BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477743
Length=5445
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G04740.1 | Symbols: SWP, MED14, ATMED14 | RNA polymerase II ... 8743 0.0
AT3G29660.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:1152... 132 4e-29
> AT3G04740.1 | Symbols: SWP, MED14, ATMED14 | RNA polymerase II
transcription mediators | chr3:1293807-1300714 FORWARD LENGTH=5501
Length=5501
Score = 8743 bits (4734), Expect = 0.0
Identities = 5247/5487 (96%), Gaps = 65/5487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCCCTGACCCCTTTCAATTGTAAACCC-TTTTCTCT-TCCTCTCTTGTCCGAATCAA 58
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 30 TCTTCCCTGACCCCTTTCAATTTTAAACCCTTTTTCTCTGT-CTCTCTTGTCCGAATCAA 88
Query 59 ATCCGG-TGTCTGGAAAAGGGAA-------GC-----T--T--T-GTGGGGGAAGCGGAG 100
|||||| || ||||||||||||| || | | | |||||||||||||||
Sbjct 89 ATCCGGTTG-CTGGAAAAGGGAAGCTTTGTGCTTTTGTCGTCGTGGTGGGGGAAGCGGAG 147
Query 101 GATAAAAACCCTAATTTTTT-CGAATCGTGAGATCTCCTAAGTTTCTGAATCGGGTGGTG 159
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 148 GATAAGAACCCTAATTTTTTACGAATCGTGAGATCTCCTAAGTTTCTGAATCGGGTGGTG 207
Query 160 GCGATTTTGTTTCTTTGTCCGCGATGGCGGAATTAGGGCAACAGACGGTGGATTTCTCCG 219
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 208 GCGATTTTGTTTCTTTCTCCGCGATGGCGGAATTAGGGCAACAGACGGTGGATTTCTCTG 267
Query 220 CTCTTGTTGGTCGAACCGCAGAGGAATCGTTCCTTTCTCTTAAGGAACTCGTAGAAAAGT 279
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||
Sbjct 268 CTCTTGTTGGTCGAGCCGCAGAGGAATCGTTCCTTTCTTTTAAGGAACTTGTGGATAAGT 327
Query 280 CTAAGTCGACGGAGCTTTCTGATAATGAAAAGAAGGTTAGCCTCCTTAAGTATGTTGCTA 339
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 328 CTAAGTCGACGGAGCTTTCTGATACTGAGAAGAAGGTTAGCCTCCTTAAGTATGTCGCTA 387
Query 340 AGACTCAGCAACGGATGCTCCGCCTCAATGCCCTCGCCAAGTGGTGTAAACAGGTTCCTC 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 AGACTCAGCAACGGATGCTCCGCCTCAATGCCCTCGCCAAGTGGTGTAAACAGGTTCCTC 447
Query 400 TTATAAATTACTTTCAAGACCTTGGGAGCACATTATCAGCTCATGATATATGCTTCACAC 459
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 448 TTATAAACTACTTTCAAGACCTTGGGAGTACATTATCAGCTCATGACATATGCTTCACAC 507
Query 460 AAGCTGCGGATTCGCTGTTTTTTATGCATGAAGGTTTACAGCAAGCTCGCGCTCCTGTCT 519
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 AAGCTGCGGATTCGCTGTTTTTTATGCATGAAGGTCTACAGCAAGCTCGCGCTCCTGTCT 567
Query 520 ATGATGTTCCCTCTGCTGTTGAGATTTTGCTGACAGGTTCTTATCAGCGCCTGCCAAAGT 579
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 ATGACGTTCCCTCTGCTGTTGAGATTTTGCTGACAGGTTCTTATCAGCGCCTGCCAAAGT 627
Query 580 GTCTAGACGATGTGGGGATGCAGAGCTCTTTGGATGAGCATCAACAGAAACCAGCTCTAA 639
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 628 GTCTAGATGATGTGGGCATGCAGAGCTCTTTGGATGAGCATCAACAGAAACCAGCTCTAA 687
Query 640 GAAAGCTGGAGGTTCTTGTACGTTCCAAACTACTTGAAATCACACTTCCAAAAGAAATAA 699
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 GAAAGCTGGAGGTACTTGTACGTTCCAAACTGCTTGAAATCACACTTCCAAAAGAAATAA 747
Query 700 CAGAGGTGAAAATTTCTAAAGGTACAGTTACCTTTTCTGTCGACGGGGAATTTAAGGTTC 759
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 748 CAGAGGTGAAAATTTCTAAAGGTACAGTTACCTTATCTGTCGATGGGGAATTTAAAGTTC 807
Query 760 TTGTTACTCTTGGTTACCGAGGGCATCTATCCATGTGGAGGATATTGCATTTGGATCTAC 819
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 808 TTGTTACTCTTGGTTACCGAGGGCACCTATCCATGTGGCGGATATTGCATTTGGATCTAC 867
Query 820 TTGTTGGTGAAAGAAGTGGCCCCATTAAACTCGAAGTGACAAGACGGCATATCCTTGGAG 879
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 TTGTTGGTGAAAGAAGTGGCCCCATTAAACTTGAAGTGACAAGACGGCATATCCTTGGAG 927
Query 880 ATGATTTAGAGCGTCGAATGTCCGTGGCAGAAAATCCATTCACAATATTATATGCGGTGC 939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 928 ATGATTTAGAGCGTCGAATGTCCGTGGCAGAAAATCCATTCACAATTTTATATGCGGTGC 987
Query 940 TCCATGAGCTGTGCGTTGCCATTGTCATGGACACAGTCATAAGACAGGTCCGAGCTCTTC 999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 TCCATGAGCTGTGCGTTGCCATTGTCATGGACACAGTCATAAGACAGGTCCGAGCTCTTC 1047
Query 1000 TCCAGGGGAGATGGAAAGATGCAATTCGCTTCGACTTAATTTCAGATACTGGCACCACAC 1059
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1048 TGCAGGGGAGATGGAAAGATGCAATTCGCTTCGACTTAATTTCAGATACTGGTACCACAC 1107
Query 1060 CAGCGAACCAAGAAGGAGAGGCAGATTCTGTTAGTCTTCGAACGCCAGGAGTGAAACTTA 1119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1108 CAGCGAACCAAGAAGGAGAGGCAGATTCTGTTAGTCTTCGAACGCCAGGAATGAAACTTT 1167
Query 1120 TGTACTGGTCAGATTCTGATAAAAACTCTGGCCCATTCATTAAAATTGAACCAGGGTCAG 1179
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 TTTACTGGTCAGATTCTGATAAAAATTCTGGCCCATTTATTAAAATTGAACCAGGGTCAG 1227
Query 1180 ATCTCCAGATTAAATGTTCTCACAGCACATTTGTAATTGACCCACTTACTGGCAAGGAAG 1239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228 ATCTCCAGATTAAATGTTCTCACAGCACATTTGTAATTGACCCACTTACTGGCAAGGAAG 1287
Query 1240 CTGAGTTTTCTCTCGACCAGAGCTGCATTGACGTGGAGAAGCTTCTGCTTAAAGCTATAT 1299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 CTGAGTTTTCTCTCGACCAGAGCTGCATTGACGTGGAGAAGCTTCTGCTTAAAGCTATAT 1347
Query 1300 GCTGTAATAGATATACCCGTCTTCTTGAAATTCAGAAAGAGCTTTTGAGGAATGCTCGTA 1359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1348 GCTGTAATAGATATACCCGTCTTCTTGAAATTCAGAAAGAGCTTTTGAGGAATACTCGTA 1407
Query 1360 TTTGTCGAGCTCCAAGTGATGTCATCCTTCAGGCCCTCCTGGATGAGCCTGGTATTGAGA 1419
|||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 TTTGTCGAACTCCAAGTGATGTGATCCTTCAAGCCCTCCTGGATGAGCCTGGTATTGAGG 1467
Query 1420 GAGGTAACATGGTAGATTCTAAGGAACGAGTAGAGCCAGAGGTCTTACGTGTGCGAGCCT 1479
||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1468 GAGATAACATGGTAGACTCTAAAGAGCGAGTAGAGCCAGAGGTCTTACGAGTGCGAGCCT 1527
Query 1480 ATGGATCTTCATTTTTCACACTCGGGATAAATATAAGGACTGGTCGGTTTCTTCTTCAGT 1539
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1528 ATGGATCTTCATTTTTCACACTGGGGATAAATATAAGGACTGGTCGGTTTCTTCTACAGT 1587
Query 1540 CATCCAAGAGTATCTTGACCTCCTCCATCTTGGAGGAATTTGAAGATGCATTAAACCAAG 1599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1588 CATCCAAGAGTATCTTGACCTCCTCCATCTTGGAGGAATTTGAAGATGCGTTAAACCAAG 1647
Query 1600 GAAGTATATCTGCAGTTGATGCCTTTATCAACTTGAGAAGCAAAGGCATTTTGCAttttt 1659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1648 GAAGTATATCTGCAGTTGATGCCTTTATCAACTTGAGAAGCAAAAGTATTTTGCATTTTT 1707
Query 1660 ttGCTGCCATTGGCAAATTTTTGGGTCTTGAGGTCTACGAACATGGTTTTGGTATAAACA 1719
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708 TTGCTGCTATTGGCAAATTTTTGGGTCTTGAGGTCTATGAACATGGTTTTGGTATAAACA 1767
Query 1720 AAGTTCCTAAAAGCCTCTTGGATGGGTCAAGCATTCTGACTTTGGGATTTCCTGACTGTG 1779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1768 AAGTTCCTAAAAGCCTCTTGGATGGGTCAAGCATTCTGACTTTGGGATTCCCTGACTGTG 1827
Query 1780 AAAGCTCTCACCTTTTGCTCATGGAGCTCGAAAAAGACTTCACACCATTGTTTAAATTAG 1839
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 AAAGCTCTCACCTTTTGCTAATGGAGCTCGAAAAGGACTTCACACCATTGTTTAAATTAC 1887
Query 1840 TGGAAACTCGGATGGATGGTTCGGGAAAACCTCAGTCTTTCAATGATCCAAGCAATATTT 1899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1888 TGGAAACTCAGATGGATGGTTCGGGAAAACCTCAGTCTTTCAATGATCCAAGCAATATTT 1947
Query 1900 TGCGAGCTAAGAAAATTGATATAGGGCAGATACGGATTCTCGAAGATGATCTTAACTTGA 1959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 TGCGAGCTAAGAAAATTGATATAGGGCAGATACGGATTCTCGAAGATGATCTTAACTTGA 2007
Query 1960 TTACATCCGATGTGGTTAAATTTGTATCTTCATCCTCAGATGCTGAGGGTATAAATCAAG 2019
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2008 TTACATCCGATGTGGTTAAATTTGTATCTTCATTCTCGGATGCTGAGGGCATAAATCAAG 2067
Query 2020 TATCTGGACACCGTGATCCTGGATTGGTTGATGATGCTTTGACAGAAATGAGTGGAAGCC 2079
||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 CATCTGGACACCGTCAGCCTGGATTGGTTGACGAGGCTTTGACAGAAATGAGTGGAAGCC 2127
Query 2080 AGTTGAGTTTCTCCAGCATTGTAGATGAAGTGTTTGGACTTCAGAAAGAGACAT-TGGCT 2138
||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 2128 AGTTGAGTTTCTCTAGTGTCGTAGATGGAGTGTTTGGACTTCAGAAAGTGACATCTG-CT 2186
Query 2139 CTTCTGTCAAGTGATGGGCATGGTTTAGTTCC-AAAGAATCTCTCTGCTGTTAACGGCCC 2197
||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 2187 CTTATGTCAATTGATGGACATGGTTTAGTTCCCAAA-AATCTCTCTGCTGTTACCGGCCA 2245
Query 2198 TGGAAAAGCTCCAATGTTGACTAGCTACCATTCAGATTCCTTGTATAATCTACAGGGTCC 2257
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2246 TGGAAAAGCTCCAATGTTGACTAGCTATCATTCAGATTCCTTGTATAATCGACAGGGTCC 2305
Query 2258 CTTACAATCTAGCTCTTTTAATATGTTATCATCTCCCCCTGGGATGGGTTCAGCTATGAA 2317
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2306 CTTACAATCTAGCTCTTATAATATGTTATCATCTCCCCCTGGGAAGGGTTCAGCTATGAA 2365
Query 2318 GAAGATAGCCATCTCTAACTCTGACCAGGAGTTATCCATGATACTGTCTACATCCCTCTC 2377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2366 GAAGATAGCCATCTCTAACTCTGACCAGGAGTTATCCCTGATACTGTCTCCATCCCTCTC 2425
Query 2378 TGCTGGGAACGGAGTCTCTGAGTCAGGCTCTAGACTGGTCACTGAATCCTCATTGTCAGC 2437
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2426 TACTGGGAATGGAGTCTCTGAGTCAGGCTCTAGACTGGTCACTGAATCCTCATTGTCACC 2485
Query 2438 TCTTCCTCAATCTCAAACAGCTGATCTTGCAACAACATCTGTTGGTCCTTTGTTGAGAAA 2497
|||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||
Sbjct 2486 TCTTCCCCTATCTCAAACAGCTGATCTTGCAACATCATCTGCTGGTCCTTTGTTAAGGAA 2545
Query 2498 AGATCAGAAGCCCCGGAAACGTTCAGCTTCAGATTTACTAAGATTGATCCCATCCCTCCA 2557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546 AGATCAGAAGCCCCGGAAACGTTCAGCTTCAGATTTGCTAAGATTGATCCCATCCCTCCA 2605
Query 2558 GGGAGTGGAAGGTGTTGCTAGTCCCATTAAGAGAAGAAAAACCTCTGAACTGGTACAGAG 2617
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606 GGTAGTGGAAGGTGTTGCTAGTCCCAATAAGAGAAGAAAAACCTCTGAACTGGTACAGAG 2665
Query 2618 TGAATTAGTGAATAGTTGGAGCCCTGCATCACAGACCTTATCCAC--C-GTGGCAACATC 2674
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 2666 TGAATTAGTGAAGAGTTGGAGCCCTGCATCACAGACCTTATCCACTGCCGTGTCAACATC 2725
Query 2675 AACAAAAACTATAGGATGCAGCTATGGGAATCTCATAGCTGAAGCAAACAAGGGGAATGC 2734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 AACAAAAACTATAGGATGCAGCTATGGGAATCTCATAGCTGAAGCAAACAAGGGGAATGC 2785
Query 2735 ACCTTCAAGCGTTTTTGTCTATGCTCTTCTCCATGTTGTCAGGCATTCTTCGTTGTCCAT 2794
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2786 ACCTTCAAGCGTTTTTGTTTATGCTCTTCTCCATGTGGTCAGGCATTCTTCGTTGTCCAT 2845
Query 2795 AAAGCATGCCAAACTAACTAGTCAGATGGAGGCACTGGATATTCAATATGTTGAGGAAAT 2854
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2846 AAAGCATGCCAAACTAACTAGTCAGATGGAGGCATTGGATATTCAATATGTTGAGGAAAT 2905
Query 2855 GGGACTAAGTGATGCATTTTCAGATATATGGTTCCGTCTTCCATTTGCTCAAAATGATTC 2914
||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2906 GGGACTAAGAGATGCATTTTCAGATATATGGTTCAGGCTTCCATTTGCTCAAAATGATTC 2965
Query 2915 CTGGCAACATATATGCTTGCAGCTTGGTAGACCTGGAAGCATGTGTTGGGATGTGAAAAT 2974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2966 CTGGCAACATATATGCTTGCAGCTTGGTAGACCTGGAAGCATGTGTTGGGATGTGAAAAT 3025
Query 2975 AAATGACCAACACTTTAGGGATCTCTGGGAACTTCAAAAGGGAAGTAAAACCACACCATG 3034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3026 AAATGACCAACACTTTAGGGATCTCTGGGAACTTCAAAAGGGAAGTAAAACCACACCATG 3085
Query 3035 GGGATCTGGAGTTCACATTGCGAATTCTTCTGATGTTGATTCCCATATCCGTTATGACCC 3094
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3086 GGGTTCTGGAGTTCACATTGCGAATTCATCTGATGTTGATTCTCATATCCGTTATGACCC 3145
Query 3095 TGAAGGTGTAGTTCTGAGCTATCAGTCTGTGGAAGCTGATAGTATAAAGAAGCTTGTGGC 3154
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3146 TGAAGGTGTTGTTCTGAGCTATCAGTCTGTGGAAGCCGATAGTATAAAGAAGCTTGTGGC 3205
Query 3155 CGACATACAGAGGCTGTCAAATGCTAGAATGTTCTCCCTTGGTATGCGGAAACTACTTGG 3214
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3206 CGACATACAAAGGCTTTCAAATGCTAGAATGTTCTCCCTTGGTATGCGGAAACTACTTGG 3265
Query 3215 CATAAAGCCAGATGAAAAAACAGAAGAGTGCAGTGCTAATTCCACTATTAAAGGATCTGC 3274
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 3266 CATAAAGCCAGATGAAAAAACAGAAGAGTGCAGTGCTAATTCCACTATGAAAGGATCTAC 3325
Query 3275 TGGTGGGAAAGGCAGTGGTGAGCCAGTAGATAGATGGAGAGCTTTCAAGATTGAGGCAGT 3334
||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3326 TGGAGGAAAAGGCAGTGGTGAGCCAGTAGATAGGTGGAGAGCTTTCAAGATTGAGGCTGT 3385
Query 3335 GGGATTAACAAGCCTGTGGTTTAGCTTTGGTTCAGGCGTTTTGGCGCGTTTTGTTGTCGA 3394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3386 GGGATTAACAAGCCTGTGGTTTAGCTTTGGTTCAGGCGTTTTGGCGCGTTTTGTTGTCGA 3445
Query 3395 ATGGGAATCAGGTAAAGATGGATGCACCATGCATGTCTCTCCTGACCAACTATGGCCACA 3454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3446 GTGGGAATCAGGTAAAGATGGATGCACCATGCATGTCTCTCCTGACCAACTATGGCCACA 3505
Query 3455 TACAAAGTTCTTGGAAGATTTCATAAATGGAGCAGAGGTAGAATCTCTTTTGGATTGCAT 3514
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3506 TACAAAGTTCTTGGAGGATTTCATAAACGGAGCAGAGGTAGAATCCCTTTTGGATTGCAT 3565
Query 3515 CCGCCTTACTGCTGGGCCTTTGCATGCATTAGCTGCTGCTACTCGCCCTGCCCGAGCTAG 3574
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3566 TCGCCTTACTGCTGGGCCTTTGCATGCATTAGCTGCCGCTACTCGCCCTGCCCGAGCTAG 3625
Query 3575 TACTGCCACTGGTATGCCTGTCGTACCTGCTACAGCGTCTTCAAGACAACCAAATCAGAT 3634
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3626 TACTGCCACTGGCATGCCTGTTGTACCTGCTACAGCGTCTTCAAGACAATCAAATCAGAT 3685
Query 3635 ACAACAAACTCAAGGAATTGTTGCCCCTTCAACTTTAGCAGCTCCTAATGCTACTGGCCA 3694
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3686 ACAACAAACTCAAGGAATCATTGCCCCTTCAACTTTAGCAGCTCCTAATGCTACTGGCCA 3745
Query 3695 GTCTGTCTCAGCAACTTCAGGAAATACTGTTGCTTCTTCTGCTCCAAGCCCACTCGGTGG 3754
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3746 GTCTGCCTCAGCAACTTCAGGAAATACTGTTGCTTCTTCTGCTCCAAGCCCACTTGGTGG 3805
Query 3755 AAGTTTCCATGGAGTTGCAATGCTAGCAGCTGCAGGCAGAAGCGGACCTGGCATCGTTCC 3814
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3806 AGGTTTCCATGGAGTTGCAATGCTAGCAGCTGCAGGGAGAAGCGGACCTGGCATCGTTCC 3865
Query 3815 AAGCTCTCTCTTGCCCATCGATGTCTCTGTAGTACTCCGTGGACCCTATTGGATAAGGAT 3874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3866 AAGCTCTCTCTTGCCCATCGATGTCTCTGTAGTACTCCGTGGACCCTATTGGATAAGGAT 3925
Query 3875 CATATACCGTAAACGTTTTGCAGTGGACATGAGATGTTTTGCTGGAGATCAAGTCTGGTT 3934
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3926 CATATACCGTAAACGTTTTGCAGTAGACATGAGATGTTTTGCTGGAGATCAAGTCTGGTT 3985
Query 3935 GCAACCAGCAACTCCACCCAAGGGTGGTGCTTCTATTGGAGGCTCCTTGCCATGTCCCCA 3994
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3986 GCAGCCAGCAACTCCACCCAAGGGTGGTGCTTCTATTGGAGGCTCCTTGCCATGTCCCCA 4045
Query 3995 ATTCAGACCTTTCATCATGGAGCATGTTGCTCAAGAATTGAACGGTTTAGAACCGAATTT 4054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4046 ATTCAGACCTTTCATCATGGAGCATGTTGCTCAAGAATTGAACGGTTTAGAACCAAATTT 4105
Query 4055 GACAGGTAGCCAAGGAGCAACAAATCCCAACAGTGGAAACCCAACTGTTAACGGTGGGAA 4114
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4106 GACAGGTAGCCAAGGAGCAACAAATCCCAACAGTGGAAACCCAACTGTTAACGGTGTGAA 4165
Query 4115 CAGAGTTAACTTTTCCCCTTCTAGTGCAATGTCAAGAGCCGCCATGAATCGTGTAGCCAG 4174
||||||||||||||||||||||||||||| | | | | || |||||||| ||||||||
Sbjct 4166 CAGAGTTAACTTTTCCCCTTCTAGTGCAA-G--A-G--CTGCAATGAATCGAGTAGCCAG 4219
Query 4175 TGTTGCTTCAGGATCTCTAGTGGTTAGCCCAGGATTGTCTGTGCGTAGAACACCAGGCAC 4234
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4220 TGTTGCTTCAGGATCTTTAGTGGTTAGCTCAGGATTGCCTGTGCGTAGAACACCAGGCAC 4279
Query 4235 TGCTGTACCAGCACATGTAAGAGGCGAATTAAACACAGCGATTATCGGGTTAGGTGATGA 4294
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 4280 TGCTGTACCAGCGCATGTAAGAGGTGAATTAAACACAGCGATAATCGGTTTAGGTGATGA 4339
Query 4295 TGGTGGCTATGGCGGAGGATGGGTTCCTCTTGTGGCTCTTAAAAAGGTTTTGCGTGGTAT 4354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4340 CGGTGGCTATGGCGGAGGATGGGTTCCTCTTGTGGCTCTTAAAAAGGTTTTGCGTGGTAT 4399
Query 4355 CCTTAAATATCTTGGAGTACTGTGGCTATTTGCTCAGTTACCAGATCTCTTAAGAGAGAT 4414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4400 CCTTAAATATCTTGGAGTACTGTGGCTATTTGCTCAGTTACCAGATCTCTTAAGAGAGAT 4459
Query 4415 CTTAGGTTCAATCTTGAAGGATAACGAAGGCGCTCTCTTGAATTTAGACCAAGAACAACC 4474
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4460 CTTGGGTTCCATCTTGAAGGATAACGAAGGCGCTCTCTTGAATTTAGACCAAGAACAACC 4519
Query 4475 AGCCTTACGCTTCTTTGTTGGTGGCTATGTATTTGCAGTGAGTGTCCATAGAGTTCAGCT 4534
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4520 AGCCTTACGCTTCTTTGTCGGTGGCTATGTGTTTGCGGTGAGTGTCCATAGAGTTCAGCT 4579
Query 4535 CCTTCTTCAAGTCCTTAGCGTAAGGCGATTCCATCACCA-GCAGCAACAAAATGGTTCTT 4593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 4580 CCTTCTTCAAGTCCTTAGCGTAAGGCGATTCCATCACCAAGCA-CAACAAAATGGTTCTT 4638
Query 4594 CCGCTGCTGCTCAAGAGGAGTTAACCCAATCCGAGATTGGAGAAATCTGCGATTATTTCA 4653
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4639 CTGCTGCGGCTCAAGAGGAGTTAACCCAATCCGAGATTGGAGAAATCTGCGATTATTTCA 4698
Query 4654 GCCGCCGTGTCGCATCAGAACCGTATGATGCTTCAAGAGTTGCCTCTTTCATAACACTCC 4713
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4699 GCCGCCGTGTCGCATCAGAACCGTATGATGCCTCAAGAGTTGCCTCTTTCATAACACTCC 4758
Query 4714 TCACGTTACCCATATCGGTCCTGAGAGAGTTTCTGAAACTGATAGCTTGGAAAAAAGGAT 4773
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4759 TCACGTTACCCATATCGGTCTTGAGAGAGTTTCTGAAACTGATAGCTTGGAAAAAAGGAT 4818
Query 4774 TATCCCAATCACAACAAGCTGGAGAGATTGCTCCTGCACAGAGACCTCGAATCGAGCTAT 4833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4819 TATCCCAATCACAACAAGCTGGAGAGATTGCTCCTGCACAGAGACCTCGAATCGAGCTAT 4878
Query 4834 GTCTAGAGAATCATTCCGGTACAGATATAGACAACAATTGTGCAGCTAAAAGCAATATCC 4893
|||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4879 GTCTAGAGAACCATTCTGGTACAGATTTAGACAACAATTGTGCAGCTAAAAGCAATATCC 4938
Query 4894 ATTACGACCGGCCACACAACACGGTTGACTTTGCGCTAACCGTCGTTCTTGATCCTGTGC 4953
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4939 ATTACGACCGGCCGCACAACACGGTTGACTTTGCGCTAACCGTTGTTCTTGATCCTGTGC 4998
Query 4954 ACATACCCCATATAAACGCGGCTGGAGGAGCAGCATGGTTGCCTTACTGTGTATCGGTTA 5013
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4999 ACATACCCCATATAAACGCGGCTGGAGGAGCAGCATGGTTGCCTTACTGTGTATCAGTTA 5058
Query 5014 GGTTAAGATACACGTTTGGCGAAAATCCTAGTGTGACGTTTCTTGGAATGGAAGGAAGCC 5073
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5059 GGTTAAGATACACATTTGGCGAAAATCCTAGCGTGACGTTTCTTGGAATGGAAGGAAGTC 5118
Query 5074 ATGGAGGTCGAGCTTGTTGGCAGCGAGTGGACGATTGGGAGAAATGTAAACAGAGAGTGA 5133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5119 ATGGAGGTCGAGCTTGTTGGCAGCGAGTGGACGATTGGGAGAAATGTAAACAGAGAGTGA 5178
Query 5134 GTCGTACAGTGGAAGTCAACGGTTCTGCTGCAGGAGATTTGACTCAAGGAAAACTCAAGT 5193
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5179 GCCGTACAGTGGAAGTCAACGGTTCTGCTGCAGGAGATTTGACTCAGGGAAAACTCAAGT 5238
Query 5194 TGGTTGCAGATAGTGTCCAAAGAACATTGCATCTATGTCTTCAAGGTCTGAGAGAAGGT- 5252
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5239 TGGTTGCAGATAGTGTCCAGAGAACATTGCATCTATGTCTTCAAGGTCTGAGAGAAGGTG 5298
Query 5253 --AATAACAA---CAACAGTCTTCAAAAGGAATTTACCATATAGAGAG-G-TCAAACTCT 5305
||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 5299 GTAATAATAATAACAACACTCATCAAAAGGAATTTACCATATAGAGAGAGGTCAAACTCT 5358
Query 5306 TAATCAGTTTTGGGAAATTGTTATATCTTAATGTGTACATACGTATTATGCTGAtttttt 5365
| ||||||||||||| | || | || ||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 5359 TG-TCAGTTTTGGGAA-TCGT-A-AT------GTGTACATACGTATTCTGCTG-TTTTTT 5407
Query 5366 tttt-tttttCTTT--CTATTGGGACTT--A-GAAACATGTTGT--AGCCTTTGAATTTT 5417
|||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5408 TTTTCTTTTTCTTTTACTATTGGGACTTGGAAGAAACATGTTGTGTAGCCTTTGAATTTT 5467
Query 5418 CCAGTATAAAGAGGTTTTGCCTCGATT 5444
||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 5468 CCAGTGCAAAGAGGTTTTGCCTCAATT 5494
> AT3G29660.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:11522524-11524134
FORWARD LENGTH=1179
Length=1179
Score = 132 bits (71), Expect = 4e-29
Identities = 102/116 (88%), Gaps = 5/116 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 411 TTTCAAGACCTTGGGAGCACATTATCAGCTCATGATATATGCTTCACACAAGCTGCGGAT 470
||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 193 TTTCAAGACCTTGAGAGCACATTATCTGCTCATGACATATGCTTCACACAAGCTGCGGAT 252
Query 471 TCGCTGTT--TT-TTATGCATGAAGGTT-TACAGCAAGCTCGCGCTCCTGTCTATG 522
||||| | || |||||| |||| || ||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 253 TCGCTCTACCTTATTATGCTTGAAT-TTCTACAGCAAGTTCACGCTCCTGTCTATG 307
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 271804497174
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5