BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477983
Length=3334
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G06670.2 | Symbols: | binding | chr3:2105755-2113698 REVERS... 3380 0.0
> AT3G06670.2 | Symbols: | binding | chr3:2105755-2113698 REVERSE
LENGTH=3376
Length=3376
Score = 3380 bits (1830), Expect = 0.0
Identities = 1949/2006 (97%), Gaps = 9/2006 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1032 GCTATACCAATTAAAGATCCCTTAGTCCTGTCGAAGATACACCAGACGTACAGAATTGGT 1091
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GCTATACCAATCAAAGATCCCTTAGTCCTGTCAAAGATACACCAGACGTACAGAATTGGT 1432
Query 1092 TACTTGAAGGATGTTGTTTTGGCTAGAGTACTAGATGATGCTATAGTTGCAAACTTGAAT 1151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1433 TACTTGAAGGATGTTGTTTTGGCTAGAGTACTAGATGATGCTATTGTTGCAAACTTGAAT 1492
Query 1152 TCAGTAATCCATGCGAACAATGCCATTGTAGTTTCATTGCTGAAGGACGATAGCACTTTT 1211
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TCTGTAATCCATGCGAACAATGCCATAGTAGTTTCATTGCTGAAGGACGATAGCACTTTT 1552
Query 1212 ATTCAAGAGTTATTTGCAAGGTTGAGGTCGCCTTCTACATCTGTGGAATCCAAGAAAAAT 1271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1553 ATTCAAGAGTTATTTGCAAGGTTGAGGTCGCCTTCTACTTCTATGGAATCCAAGAAAAAT 1612
Query 1272 TTGGTATATTTCTTGCACGAATTTTGTAGTTTAAGCAAGAGCCTCCAGGTGGTGCAGCAG 1331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TTGGTATATTTCTTGCACGAATTTTGTAGTTTAAGCAAGAGCCTCCAGGTGGTGCAGCAG 1672
Query 1332 CTGCGACTTTTTAGGGACCTTATTAATGAAGGCATTTTTCATGTCATAGAAGAAGTCTTG 1391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CTGCGACTTTTTAGGGACCTTATTAATGAAGGCATTTTTCATGTCATAGAAGAAGTCTTG 1732
Query 1392 CAGATTCCAGACAAAAAACTCGTATTGACTGGGACAGATATCCTGATTCTTTTCTTGACT 1451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CAGATTCCAGACAAAAAACTCGTATTGACTGGGACAGATATCCTGATTCTTTTCTTGACT 1792
Query 1452 CAAGACCCCAACCTTTTACGTTCTTATGTTGTTCGGACAGAAGGAAACCCCCTCCTCGGT 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 CAAGACCCCAACCTTTTACGTTCTTATGTTGTTCGGACAGAAGGAAACCCCCTCCTCGGT 1852
Query 1512 CTCCTGGTCAAGGGAATGATGGAAGACTTTGGTGATAAGATGCATTGCCAATTTCTAGAA 1571
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1853 CTCCTGGTCAAGGGAATGATGGAAGACTTTGGTGATAAGATGCACTGCCAATTTCTAGAA 1912
Query 1572 ATTATCCGAACCTTACTTGATGCAAATGCATTGTCTGGTGGGGCTCAGAGAGCGAATATC 1631
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1913 ATTATCCGTACCTTACTAGATGCAAATGCATTGTCTGGTGGAGCTCAGAGAGCAAATATC 1972
Query 1632 ATGGATATCTTCTACGAGAAGCATCTACCTGAGTTAGTGGATGTTATTACTGCCTCATGT 1691
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 ATGGATATTTTCTACGAGAAGCATCTACCTGAGTTAGTGGATGTTATTACTGCCTCATGT 2032
Query 1692 CCTGAGAAGTCGGGTAACACATCTGAAGGTGCTGCCAGAAGGATTTTCACAAAGCCTGAA 1751
|||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 CCTGAGAAGTCGAGCAACGCATCTGAAGGTGCTGCCAGAAGGATTTTCACAAAGCCTGAA 2092
Query 1752 GTCCTGTTGAACATATGTGAATTGTTGTGCTTTTGCATTATGCAAGATGCATCCAGAACA 1811
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2093 GTCCTGTTGAACATATGTGAATTGTTGTGCTTTTGCATTATGCAAGATGCATCCAGGACA 2152
Query 1812 AAATGCAGTTTTCTCCAAAACAATGTGACTGAAAAGGTTTTGCATCTCACACGGAGAAAG 1871
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 AAATGCAGTTTTCTCCAAAACAATGTGACTGAAAAGGTTTTGCATCTCACACGGAGAAAG 2212
Query 1872 GAAAAATACCTAGTGGTCGCTGCTATACGATTTGTCCGTACTCTTCTCTCTGTCCATGAT 1931
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2213 GAAAAATACCTAGTGGTCGCTGCTATACGATTTGTCCGTACTCTCCTCTCTGTCCATGAT 2272
Query 1932 GATTATGTCCAGAATTACATTGTTAAAAACAACATGCTGAAACCGATCATAGATGTCTTC 1991
|||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 GATTATGTCCAGAATTACGTGGTTAAAAACAACTTGTTGAAACCGATCATAGATGTCTTC 2332
Query 1992 ATTGCCAATGGAAACCGGTACAATCTGCTGAACTCTGCAGTCTTGGATCTGCTTGAGCAC 2051
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 ATTGCCAATGGAACCCGGTACAATCTGCTGAACTCTGCAGTCTTGGATCTGCTTGAGCAC 2392
Query 2052 ATACGCAAGGGAAATGCAACTCTGTTGCTCAAATACATAGTTGATACGTTCTGGGACCAG 2111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 ATACGCAAGGGAAATGCAACTCTGTTGCTCAAATACATAGTTGATACGTTCTGGGACCAG 2452
Query 2112 TTGGCCCCATTTCAGTGCTTGACCTCCATCCAGGCTTTCAAGGTTAAGTATGAACAGTGT 2171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TTGGCCCCATTTCAGTGCTTGACCTCCATCCAGGCTTTCAAGGTTAAGTATGAACAGTGT 2512
Query 2172 TTAGAAAGTGCCGGACCAAAAAGCACTGCTGATGCGGTTGATCCAAGAAGAAGAATTGAC 2231
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2513 TTAGAAAGTGCCGGACCAAAAAGCACTTCTGATGCGGTTGATCCAAGAAGAAGAGTTGAC 2572
Query 2232 GAGCGTGCATTGGAGAAAGAGGAGGAAGATTATTTCAATGAAGACAGTGATGAAGAAGAT 2291
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2573 GAGCGGGCATTGGAGAAAGAGGAAGAAGATTATTTCAATGAAGACAGCGATGAAGAAGAT 2632
Query 2292 TCAGCCTCTGCTTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGCTTCTAATATACAGAAAGAACAA 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 TCAGCCTCTGCTTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGCTTCTAATATACAGAAAGAACAA 2692
Query 2352 CCTAAGCCTCATCTTTCCAATGGAGTGGCTGCAAGCCCTACTTCTTCAAGTCCGAGGTCT 2411
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 CCTAAGCCTCATCTCTCCAATGGAGTGGCTGCAAGCCCTACTTCTTCAAGTCCGAGGTCT 2752
Query 2412 GGAGGCTTGGTTGACTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGACTATAAACCTCCTCCCCGG 2471
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2753 GGAGGCTTGGTTGATTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGACTATAAACCTCCTCCGCGG 2812
Query 2472 AAACAGCCAGAAGCCTCTGAGGATGAGGAGGGCGAGCTCCTTAGACTGAAACGCAAATCC 2531
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 2813 AAACAGCCAGAAGCCTCTGAGGATGAGGAAGGCGAGCTCCTGAGGCTGAAACGAAAATCC 2872
Query 2532 -C-CTTGCGTAGAAAGAGAACAAGAGCCGTCCAAGAAACCACGGCTGGGGAAAAGTTCGA 2589
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 GCTCTTG--TAGAAAGAGAACAAGAGCCGTCCAAGAAACCACGGCTGGGGAAAAGTTCGA 2930
Query 2590 AAAGGGAAAATGTATTTGCTGTGCTATGTTCGACACTGAGCCATGCAGTGCTTACGGGTA 2649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2931 AAAGGGAAAATGTATTTGCTGTGCTATGTTCGACACTGAGCCATGCAGTGCTTACGGGTA 2990
Query 2650 AGAAAAGTCCAGGCACCGCAGGATCTGCAGCCCGGTCAATAGTGGCCAAGGGAGCGGAGG 2709
|||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||
Sbjct 2991 AGAAAAGTCCAGGCCCCGCTGGATCAGCAGCCCGGTCAATAGTAGCGAAAGGAGCTGAGG 3050
Query 2710 ACTCAAGAAGTAGTGAAGAGACTAATAGCAGCAGTTCAGATGATGAAAATCATAAGGATG 2769
| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3051 ATTCAAAAAGTAGTGAAGAGAATAATAGCAGCAGTTCAGATGATGAGAATCATAAGGATG 3110
Query 2770 --G-AGTATCGAGTTCTGAACAGGAAACATCAGACAATGGAAAGCTAAATGGGGAAGAAT 2826
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3111 ATGGAGTATCGAGTTCTGAACATGAAACATCAGACAATGGAAAGCTAAATGGGGAAGAAT 3170
Query 2827 CTCTGGTAGTAGCTCCAAAATCATCACCTGAAATGGCTGTAAATGGATCCTGAGATTTTA 2886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3171 CTCTGGTAGTAGCTCCAAAATCATCACCTGAAATGGCTGTAAATGGATCCTGAGATTTTA 3230
Query 2887 ACACTCTGGACTCTTTAGTTGTGGCTGGGGATGGAAGGCACTCTCATGGGTGCAAATAAA 2946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3231 ACACTCTGGACTCTTTAGTTGTGGCTGGGGATGGAAGGCACTCTCATGGGTGCAAATAAA 3290
Query 2947 ACCTTCAGAGTGCAGACTGAGACATGAGAAACCGCAAAAGAAA-GCTTTGGGCAACCAA- 3004
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3291 ACCTTCAGAGTGCAGACTGAGACATGATAAACCGCAAAAGAAAAGCTTTGGGCAACCAAA 3350
Query 3005 CGGAGGAAGAAATGTATAGTGAGCGC 3030
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3351 CGGAGGAAGAAATGTATAGTGAGCGC 3376
Score = 1735 bits (939), Expect = 0.0
Identities = 1001/1031 (97%), Gaps = 4/1031 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TCTTTCTTCTCTCTTCTTTCGGGTTTCGAAGGTTGGGGAAAAGCTTTCGCAGAAGAAAAT 61
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 282 TCTCTCTTCTCTCTTCTTTCGCGTTTCGAAGGTTGGGG-AAAGCTTTCGCAGAAGAAAAT 340
Query 62 AAAAAGCTAGAGAGAGAATGTCAAAGtttttttGATGCTCCGTTTGGTAATTAGGGTTTC 121
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 341 -AAAAGCTAGAGAGAGAATGTCAATGTTTTTTTGATGCTCCGTCTGGCAATTAGGGTTTC 399
Query 122 -TTTTTGTTTGATTTCGTCCCCTTCGAGAACTGAATCTCCCGCCTATATCGACGGCGTCT 180
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 400 TTTTTTCTTTGATTTCGTCCCCTTCGAGAACTGAATCTCCCGCCTATATCGACGCCGTCT 459
Query 181 AATTCCTATCCTCTCTCGTTGCTCCAAAACCCTAACTTTACTACCGTCGGTCATTATTTT 240
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 AATTCCTATCATTTCTCGTTGCTCCAAAACCCTAACTTTACTACCGTCGGTCATTATTTT 519
Query 241 CACTTTCTCGGCTCGATTTGTTGTTGGAGGTGGGAAAATCAGTGATGGGCGCCCCGGAAA 300
|||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 520 CACTTTCTCGGCTCGATTTGGTGTTGGAGGTTGG-TAATCAGTTATGGGCGCTCCGGAAA 578
Query 301 AGTCGCAATCTAATACCAATTCGATGCAGAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATG 360
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 579 AGTCTCAATCTAATACCAATTCGATGCAGAGAGTGAAAGTCTATCATTTGAATGAAGATG 638
Query 361 GTAAATGGGATGATCGAGGAACTGGGCACGTAAGCATCGACTTTGTGGAGCGATCTGAAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 GTAAATGGGATGATCGAGGAACTGGGCACGTAAGCATCGACTTTGTGGAGCGATCTGAAG 698
Query 421 AACTCAGTCTATGCGTAATTGATGAAGAAGATAACGAGACGTTACTTGTTCATCCCATCA 480
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 AACTCAGTCTATGTGTAATTGATGAAGAAGATAACGAGACGTTACTTGTTCATCCCATCA 758
Query 481 ACCCTGAGGACATTTATAGGAAACAAGAAGACACAATAATCTCATGGAGAGACCCAGAGC 540
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 ACCCTGAGGATATTTACAGGAAACAAGAAGACACAATAATCTCATGGAGAGACCCAGAGC 818
Query 541 GCTCAACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCGGGGTGCTCTTATGTATGGGATC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 GCTCAACAGAATTGGCTTTAAGCTTTCAAGAGACTGCAGGGTGCTCTTATGTATGGGATC 878
Query 601 AAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTTAACAGCGAAACATTTCACA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 879 AAATCTGCACTATGCAACGAAATTTGCATTTCAGCTCTCTAAACAGCGAAACATTTCACA 938
Query 661 GCTTGAATAGTGAGTTGAGGGAGCTTCCTGCTGTAGAGCTTACTACTCTTCCCCTAATAC 720
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 GCTTGAACAGTGAGTTGAGGGAGCTTCCTGCTGTAGAGCTTACTACTCTTCCCCTAATAC 998
Query 721 TGAAGATTATTACAGAGAGTGGCATTACAGATCAGATGCGGCTAACTGAACTTATTTTGA 780
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 999 TGAAGATTGTTACAGAGAGTGGCATTACAGATCAGATGCGCCTAACTGAACTTATTTTGA 1058
Query 781 AGGATCATGATTTCTTTCGGAATCTGATGGGTGTATTTAAAATATGCGAGGACTTGGAAA 840
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 AGGATCATGATTTCTTCCGGAATCTGATGGGTGTTTTTAAAATATGCGAGGACTTGGAAA 1118
Query 841 ATGTTGATGGCCTTCACATGATATTCAACATTGTCAAGGGAATCATTTTGCTTAACAGTT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 ATGTTGATGGCCTTCACATGATATTCAACATTGTCAAGGGAATCATTTTGCTTAACAGTT 1178
Query 901 CTCAGATCTTGGAGAAAATATTTGGAGATGAATTGATTATGGAGATTATCGGATGCCTTG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 CTCAGATCTTGGAGAAAATATTTGGAGATGAATTGATTATGGAGATTATCGGATGCCTTG 1238
Query 961 AATATGATCCCGGTGTTCCTCACTCTCAGCATCACCGGAATTTTCTGAAGGAGCATGTTG 1020
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 AATATGATCCTGGTGTTCCTCACTCTCAGCATCACCGGAATTTTCTGAAGGAGCATGTTG 1298
Query 1021 TTTTTAAGGAG 1031
|||||||||||
Sbjct 1299 TTTTTAAGGAG 1309
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165902080501
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5