BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477999
Length=2741
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G06810.1 | Symbols: IBR3 | acyl-CoA dehydrogenase-related | ... 4447 0.0
> AT3G06810.1 | Symbols: IBR3 | acyl-CoA dehydrogenase-related
| chr3:2146335-2150831 FORWARD LENGTH=2851
Length=2851
Score = 4447 bits (2408), Expect = 0.0
Identities = 2582/2666 (97%), Gaps = 11/2666 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAATAAAAGTATCCAAAGGAAAGGTTATGCGACTTACCGTAAATGGAATTATTTGTATGA 60
||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 55 AAAGAAAATTATCCAAAAGAAAGGTTATGCGACTTTCCGTAAATGGAATTGTTGGTATGA 114
Query 61 ATGCGTGTATTTGTTTGTGTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTGCA--ACTCTG 118
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 115 ATGCGTGTATTTG--TGTTTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTG-AGGA-GCAG 170
Query 119 AGCGAGATAGA-GAGTGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTGGTGACAC 177
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 171 AGCGAGATAGAGGAGAGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTTGTGACAC 230
Query 178 GTGTTCAATCAACTCACCGGTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACG 237
|| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 GTATCCAATCAGCTCACCGTTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACG 290
Query 238 TCTCCGGTTTTCCGACCAACCCAACCCAATTTAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGT 297
|||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 TCTCTGGCTTTCCGACCAACCCTTCCCAATTCAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGT 350
Query 298 CGAATCCGACGTTTCTGATTGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGA 357
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 CGAATCCAACGTTTCTGATAGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGA 410
Query 358 GGAAGAAGCCTCCTGGGAAGCTCCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATAGAGAGTTTCAGG 417
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 411 GGAAGAAGCCTCCTGGCAAGCTTCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATCGAGAGTTTCAGG 470
Query 418 TACTTCGGGCTTTAGGTGAACATACAGAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCA 477
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 TGCTTCGGGCTTTAGGTGAACATACACAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCA 530
Query 478 CTGACCCTACTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTCATGGAAGGACGTATTT 537
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 531 CTGACCCTGCTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTTATGGAAGGACGTATTT 590
Query 538 TCATTGACCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAAGAGAAATGCGATCTATCGTGCAA 597
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 TCATTGATCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAGGAGAAATGCGATCTATCGTGCAA 650
Query 598 CCGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAAT 657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 651 CCGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAAT 710
Query 658 ATGGTCGGCGAGGCAATTACTGCCAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGG 717
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 ATGGTCGGCGAGGCAATTACTGCAAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGG 770
Query 718 CTTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGT 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 CTTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGT 830
Query 778 TACGCAAAAACATCCCCGGGGAAGATTCTACAGGAGCAACTTCAGGCCTTGTCCATGGAG 837
|||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 831 TACGCAAAAACATCCCCGCGGAAGATTCAACTGGAGCAACATCAGGCCTTGTCCATGGAG 890
Query 838 ACTTCCGCATTGACAATCTCGTGTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTG 897
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 ACTTTCGCATTGACAATCTCGTTTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTG 950
Query 898 ACTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGTATGCATT 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 951 ACTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGCATGCATT 1010
Query 958 ACATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTCTTGAAACTACTGGGC 1017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1011 ACATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTTTTGAAACTACTGGGC 1070
Query 1018 TTCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 TTCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAA 1130
Query 1078 AACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCTTTATTTCGGGCTGCTT 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1131 AACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCCTTATTTCGGGCTGCTT 1190
Query 1138 CAATCTACACAGGGGTGTACAACAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAACGAG 1197
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1191 CAATCTACACAGGGGTGTACAGTAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAAAGAG 1250
Query 1198 CTCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCAC 1257
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 CGCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCAC 1310
Query 1258 GTGAAAATGTTCTTCCAGGACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACATGTCCT-CGTCGTAT 1316
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||
Sbjct 1311 GTGAAAATGTTCTTCCAGAACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACGTGT-CTCCGTCGTAT 1369
Query 1317 GAAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGG 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 GAAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGG 1429
Query 1377 CAGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCACATCTACCCAATGGAAAAGGAGTTCTCCAAA 1436
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1430 CAGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCATATCTACCCAATGGAAAACGAGTTCTCCAAA 1489
Query 1437 CTTGCCCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCC-CGAGGAGGAAAAGTTAAAGGAAAT 1495
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 CTTGCTCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCCTC-AGGAGGAAAAGTTAAAGGAAAT 1548
Query 1496 GGCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCCAG 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1549 GGCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCTAG 1608
Query 1556 AAGAGAACTGGCGGCTACCGATAATAAACATAATCTCTCGAGCAGGTCTTTTGATCAATT 1615
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1609 AAGAGAACTGGCGGCTACCGAGAATAAACATAACCTCTCGGGCAAGTCTTTTGATCAATT 1668
Query 1616 GTTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GTTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTC 1728
Query 1676 TGTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGAT 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 TGTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGAT 1788
Query 1736 ACTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAG 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 ACTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAG 1848
Query 1796 AATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATAT 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 AATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATAT 1908
Query 1856 TGAGTGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGAC 1915
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 TGAATGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGAC 1968
Query 1916 AAGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGCAAAACTGATTTCAA 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1969 AAGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGAAAAACTGATTTCAA 2028
Query 1976 CGCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCAGACTCCAGGTATACG 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2029 CGCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCGGACTCCAGGTATAAG 2088
Query 2036 TGTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAAT 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089 TGTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAAT 2148
Query 2096 TTCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCAAAGAACATTCTTCTTGGAGAAGGCCGAGGATT 2155
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 TTCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCGAAGAACATTCTCCTTGGAGAAGGCCGAGGATT 2208
Query 2156 CGAAATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGG 2215
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 CGAGATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGG 2268
Query 2216 TGCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTTAGTAGGAAAACTTTTGG 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2269 TGCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTGAGTAGAAAAACTTTTGG 2328
Query 2276 GAAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTTGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCT 2335
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 GAAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTCGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCT 2388
Query 2336 AGAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAA 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 AGAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAA 2448
Query 2396 AAAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGT 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AAAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGT 2508
Query 2456 ACTGGACACAGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGC 2515
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 ACTAGACACGGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGC 2568
Query 2516 ACATCTGTGGGCTACAGCTAGAACATTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCT 2575
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 GCATTTGTGGGCTACAGCTAGAACACTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCT 2628
Query 2576 TGGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAAAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTCGGATC 2635
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2629 TGGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAGAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTGGGATA 2688
Query 2636 TGCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2661
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 TGCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2714
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136153083302
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5