAAGGAAGTCA 653
Query 633 TTGCAGAACTTAAGGCAGCTGGTGCCTCTTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCA 692
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 TTGCAGAGCTTAAGGCAGCTGGTGCCTCCTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCA 713
Query 693 TGGATCTTGAGGGTCAAAAACTCCAGGCTTTTAGCGGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAA 752
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 TGGATCTCGAGGGTCACAAACTCCAGGCTTTTAGCGGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAA 773
Query 753 CTCTCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTTGCTGATATCCCTGCTGAAGCAT 812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 CTCTCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAAGCAT 833
Query 813 ACAAGACTCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGTA 872
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 834 ACAAGACCCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTCGGATTTGATTTGGTTCGTGGCA 893
Query 873 CCAAGACCATTGACTTGATCAAGGCTGGTTTCCCCCAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTG 932
||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 CCAAGACCATTGACTTGATCAAGTCAGGTTTCCCACAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTG 953
Query 933 TTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGT 992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 TTGTTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGT 1013
Query 993 CACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCC 1052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 CACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCC 1073
Query 1053 ACACTGCCGTTGACCTTGTTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAG 1112
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 ACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAG 1133
Query 1113 CTTTTGCCGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGACGCATTGGCCAAGGCTTTAGCCGGTCAGA 1172
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1134 CTTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTGACGCATTGGCCAAGGCTTTGGCCGGTCAGA 1193
Query 1173 CGAATGAGAGTTTCTTCACTGCCAACGCTGATGCTTTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA 1232
| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194 CAAATGAGAGTTTCTTCACTGCCAACGCTGACGCATTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA 1253
Query 1233 GAGTCACTAATGAGGCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGGTCTGACCACCGCC 1292
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1254 GAGTCACCAATGAGTCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGCC 1313
Query 1293 GTACAACCGAAGTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC 1352
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GTACAACTGAAGTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC 1373
Query 1353 TCCCAACCACCACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG 1412
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 TCCCAACCACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG 1433
Query 1413 AATACAAGGCGAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCA 1472
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 AATACAAGGCCAAGAAAATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATCA 1493
Query 1473 AGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTG 1532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 AGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCTG 1553
Query 1533 AGAGAAACGATATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAA 1592
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 AGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCAA 1613
Query 1593 ATGGGTGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGACG 1652
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1614 ACGGATGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGACG 1673
Query 1653 TGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAAC 1712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAAC 1733
Query 1713 GTCCAATGAAGGGAATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTTAACTGGTCTTTTGTTAGAA 1772
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1734 GTCCAATGAAGGGTATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTCAACTGGTCTTTTGTCAGAA 1793
Query 1773 ACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGACGAAGTGG 1832
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1794 ACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGATGAAGTGG 1853
Query 1833 AAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTCAGAGAAG 1892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1854 AAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTTAGAGAAG 1913
Query 1893 GATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCA 1952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 GATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACTCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTTCA 1973
Query 1953 GAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAA 2012
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 GAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTCAA 2033
Query 2013 ACTTCAATGACATCATCCACTCAATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGA 2072
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 ACTTCAACGACATCATCCACTCAATCATTGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGAGA 2093
Query 2073 ACTCTCGTTCAGACGAGAAGCTTCTATCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAG 2132
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 ACTCTCGTTCAGACGAGAAGCTTCTCTCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCAG 2153
Query 2133 GAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCAAGAATACCATCCACAGAAGAAATTG 2192
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2154 GAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCGAGAATACCATCCACAGATGAAATTG 2213
Query 2193 CAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATCTTGTGGGTTAACCCTG 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 CAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATCTTGTGGGTTAACCCTG 2273
Query 2253 ACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAAAGCCATGGTTG 2312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 ACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAAAGCCATGGTTG 2333
Query 2313 ACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGCTAGTGCCAAGTGAAGAACTTGAAGATATC 2372
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2334 ACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGGTAGTGCCAAGTGAAGAGCTTGAAGATATT 2393
Query 2373 ATTTCTAT-TTCCGGGATTTTTATACGTGGTTTGTGTTTGTTCAGTTTCAATAACTTTTC 2431
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 ATTTCTATATTCCGGGATTTTTCTACGTGGTTTGTGTTTGTTCAGTTTCAATAACTTTTC 2453
Query 2432 TTCCAAGAAAAATATTTTTAGCCAAAGTTAGGTTTTGAGGGAATGGAGTCACACTCTCTC 2491
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 TTCCAAGAAAAATATTTT-AGCCAAAGTTAGGTTTTGAGGGAATGGAGTCACACTCTCTC 2512
Query 2492 GCTTTCGTTGAAGAGAGTTTATGGCTTTCAT-CTTATAT-TCTTCTTTTGTTGCAATGTT 2549
||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 2513 GCTTTCGTTGAAGAGAGTTTACGGCTTT-ATACT-ATATGT-TTCTCTTGTTGCAATGTT 2569
Query 2550 ATATGTATCTTTGTTTTCTCTTAATGAAATAT--GCTTCTTTGATCTCT 2596
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2570 ATATGTATCTTTGTTTTCTCT-AATGAAATATATGCTTCTTTGATCTCT 2617
> AT5G17920.1 | Symbols: ATCIMS, ATMETS, ATMS1 | Cobalamin-independent
synthase family protein | chr5:5935038-5939487 FORWARD
LENGTH=2771
Length=2771
Score = 2761 bits (1495), Expect = 0.0
Identities = 2060/2334 (88%), Gaps = 34/2334 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 aaaaaaaGAATCAAAAATGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGGGACCTAAGAG 102
|||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 168 AAAAGAA-AATC-AAAATGGCTTCACACATTGTTGGATACCCACGTATGGGCCCTAAGAG 225
Query 103 AGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCGAGGAT-TTGC 161
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| || |
Sbjct 226 AGAGCTCAAGTTTGCATTGGAATCTTTCTGGGATGGTAAGAGCACTGCTGAGGATCTT-C 284
Query 162 AGAAGGTGTCTGCTGATCTAAGGTCTGAT--ATCTGGAAACAGATGTCTGCTGCTGGGAT 219
||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 285 AGAAGGTGTCTGCTGATCTCAGGTC--ATCCATCTGGAAACAGATGTCTGCCGCTGGGAC 342
Query 220 TAAGTAT-ATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCACCGCCA 278
||||| | ||||| |||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 343 TAAGT-TCATCCCTAGCAACACCTTTGCTCACTACGACCAGGTTCTTGACACCACCGCCA 401
Query 279 TGCTTGGTGCTGTTCCACCTAGATATGGATTTACTAGTGGTGAGATCGGTCTCGATGTTT 338
|||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||
Sbjct 402 TGCTCGGTGCTGTTCCACCTAGGTATGGATACACTGGTGGTGAGATCGGCCTTGATGTTT 461
Query 339 ACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGTGGTTTG 398
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 462 ACTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTGCCTGCCATGGAAATGACCAAGTGGTTCG 521
Query 399 ACACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTCTCTTACGCAT 458
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 522 ACACCAACTACCATTACATCGTCCCTGAGTTGGGCCCTGAGGTTAACTTCTCTTACGCAT 581
Query 459 CTCACAAGGCTGTGAATGAGTACAAGGAGGCTAAGGCTCTTGGTGTTGAGACGGTCCCTG 518
| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 582 CCCACAAGGCGGTGAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGACACCGTCCCTG 641
Query 519 TACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAA-GCTTGCTAAGGGTGTTGACAAG 577
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||
Sbjct 642 TACTTGTTGGCCCAGTCTCTTACTTGCTGCTTTCCAAGGC-TGCCAAGGGTGTTGACAAG 700
Query 578 TCATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATTCTCCCAG-TCTACAAGGAAGTCATTGC 636
||||| || ||||| || |||||||| || |||||||| | ||||||||||||| ||| |
Sbjct 701 TCATTCGAACTTCTTTCTCTTCTCCCTAAGATTCTCCC-GATCTACAAGGAAGTGATTAC 759
Query 637 AGAACTTAAGGCAGCTGGTGCCTCTTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCATGGA 696
|| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| || |||| |||||
Sbjct 760 CGAGCTTAAGGCTGCTGGTGCCACCTGGATTCAGCTTGACGAGCCTGTCCTTGTTATGGA 819
Query 697 TCTTGAGGGTCAAAAACTCCAGGCTTTTAGC-GGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAACTC 755
|||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 820 TCTTGAGGGTCAGAAACTCCAGGCCTTTA-CTGGTGCCTATGCTGAACTTGAATCAACTC 878
Query 756 TCTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTTGCTGATATCCCTGCTGAAGCATACA 815
| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 879 TTTCTGGTTTGAATGTTCTTGTCGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAGGCATACA 938
Query 816 AGACTCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGTACCA 875
|||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 939 AGACCCTAACCTCATTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGCACCA 998
Query 876 AGACCATTGACTTGATCAAGGCTGGTTTCCCCCAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTG 935
||||| |||| ||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 AGACCCTTGATTTGGTCAAGGCAGGTTTCCCTGAGGGAAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTG 1058
Query 936 TTGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCAC 995
|||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| || || | |||||||||| |||
Sbjct 1059 TTGATGGAAGGAACATCTGGGCCAACGACTTTGCTGCGTCCCTAAGCACCTTGCAGGCAC 1118
Query 996 TTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACA 1055
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1119 TTGAAGGCATTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCCTGCTCTCTTCTCCACA 1178
Query 1056 CTGCCGTTGACCTTGTTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTT 1115
| || ||||| ||| | || |||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || |
Sbjct 1179 CCGCTGTTGATCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAATCAAGTCATGGTTGGCGT 1238
Query 1116 TTGCCGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTG-ACGCATTGGCCAAGGCTTTAGCCGGTCAGACG 1174
|||| ||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||| || ||||||| |
Sbjct 1239 TTGCTGCCCAGAAGGTCGTTGAAG-TGAACGCTTTGGCCAAGGCTTTGGCTGGTCAGAAG 1297
Query 1175 AATGAGAG-T-TTCTTCACTGCCAACGCTGATGCTTTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAA 1232
| ||| | | || ||| ||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1298 GACGAG-GCTCTT-TTCTCTGCCAATGCTGCGGCTTTGGCTTCAAGGAGATCTTCCCCAA 1355
Query 1233 GAGTCACTAATGAGGCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGGTCTGACCACCGCC 1292
||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1356 GAGTCACCAACGAGGGTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGTC 1415
Query 1293 GTACAACCGAA-GTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATC 1351
|| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 1416 GTGCAACC-AATGTTAGTGCTAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTCAATCTCCCAATC 1474
Query 1352 CTCCCAACCACCACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGT 1411
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||
Sbjct 1475 CTACCAACCACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACTGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGTCGT 1534
Query 1412 GAATACAAGGCGAAGAAA-ATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGAT 1470
|| |||||||| || ||| |||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1535 GAGTACAAGGCCAA-AAAGGTCTCAGAGGAGGACTACGTTAAAGCCATCAAGGAAGAGAT 1593
Query 1471 CAAGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCC 1530
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1594 CAAGAAAGTTGTTGACCTCCAAGAGGAACTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCC 1653
Query 1531 TGAGAGAAACGATATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGC 1590
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| ||
Sbjct 1654 AGAGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGTGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGC 1713
Query 1591 AAATGGGTGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGA 1650
||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1714 AAACGGATGGGTCCAATCTTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGA 1773
Query 1651 CGTGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAA 1710
|||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1774 TGTGAGCCGTCCCAAGGCAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTC 1833
Query 1711 ACGTCCAATGAAGGGAATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTTAACTGGTCTTTTGTTAG 1770
|| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 1834 TCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACTGGTCCCGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTTGTCAG 1893
Query 1771 AAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGACGAAGT 1830
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1894 GAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGT 1953
Query 1831 GGAAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTCAGAGA 1890
|| || || |||||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||| |||||
Sbjct 1954 CGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATCGGTGTCATTCAGATTGATGAGGCTGCACTTAGAGA 2013
Query 1891 AGGATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACT-CTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTT 1949
|||| | || || |||||| |||| || | ||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 2014 AGGACTACCACTCAGGAAATCCGAGCA-TGCTTTCTACTTGGACTGGGCCGTCCACTCCT 2072
Query 1950 TCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACT 2009
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2073 TCAGAATCACCAACTGTGGAGTCCAAGACAGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACT 2132
Query 2010 CAAACTTCAATGACATCATCCACTCAATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTG 2069
| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2133 CCCACTTCAATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATTG 2192
Query 2070 AGAACTCTC-GTTCAGACGAGAAGCTTCTATCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGT 2128
||||||| | | || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2193 AGAACTC-CAGGTCTGATGAGAAGCTTCTTTCCGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGT 2251
Query 2129 GCAGGAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCAAGAATACCATCCACAGAAGAA 2188
|| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| | || |||
Sbjct 2252 GCTGGAATCGGTCCAGGAGTCTACGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAA 2311
Query 2189 ATTGCAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATC-TTGTGGGTTAA 2247
|| ||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2312 ATCGCAGACAGGGTCAACAAGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCTT-TGGGTTAA 2370
Query 2248 CCCTGACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAA-AGCCA 2306
||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||| || || ||||| || | | |
Sbjct 2371 CCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTACACCGAGGTCAAGCCTGCACTCAAGAAC-A 2429
Query 2307 TGGTTGACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGCTAGTGCCAAGTGAAGAA 2360
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2430 TGGTTGATGCGGCTAAGCTCATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAA 2483
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128878876567
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5